Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum Lab Only
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SMYVIRDEWGNQIWICPGCNKPDDGSPMIGCDDCDDWYHWPCVGIMTAPPEEMQWFCPKCANK

The query sequence (length=63) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2k16:A 75 61 0.9524 0.8000 0.9836 3.29e-41 5c13:A, 5c13:C, 5c13:E, 5c13:G, 2k17:A, 5wxg:A, 5wxh:C, 5wxh:A, 5xmy:A, 5xmy:C
2 5wlf:A 60 58 0.3492 0.3667 0.3793 2.45e-07 5wle:A
3 9c0o:A 63 46 0.2698 0.2698 0.3696 3.08e-07
4 6j2p:A 98 47 0.3175 0.2041 0.4255 3.77e-07 6j2p:B, 6j2p:D, 6j2p:C
5 2f6j:A 168 46 0.3175 0.1190 0.4348 2.46e-06 8ag2:A, 6aze:A, 7dmy:A, 7dn4:A, 7dn4:B, 7dn4:C, 7dn4:D, 7dn4:E, 7dn4:F, 7f5c:A, 7f5d:A, 7f5e:A, 2f6j:B, 2f6j:C, 2f6n:A, 2f6n:B, 8f6g:A, 2fsa:A, 2fsa:B, 2fsa:C, 2fuu:A, 5h6y:A, 7k6r:A, 7k6s:A, 7kdw:A, 7kdw:B, 7kdz:A, 7lp0:A, 7lp0:B, 7lpk:A, 7lpk:B, 7lrk:A, 7lrk:B, 7lro:A, 7lro:B, 6lu5:A, 6lu6:A, 7m2e:A, 8ou2:A, 8ou2:B, 3qzs:A, 3qzs:B, 3qzt:A, 3qzv:A, 5r4g:A, 5r4h:A, 5r4i:A, 5r4j:A, 5r4k:A, 5r4l:A, 5r4m:A, 5r4n:A, 2ri7:A, 7rwn:A, 7rwo:A, 7rwp:A, 7rwq:A, 7vd4:A
6 1weu:A 91 39 0.2857 0.1978 0.4615 5.71e-06 3c6w:A, 3c6w:C, 2k1j:A, 2m1r:A, 2pnx:A, 2pnx:C, 2vnf:A, 2vnf:C, 1wen:A
7 1wee:A 72 41 0.2540 0.2222 0.3902 7.38e-06
8 1x4i:A 70 46 0.3016 0.2714 0.4130 1.36e-05 7zmx:A, 7zmx:B
9 2miq:A 94 48 0.2857 0.1915 0.3750 2.22e-05
10 1wem:A 76 48 0.2698 0.2237 0.3542 2.97e-05 4l7x:A, 2m3h:A
11 8ge0:A 188 49 0.3175 0.1064 0.4082 7.03e-05 8gdx:A, 8ge0:B, 8ge0:C
12 3o70:A 55 44 0.2698 0.3091 0.3864 8.20e-05 3o7a:A
13 3kv4:A 432 44 0.2698 0.0394 0.3864 2.22e-04 4do0:A, 3k3n:A, 3k3o:A, 2wwu:A
14 8f8y:B 433 44 0.2698 0.0393 0.3864 2.50e-04 8f8y:A, 8f8z:A, 8f8z:B, 3kqi:A, 7m10:A, 3pu3:A, 3pu3:B, 3pu8:B, 3pu8:A, 3pua:A, 3pus:A, 3pus:B
15 5yc3:A 60 50 0.3016 0.3167 0.3800 3.04e-04 5yc4:A
16 5vab:A 54 47 0.2540 0.2963 0.3404 3.50e-04
17 2qic:A 51 48 0.3016 0.3725 0.3958 3.80e-04
18 1we9:A 64 36 0.2698 0.2656 0.4722 5.36e-04
19 2mny:A 55 51 0.2540 0.2909 0.3137 0.001 2mnz:A
20 3kv6:D 448 45 0.2857 0.0402 0.4000 0.001 3kv5:D, 3kv5:A, 3kv6:A, 3kv9:A, 3kva:A, 3u78:A
21 6wxk:B 51 42 0.2540 0.3137 0.3810 0.001 6wxk:A, 6wxk:C, 6wxk:D, 6wxk:E
22 2e6r:A 92 47 0.2698 0.1848 0.3617 0.002
23 3n9m:A 503 34 0.2381 0.0298 0.4412 0.002 3n9l:A, 3n9m:C, 3n9n:A, 3n9o:A, 3n9p:A, 3n9q:A, 3puq:A, 3puq:C, 3pur:A, 3pur:C
24 1wes:A 71 45 0.2857 0.2535 0.4000 0.002 2g6q:A
25 5z8l:A 204 42 0.2540 0.0784 0.3810 0.002 5z8n:A, 5z8n:B, 5z8n:C
26 7klo:A 59 49 0.2381 0.2542 0.3061 0.002 7klr:A
27 6ryr:W 708 42 0.2063 0.0184 0.3095 0.002 2l75:A, 1mm2:A, 6q3m:D, 6ryu:W, 6ryu:V
28 5y20:A 52 33 0.2540 0.3077 0.4848 0.003
29 9atn:A 98 49 0.2857 0.1837 0.3673 0.005
30 9atn:A 98 45 0.1905 0.1224 0.2667 0.30
31 5szb:A 115 45 0.2540 0.1391 0.3556 0.006 5i3l:A, 5i3l:B, 2kwj:A, 2kwk:A, 2kwn:A, 2kwo:A, 5szc:A
32 2ysm:A 111 51 0.2540 0.1441 0.3137 0.008
33 2ysm:A 111 46 0.2222 0.1261 0.3043 0.052
34 4gy5:A 215 50 0.2381 0.0698 0.3000 0.009 3ask:A, 3ask:B, 3ask:D, 3asl:A, 3db3:A, 7fb7:B, 4gy5:B, 6iiw:A, 2lgg:A, 2lgk:A, 2lgl:A, 4qqd:A, 4qqd:B, 3shb:A, 3sou:A, 3sou:B, 3sow:A, 3sow:B, 3sox:A, 3sox:B, 3t6r:B, 3t6r:A, 8wms:A, 5xpi:A, 5yy9:A, 5yy9:B, 3zvy:A, 3zvy:B, 3zvz:B
35 5b79:A 118 47 0.2381 0.1271 0.3191 0.009 5vdc:A
36 2jmi:A 60 36 0.2222 0.2333 0.3889 0.013 2jmj:A
37 7xga:A 126 49 0.2540 0.1270 0.3265 0.015 6vfo:A
38 6fhq:A 58 48 0.2540 0.2759 0.3333 0.026 6fhq:B, 6fi1:A, 6fi1:B, 4qf3:A, 4qf3:B
39 1f62:A 51 45 0.2063 0.2549 0.2889 0.039
40 5c11:A 52 28 0.1746 0.2115 0.3929 0.057 3gl6:A, 2kgg:A, 2kgi:A
41 1wep:A 79 34 0.2222 0.1772 0.4118 0.084
42 5tab:A 53 38 0.1746 0.2075 0.2895 0.090
43 4tvr:A 222 46 0.2381 0.0676 0.3261 0.11
44 2ma5:A 61 36 0.1905 0.1967 0.3333 0.11
45 5znp:B 186 40 0.2063 0.0699 0.3250 0.12 5znp:A, 5znr:A, 5znr:B
46 5tdr:A 70 42 0.2222 0.2000 0.3333 0.14 5tdw:A
47 1mm3:A 61 43 0.2063 0.2131 0.3023 0.17
48 2e6s:A 77 49 0.2540 0.2078 0.3265 0.18
49 7d87:A 202 62 0.3175 0.0990 0.3226 0.19 7d86:A, 7d8a:A
50 8qkh:A 268 41 0.2222 0.0522 0.3415 0.26 8q01:S, 8qek:S, 8qgr:B
51 8bpb:C 126 47 0.2540 0.1270 0.3404 0.26 8bpc:C
52 4q6f:A 56 48 0.2381 0.2679 0.3125 0.40 6fap:A, 6fap:B, 6fap:C, 6fap:D, 6fhu:A, 6fhu:B, 6fhu:D, 6fhu:C, 6fi0:A, 6fi0:B, 6fi0:C, 6fi0:D, 6fkp:A, 6fkp:D, 6fkp:C, 6fkp:B, 4q6f:B, 4q6f:C, 4q6f:D, 4qf2:A, 4qf2:B, 4qf2:C, 4qf2:D, 5t8r:D, 5t8r:A, 5t8r:B, 5t8r:C
53 3lqi:C 181 45 0.2063 0.0718 0.2889 0.44 2kyu:A, 3lqh:A, 3lqi:A, 3lqi:B, 3lqj:A, 3lqj:B, 7zey:B, 7zez:B
54 8bpa:C 213 44 0.2063 0.0610 0.2955 0.44 8c60:C
55 5hh7:A 192 63 0.3492 0.1146 0.3492 0.46
56 2l5u:A 61 45 0.2222 0.2295 0.3111 0.47
57 5b73:A 313 33 0.1905 0.0383 0.3636 0.57 4cos:A, 7cwh:B, 5y1z:C, 5y1z:D
58 6guu:B 204 43 0.2063 0.0637 0.3023 0.67 6guu:A
59 1wev:A 88 44 0.1587 0.1136 0.2273 0.75
60 6q3m:C 219 38 0.1905 0.0548 0.3158 0.78 6q3m:A, 6q3m:B
61 2puy:B 60 49 0.2063 0.2167 0.2653 0.80 2puy:A
62 5tbn:A 57 28 0.1429 0.1579 0.3214 0.80
63 2mum:A 50 36 0.2063 0.2600 0.3611 1.0
64 2yql:A 56 36 0.1587 0.1786 0.2778 1.0
65 2lv9:A 80 52 0.2540 0.2000 0.3077 1.1 4l58:A
66 7y0i:A 56 42 0.2222 0.2500 0.3333 1.1
67 8joj:A 523 21 0.1429 0.0172 0.4286 1.2 4c3x:A, 4c3x:B, 4c3x:C, 4c3x:D, 4c3x:E, 4c3x:F, 4c3x:G, 4c3x:H, 4c3y:A, 4c3y:B, 4c3y:C, 4c3y:D, 4c3y:E, 4c3y:F, 4c3y:G, 4c3y:H, 8jbz:AAA, 8ju4:A, 8kcz:A
68 2m85:A 65 37 0.1746 0.1692 0.2973 1.5
69 8hxx:N 375 60 0.2381 0.0400 0.2500 2.4 8hxy:N, 8hy0:N, 8i3f:B, 8jho:N, 8tof:G, 8w9c:E, 8w9d:E, 8w9e:E, 8w9f:E
70 8i02:G 284 58 0.2540 0.0563 0.2759 3.2 8ifg:P
71 6o7g:B 60 36 0.1746 0.1833 0.3056 4.1 8u2y:B
72 5vkt:A 353 18 0.1270 0.0227 0.4444 5.0 5vkt:B
73 6t58:A 524 14 0.1111 0.0134 0.5000 6.7 3c1v:A, 3c1v:B, 3c1v:C, 3c1v:D, 4cfq:A, 4cfq:B, 4cfq:C, 4cfq:D, 4cfr:A, 3cga:A, 3cga:B, 7eq7:A, 4eto:B, 4hre:A, 4hre:C, 4hre:B, 4hre:D, 4hsz:A, 4hsz:B, 4hsz:C, 4hsz:D, 2hyu:A, 2hyv:A, 2hyw:A, 2hyw:B, 3ko0:A, 3ko0:C, 3ko0:B, 3ko0:D, 3ko0:J, 3ko0:I, 3ko0:E, 3ko0:H, 3ko0:K, 3ko0:S, 3ko0:L, 3ko0:N, 3ko0:M, 3ko0:P, 3ko0:O, 3ko0:R, 3ko0:T, 5lpu:A, 5lpu:B, 5lpu:C, 5lpu:D, 5lpx:A, 5lq0:A, 5lq0:B, 5lq2:A, 5lq2:B, 3m0w:I, 3m0w:A, 3m0w:E, 3m0w:H, 5n7g:B, 7psp:A, 7psp:B, 7psq:A, 7psq:C, 2q91:A, 2q91:B, 6t58:B, 4x9p:A, 1xjl:A, 1xjl:B, 7zvn:A, 7zvx:A, 7zvx:B, 3zwh:A
74 3fbs:B 295 16 0.0952 0.0203 0.3750 7.0 3fbs:A
75 7e0l:A 491 49 0.2063 0.0265 0.2653 7.4 7e0l:B, 7e0l:K, 7e0l:M, 7wsx:A, 7wsx:B
76 7zus:CCC 650 11 0.1270 0.0123 0.7273 8.0 8e23:A, 8e24:A, 8e24:D, 8gd7:A, 4x0p:A, 4x0p:B, 4x0p:C, 4x0p:D, 4x0q:A, 4x0q:B, 7zus:AAA, 7zus:BBB, 7zx0:AAA, 7zx0:BBB, 7zx0:CCC, 7zx0:DDD, 7zx0:EEE, 7zx0:FFF, 7zx1:AAA, 7zx1:BBB, 7zx1:CCC, 7zx1:DDD, 7zx1:EEE, 7zx1:FFF

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023)(download the PDF file).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • zhanglabzhanggroup.org | +65-6601-1241 | Computing 1, 13 Computing Drive, Singapore 117417