Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SWDLVTCFCMKPFAGRPMIECNECHTWIHLSCAKIRKSNVPEVFVCQKCRDS

The query sequence (length=52) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3o70:A 55 50 0.9423 0.8909 0.9800 3.15e-32 3o7a:A
2 6wxk:B 51 48 0.6923 0.7059 0.7500 5.75e-24 6wxk:A, 6wxk:C, 6wxk:D, 6wxk:E
3 5tbn:A 57 51 0.3462 0.3158 0.3529 1.21e-06
4 5tab:A 53 48 0.3269 0.3208 0.3542 5.05e-06
5 2lv9:A 80 48 0.2692 0.1750 0.2917 5.99e-06 4l58:A
6 2k16:A 75 44 0.3269 0.2267 0.3864 2.69e-04 5c13:A, 5c13:C, 5c13:E, 5c13:G, 2k17:A, 5wxg:A, 5wxh:C, 5wxh:A, 5xmy:A, 5xmy:C
7 2rsd:A 68 53 0.3654 0.2794 0.3585 5.38e-04
8 1wep:A 79 49 0.3269 0.2152 0.3469 0.001
9 8f8y:B 433 40 0.2885 0.0346 0.3750 0.001 8f8y:A, 8f8z:A, 8f8z:B, 3kqi:A, 7m10:A, 3pu3:A, 3pu3:B, 3pu8:B, 3pu8:A, 3pua:A, 3pus:A, 3pus:B
10 6j2p:A 98 40 0.2692 0.1429 0.3500 0.003 6j2p:B, 6j2p:D, 6j2p:C
11 3kv4:A 432 40 0.2692 0.0324 0.3500 0.007 4do0:A, 3k3n:A, 3k3o:A, 2wwu:A
12 3kv6:D 448 40 0.2692 0.0312 0.3500 0.010 3kv5:D, 3kv5:A, 3kv6:A, 3kv9:A, 3kva:A, 3u78:A
13 9c0o:A 63 50 0.2692 0.2222 0.2800 0.013
14 1wem:A 76 53 0.2885 0.1974 0.2830 0.018 4l7x:A, 2m3h:A
15 1wew:A 78 54 0.3654 0.2436 0.3519 0.019
16 3n9m:A 503 33 0.2308 0.0239 0.3636 0.025 3n9l:A, 3n9m:C, 3n9n:A, 3n9o:A, 3n9p:A, 3n9q:A, 3puq:A, 3puq:C, 3pur:A, 3pur:C
17 1wee:A 72 47 0.3077 0.2222 0.3404 0.026
18 5wlf:A 60 32 0.2308 0.2000 0.3750 0.034 5wle:A
19 2f6j:A 168 49 0.2692 0.0833 0.2857 0.039 8ag2:A, 6aze:A, 7dmy:A, 7dn4:A, 7dn4:B, 7dn4:C, 7dn4:D, 7dn4:E, 7dn4:F, 7f5c:A, 7f5d:A, 7f5e:A, 2f6j:B, 2f6j:C, 2f6n:A, 2f6n:B, 8f6g:A, 2fsa:A, 2fsa:B, 2fsa:C, 2fuu:A, 5h6y:A, 7k6r:A, 7k6s:A, 7kdw:A, 7kdw:B, 7kdz:A, 7lp0:A, 7lp0:B, 7lpk:A, 7lpk:B, 7lrk:A, 7lrk:B, 7lro:A, 7lro:B, 6lu5:A, 6lu6:A, 7m2e:A, 8ou2:A, 8ou2:B, 3qzs:A, 3qzs:B, 3qzt:A, 3qzv:A, 5r4g:A, 5r4h:A, 5r4i:A, 5r4j:A, 5r4k:A, 5r4l:A, 5r4m:A, 5r4n:A, 2ri7:A, 7rwn:A, 7rwo:A, 7rwp:A, 7rwq:A, 7vd4:A
20 1wev:A 88 30 0.2308 0.1364 0.4000 0.043
21 5tdr:A 70 47 0.2500 0.1857 0.2766 0.053 5tdw:A
22 8qkh:A 268 19 0.1538 0.0299 0.4211 0.12 8q01:S, 8qek:S, 8qgr:B
23 7y0i:A 56 47 0.2500 0.2321 0.2766 0.12
24 5hh7:A 192 33 0.2885 0.0781 0.4545 0.28
25 2m85:A 65 35 0.2115 0.1692 0.3143 0.49
26 6o7g:B 60 54 0.3077 0.2667 0.2963 1.0 8u2y:B
27 6f0k:A 207 42 0.2115 0.0531 0.2619 1.5
28 5oqd:C 192 54 0.2885 0.0781 0.2778 1.6 5oqd:B, 5oqd:A, 5oqd:D, 5oqd:E, 5oqd:F
29 3e0q:C 285 27 0.1538 0.0281 0.2963 1.7 3djf:A, 3djf:B, 3djf:C, 3e0q:A, 3e0q:B, 3e9r:B, 3e9z:A, 3e9z:C, 3f8w:A, 3f8w:B, 3f8w:C, 3faz:A, 3faz:B, 3faz:C, 3fb1:A, 3fb1:B, 3fb1:C, 3fnq:A, 3fnq:B, 3fnq:C, 3iex:A, 3iex:C, 1tcu:A, 1tcu:B, 1tcu:C, 1tcv:A, 1tcv:B, 1tcv:C, 1td1:A, 1td1:B, 1td1:C
30 5z8l:A 204 48 0.2885 0.0735 0.3125 1.8 5z8n:A, 5z8n:B, 5z8n:C
31 5ko6:A 285 38 0.2500 0.0456 0.3421 2.6 6awe:A, 6axa:A, 6b2l:A, 6b37:A, 6b3l:A, 6b4q:A, 6b4t:A, 6b56:A, 6b6k:A, 6b71:A, 6b7i:A, 6bb7:A, 6bfv:A, 6bhb:A, 6bi1:A, 6bi9:A, 6bif:A, 6bj6:A, 6bj7:A, 5ko5:A, 5tbs:A, 5tbt:A, 5tbu:A, 5tbv:A
32 3lqi:C 181 42 0.2308 0.0663 0.2857 2.8 2kyu:A, 3lqh:A, 3lqi:A, 3lqi:B, 3lqj:A, 3lqj:B, 7zey:B, 7zez:B
33 5znp:B 186 48 0.2500 0.0699 0.2708 3.5 5znp:A, 5znr:A, 5znr:B
34 4rul:A 823 30 0.1923 0.0122 0.3333 3.8 1cy1:A, 1cy2:A, 1cy4:A, 1cy6:A, 1cy7:A, 1cy8:A, 1mw8:X, 3px7:A
35 4fn5:A 670 21 0.1731 0.0134 0.4286 5.3
36 6tcv:B 397 25 0.1923 0.0252 0.4000 5.8
37 7nwf:A 432 25 0.1923 0.0231 0.4000 5.8 6t8k:A, 6t8k:B, 6t8l:A, 6tcw:A
38 1f62:A 51 34 0.2115 0.2157 0.3235 8.9

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218