Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum Lab Only
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SSMEIRVRVEKDPELGFSISGGVGGRGNPFRPDDDGIFVTRVQPEGPASKLLQPGDKIIQANGYSFINIEMGQAVSLLKT
FQNTVELIIVRE

The query sequence (length=92) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1n7t:A 103 92 0.9565 0.8544 0.9565 5.33e-60 7lul:A, 1mfg:A, 1mfl:A, 6q0m:A, 6q0n:A, 6q0n:B, 6q0u:A, 6q0u:B, 6ubh:A, 6ubh:B, 6ubh:C, 6ubh:D
2 6q0m:B 94 91 0.9239 0.9043 0.9341 1.02e-58
3 3ch8:A 190 81 0.8587 0.4158 0.9753 1.27e-52 2qbw:A
4 7qqm:A 413 86 0.6739 0.1501 0.7209 1.26e-40
5 5wou:A 95 79 0.3804 0.3684 0.4430 3.20e-15
6 8b82:A 108 79 0.3370 0.2870 0.3924 9.55e-14 8b82:B, 8b87:A, 8b87:B, 8bia:A, 8cd3:B, 6ms1:A, 6ms1:B, 6mtu:B, 6mtu:A, 6mtv:A, 6mtv:B, 6mye:A, 7qrs:B, 7qrs:A, 7qs9:A, 7qs9:B, 7qto:A, 7qto:B, 7qtp:A, 5vwk:D, 5vwk:C, 5vwk:B, 5vwk:A, 6xa8:B, 6xa8:A
7 6xa7:B 96 93 0.3696 0.3542 0.3656 3.08e-13 7qrt:A, 7qrt:B, 6xa7:A, 6xa7:C, 6xa7:D
8 8bq8:C 93 93 0.4022 0.3978 0.3978 7.93e-12 8bq8:A, 8bq8:B
9 2l4t:A 124 84 0.4022 0.2984 0.4405 3.82e-11 3diw:A, 3diw:B, 4e3b:A, 4e3b:B, 3gj9:A, 3gj9:B, 4nnl:A, 4nnl:B, 4nnm:A, 4nnm:B, 3sfj:A, 3sfj:C, 2vz5:A
10 4wyu:A 201 87 0.3370 0.1542 0.3563 4.02e-11 8b8o:B, 8b8o:A, 8b9t:A, 8bj0:A, 7qs8:A, 7qs8:B, 7qsa:A, 7qsa:B, 7qtu:B, 7qtu:A, 7qtu:E, 7qtu:G, 5vwi:A, 5vwi:B, 4wyu:B, 6xa6:B, 6xa6:A
11 4wyu:A 201 90 0.3261 0.1493 0.3333 6.59e-06 8b8o:B, 8b8o:A, 8b9t:A, 8bj0:A, 7qs8:A, 7qs8:B, 7qsa:A, 7qsa:B, 7qtu:B, 7qtu:A, 7qtu:E, 7qtu:G, 5vwi:A, 5vwi:B, 4wyu:B, 6xa6:B, 6xa6:A
12 2ka9:A 189 90 0.3587 0.1746 0.3667 1.97e-08 8cn1:B, 8cn1:A, 8cn1:E, 8cn1:D, 2mho:A, 1rgr:A, 3rl7:A, 3rl7:F, 3rl7:D, 3rl7:C, 3rl7:E, 6spv:A, 6spz:A
13 2ka9:A 189 79 0.3043 0.1481 0.3544 2.05e-05 8cn1:B, 8cn1:A, 8cn1:E, 8cn1:D, 2mho:A, 1rgr:A, 3rl7:A, 3rl7:F, 3rl7:D, 3rl7:C, 3rl7:E, 6spv:A, 6spz:A
14 7pc3:A 405 90 0.3478 0.0790 0.3556 1.36e-07 2awu:B, 2aww:A, 2awx:B, 8cn3:A, 8cn3:B, 2g2l:A, 2g2l:B, 4g69:A, 2i0l:A, 2i0l:B, 2m3m:A, 4oaj:A, 2oqs:A, 3rl8:B
15 7p73:A 420 87 0.3261 0.0714 0.3448 1.79e-06 8ael:A, 7p74:A, 7pc9:A, 7pc9:B, 7r2m:A, 7r2m:D, 7r2t:A
16 2qt5:A 194 77 0.2609 0.1237 0.3117 4.33e-06 2qt5:B
17 2qt5:A 194 75 0.2391 0.1134 0.2933 2.0 2qt5:B
18 8cn1:H 101 79 0.2935 0.2673 0.3418 5.67e-06 8cn1:C, 8cn1:G, 8cn1:J, 8cn1:L, 8cn1:F, 8cn1:K, 8cn1:I, 3rl7:B
19 8bv7:A 95 60 0.2500 0.2421 0.3833 6.78e-06 8buw:A, 8buw:B
20 3jxt:A 96 73 0.2935 0.2812 0.3699 3.49e-05 3jxt:B
21 7x2e:A 163 67 0.2609 0.1472 0.3582 4.71e-05 2kbs:A
22 5heb:A 119 76 0.3043 0.2353 0.3684 5.87e-05 1be9:A, 5d13:B, 5d13:A, 5d13:C, 5d13:D, 5hed:A, 5hey:A, 5hf1:A, 5hfb:A, 5hfc:A, 5hfe:A, 5hff:A, 1tp3:A, 1tp5:A
23 2r4h:C 98 79 0.2500 0.2347 0.2911 7.76e-05
24 2m0z:A 97 82 0.2717 0.2577 0.3049 2.02e-04 1d5g:A, 3lny:A, 2m10:A, 1vj6:A, 7xty:A, 7xty:B
25 3tsz:A 341 78 0.2935 0.0792 0.3462 0.001 3shw:A
26 6hks:B 94 79 0.2500 0.2447 0.2911 0.001 8cqy:A, 6hks:A, 6hks:C, 6hks:D, 6hks:E, 6hks:F, 8oep:A, 8oep:C, 6t36:A
27 8c1t:A 90 79 0.2717 0.2778 0.3165 0.002 8c1t:D, 8c1t:B, 8c1t:C
28 2kaw:A 90 79 0.2500 0.2556 0.2911 0.002 6lcb:A, 2mx6:A
29 1l6o:A 95 79 0.2609 0.2526 0.3038 0.004 2f0a:B, 2f0a:D, 1l6o:B, 1l6o:C, 6zbq:B, 6zbz:A, 6zbz:B, 6zbz:C, 6zbz:D, 6zc3:A, 6zc3:B, 6zc4:B, 6zc6:A, 6zc7:A, 6zc7:B, 6zc8:A, 6zc8:B
30 8blu:B 195 57 0.2283 0.1077 0.3684 0.008 5a2p:A, 5a2p:B, 5a2p:D, 5a2p:C, 8aai:A, 8aai:B, 8aai:C, 8aai:D, 8aak:A, 8aak:B, 8aao:A, 8aao:B, 8aap:A, 8aap:B, 6ak2:A, 6ak2:B, 8blu:C, 8blu:D, 8blv:A, 8blv:B, 7fsg:B, 7fsg:C, 7fsg:D, 7fsh:B, 7fsh:C, 7fsh:D, 7fsi:B, 7fsi:C, 7fsi:D, 7fsj:A, 7fsj:B, 7fsj:C, 7fsj:D, 7fsk:B, 7fsk:C, 7fsk:D, 7fsl:A, 7fsl:B, 7fsl:C, 7fsl:D, 7fsm:A, 7fsm:B, 7fsm:C, 7fsm:D, 7fsn:A, 7fsn:B, 7fsn:C, 7fsn:D, 7fso:B, 7fso:C, 7fso:D, 7fsp:B, 7fsp:C, 7fsp:D, 7fsq:B, 7fsq:A, 7fsq:C, 7fsq:D, 7fsr:B, 7fsr:C, 7fsr:D, 7fss:A, 7fss:B, 7fss:C, 7fss:D, 7fst:B, 7fst:C, 7fst:D, 7fsu:B, 7fsu:C, 7fsu:D, 7fsv:A, 7fsv:B, 7fsv:C, 7fsv:D, 7fsw:A, 7fsw:B, 7fsw:C, 7fsw:D, 7fsx:B, 7fsx:C, 7fsx:D, 7fsy:A, 7fsy:B, 7fsy:C, 7fsy:D, 7fsz:B, 7fsz:C, 7fsz:D, 7ft0:B, 7ft0:C, 7ft0:D, 7ft1:B, 7ft1:C, 7ft1:D, 7ft2:B, 7ft2:C, 7ft2:D, 7ft3:B, 7ft3:A, 7ft3:C, 7ft3:D, 7ft4:A, 7ft4:B, 7ft4:C, 7ft4:D, 7ft5:A, 7ft5:B, 7ft5:C, 7ft5:D, 7ft6:B, 7ft6:C, 7ft6:D, 7ft7:A, 7ft7:B, 7ft7:C, 7ft7:D, 7ft8:B, 7ft8:C, 7ft8:D, 7ft9:B, 7ft9:C, 7ft9:D, 7fta:B, 7fta:C, 7fta:D, 7ftb:B, 7ftb:C, 7ftb:D, 7ftc:B, 7ftc:C, 7ftc:D, 7ftd:A, 7ftd:C, 7ftd:B, 7ftd:D, 5g1d:B, 5g1d:A, 8hck:A, 8hu2:A, 1obx:A, 1oby:A, 1oby:B, 1obz:A, 6r9h:A, 6r9h:C, 6rlc:A, 6rlc:B, 6rlc:C, 6rlc:D, 1v1t:B, 1v1t:A, 1w9e:A, 1w9e:B, 1w9o:B, 1w9o:A, 1w9q:B, 1ybo:A, 1ybo:B, 4z33:A, 4z33:B
31 2m0u:A 117 84 0.2717 0.2137 0.2976 0.008
32 4e34:A 87 78 0.2500 0.2644 0.2949 0.011 4e34:B, 4e35:A, 4e35:B, 5ic3:A, 5ic3:B, 4joe:A, 4joe:B, 4jof:A, 4jof:B, 4jog:A, 4jog:B, 4joh:A, 4joh:B, 4joj:A, 4joj:B, 4jok:A, 4jok:B, 4jop:A, 4jop:B, 4jor:A, 4jor:B, 7jzo:A, 7jzo:B, 7jzp:A, 7jzp:B, 7jzq:A, 7jzr:A, 7jzr:B, 5k4f:A, 5k4f:B, 4k6y:A, 4k6y:B, 4k72:A, 4k72:B, 4k75:A, 4k76:A, 4k76:B, 4k76:C, 4k76:D, 4k78:A, 2lob:A, 4nmo:A, 4nmo:B, 4nmp:A, 4nmp:B, 4nmq:A, 4nmq:B, 4nmr:A, 4nmr:B, 4nms:A, 4nms:B, 4nmt:A, 4nmt:B, 4nmv:A, 4nmv:B, 6ov7:A, 6ov7:B, 4q6h:A, 4q6s:A, 4q6s:B, 6v84:A, 6v84:B, 6xnj:A
33 4fln:B 464 41 0.1739 0.0345 0.3902 0.014 4fln:A, 4fln:C
34 2m0v:A 128 56 0.1739 0.1250 0.2857 0.060
35 4wsi:A 372 66 0.1739 0.0430 0.2424 0.076 7m4r:A, 7ntj:B, 7ntj:A, 7ntk:A, 7ntk:D, 7ntk:B, 7ntk:F, 7qcs:A, 7qcs:B, 4uu5:A, 4wsi:B
36 4xh7:A 110 79 0.2391 0.2000 0.2785 0.083
37 1u38:A 89 59 0.2065 0.2135 0.3220 0.11
38 2os6:A 89 76 0.2391 0.2472 0.2895 0.12
39 2egn:A 83 51 0.1957 0.2169 0.3529 0.16
40 1ihj:B 95 54 0.1848 0.1789 0.3148 0.19 1ihj:A
41 8sxg:A 366 81 0.2935 0.0738 0.3333 0.19 8sxe:A, 8sxe:B, 8sxf:A, 8sxh:A, 8sxh:E, 8sxh:I
42 7d6f:A 87 52 0.1957 0.2069 0.3462 0.19
43 3cs0:A 392 53 0.2065 0.0485 0.3585 1.1 8f0a:A, 8f0a:B, 8f0a:C, 8f0u:A, 8f1t:A, 8f1t:B, 8f1t:C, 8f1u:A, 8f1u:B, 8f1u:C, 8f21:A, 8f21:B, 8f21:C, 8f26:A, 6jjk:A, 6jjk:B, 6jjk:C, 6jjk:D, 6jjk:E, 6jjk:F, 6jjl:A, 6jjl:B, 6jjl:C, 6jjl:D, 6jjl:E, 6jjl:F, 6jjo:A, 6jjo:B, 6jjo:C, 6jjo:D, 6jjo:E, 6jjo:F, 3mh5:A, 3mh5:B, 3mh6:A, 3mh7:A, 3otp:A, 3otp:B, 3otp:C, 3otp:D, 3otp:E, 3otp:F, 3ou0:A
44 6zbq:A 89 79 0.2283 0.2360 0.2658 1.2 6zc4:A
45 2r72:A 765 64 0.1848 0.0222 0.2656 1.2
46 8c8v:A 1032 28 0.1196 0.0107 0.3929 1.4 8c8u:A, 8c8w:A, 8c9d:A
47 3vqg:A 85 64 0.1739 0.1882 0.2500 1.4
48 5oak:A 90 60 0.1739 0.1778 0.2667 2.6 5oak:C
49 3cyy:B 81 58 0.1413 0.1605 0.2241 3.0 3cyy:A
50 5g3n:A 127 57 0.1957 0.1417 0.3158 3.1 1ayp:A, 1ayp:B, 1ayp:C, 1ayp:D, 1ayp:E, 1ayp:F, 1db4:A, 1db5:A, 1dcy:A, 5g3n:B, 1j1a:A, 1j1a:B, 1kqu:A, 1kvo:A, 1kvo:B, 1kvo:C, 1kvo:D, 1kvo:E, 1kvo:F, 1n28:B, 1n28:A, 1n29:A, 1pod:A, 1poe:A, 1poe:B, 3u8b:A, 3u8d:A, 3u8d:B, 3u8h:A, 3u8h:B, 3u8i:A, 3u8i:B
51 4p0d:A 471 45 0.1630 0.0318 0.3333 3.2
52 7pc5:A 405 82 0.2283 0.0519 0.2561 3.5
53 7uci:A 686 25 0.1304 0.0175 0.4800 3.6 7uci:B
54 5t63:A 283 33 0.1522 0.0495 0.4242 4.2 5b6l:A, 5gnd:A
55 8wk3:V 133 52 0.1413 0.0977 0.2500 6.0 7cg0:h, 7cg0:f, 7cg0:i, 7cg0:j, 7cg0:p, 7cgo:h, 7cgo:f, 7cgo:i, 7cgo:j, 7cgo:p, 7e80:h, 7e80:f, 7e80:i, 7e80:j, 7e80:p, 7e82:h, 7e82:f, 7e82:i, 7e82:j, 7e82:p, 8wk3:W, 8wk3:X, 8wk3:Y, 8wk3:Z, 8wk3:a, 8wkk:V, 8wkk:a, 8wkk:W, 8wkk:X, 8wkk:Y, 8wkk:Z, 8wkq:V, 8wkq:a, 8wkq:W, 8wkq:X, 8wkq:Y, 8wkq:Z, 8wl2:BA, 8wl2:BF, 8wl2:BB, 8wl2:BC, 8wl2:BD, 8wl2:BE, 8wlh:V, 8wlh:a, 8wlh:W, 8wlh:X, 8wlh:Y, 8wlh:Z, 8wln:V, 8wln:a, 8wln:W, 8wln:X, 8wln:Y, 8wln:Z, 8wlq:V, 8wlq:a, 8wlq:W, 8wlq:X, 8wlq:Y, 8wlq:Z, 8wlt:BA, 8wlt:BF, 8wlt:BB, 8wlt:BC, 8wlt:BD, 8wlt:BE, 8wo5:BA, 8wo5:BF, 8wo5:BB, 8wo5:BC, 8wo5:BD, 8wo5:BE, 8woe:BA, 8woe:BF, 8woe:BB, 8woe:BC, 8woe:BD, 8woe:BE
56 6o65:B 294 43 0.1413 0.0442 0.3023 6.6 6o65:A, 6o65:C, 6o65:D, 6o65:E, 6o65:F, 6o65:G, 6o65:H
57 7weg:B 96 72 0.2065 0.1979 0.2639 6.8 7weg:A
58 7pkq:d 129 25 0.1196 0.0853 0.4400 7.0
59 6ttb:A 331 19 0.1087 0.0302 0.5263 7.3
60 6ew9:A 305 52 0.1848 0.0557 0.3269 9.2 6ew9:B, 6ew9:C, 3gcn:A, 3gco:A, 3gds:A, 3gdu:A, 3gdu:C, 3gdv:A, 3gdv:C, 2r3y:B, 2r3y:C, 1soz:A, 1soz:B
61 4c2c:A 433 59 0.1957 0.0416 0.3051 9.5 4c2d:A, 4c2d:B, 4c2d:C, 4c2f:A, 4c2g:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023)(download the PDF file).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • zhanglabzhanggroup.org | +65-6601-1241 | Computing 1, 13 Computing Drive, Singapore 117417