Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
RTLGEQWKEKLNGLSKEDFLKYRKEAITEVDRSAARKARRDGNKTGGHPVSRGSAKLRWMVERQFVKPIGKVVDLGCGRG
GWSYYAATLKGVQEVRGYTKGGPGHEEPMLMQSYGWNLVTMKSGVDVYYKPSEPCDTLFCDIGESSSSAEVEEQRTLRIL
EMVSDWLQRGPREFCIKVLCPYMPRVMERLEVLQRRYGGGLVRVPLSRNSNHEMYWVSGAAGNIVHAVNMTSQVLIGRME
KTWHGPKYEEDVNLGSGTRA

The query sequence (length=260) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 8b52:B 262 261 1.0000 0.9924 0.9962 0.0 8b51:A, 8b51:B, 8b52:A
2 2px5:A 265 261 0.8577 0.8415 0.8544 3.09e-165 2px2:A, 2px2:B, 2px4:A, 2px5:B, 2px8:A, 2px8:B, 2pxa:A, 2pxa:B, 2pxc:A
3 4k6m:A 888 261 0.8423 0.2466 0.8391 1.28e-155 4hdg:A, 4hdg:B, 4hdh:A, 4hdh:B, 4k6m:B, 4mtp:A, 4mtp:B
4 3lkz:A 262 261 0.8000 0.7939 0.7969 2.55e-153 3lkz:B, 2oy0:A, 2oy0:B
5 8bxk:A 265 260 0.7154 0.7019 0.7154 1.41e-143 8bxk:B, 8cqh:A, 8qdj:A
6 6i7p:A 883 259 0.6962 0.2050 0.6988 4.21e-120 5goz:A, 5goz:B, 5goz:C, 5gp1:A, 5gp1:B, 5gp1:C, 6i7p:B, 6i7p:C, 6i7p:D, 6i7p:E, 6i7p:F, 5kqr:A, 5kqs:A, 5m2x:A, 5m2x:B, 5m2x:C, 5m2x:D, 5m2x:E, 5m2x:F, 5m2z:A, 5m2z:C, 5m2z:B, 5m2z:D, 5m2z:E, 5m2z:F, 5m5b:A, 5m5b:B, 5mrk:A, 5mrk:B, 5nju:A, 5nju:B, 5njv:A, 5njv:B, 5njv:C, 5njv:D, 8pem:A, 5tfr:A, 5tfr:B, 5tmh:A, 5tmh:B, 5u0b:A, 5u0b:B, 5u0c:A, 5u0c:B, 5u0c:C, 5u0c:D, 5u0c:E, 5u0c:F, 5u0c:G, 5u0c:H, 5ulp:A, 5ulp:B, 6ux2:B, 5vim:A, 5vim:B, 6wcz:B, 5wxb:A, 5wz1:A, 5wz1:B, 5wz1:C, 5wz1:D, 5wz1:E, 5wz1:F, 5wz1:G, 5wz1:H, 5wz2:A, 5wz2:B, 5wz2:C
7 5ikm:A 259 258 0.6269 0.6293 0.6318 1.75e-114
8 6kr2:A 857 258 0.6192 0.1879 0.6240 5.74e-108 6izx:A, 6izy:A, 6kr2:B, 6kr3:A
9 6kr3:B 836 258 0.6192 0.1926 0.6240 5.77e-108 5k5m:A
10 8t13:B 877 258 0.6192 0.1836 0.6240 9.72e-108 3evg:A, 1l9k:A, 2p1d:A, 2p3l:A, 2p3o:A, 2p3q:A, 2p40:A, 2p41:A, 1r6a:A, 8t12:B, 7xd8:A, 7xd8:D, 7xd8:G, 7xd8:J, 7xd8:M, 7xd8:P, 7xd9:A, 7xd9:D, 7xd9:G, 7xd9:J, 7xd9:M, 7xd9:P, 5zqk:A, 5zqk:B
11 8gzp:A 854 258 0.6154 0.1874 0.6202 4.81e-107 4c11:A, 5ccv:B, 5ccv:C, 5ccv:D, 5ccv:F, 5ccv:G, 5dto:A, 5f3t:A, 5f3z:A, 5f41:A, 8gzq:A, 4hhj:A, 5hmw:A, 5hmx:A, 5hmy:A, 5hmz:A, 5hn0:A, 5i3p:A, 5i3q:A, 5iq6:A, 6j00:A, 2j7u:A, 2j7w:A, 5jjr:A, 5jjs:A, 4v0q:A, 4v0r:A, 6xd0:A
12 5ccv:A 849 258 0.6192 0.1896 0.6240 5.72e-107 6h80:A, 6h9r:A, 6izz:A
13 8gzr:A 880 258 0.6154 0.1818 0.6202 7.91e-107 8bcr:A, 8bcr:B, 4c11:B, 5ccv:E, 4ctj:A, 4ctj:C, 4ctk:A, 4ctk:C, 5cuq:A, 5cuq:B, 5e9q:A, 5e9q:C, 5ec8:A, 5ec8:C, 5ehg:A, 5ehg:C, 5ehi:A, 5ehi:C, 5eif:A, 5eif:C, 5eiw:A, 5eiw:C, 5ekx:A, 5ekx:B, 3p8z:A, 3p8z:C, 3p97:A, 3p97:C, 4r8s:A, 4r8s:B, 3vws:A, 2xbm:B, 2xbm:A, 2xbm:C, 2xbm:D, 6xd1:A
14 5ccv:H 767 258 0.6038 0.2047 0.6085 1.09e-100
15 3eld:A 277 259 0.5346 0.5018 0.5367 1.67e-97 3elu:A, 3elw:A, 3ely:A, 3emb:A, 3emd:A
16 3gcz:A 259 259 0.5615 0.5637 0.5637 4.82e-97
17 2oxt:A 265 259 0.5154 0.5057 0.5174 1.80e-91 2oxt:B, 2oxt:C, 2oxt:D
18 2wa2:B 259 260 0.5115 0.5135 0.5115 1.29e-86
19 6qsn:B 884 260 0.5346 0.1572 0.5346 2.45e-84 3eva:A, 3evb:A, 3evc:A, 3evd:A, 3eve:A, 3evf:A, 6qsn:A
20 7d6m:A 260 259 0.4808 0.4808 0.4826 3.95e-84 7d6m:B, 7fjt:A, 7v1b:A, 7v1c:A, 7v1d:A, 7v1e:A, 7v1f:A, 7v1g:A, 7v1h:A, 7v1i:A, 7v1j:A
21 7wnj:A 262 259 0.4731 0.4695 0.4749 1.05e-83
22 2wa2:A 223 240 0.4577 0.5336 0.4958 3.11e-74
23 8gy9:A 249 174 0.2115 0.2209 0.3161 1.96e-11 8gy9:B, 8gya:A, 8gya:B, 8gyb:A, 8gyb:B, 8gyb:C, 8gyb:D
24 6bqc:A 348 52 0.0731 0.0546 0.3654 0.031
25 5wp4:A 485 28 0.0538 0.0289 0.5000 0.26
26 5wp5:A 463 41 0.0577 0.0324 0.3659 0.76 5wp5:B
27 1ve3:B 226 21 0.0423 0.0487 0.5238 1.3 1ve3:A
28 1eiz:A 180 28 0.0538 0.0778 0.5000 1.5 1ej0:A
29 2ix1:A 643 92 0.0769 0.0311 0.2174 2.1 2id0:A, 2id0:B, 2id0:C, 2id0:D, 2ix0:A
30 7m4x:g 151 68 0.0885 0.1523 0.3382 2.9 7m4u:g, 7m4w:g, 7m4y:g, 7m4z:g, 7ryf:g, 7ryg:g, 7ryh:g, 7uvv:g, 7uvw:g, 7uvx:g, 7uvy:g, 7uvz:g, 7uw1:g, 6v39:g, 6v3a:g, 6v3b:g, 6v3e:g
31 6p3o:A 341 66 0.0846 0.0645 0.3333 4.5 6p3m:A, 6p3n:A
32 2xva:A 199 24 0.0538 0.0704 0.5833 4.7 2xva:B, 2xva:C, 2xva:D, 2xvm:A, 2xvm:B
33 6tvk:AAA 660 37 0.0423 0.0167 0.2973 9.9

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218