Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TATSVEKFLIEKFDSVSDLMQLSEGEESRAFSFDVGGRGYVLRVNSCADGFYKDRYVYRHFASAALPIPEVLDIGEFSES
LTYCISRRAQGVTLQDLPETELPAVLQPVAEAMDAIAAADLSQTSGFGPFGPQGIGQYTTWRDFICAIADPHVYHWQTVM
DDTVSASVAQALDELMLWAEDCPEVRHLVHADFGSNNVLTDNGRITAVIDWSEAMFGDSQYEVANIFFWRPWLACMEQQT
RYFERRHPELAGSPRLRAYMLRIGLDQLYQSLVDGNFDDAAWAQGRCDAIVRSGAG

The query sequence (length=296) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3w0s:A 298 296 1.0000 0.9933 1.0000 0.0 3tyk:A, 3w0n:A, 3w0o:A, 3w0p:A, 3w0q:A, 3w0r:A
2 5igi:A 300 84 0.0878 0.0867 0.3095 0.012 5igj:A, 5igp:A, 5igr:A, 5igs:A, 5igt:A
3 7f0b:A 282 43 0.0574 0.0603 0.3953 0.014 7f0c:A, 7f0f:A
4 3ham:A 299 217 0.1520 0.1505 0.2074 0.015 4dca:A, 3ham:B, 3hav:A, 3hav:B, 3hav:C, 3uzr:A
5 8i85:A 280 43 0.0608 0.0643 0.4186 0.035 8i82:A, 8i84:A, 8i86:A, 8i89:A, 8i8g:A, 8i8h:A
6 5uxd:A 300 36 0.0439 0.0433 0.3611 0.33 5uxc:A, 5uxd:B
7 7khj:A 288 70 0.0676 0.0694 0.2857 0.58 7khj:B, 7khk:B, 1pkg:B, 8pqb:A, 8pqe:A, 8pqe:B
8 2b0q:A 263 166 0.1216 0.1369 0.2169 0.65 2bkk:A, 2bkk:C, 1j7l:A, 1j7l:B, 1j7u:A, 1j7u:B, 1l8t:A, 3q2j:A, 3q2j:B, 3tm0:A
9 3g0e:A 332 40 0.0473 0.0422 0.3500 1.1 3g0f:A, 3g0f:B, 6gqj:A, 6gqj:B, 6gqk:A, 6gqk:B, 6gql:A, 6gql:B, 6gqm:A, 6gqm:B, 6hh1:A, 4hvs:A, 6itt:A, 6itt:B, 6itv:A, 7khg:A, 7khk:A, 6kla:A, 6mob:A, 1pkg:A, 8pq9:A, 8pq9:C, 8pqa:A, 8pqa:C, 8pqc:A, 8pqc:B, 8pqd:A, 8pqd:B, 8pqf:A, 8pqf:C, 8pqg:A, 8pqg:C, 1t46:A, 4u0i:A, 6xv9:A, 6xv9:B, 6xva:A, 6xva:B, 6xvb:A, 6xvb:B, 7zw8:A, 7zy6:A
10 6a5n:A 502 53 0.0608 0.0359 0.3396 1.1
11 5uxa:A 301 85 0.0676 0.0664 0.2353 1.3 5igv:A, 5igw:A, 5igy:A, 5igz:A, 5ih0:A, 5ih1:A, 5iwu:A
12 1y9g:A 517 63 0.0709 0.0406 0.3333 1.7
13 6il3:A 310 42 0.0473 0.0452 0.3333 1.8 6jqr:A, 4rt7:A, 5x02:A, 4xuf:A, 4xuf:B
14 7w15:A 294 54 0.0608 0.0612 0.3333 2.1 7w15:B, 7w19:A, 7w19:B, 7w1a:B, 7w1a:A
15 6iy9:A 325 66 0.0541 0.0492 0.2424 3.6 6iy9:B
16 4e1z:A 288 87 0.0743 0.0764 0.2529 3.7 4e20:A
17 3f69:B 283 94 0.0878 0.0919 0.2766 3.7 6b2p:A, 3f61:A, 3f69:A, 2fum:A, 2fum:B, 2fum:C, 2fum:D, 6i2p:A, 6i2p:B, 1mru:A, 1mru:B, 1o6y:A, 3ori:A, 3ori:B, 3ori:C, 3ori:D, 3ork:A, 3orl:A, 3orm:A, 3oro:A, 3orp:A, 3ort:A, 5u94:A
18 7ezt:B 727 23 0.0439 0.0179 0.5652 3.8
19 3i0o:A 329 30 0.0405 0.0365 0.4000 3.8 3i0q:A, 3q2m:A
20 8dqw:E 354 91 0.0743 0.0621 0.2418 5.8 8dqx:E, 8dqz:E, 8dr0:E, 8dr1:E, 8dr3:E, 8dr4:E, 8dr5:E, 8dr6:E, 8dr7:E, 8fs3:E, 8fs4:E, 8fs5:E, 8fs6:E, 8fs7:E, 7sgz:E, 7sh2:E, 7st9:E, 7stb:E, 7ste:E, 7tfh:E, 7tfi:E, 7tfj:E, 7tfk:E, 7tfl:E, 7thj:E, 7thv:E, 8thb:E, 8thc:E, 8thd:E, 7ti8:E, 7tib:E, 7tic:E, 7tid:E, 7tku:E, 8tw7:5, 8tw8:5, 8twa:5, 8twb:5, 7u19:E, 7u1a:E, 7u1p:E
21 8bx8:C 3947 76 0.0608 0.0046 0.2368 5.8 7k58:C, 7k5b:C, 7kek:C
22 7k5b:B 4524 76 0.0676 0.0044 0.2632 7.4 8bx8:B, 7k58:B, 7kek:B
23 1r5a:A 214 71 0.0642 0.0888 0.2676 7.4
24 7s3l:A 254 52 0.0473 0.0551 0.2692 7.9
25 6joj:A 338 52 0.0541 0.0473 0.3077 9.5 5grn:A, 6jok:A, 6jol:A, 8pqh:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218