Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
THDSSIRYLQEIYNSNNQKIVNLKEKVAQLEAQCQEPCKDTVQIHDITGKDCQDIANKGAKQSGLYFIKPLKANQQFLVY
CEIDGSGNGWTVFQKRLDGSVDFKKNWIQYKEGFGHLSPTGTTEFWLGNEKIHLISTQSAIPYALRVELEDWNGRTSTAD
YAMFKVGPEADKYRLTYAYFAGGDAGDAFDGFDFGDDPSDKFFTSHNGMQFSTWDNDNDKFEGNCAEQDGSGWWMNKCHA
GHLNGVYYQGGTYSKASTPNGYDNGIIWATWKTRWYSMKKTTMKIIPFNRLT

The query sequence (length=292) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3ghg:I 394 292 1.0000 0.7411 1.0000 0.0 3bvh:F, 3bvh:C, 3e1i:C, 3e1i:F, 2ffd:C, 2ffd:F, 1fib:A, 1fic:A, 1fic:B, 1fid:A, 2fib:A, 3fib:A, 1fza:C, 1fza:F, 1fzb:C, 1fzb:F, 1fzc:C, 1fzc:F, 1fze:C, 1fze:F, 1fzf:C, 1fzf:F, 1fzg:C, 1fzg:F, 3ghg:C, 3ghg:F, 3ghg:L, 3h32:C, 3h32:F, 2h43:C, 2h43:F, 2hlo:C, 2hlo:F, 2hod:C, 2hod:F, 2hod:I, 2hod:L, 2hpc:C, 2hpc:F, 2hpc:I, 2hpc:L, 3hus:C, 3hus:F, 1lt9:C, 1lt9:F, 1ltj:C, 1ltj:F, 1n86:C, 1n86:F, 2oyh:C, 2oyh:F, 2oyi:C, 2oyi:F, 2q9i:C, 2q9i:F, 1re3:C, 1re3:F, 1re4:C, 1re4:F, 1rf0:C, 1rf0:F, 1rf1:C, 1rf1:F, 2z4e:C, 2z4e:F
2 1m1j:C 390 291 0.7466 0.5590 0.7491 4.33e-173 1m1j:F
3 1n73:C 322 292 0.5856 0.5311 0.5856 5.62e-129 1lwu:C, 1lwu:F, 1lwu:I, 1lwu:L, 1n73:F
4 1m1j:B 402 299 0.3938 0.2861 0.3846 4.96e-71 1m1j:E
5 3ghg:B 401 300 0.3870 0.2818 0.3767 4.38e-68 3bvh:E, 3bvh:B, 3e1i:B, 3e1i:E, 2ffd:E, 2ffd:B, 1fzc:B, 1fzc:E, 1fze:B, 1fze:E, 1fzf:B, 1fzf:E, 1fzg:B, 1fzg:E, 3ghg:E, 3ghg:H, 3ghg:K, 3h32:B, 3h32:E, 2h43:B, 2h43:E, 2hlo:B, 2hlo:E, 2hod:B, 2hod:E, 2hod:H, 2hod:K, 2hpc:B, 2hpc:E, 2hpc:H, 2hpc:K, 3hus:B, 3hus:E, 1lt9:B, 1lt9:E, 1ltj:B, 1ltj:E, 1n86:B, 1n86:E, 2oyh:B, 2oyh:E, 2oyi:B, 2oyi:E, 2q9i:B, 2q9i:E, 1re3:B, 1re3:E, 1re4:B, 1re4:E, 1rf0:B, 1rf0:E, 1rf1:B, 1rf1:E, 2z4e:B, 2z4e:E
6 7tz2:A 220 237 0.3630 0.4818 0.4473 4.72e-63
7 1lwu:B 315 297 0.3425 0.3175 0.3367 1.05e-60 1lwu:E, 1lwu:H, 1lwu:K, 1n73:B, 1n73:E
8 1fzd:A 197 201 0.3082 0.4569 0.4478 1.61e-54 1fzd:B, 1fzd:C, 1fzd:D, 1fzd:E, 1fzd:F, 1fzd:G, 1fzd:H
9 6y41:F 220 238 0.3253 0.4318 0.3992 7.77e-53 6y41:A, 6y41:B, 6y41:C, 6y41:D, 6y41:E, 6y41:G, 6y41:H, 6y41:I, 6y41:J, 6y41:K, 6y41:L, 6y41:M, 6y41:N, 6y41:O, 6y41:P
10 2jhi:F 217 238 0.3288 0.4424 0.4034 9.70e-49 2d39:A, 2d39:C, 2jhh:C, 2jhh:F, 2jhk:F, 2jhl:F, 2jhm:F, 2wnp:F
11 4m7f:A 220 243 0.3288 0.4364 0.3951 3.24e-48 4m7f:B, 4m7h:A, 4m7h:B, 6zqr:A, 6zqr:B, 6zqx:A, 6zqx:B, 6zqy:A, 6zqy:B, 6zr0:B, 6zr0:A, 6zr3:A, 6zr3:B, 6zr4:A, 6zr4:B
12 7zmk:A 221 240 0.3219 0.4253 0.3917 2.13e-47 8un7:A, 8un7:D, 8un7:B, 8un7:E, 8un7:C, 8un7:F, 8un7:G, 8un7:H, 7zmk:D, 7zmk:I, 7zmk:L, 7zmk:O, 7zmk:R, 7zmk:U, 7zmk:X
13 2j0g:E 218 242 0.3253 0.4358 0.3926 5.38e-45 2j0g:A, 2j0g:B, 2j0g:C, 2j0g:D, 2j0g:F, 2j0h:A, 2j0h:B, 2j0h:C, 2j0h:D, 2j0h:E, 2j0h:F, 2j0y:C, 2j0y:F, 2j0y:B, 2j0y:E, 2j1g:B, 2j1g:C, 2j1g:D, 2j1g:E, 2j1g:F, 2j2p:A, 2j2p:B, 2j2p:C, 2j2p:D, 2j2p:E, 2j2p:F, 2j3f:B, 2j3f:A, 2j3f:C, 2j3f:E, 2j3f:F, 2j3g:A, 2j3g:B, 2j3g:C, 2j3g:D, 2j3g:E, 2j3g:F, 2j3o:A, 2j3o:B, 2j3o:C, 2j3o:D, 2j3o:E, 2j3o:F, 2j3u:A, 2j3u:B, 2j3u:C, 2j3u:D, 2j3u:E, 2j3u:F, 2j61:A, 2j61:B, 4nyt:C, 4nyt:A, 4nyt:B, 4r9j:G, 4r9j:A, 4r9j:B, 4r9t:B, 4r9t:A, 4r9t:C
14 6y43:A 222 239 0.3082 0.4054 0.3766 3.32e-44
15 2j5z:A 214 236 0.2808 0.3832 0.3475 1.01e-41 2j5z:B, 2j5z:C, 2j60:A, 2j60:B, 2j60:C, 2j64:A, 2j64:B, 2j64:C
16 4jyo:X 217 240 0.3151 0.4240 0.3833 1.53e-41 4epu:A, 4epu:B
17 4zfg:A 220 241 0.2877 0.3818 0.3485 7.63e-40 2gy7:A, 1z3s:A, 1z3s:B, 1z3u:A, 1z3u:B, 1z3u:C, 1z3u:D
18 1jc9:A 220 242 0.2979 0.3955 0.3595 1.08e-33
19 8fn9:A 219 244 0.2774 0.3699 0.3320 2.07e-31 8fn9:C, 8fn9:E, 8fn9:G, 8fna:A
20 8fnb:A 219 241 0.2740 0.3653 0.3320 8.10e-29 8fn8:A, 8fnb:B, 5r5t:A, 5r5u:A, 5r5v:A, 5r5w:A, 5r5x:A, 5r5y:A, 5r5z:A, 5r60:A, 5r61:A, 5r62:A, 5r63:A
21 6k52:A 428 60 0.0651 0.0444 0.3167 2.5 6k54:A, 6k54:B, 6k54:C, 6k55:A, 6k55:B, 6k55:C
22 3rva:A 445 73 0.0753 0.0494 0.3014 2.6
23 6t2s:AAA 241 75 0.0788 0.0954 0.3067 4.7 6t2s:BBB, 6t2s:CCC
24 7cya:A 139 41 0.0445 0.0935 0.3171 5.1
25 2m0z:A 97 43 0.0548 0.1649 0.3721 5.5 1d5g:A, 3lny:A, 2m10:A, 1vj6:A, 7xty:A, 7xty:B
26 5i25:A 596 39 0.0479 0.0235 0.3590 7.2 3bg8:A, 8bo3:AAA, 8bo4:AAA, 8bo5:AAA, 8bo6:AAA, 8bo7:AAA, 6c0s:A, 4cr5:A, 4cr9:A, 4cra:A, 4crb:A, 4crc:A, 4crd:A, 4cre:A, 4crf:A, 4crg:A, 4d76:A, 4d7f:A, 4d7g:A, 5e2o:A, 5e2p:A, 5eod:A, 5eok:A, 5exl:A, 5exm:A, 5exn:A, 2fda:A, 7mbo:A, 4na7:A, 4na8:A, 5q0d:A, 5q0e:A, 5q0f:A, 5q0g:A, 5q0h:A, 5qck:A, 5qcl:A, 5qcm:A, 5qcn:A, 7qot:A, 7qot:B, 5qqo:A, 5qqp:A, 5qtt:A, 5qtu:A, 5qtv:A, 5qtw:A, 5qtx:A, 5qty:A, 3sor:A, 3sos:A, 5tks:A, 5tkt:A, 5tku:A, 6ts4:A, 6ts5:A, 6ts6:A, 6ts7:A, 6twb:A, 6twc:A, 4ty6:A, 4ty7:A, 6usy:A, 7v0z:A, 7v10:A, 7v11:A, 7v12:A, 7v13:A, 7v14:A, 7v15:A, 7v16:A, 7v17:A, 7v18:A, 6vlu:A, 6vlv:A, 6w50:A, 5wb6:A, 4wxi:A, 4x6m:A, 4x6n:A, 4x6o:A, 4x6p:A, 4x6p:B, 4y8x:A, 4y8y:A, 4y8z:A, 1zhm:A, 1zhp:A, 1zhr:A, 1zlr:A, 1zmj:A, 1zml:A, 1zmn:A, 1zom:A, 1zpb:A, 1zpc:A, 1zpz:A, 1zrk:A, 1zsj:A, 1zsk:A, 1zsl:A, 1ztj:A, 1ztk:A, 1ztl:A
27 8tzv:B 348 27 0.0377 0.0316 0.4074 8.2
28 8uau:A 332 60 0.0651 0.0572 0.3167 8.9

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218