Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VYPQPKVLTPCRKDVLVVTPWLAPIVWEGTFNIDILNEQFRLQNTTIGLTVFAIKKYVAFLKLFLETAEKHFMVGHRVHY
YVFTDQPAAVPRVTLGTGRQLSVLEVGQDVSMRRMEMISGCERRFLSEVDYLVCVDVDMEFRDHVGVEILTPLFGTLHPS
FYGSSREAFTYERRPQSQAYIPKDEGDFYYMGAFFGGSVQEVQRLTRACHQAMMVDQANGIEAVWHDESHLNKYLLRHKP
TKVLSPEYLWDQQLLGWPAVLRKLRFTAVPK

The query sequence (length=271) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5bxc:A 297 277 0.9815 0.8956 0.9603 0.0 5c1g:A, 5c1h:A, 5c1l:A, 4c2s:A, 4c2s:B, 5c36:A, 5c38:A, 5c3a:A, 5c3b:A, 5c3d:A, 5c47:A, 5c48:A, 5c49:A, 5c4b:A, 5c4c:A, 5c4d:A, 5c4e:A, 5c4f:A, 5c8r:A, 4fqw:A, 4fra:A, 4frb:A, 4frd:A, 4fre:A, 4frh:A, 4frl:A, 4frm:A, 4fro:A, 4frp:A, 4frq:A, 4gbp:A, 6gx0:A, 6gx1:A, 6gx2:A, 3i0d:A, 3i0e:A, 3i0f:A, 3i0g:A, 3i0i:X, 3i0j:A, 3i0k:A, 3i0l:A, 3ioi:A, 3ioj:A, 3ioj:B, 4kc1:A, 4kc2:A, 4kc4:A, 1lzi:A, 5m79:A, 5m7a:A, 5m7b:A, 5m7c:A, 5m7c:B, 5m7d:A, 2pgv:A, 1r7u:A, 1r7y:A, 1r80:A, 1r81:A, 2rix:A, 2riy:A, 2rj0:A, 2rj1:A, 2rj4:A, 2rj5:A, 2rj6:A, 2rj7:A, 2rj8:A, 2rj9:A, 3sx3:A, 3sx5:A, 3sx7:A, 3sx8:A, 3sxa:A, 3sxb:A, 3sxc:A, 3sxd:A, 3sxe:A, 3sxg:A, 3u0x:A, 3u0x:B, 3u0y:A, 3u0y:B, 3v0l:A, 3v0m:A, 3v0m:B, 3v0n:A, 3v0n:B, 3v0o:A, 3v0o:B, 3v0p:A, 3v0p:B, 3v0q:A, 3v0q:B, 4y62:A, 4y63:A, 4y64:A, 2y7a:A, 3zgf:A, 3zgf:B, 3zgg:A, 1zhj:A, 1zj0:A
2 1zi4:A 264 270 0.9299 0.9545 0.9333 0.0 2a8u:A, 2a8w:A, 1lzj:A, 2o1h:A, 1r7t:A, 1r7v:A, 1r7x:A, 1r82:A, 5tjo:A, 1wt1:A, 1wt2:A, 1wt3:A, 1zi1:A, 1zi3:A, 1zi5:A, 1ziz:A, 1zj1:A, 1zj2:A, 1zj3:A, 1zjo:A, 1zjp:A
3 2vs4:A 288 263 0.4317 0.4062 0.4449 5.05e-75 1g8o:A, 1g93:A, 1gwv:A, 1gwv:B, 1gww:A, 1gww:B, 1gx0:A, 1gx0:B, 1gx4:A, 1gx4:B, 2jcj:A, 2jck:A, 1k4v:A, 1k4v:B, 5nrb:A, 5nrb:B, 5nrd:A, 5nrd:B, 5nre:A, 1o7o:A, 1o7o:B, 1o7q:A, 1o7q:B, 2vfz:A, 2vfz:B, 2vs3:A, 2vs3:B, 2vs4:B, 2vs5:A, 2vs5:B, 2vxl:A, 1vzt:A, 1vzt:B, 1vzu:A, 1vzu:B, 1vzx:A, 1vzx:B, 2wgz:A, 2wgz:B
4 4cj8:H 247 219 0.2804 0.3077 0.3470 2.89e-36 4ayj:B, 4ayj:A, 4ayj:C, 4ayj:D, 4cj8:A, 4cj8:B, 4cj8:C, 4cj8:D, 4cj8:E, 4cj8:F, 4cj8:G, 4cj8:I, 4cj8:J, 4cj8:K, 4cj8:L, 4cj8:M, 4cj8:N, 4cj8:O, 4cj8:P, 4cjc:A, 4cjc:B, 4cjc:C, 4cjc:D
5 4ayl:A 210 219 0.2362 0.3048 0.2922 1.45e-22
6 6riq:C 254 52 0.0664 0.0709 0.3462 2.1 6riq:D, 6riq:G, 6riq:J, 6riq:K, 6riq:M, 6riq:N, 6riq:Q, 6riq:R, 6riq:U, 6riq:V
7 6jl9:A 189 73 0.0812 0.1164 0.3014 8.6 6lxx:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218