Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum Lab Only
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
RTAFSEEQKKALDLAFYFDRYLTPEWRRYLSQRLGLNEAQIKIWFQNKRAKIKKS

The query sequence (length=55) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 4qtr:C 57 55 1.0000 0.9649 1.0000 2.58e-35 4qtr:A, 4qtr:B, 4qtr:D
2 6m3d:C 108 55 0.6545 0.3333 0.6545 9.01e-16 1du0:A, 1du0:B, 1hdd:C, 1hdd:D, 2hdd:A, 2hdd:B, 3hdd:A, 3hdd:B, 2hos:A, 2hos:B, 2hot:A, 2hot:B
3 6m3d:C 108 51 0.5636 0.2870 0.6078 8.75e-13 1du0:A, 1du0:B, 1hdd:C, 1hdd:D, 2hdd:A, 2hdd:B, 3hdd:A, 3hdd:B, 2hos:A, 2hos:B, 2hot:A, 2hot:B
4 6es3:K 72 54 0.4182 0.3194 0.4259 1.53e-10 6es2:K, 6es2:L, 6es3:M, 5lty:K, 5lty:M, 5lux:K, 5lux:L, 7q3o:K, 7q3o:C, 7q3o:E, 7q3o:G, 7q4n:K, 7q4n:C
5 2me6:A 71 54 0.4545 0.3521 0.4630 3.58e-10
6 1b72:A 68 54 0.4545 0.3676 0.4630 4.35e-10
7 2r5z:A 75 54 0.4727 0.3467 0.4815 7.48e-10 9ant:A, 9ant:B, 5jlw:A, 5jlw:D, 5jlx:A, 5jlx:D, 2r5y:A, 4xic:A, 4xic:D, 4xid:A, 4xid:D
8 4rdu:D 62 54 0.4909 0.4355 0.5000 1.22e-09 4rdu:A, 4xrs:I, 4xrs:G
9 1fjl:A 65 54 0.4364 0.3692 0.4444 6.91e-09 1fjl:B, 1fjl:C
10 1puf:A 77 54 0.4182 0.2987 0.4259 7.02e-09 2lp0:A
11 1ahd:P 68 54 0.4545 0.3676 0.4630 7.56e-09
12 1ig7:A 58 54 0.4545 0.4310 0.4630 1.15e-08
13 1jgg:A 57 54 0.4182 0.4035 0.4259 3.34e-08 1jgg:B
14 4uus:A 67 54 0.4182 0.3433 0.4259 3.77e-08 4uus:E
15 2h1k:B 60 54 0.4364 0.4000 0.4444 6.16e-08 2h1k:A
16 4cyc:A 66 54 0.4182 0.3485 0.4259 8.01e-08 1b8i:A
17 8pna:A 67 54 0.4000 0.3284 0.4074 8.37e-08 8pm5:A, 8pm5:D, 8pm5:G, 8pm5:M, 8pm5:J, 8pm7:A, 8pm7:C, 8pm7:E, 8pm7:G, 8pmc:A, 8pmc:C, 8pmc:E, 8pmc:G, 8pmf:A, 8pmn:A, 8pmv:A, 8pmv:D, 8pmv:G, 8pmv:J, 8pn4:A, 8pn4:D, 8pn4:G, 8pn4:M, 8pn4:J, 8pnc:A, 8pnc:K, 8pnc:E, 8pnc:H
18 8eml:A 58 54 0.4364 0.4138 0.4444 1.30e-07 8eml:B
19 3a01:F 61 54 0.4182 0.3770 0.4259 1.80e-07 3a01:B, 3lnq:A
20 1zq3:P 68 53 0.4182 0.3382 0.4340 2.55e-07
21 2ld5:A 67 54 0.3636 0.2985 0.3704 3.11e-07
22 5eea:G 63 54 0.3818 0.3333 0.3889 5.20e-07 8byx:B, 8byx:J, 8byx:A, 8byx:K, 8byx:G, 8byx:L, 5edn:A, 5edn:B, 5edn:G, 5edn:J, 5eea:B, 5eea:A, 5eea:J, 5ef6:A, 5ef6:J, 5ef6:B, 5ef6:G, 5eg0:B, 5ego:B, 5no6:A, 5no6:B, 7psx:A, 7psx:B, 7psx:G, 7psx:J
23 3cmy:A 60 54 0.4000 0.3667 0.4074 5.68e-07
24 5zjr:A 64 55 0.4182 0.3594 0.4182 7.45e-07 5zjq:A, 5zjs:A, 5zjt:A, 5zjt:E
25 3a01:A 78 51 0.3636 0.2564 0.3922 2.34e-06 3a01:E
26 1nk2:P 77 55 0.3818 0.2727 0.3818 2.47e-06 1nk3:P
27 3rkq:A 58 53 0.4182 0.3966 0.4340 3.86e-06 3rkq:B
28 6e8c:A 135 51 0.4000 0.1630 0.4314 4.03e-06 6a8r:A, 6a8r:B, 6dfy:C, 6dfy:D, 7dw5:A, 7dw5:B, 6u81:A, 6u82:A, 6u82:D, 5z2t:C, 5z2t:D, 5z6z:A, 5zfw:A, 5zfy:A, 5zfz:A
29 6e8c:A 135 48 0.2909 0.1185 0.3333 3.53e-04 6a8r:A, 6a8r:B, 6dfy:C, 6dfy:D, 7dw5:A, 7dw5:B, 6u81:A, 6u82:A, 6u82:D, 5z2t:C, 5z2t:D, 5z6z:A, 5zfw:A, 5zfy:A, 5zfz:A
30 8osb:E 62 54 0.3818 0.3387 0.3889 7.73e-06
31 2lkx:A 68 54 0.3455 0.2794 0.3519 9.66e-06
32 8ik5:C 67 54 0.3273 0.2687 0.3333 1.16e-05 8ike:C, 8ilw:C
33 8ejo:A 56 51 0.3273 0.3214 0.3529 2.30e-05 8ejo:B, 8ejp:A, 8ejp:B
34 4rbo:A 55 53 0.3818 0.3818 0.3962 2.80e-05 4rbo:D
35 5flv:M 229 51 0.4000 0.0961 0.4314 5.48e-05 5flv:A, 5flv:E, 5flv:I, 4s0h:A, 4s0h:B, 4s0h:E, 4s0h:F, 6wc2:N, 6wc2:M, 6wc2:O, 6wc5:I, 6wc5:N, 2x6u:A, 2x6v:A, 2x6v:B
36 5hod:A 61 54 0.3273 0.2951 0.3333 0.002 5hod:D
37 1lfu:P 82 58 0.3091 0.2073 0.2931 0.035 1b72:B, 1b8i:B, 4cyc:B, 1puf:B, 2r5y:B, 2r5z:B, 4uus:B, 4uus:F, 5zjq:B, 5zjr:B, 5zjs:B, 5zjt:B
38 1le8:A 53 53 0.2182 0.2264 0.2264 0.036 1akh:A, 1yrn:A
39 8g8e:X 140 27 0.2000 0.0786 0.4074 0.047 8g87:X, 8g88:X, 8g8b:X, 8g8g:X, 8sps:M, 7u0g:K
40 4egc:A 539 34 0.2000 0.0204 0.3235 0.060
41 1gt0:C 137 54 0.2727 0.1095 0.2778 0.090 1cqt:A, 1cqt:B, 1e3o:C, 1hf0:A, 1hf0:B, 1o4x:A, 1oct:C
42 9b8u:B 66 47 0.2364 0.1970 0.2766 0.11 9b8u:A, 9b8u:C, 9b8u:D
43 3d1n:I 150 57 0.2545 0.0933 0.2456 0.44 3d1n:K, 3d1n:J, 3d1n:L, 3d1n:M, 3d1n:N, 3d1n:O, 3d1n:P
44 2d5v:A 135 49 0.2545 0.1037 0.2857 0.56 2d5v:B, 8t0f:A, 8t11:A
45 3l1p:A 147 26 0.1636 0.0612 0.3462 0.60 8bx2:A, 6ht5:E, 3l1p:B, 8sps:L, 8spu:L, 6t90:K, 7u0g:M, 7u0g:L, 7u0i:L, 7u0i:M
46 8bx1:A 127 25 0.1636 0.0709 0.3600 0.82
47 3bre:B 328 27 0.2000 0.0335 0.4074 0.84 3bre:A
48 5aec:A 364 16 0.1455 0.0220 0.5000 1.0 5aec:B, 4uwm:A, 4uwm:B
49 7xxy:A 137 44 0.2364 0.0949 0.2955 1.2 7xxv:A
50 1kmy:A 288 14 0.1636 0.0312 0.6429 1.2 1han:A, 1knd:A, 1knf:A, 1lgt:A, 1lkd:A
51 3i5c:B 198 27 0.2000 0.0556 0.4074 1.7 3i5c:A, 1ij0:A, 1ij0:B, 1ij0:C, 1ij1:A, 1ij1:B, 1ij1:C, 3k7z:A, 3k7z:B, 1rb4:A, 1rb4:B, 1swi:C, 6xne:C
52 6eff:B 206 15 0.1455 0.0388 0.5333 2.6 6eff:A, 6eff:C, 6eff:D
53 7nvh:A 717 23 0.1636 0.0126 0.3913 3.8
54 6ql9:D 1765 35 0.2182 0.0068 0.3429 3.9 3hmj:A, 3hmj:B, 3hmj:C, 8prv:A, 8prv:B, 8prw:A, 8prw:B, 8prw:C, 8prw:D, 8prw:E, 8prw:F, 8ps1:A, 6ql6:F, 6ql6:E, 6ql6:D, 6ql6:C, 6ql6:B, 6ql6:A, 6ql9:F, 6ql9:A, 6ql9:E, 6ql9:B, 6ql9:C, 6ta1:A, 6ta1:B, 6ta1:D, 6ta1:K, 6ta1:F, 6ta1:I, 6u5u:A, 2vkz:A, 2vkz:B, 2vkz:C, 2wat:A, 2wat:B, 2wat:C, 2wat:D, 2wat:E, 2wat:F
55 5wc9:A 136 54 0.2545 0.1029 0.2593 4.0 1au7:A, 1au7:B, 5wc9:B, 5wc9:E, 5wc9:F
56 8e9g:E 233 23 0.1818 0.0429 0.4348 5.1 8e9h:E, 8e9i:E
57 3i5a:A 319 12 0.1455 0.0251 0.6667 6.1
58 7oik:A 4426 25 0.2000 0.0025 0.4400 8.0 7oim:A, 6tax:A, 6tay:A
59 7k7m:B 757 23 0.1273 0.0092 0.3043 8.1 7k7m:A, 7n6b:A
60 3khu:B 467 33 0.2000 0.0236 0.3333 8.3 6c4j:A, 6c4j:B, 6c4j:C, 6c4j:D, 6c4j:E, 6c4j:F, 6c4j:G, 6c4j:H, 6c4j:I, 6c4j:J, 6c4j:K, 6c4j:L, 6c58:A, 6c58:B, 6c58:C, 6c58:D, 6c58:E, 6c58:F, 6c5a:A, 6c5a:B, 6c5a:C, 6c5a:D, 6c5a:E, 6c5a:F, 6c5z:A, 6c5z:B, 6c5z:C, 6c5z:D, 6c5z:E, 6c5z:F, 3khu:A, 3khu:C, 3khu:D, 3khu:E, 3khu:F, 3prj:A, 3prj:B, 3prj:C, 3prj:D, 3prj:E, 3prj:F, 3ptz:A, 3ptz:B, 3ptz:C, 3ptz:D, 3ptz:E, 3ptz:F, 2q3e:A, 2q3e:B, 2q3e:C, 2q3e:D, 2q3e:E, 2q3e:F, 2q3e:G, 2q3e:H, 2q3e:I, 2q3e:J, 2q3e:K, 2q3e:L, 2qg4:A, 2qg4:B, 2qg4:C, 2qg4:D, 2qg4:E, 2qg4:F, 2qg4:G, 2qg4:H, 3tdk:A, 3tdk:B, 3tdk:G, 3tdk:H, 3tdk:L, 3tdk:K, 3tdk:F, 3tdk:E, 3tdk:D, 3tdk:C, 3tdk:J, 3tdk:I, 5tjh:A, 5tjh:B, 5tjh:C, 5tjh:D, 5tjh:E, 5tjh:F, 5vr8:A, 5vr8:B, 5vr8:C, 5vr8:D, 5vr8:E, 5vr8:F
61 4edf:A 431 33 0.2000 0.0255 0.3333 9.0 4edf:B, 4edf:C, 4edf:D
62 6efd:A 206 15 0.1273 0.0340 0.4667 9.5 6efc:A, 7kmj:A, 8st6:A, 6x3k:A, 6x3q:A

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023)(download the PDF file).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • zhanglabzhanggroup.org | +65-6601-1241 | Computing 1, 13 Computing Drive, Singapore 117417