Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SEISRQEFQRRRQALVEQMQPGSAALIFAAPEVTRSADSEYPYRQNSDFWYFTGFNEPEAVLVLIKSDDTHNHSVLFNRV
RDLTAEIWFGRRLGQDAAPEKLGVDRALAFSEINQQLYQLLNGLDVVYHAQGEYAYADVIVNSALEKLRKGSRQNLTAPA
TMIDWRPVVHEMRLFKSPEEIAVLRRAGEITAMAHTRAMEKCRPGMFEYHLEGEIHHEFNRHGARYPSYNTIVGSGENGC
ILHYTENECEMRDGDLVLIDAGCEYKGYAGDITRTFPVNGKFTQAQREIYDIVLESLETSLRLYRPGTSILEVTGEVVRI
MVSGLVKLGILKGDVDELIAQNAHRPFFMHGLSHWLGLDVHDVGVYGQDRSRILEPGMVLTVAPGLYIAPDAEVPEQYRG
IGIRIEDDIVITETGNENLTASVVKKPEEIEALMVAARKQ

The query sequence (length=440) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2bh3:A 440 440 0.9977 0.9977 0.9977 0.0 1a16:A, 2bha:A, 2bhb:A, 2bhd:A, 2bn7:A, 2bws:A, 2bwt:A, 2bwv:A, 2bww:A, 2bwx:A, 2bwy:A, 1jaw:A, 1m35:A, 1m35:B, 1m35:C, 1m35:D, 1m35:E, 1m35:F, 1n51:A, 2v3x:A, 2v3y:A, 2v3z:A, 1w2m:A, 1w2m:B, 1w2m:C, 1w2m:D, 1w2m:E, 1w2m:F, 1w7v:A, 1w7v:B, 1w7v:C, 1w7v:D, 1wbq:A, 1wbq:B, 1wbq:C, 1wbq:D, 1wl6:A, 1wl9:A
2 4pv4:A 436 433 0.8045 0.8119 0.8176 0.0 4pv4:B
3 5wze:B 449 440 0.4909 0.4811 0.4909 4.63e-146 5wze:A, 5wze:C, 5wze:D
4 5x49:A 441 446 0.3386 0.3379 0.3341 5.05e-73 5x49:B
5 3ig4:A 419 423 0.2955 0.3103 0.3073 3.57e-67 3ig4:B, 3ig4:C, 3ig4:D, 3ig4:E, 3ig4:F
6 6a9t:A 417 440 0.3159 0.3333 0.3159 2.09e-62 6a9u:A, 6a9v:A
7 5mc1:B 485 478 0.3591 0.3258 0.3305 5.40e-61 6h2p:A, 6h2p:B, 6h2q:A, 6h2q:B, 5m4g:A, 5m4g:B, 5m4j:A, 5m4j:B, 5m4l:A, 5m4l:B, 5m4q:A, 5m4q:B, 5mby:A, 5mby:B, 5mbz:A, 5mbz:B, 5mc0:A, 5mc0:B, 5mc1:A, 5mc2:A, 5mc2:B, 5mc3:A, 5mc3:B, 5mc4:A, 5mc4:B, 5mc5:A, 5mc5:B, 2okn:A, 2okn:B, 6qsb:A, 6qsb:B, 6qsc:A, 6qsc:B, 6sre:A, 6sre:B, 6srf:A, 6srf:B, 6srg:B
8 6srg:A 455 472 0.3364 0.3253 0.3136 1.95e-51
9 1pv9:A 337 255 0.1841 0.2404 0.3176 5.92e-36
10 1wy2:A 351 255 0.1864 0.2336 0.3216 1.29e-35 1wy2:B
11 3q6d:A 355 276 0.2091 0.2592 0.3333 1.34e-34 3q6d:B, 3q6d:C, 3q6d:D
12 4qr8:A 441 330 0.2318 0.2313 0.3091 1.45e-28 4qr8:B
13 4fkc:A 370 255 0.1795 0.2135 0.3098 2.75e-28 4rgz:A, 4rgz:N, 4rgz:1, 4rgz:e
14 2zsg:A 356 253 0.1727 0.2135 0.3004 4.36e-28
15 5cnx:A 360 254 0.1705 0.2083 0.2953 6.37e-27 5cnx:B, 5cnx:C
16 5cdl:A 349 288 0.2068 0.2607 0.3160 6.87e-27 5cdv:A, 5giq:A
17 1wn1:A 356 323 0.1977 0.2444 0.2693 3.14e-26 1wn1:B
18 7k3u:A 362 262 0.1682 0.2044 0.2824 4.77e-25 7k3u:B, 7k3u:C, 7k3u:D, 7k3u:E, 7k3u:F, 7k3u:G, 7k3u:H, 7k3u:I, 7k3u:J, 7n02:A, 7n02:B, 6xmr:A, 6xmr:B, 4zng:C, 4zng:B, 4zng:A
19 3l24:B 417 274 0.1955 0.2062 0.3139 1.88e-24 3l24:C, 3l7g:B, 3l7g:C
20 3rva:A 445 286 0.1841 0.1820 0.2832 2.30e-24
21 1pv9:B 318 256 0.1591 0.2201 0.2734 1.52e-23
22 4zwu:A 435 288 0.1932 0.1954 0.2951 6.30e-23 3l24:A, 3l7g:A, 4zwo:A, 4zwo:B, 4zwp:A, 4zwp:B, 4zwu:B
23 6ah7:A 439 290 0.1955 0.1959 0.2966 4.42e-22 6ah7:B, 6ah7:C, 6ah7:D, 6ah8:A, 6ah8:B, 6ah8:C, 6ah8:D, 7e5c:A, 7e5c:B, 7e5c:C, 7e5c:D
24 5cde:A 398 257 0.1568 0.1734 0.2685 3.34e-16 5cde:B, 5fcf:A, 5fcf:B, 5fch:A, 5fch:B, 4r60:A, 4r60:B
25 6yo9:A 398 273 0.1591 0.1759 0.2564 3.66e-16 6twk:A, 6twk:B, 6yo9:B
26 4ege:A 371 270 0.1545 0.1833 0.2519 9.10e-16
27 8bqd:x 367 335 0.1659 0.1989 0.2179 4.84e-12 8bqx:x
28 3iu7:A 284 264 0.1682 0.2606 0.2803 4.55e-10 4iec:A, 4if7:A, 3iu8:A, 3iu9:A, 4ook:A, 3pka:A, 3pkb:A, 3pkc:A, 3pkd:A, 3pke:A, 3ror:A, 1yj3:A, 5yoh:A, 5yoi:A, 5ypd:A, 5ypj:A, 5yxf:A
29 4a6v:A 264 276 0.1455 0.2424 0.2319 1.34e-08 4a6v:B, 4a6w:A, 2bb7:A, 1c21:A, 1c22:A, 1c23:A, 1c24:A, 1c27:A, 3d27:A, 2evc:A, 2evm:A, 2evo:A, 2evo:B, 2gg0:A, 2gg2:A, 2gg3:A, 2gg5:A, 2gg7:A, 2gg8:A, 2gg9:A, 2ggb:A, 2ggc:A, 2gtx:A, 2gtx:B, 2gu4:A, 2gu4:B, 2gu5:A, 2gu5:B, 2gu6:A, 2gu6:B, 2gu7:A, 2gu7:B, 1mat:A, 2mat:A, 3mat:A, 2p98:A, 2p99:A, 2p9a:A, 4pnc:A, 2q92:A, 2q93:A, 2q94:A, 2q95:A, 2q96:A, 1xnz:A, 1yvm:A, 4z7m:A, 4z7m:B
30 4fo8:C 266 224 0.1227 0.2030 0.2411 2.00e-07 4fo7:A, 4fo7:B, 4fo7:C, 4fo7:D, 4fo8:A, 4fo8:B, 4fo8:D, 4juq:A, 4juq:B, 4juq:C, 4juq:D
31 3ctz:A 617 205 0.1227 0.0875 0.2634 2.29e-06
32 5jr6:B 545 260 0.1523 0.1229 0.2577 2.44e-06
33 1qxw:A 249 232 0.1159 0.2048 0.2198 3.56e-06 1qxy:A, 1qxz:A
34 7bhp:A 322 102 0.0614 0.0839 0.2647 4.90e-06
35 5jqk:A 631 266 0.1523 0.1062 0.2519 5.65e-06 5jqk:B, 5jr6:A
36 1chm:A 401 273 0.1477 0.1621 0.2381 1.85e-05 1chm:B
37 5xev:A 409 329 0.1750 0.1883 0.2340 4.10e-05
38 2dfi:A 301 133 0.0795 0.1163 0.2632 7.41e-05 2dfi:B, 6m00:A, 1wkm:A, 1wkm:B, 1xgm:A, 1xgm:B, 1xgn:A, 1xgn:B, 1xgs:A, 1xgs:B
39 8khn:A 287 218 0.1000 0.1533 0.2018 8.55e-05 8kho:A
40 6sxo:A 375 102 0.0614 0.0720 0.2647 1.02e-04 8k2c:CA, 6swa:t, 8xsx:CA, 8xsy:CA, 8xsz:CA, 6z6l:CA, 6z6m:CA, 6z6n:CA, 6zm7:CA, 6zme:CA, 6zmi:CA, 6zmo:CA
41 3mx6:B 260 138 0.0705 0.1192 0.2246 1.91e-04 3mr1:A, 3mr1:B, 3mr1:C, 3mr1:D, 3mx6:A
42 3tav:A 264 146 0.0773 0.1288 0.2329 2.37e-04 3tav:B
43 4b28:A 437 344 0.1909 0.1922 0.2442 2.59e-04
44 4rzy:A 439 350 0.1955 0.1959 0.2457 4.62e-04 4rzy:B, 4rzy:C, 4rzy:D, 4rzz:A, 4rzz:B, 4rzz:C, 4rzz:D, 4s00:A, 4s00:B, 4s00:C, 4s00:D, 4s01:A, 4s01:B, 4s01:C, 4s01:D
45 3s6b:A 345 269 0.1318 0.1681 0.2156 0.012
46 8p2k:MA 315 208 0.1000 0.1397 0.2115 0.065 2b3h:A, 2b3k:A, 9f1d:EA, 4fli:A, 4flj:A, 4flk:A, 4fll:A, 2g6p:A, 2gz5:A, 4hxx:A, 4ikr:A, 4iks:A, 4ikt:A, 4iku:A, 4iu6:A, 6lzb:A, 6lzc:A, 2nq6:A, 2nq7:A, 4u1b:A, 4u69:A, 4u6c:A, 4u6e:A, 4u6j:A, 4u6w:A, 4u6z:A, 4u70:A, 4u71:A, 4u73:A, 4u75:A, 4u76:A, 5ykp:A, 5yr4:A, 5yr5:A, 5yr6:A, 5yr7:A
47 4s2r:P 615 188 0.1091 0.0780 0.2553 0.40 4s2r:Q, 4s2t:P, 4s2t:Q
48 4a4a:A 886 45 0.0523 0.0260 0.5111 0.84 7mfk:A, 7mfl:A, 2vc9:A, 2vca:A, 2vcb:A, 2vcc:A
49 4fuk:A 329 105 0.0591 0.0790 0.2476 2.5 4fuk:B
50 1vdc:A 322 93 0.0614 0.0839 0.2903 2.9
51 5tuk:B 373 63 0.0500 0.0590 0.3492 3.5 5tuk:A, 5tuk:C, 5tuk:D
52 9av7:A 304 54 0.0386 0.0559 0.3148 5.9

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218