Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum Lab Only
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VGSVAALLTVVFYIAAVMATNLYGATFPEWFGDLSKSLYTLFQVMTLESWSMGIVRPVMNVHPNAWVFFIPFIMLTAFTV
LNLAIGIIVDA

The query sequence (length=91) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6sxc:A 271 91 0.9670 0.3247 0.9670 1.30e-58 5bzb:B, 5bzb:C, 5bzb:D, 4cbc:A, 4cbc:B, 4cbc:C, 4cbc:D, 4oxs:A, 4oxs:B, 4oxs:C, 4oxs:D, 4p2z:B, 4p30:A, 4p30:B, 4p30:C, 4p30:D, 4p9o:A, 4p9o:B, 4p9o:C, 4p9o:D, 4p9p:B, 4p9p:D, 4pa3:A, 4pa3:B, 4pa3:C, 4pa3:D, 4pa4:A, 4pa4:B, 4pa4:C, 4pa4:D, 4pa6:A, 4pa6:B, 4pa6:C, 4pa6:D, 4pa7:A, 4pa7:B, 4pa7:C, 4pa7:D, 4pa9:A, 4pa9:B, 4pa9:C, 4pa9:D, 8s6j:A, 6sx5:A, 6sx7:A, 6sxe:A, 6sxf:A, 6sxf:B, 6sxg:A, 4x88:A, 4x88:B, 4x88:C, 4x88:D, 4x89:B, 4x8a:B, 4x8a:C, 4x8a:D, 6yz0:A, 6yz2:A, 6z8c:A, 3zjz:A, 3zjz:B, 3zjz:C, 3zjz:D
2 5ek0:A 250 89 0.6703 0.2440 0.6854 1.85e-39 5ek0:B, 5ek0:C, 5ek0:D
3 6n4i:C 226 89 0.6593 0.2655 0.6742 5.66e-39 6n4i:A, 6n4i:D, 6n4i:B
4 7pgg:A 147 91 0.6374 0.3946 0.6374 1.84e-38 7pgg:B, 7pgi:E
5 5klb:A 267 89 0.6374 0.2172 0.6517 4.98e-37 6c1e:A, 6c1e:B, 6c1k:A, 6c1k:B, 6c1m:A, 6c1m:B, 8h9w:A, 6juh:C, 6ke5:A, 6ke5:B, 6ke5:C, 6ke5:D, 6keb:C, 6keb:D, 5klb:B, 5klb:C, 5klb:D, 5klg:D, 5klg:C, 5kls:C, 5kmf:A, 5kmh:A
6 5hk7:A 139 88 0.5934 0.3885 0.6136 1.33e-36 5hk7:B, 5hk7:C, 7pgb:c, 7pgb:Z, 7pgb:d, 7pgb:o, 7pgb:l, 7pgb:h, 7pgb:e
7 4dxw:A 210 88 0.4176 0.1810 0.4318 3.01e-16
8 8j7m:A 257 93 0.3297 0.1167 0.3226 2.16e-09 8j7m:C, 8j7m:D, 8j7m:B
9 8j7h:B 290 68 0.2527 0.0793 0.3382 6.09e-09 8j7f:A, 8j7f:B, 8j7f:C, 8j7f:D, 8j7h:C, 8j7h:D, 7x5v:A, 7x5v:B, 7x5v:C
10 7eeb:A 258 95 0.3297 0.1163 0.3158 1.57e-06
11 6kzp:A 1014 70 0.2308 0.0207 0.3000 1.21e-04
12 6kzp:A 1014 96 0.2527 0.0227 0.2396 0.004
13 6kzp:A 1014 59 0.2088 0.0187 0.3220 0.29
14 6kzp:A 1014 62 0.1538 0.0138 0.2258 2.0
15 6kzo:A 967 70 0.2308 0.0217 0.3000 1.24e-04
16 6kzo:A 967 95 0.2527 0.0238 0.2421 0.004
17 6kzo:A 967 59 0.2088 0.0196 0.3220 0.32
18 6kzo:A 967 62 0.1538 0.0145 0.2258 2.1
19 9ayh:A 1056 70 0.2198 0.0189 0.2857 0.001 9ayg:A, 9ayj:A, 9ayk:A, 9ayl:A
20 9ayh:A 1056 94 0.2418 0.0208 0.2340 0.003 9ayg:A, 9ayj:A, 9ayk:A, 9ayl:A
21 9ayh:A 1056 59 0.2088 0.0180 0.3220 0.21 9ayg:A, 9ayj:A, 9ayk:A, 9ayl:A
22 7mix:A 1326 60 0.2088 0.0143 0.3167 0.001 7miy:A
23 7mix:A 1326 108 0.2747 0.0189 0.2315 0.20 7miy:A
24 7vfs:A 1266 60 0.2088 0.0150 0.3167 0.001 7vfu:A, 7vfv:A, 7vfw:A
25 7vfs:A 1266 108 0.2747 0.0197 0.2315 0.18 7vfu:A, 7vfv:A, 7vfw:A
26 8e59:A 1230 113 0.3187 0.0236 0.2566 0.002 8e5a:A, 8e5b:A, 7uhf:A, 7uhg:A
27 8e59:A 1230 67 0.2088 0.0154 0.2836 0.007 8e5a:A, 8e5b:A, 7uhf:A, 7uhg:A
28 8e59:A 1230 66 0.1868 0.0138 0.2576 6.2 8e5a:A, 8e5b:A, 7uhf:A, 7uhg:A
29 7wli:A 1135 86 0.2527 0.0203 0.2674 0.003 7wlj:A, 7wlk:A, 7wll:A
30 7wli:A 1135 103 0.2418 0.0194 0.2136 0.009 7wlj:A, 7wlk:A, 7wll:A
31 7wli:A 1135 59 0.2088 0.0167 0.3220 0.30 7wlj:A, 7wlk:A, 7wll:A
32 8x90:A 1377 51 0.1868 0.0123 0.3333 0.004 8x91:A, 8x93:A
33 8x90:A 1377 87 0.2857 0.0189 0.2989 0.17 8x91:A, 8x93:A
34 8x90:A 1377 26 0.1209 0.0080 0.4231 1.2 8x91:A, 8x93:A
35 7jpx:A 1116 60 0.1978 0.0161 0.3000 0.004 8e56:A, 8e57:A, 8e58:A, 7jpk:A, 7jpl:A, 7jpv:A, 7jpw:A
36 7jpx:A 1116 113 0.3077 0.0251 0.2478 0.006 8e56:A, 8e57:A, 8e58:A, 7jpk:A, 7jpl:A, 7jpv:A, 7jpw:A
37 7jpx:A 1116 66 0.1758 0.0143 0.2424 7.5 8e56:A, 8e57:A, 8e58:A, 7jpk:A, 7jpl:A, 7jpv:A, 7jpw:A
38 6jp5:A 1274 60 0.1978 0.0141 0.3000 0.004 6jp8:A, 6jpa:A, 6jpb:A
39 6jp5:A 1274 113 0.3077 0.0220 0.2478 0.006 6jp8:A, 6jpa:A, 6jpb:A
40 6jp5:A 1274 66 0.1758 0.0126 0.2424 8.7 6jp8:A, 6jpa:A, 6jpb:A
41 8epm:A 991 59 0.1978 0.0182 0.3051 0.005
42 8epm:A 991 119 0.3077 0.0283 0.2353 0.22
43 8epm:A 991 89 0.2637 0.0242 0.2697 0.47
44 7xlq:A 1319 50 0.1868 0.0129 0.3400 0.006 8epl:A, 7yg5:A
45 7xlq:A 1319 119 0.3077 0.0212 0.2353 0.23 8epl:A, 7yg5:A
46 7xlq:A 1319 89 0.2637 0.0182 0.2697 0.46 8epl:A, 7yg5:A
47 8wea:A 1206 107 0.3077 0.0232 0.2617 0.010
48 8wea:A 1206 59 0.1868 0.0141 0.2881 0.055
49 8wea:A 1206 66 0.1868 0.0141 0.2576 3.3
50 8fhs:A 1282 111 0.3077 0.0218 0.2523 0.032 8eog:K, 8fd7:K, 8hlp:A, 8hma:E, 8hmb:D, 8we6:A, 8we7:A, 8we8:A, 8we9:A
51 8fhs:A 1282 59 0.1868 0.0133 0.2881 0.051 8eog:K, 8fd7:K, 8hlp:A, 8hma:E, 8hmb:D, 8we6:A, 8we7:A, 8we8:A, 8we9:A
52 8fhs:A 1282 66 0.1868 0.0133 0.2576 3.1 8eog:K, 8fd7:K, 8hlp:A, 8hma:E, 8hmb:D, 8we6:A, 8we7:A, 8we8:A, 8we9:A
53 8eoi:K 1116 59 0.1868 0.0152 0.2881 0.045
54 8eoi:K 1116 115 0.3187 0.0260 0.2522 0.12
55 8eoi:K 1116 66 0.1868 0.0152 0.2576 2.9
56 7xm9:A 1230 70 0.2088 0.0154 0.2714 0.066 6j8g:A, 6j8h:A, 6j8i:A, 6j8j:A, 7xmf:A, 7xmg:A, 8xmm:A
57 7xm9:A 1230 84 0.2418 0.0179 0.2619 0.35 6j8g:A, 6j8h:A, 6j8i:A, 6j8j:A, 7xmf:A, 7xmg:A, 8xmm:A
58 7w9l:A 1420 70 0.2088 0.0134 0.2714 0.085 8g1a:A, 7w9k:A, 7w9m:A, 7w9p:A, 7w9t:A, 8xmo:A
59 7w9l:A 1420 84 0.2418 0.0155 0.2619 0.33 8g1a:A, 7w9k:A, 7w9m:A, 7w9p:A, 7w9t:A, 8xmo:A
60 6agf:A 1138 62 0.2198 0.0176 0.3226 0.12
61 6agf:A 1138 84 0.2308 0.0185 0.2500 9.3
62 8fhd:A 1294 70 0.2088 0.0147 0.2714 0.15
63 8fhd:A 1294 83 0.2308 0.0162 0.2530 0.84
64 8gz2:B 1174 70 0.2088 0.0162 0.2714 0.15 8gz1:B
65 8gz2:B 1174 81 0.2088 0.0162 0.2346 0.93 8gz1:B
66 8xmn:A 1277 84 0.2418 0.0172 0.2619 0.33 8i5b:A, 8i5g:A, 8i5x:A, 8i5y:A, 8j4f:A, 8s9b:A, 8s9c:A, 8thg:A, 8thh:A, 7xve:A, 7xvf:A
67 8xmn:A 1277 70 0.1978 0.0141 0.2571 0.80 8i5b:A, 8i5g:A, 8i5x:A, 8i5y:A, 8j4f:A, 8s9b:A, 8s9c:A, 8thg:A, 8thh:A, 7xve:A, 7xvf:A
68 7xsu:A 1085 71 0.2198 0.0184 0.2817 0.48
69 7xsu:A 1085 81 0.2198 0.0184 0.2469 2.1
70 8f6p:A 1091 71 0.2198 0.0183 0.2817 0.48
71 8f6p:A 1091 81 0.2198 0.0183 0.2469 2.2
72 6uz3:A 1126 71 0.2198 0.0178 0.2817 0.50 7fbs:A
73 6uz3:A 1126 81 0.2198 0.0178 0.2469 2.2 7fbs:A
74 6j8e:A 1139 71 0.2198 0.0176 0.2817 0.51 7dtd:A, 7w77:D, 7w7f:D
75 6j8e:A 1139 82 0.2198 0.0176 0.2439 0.95 7dtd:A, 7w77:D, 7w7f:D
76 7we4:A 1122 72 0.2418 0.0196 0.3056 0.57 7wel:A, 7wfr:A, 7wfw:A
77 7we4:A 1122 52 0.1538 0.0125 0.2692 5.5 7wel:A, 7wfr:A, 7wfw:A
78 8t6l:A 1237 71 0.2198 0.0162 0.2817 0.59 7k18:A, 6lqa:B, 6uz0:A
79 8t6l:A 1237 81 0.2198 0.0162 0.2469 2.4 7k18:A, 6lqa:B, 6uz0:A
80 6c9a:B 723 61 0.1648 0.0207 0.2459 1.2 6c9a:A
81 6xiw:A 1256 110 0.3077 0.0223 0.2545 2.2
82 6xiw:A 1256 67 0.1538 0.0111 0.2090 2.8
83 7sx3:A 1386 110 0.3077 0.0202 0.2545 2.3 7sx4:A
84 7sx3:A 1386 67 0.1538 0.0101 0.2090 3.1 7sx4:A
85 7cu3:A 1277 110 0.3077 0.0219 0.2545 2.3
86 7cu3:A 1277 67 0.1538 0.0110 0.2090 3.1
87 7tj9:A 1111 70 0.1978 0.0162 0.2571 2.8
88 8f0p:A 1116 73 0.1978 0.0161 0.2466 3.9 8f0q:A, 8f0r:A, 8f0s:A
89 1cf3:A 581 27 0.1319 0.0207 0.4444 4.4 1gal:A, 8jpz:A, 8jpz:B, 5nit:A, 5niw:A, 3qvp:A, 3qvr:A
90 6a91:A 1323 73 0.1978 0.0136 0.2466 4.4 6a95:A, 6nt3:A, 6nt4:A
91 4xzw:A 305 37 0.1319 0.0393 0.3243 6.0
92 7r0h:A 654 39 0.1209 0.0168 0.2821 6.3 3a1c:A, 3a1c:B, 3a1d:A, 3a1d:B, 3a1e:A, 3a1e:B
93 7roq:A 1831 41 0.1868 0.0093 0.4146 6.6

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023)(download the PDF file).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • zhanglabzhanggroup.org | +65-6601-1241 | Computing 1, 13 Computing Drive, Singapore 117417