Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SGFGDKFKPAIGTWDCDTCLVQNKPEAVKCVACETPKP

The query sequence (length=38) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7mo2:B 38 38 1.0000 1.0000 1.0000 6.02e-23 3ch5:B, 7mo2:D
2 2ebq:A 47 29 0.7105 0.5745 0.9310 4.25e-15 2gqe:A, 2k0c:A
3 7mo5:B 36 34 0.5526 0.5833 0.6176 4.87e-11
4 7mo3:B 38 38 0.5526 0.5526 0.5526 1.62e-10 7mo3:D, 7mo4:B, 7mo4:D
5 2ebv:A 57 37 0.5526 0.3684 0.5676 5.82e-10
6 7mns:B 38 35 0.4737 0.4737 0.5143 4.09e-09
7 7mnt:B 38 35 0.4474 0.4474 0.4857 7.68e-08 7mnt:D, 7mnu:B
8 2ebr:A 47 25 0.4211 0.3404 0.6400 1.39e-07
9 7mnr:B 40 35 0.4211 0.4000 0.4571 3.43e-07
10 7mnv:B 38 38 0.5000 0.5000 0.5000 7.89e-07
11 7mnp:B 39 26 0.3421 0.3333 0.5000 1.06e-05 7mnp:D, 7mnq:B
12 7mo1:B 34 34 0.4211 0.4706 0.4706 2.65e-05
13 2d9g:A 53 26 0.3158 0.2264 0.4615 0.001
14 8pp6:K 36 26 0.3158 0.3333 0.4615 0.002
15 3a9j:C 32 24 0.2368 0.2812 0.3750 0.011 9avt:C, 9avw:C, 7e62:C, 7e62:J, 2wwz:C, 2wx0:C, 2wx0:G, 2wx1:C
16 8adl:A 633 32 0.3684 0.0221 0.4375 0.16 8adl:I
17 6hcz:A 65 20 0.2632 0.1538 0.5000 0.19 6hcz:B
18 2mxv:A 43 24 0.2895 0.2558 0.4583 0.58
19 8f5o:B 1134 21 0.2368 0.0079 0.4286 1.4 8f5p:B
20 1nj3:A 31 24 0.2105 0.2581 0.3333 1.5 1q5w:A
21 7zw0:LN 172 25 0.2632 0.0581 0.4000 1.8 8aaf:s, 8agt:s, 8agu:s, 8agv:s, 8agw:s, 8agx:s, 8agz:s, 5apn:J, 5apo:J, 7azy:h, 7b7d:LM, 8bip:LJ, 8bjq:LJ, 8bn3:M1, 8bqd:AG, 8bqx:AG, 7bt6:J, 7btb:J, 8ccs:NN, 8cdl:NN, 8cdr:NN, 8ceh:NN, 8cf5:NN, 8cg8:NN, 8cgn:NN, 8civ:NN, 8cku:NN, 8cmj:NN, 5dat:M1, 5dat:m1, 5dc3:M1, 5dc3:m1, 5dge:M1, 5dge:m1, 5dgf:M1, 5dgf:m1, 5dgv:M1, 5dgv:m1, 8eub:AJ, 8evp:AJ, 8evq:AJ, 8evr:AJ, 8evs:AJ, 8evt:AJ, 8ewb:AJ, 8ewc:AJ, 5fci:M1, 5fci:m1, 5fcj:M1, 5fcj:m1, 6ft6:J, 5gak:M, 6gq1:J, 6gqb:J, 6gqv:J, 5h4p:J, 6hd7:M, 8hfr:Jy, 6hhq:s, 6hhq:CM, 5i4l:M1, 5i4l:m1, 6i7o:AG, 6i7o:XG, 3j0q:k, 3j6x:51, 3j6y:51, 3j77:61, 3j78:61, 3jct:J, 5jcs:J, 5juo:O, 5jup:O, 5jus:O, 5jut:O, 5juu:O, 8k2d:LJ, 8k82:LJ, 5lyb:M1, 5lyb:m1, 5m1j:J5, 6m62:J, 5mc6:AG, 5mei:s, 5mei:CM, 7mpi:AJ, 7mpj:AJ, 6n8j:J, 6n8k:J, 6n8l:J, 6n8m:M, 6n8n:M, 6n8o:M, 7n8b:AJ, 5ndg:M1, 5ndg:m1, 5ndv:M1, 5ndv:m1, 5ndw:M1, 5ndw:m1, 7nrc:LM, 7nrd:LM, 5obm:M1, 5obm:m1, 7oh3:J, 7ohq:J, 7oht:J, 6oig:J, 5on6:s, 5on6:CM, 7osa:uL5, 7osm:uL5, 8p8m:LO, 8p8n:LO, 8p8u:LO, 8pfr:LO, 6q8y:AG, 6qik:E, 6qt0:E, 6qtz:E, 6r84:M, 6r86:M, 6r87:M, 6ri5:E, 7rr5:LJ, 6rzz:E, 6s05:E, 6s47:AM, 6snt:q, 6sv4:AG, 6sv4:XG, 6sv4:zG, 6t4q:LJ, 5t62:M, 5t6r:M, 6t7i:LJ, 6t7t:LJ, 6t83:Jy, 6t83:Ma, 5tbw:s, 5tbw:CM, 6tb3:AG, 5tga:M1, 5tga:m1, 5tgm:M1, 5tgm:m1, 6tnu:AG, 7too:AL11, 7top:AL11, 4u3m:M1, 4u3m:m1, 4u3n:M1, 4u3n:m1, 4u3u:M1, 4u3u:m1, 4u4n:M1, 4u4n:m1, 4u4o:M1, 4u4o:m1, 4u4q:M1, 4u4q:m1, 4u4r:M1, 4u4r:m1, 4u4u:M1, 4u4u:m1, 4u4y:M1, 4u4y:m1, 4u4z:M1, 4u4z:m1, 4u50:M1, 4u50:m1, 4u51:M1, 4u51:m1, 4u52:M1, 4u52:m1, 4u53:M1, 4u53:m1, 4u55:M1, 4u55:m1, 4u56:M1, 4u56:m1, 4u6f:M1, 4u6f:m1, 7ug6:J, 7uoo:J, 7uqb:J, 7uqz:J, 7v08:J, 4v4b:BJ, 4v6i:BE, 4v7f:E, 4v7h:BJ, 4v7r:BK, 4v7r:DK, 4v88:BJ, 4v88:DJ, 4v8t:J, 4v8y:BJ, 4v8z:BJ, 4v91:J, 6woo:J, 6xiq:J, 6xir:J, 8y0u:LJ, 6ylg:J, 6ylh:J, 7z34:J, 6z6j:LJ, 6z6k:LJ, 7zpq:BJ, 7zrs:BJ, 7zs5:BL, 7zuw:BJ, 7zux:EJ
22 6jk8:B 801 24 0.1842 0.0087 0.2917 1.9
23 7pcv:A 116 30 0.2368 0.0776 0.3000 2.0 2lk0:A, 2lk1:A, 7pcv:B, 7pdv:E, 7pdv:A, 7pdv:C, 7pdv:G
24 6jk8:A 823 24 0.1842 0.0085 0.2917 2.3 1igr:A, 7v3p:B
25 7ykk:E 735 33 0.2632 0.0136 0.3030 2.3 7nku:A, 7nku:F, 7nku:B, 7nku:C, 7nku:D, 7nku:E, 7wbb:A, 7wbb:B, 7wbb:D, 7wbb:E, 7wbb:C, 7wd3:A, 7wd3:B, 7wd3:C, 7wd3:D, 7wd3:E, 7wd3:F, 7ykk:D, 7ykk:F, 7ykk:A, 7ykk:B, 7ykk:C, 7ykl:F, 7ykl:A, 7ykl:B, 7ykl:C, 7ykl:D, 7ykl:E, 7ykt:F, 7ykt:A, 7ykt:B, 7ykt:C, 7ykt:D, 7ykt:E, 7ykz:D, 7ykz:C, 7ykz:F, 7ykz:B, 7ykz:E, 7ykz:A, 7z11:A, 7z11:B, 7z11:C, 7z11:D, 7z11:F, 7z11:E, 7z34:w, 7z34:m, 7z34:n, 7z34:t, 7z34:Aa, 7z34:x
26 2owa:A 128 19 0.2105 0.0625 0.4211 3.0 2owa:B
27 2k1p:A 33 24 0.2632 0.3030 0.4167 3.1
28 3pt6:B 915 19 0.2368 0.0098 0.4737 4.4 4da4:A, 3pt6:A, 6w8v:A
29 4lei:A 375 18 0.1842 0.0187 0.3889 4.6 4lei:B
30 4wxx:B 1178 19 0.2368 0.0076 0.4737 5.1 3epz:A, 3epz:B, 7lmk:A, 7lmk:B, 7lmk:C, 7lmk:D, 7lmm:A, 7lmm:B, 7lmm:C, 7lmm:D, 3pta:A, 7sfc:A, 7sfd:A, 7sfe:A, 7sff:A, 7sfg:A, 5wvo:C, 4wxx:A, 6x9i:A, 6x9j:A, 6x9k:A, 7xi9:A, 7xib:A, 5ydr:B, 4yoc:A
31 3swr:A 965 19 0.2368 0.0093 0.4737 5.2
32 4odj:A 386 35 0.4211 0.0415 0.4571 7.9 6c07:A, 6c07:B, 6c07:C, 6ltv:A, 6ltv:B
33 8c8v:A 1032 19 0.1579 0.0058 0.3158 8.8 8c8u:A, 8c8w:A, 8c9d:A
34 8b34:A 318 21 0.2368 0.0283 0.4286 9.6 8a4n:A, 1abn:A, 2acq:A, 2acr:A, 2acs:A, 2acu:A, 1ads:A, 8ae9:A, 2agt:A, 8aqg:A, 8aqp:A, 8auu:A, 1az1:A, 1az2:A, 8b3n:A, 8b3r:A, 8b66:A, 3bcj:A, 8bjl:A, 8cnf:A, 8cnp:A, 3dn5:A, 2dux:A, 2duz:A, 2dv0:A, 1ef3:A, 1ef3:B, 1el3:A, 2f2k:A, 6f7r:A, 6f81:A, 6f82:A, 6f84:A, 6f8o:A, 8fh5:A, 8fh6:A, 8fh7:A, 8fh8:A, 8fh9:A, 2fz8:A, 2fz9:A, 2fzb:A, 2fzd:A, 3g5e:A, 4gca:A, 3ghr:A, 3ghs:A, 3ght:A, 3ghu:A, 5ha7:A, 5ha7:B, 2hv5:A, 2hvn:A, 2hvo:A, 2i16:A, 2i17:A, 1iei:A, 4igs:A, 2ikg:A, 2ikh:A, 2iki:A, 2ikj:A, 2ine:A, 2inz:A, 2ipw:A, 2iq0:A, 2iqd:A, 2is7:A, 2isf:A, 2j8t:A, 4jir:A, 4lau:A, 4laz:A, 3lbo:A, 4lb3:A, 4lb4:A, 4lbr:A, 4lbs:A, 3ld5:A, 3len:A, 3lep:A, 3lqg:A, 3lql:A, 3lz3:A, 3lz5:A, 3m0i:A, 3m4h:A, 3m64:A, 1mar:A, 3mb9:A, 3mc5:A, 4nkc:A, 2nvc:A, 2nvd:A, 3onb:A, 3onc:A, 5ou0:A, 5ouj:A, 5ouk:A, 8oz2:A, 3p2v:A, 8p2r:A, 2pd5:A, 2pd9:A, 2pdb:A, 2pdc:A, 2pdf:A, 2pdg:A, 2pdh:A, 2pdi:A, 2pdj:A, 2pdk:A, 2pdl:A, 2pdm:A, 2pdn:A, 2pdp:A, 2pdq:A, 2pdu:A, 2pdw:A, 2pdx:A, 2pdy:A, 2pev:A, 2pf8:A, 2pfh:A, 4pr4:A, 4prr:A, 4prt:A, 4puu:A, 4puw:A, 1pwl:A, 1pwm:A, 2pzn:A, 3q65:A, 3q65:B, 3q67:A, 3q67:B, 4q7b:A, 4qbx:A, 4qr6:A, 2qxw:A, 4qx4:A, 4qxi:A, 2r24:A, 4rpq:A, 3rx2:A, 3rx3:A, 3rx4:A, 3s3g:A, 6syw:A, 6t27:A, 6t3p:A, 1t40:A, 1t41:A, 3t42:A, 6t5g:A, 6t7q:A, 6td8:A, 6tuc:A, 6tuf:A, 6txp:A, 3u2c:A, 1us0:A, 3v35:A, 3v36:A, 1x96:A, 1x97:A, 1x98:A, 6xum:A, 4xzh:A, 4xzh:B, 4xzi:A, 6y03:A, 6y1p:A, 4ys1:A, 4yu1:A, 1z3n:A, 1z89:A, 1z8a:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218