Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum Lab Only
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
RNFSKQASEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELARKCGITVSQVSNWFGNKRIRYKKNI

The query sequence (length=58) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1lfu:P 82 58 0.9310 0.6585 0.9310 4.30e-36 1b72:B, 1b8i:B, 4cyc:B, 1puf:B, 2r5y:B, 2r5z:B, 4uus:B, 4uus:F, 5zjq:B, 5zjr:B, 5zjs:B, 5zjt:B
2 4xrm:B 64 51 0.4310 0.3906 0.4902 5.37e-15 5bng:B, 5bng:A, 5eg0:A, 5ego:A, 8vts:B, 8vts:D, 8vtt:D, 4xrm:A, 4xrs:A, 4xrs:B
3 6fqp:A 67 57 0.3621 0.3134 0.3684 2.10e-09 6fqp:B, 6fqq:A, 6fqq:B, 6fqq:D, 6fqq:E
4 4egc:A 539 53 0.4310 0.0464 0.4717 9.30e-09
5 1le8:A 53 54 0.4138 0.4528 0.4444 1.08e-06 1akh:A, 1yrn:A
6 1mnm:C 77 49 0.2586 0.1948 0.3061 2.46e-05 1mnm:D
7 5zjr:A 64 52 0.3448 0.3125 0.3846 2.64e-05 5zjq:A, 5zjs:A, 5zjt:A, 5zjt:E
8 1akh:B 78 49 0.2586 0.1923 0.3061 4.61e-05 1apl:C, 1apl:D, 1k61:A, 1k61:B, 1k61:C, 1k61:D, 1le8:B, 1yrn:B
9 3a01:F 61 35 0.2414 0.2295 0.4000 5.87e-05 3a01:B, 3lnq:A
10 3cmy:A 60 50 0.2931 0.2833 0.3400 6.85e-05
11 1fjl:A 65 47 0.2586 0.2308 0.3191 4.00e-04 1fjl:B, 1fjl:C
12 8osb:E 62 34 0.2241 0.2097 0.3824 5.07e-04
13 6e8c:A 135 32 0.2414 0.1037 0.4375 5.14e-04 6a8r:A, 6a8r:B, 6dfy:C, 6dfy:D, 7dw5:A, 7dw5:B, 6u81:A, 6u82:A, 6u82:D, 5z2t:C, 5z2t:D, 5z6z:A, 5zfw:A, 5zfy:A, 5zfz:A
14 6e8c:A 135 51 0.3276 0.1407 0.3725 0.004 6a8r:A, 6a8r:B, 6dfy:C, 6dfy:D, 7dw5:A, 7dw5:B, 6u81:A, 6u82:A, 6u82:D, 5z2t:C, 5z2t:D, 5z6z:A, 5zfw:A, 5zfy:A, 5zfz:A
15 2lkx:A 68 50 0.2759 0.2353 0.3200 6.99e-04
16 1puf:A 77 51 0.2931 0.2208 0.3333 0.002 2lp0:A
17 8ejo:A 56 52 0.3276 0.3393 0.3654 0.002 8ejo:B, 8ejp:A, 8ejp:B
18 4uus:A 67 39 0.2241 0.1940 0.3333 0.002 4uus:E
19 3d1n:I 150 50 0.3103 0.1200 0.3600 0.004 3d1n:K, 3d1n:J, 3d1n:L, 3d1n:M, 3d1n:N, 3d1n:O, 3d1n:P
20 4qtr:C 57 55 0.2931 0.2982 0.3091 0.005 4qtr:A, 4qtr:B, 4qtr:D
21 4cyc:A 66 39 0.2241 0.1970 0.3333 0.006 1b8i:A
22 4rdu:D 62 34 0.2586 0.2419 0.4412 0.007 4rdu:A, 4xrs:I, 4xrs:G
23 5hod:A 61 53 0.2759 0.2623 0.3019 0.007 5hod:D
24 1b72:A 68 53 0.2759 0.2353 0.3019 0.009
25 8ik5:C 67 33 0.2241 0.1940 0.3939 0.012 8ike:C, 8ilw:C
26 8pna:A 67 46 0.2414 0.2090 0.3043 0.013 8pm5:A, 8pm5:D, 8pm5:G, 8pm5:M, 8pm5:J, 8pm7:A, 8pm7:C, 8pm7:E, 8pm7:G, 8pmc:A, 8pmc:C, 8pmc:E, 8pmc:G, 8pmf:A, 8pmn:A, 8pmv:A, 8pmv:D, 8pmv:G, 8pmv:J, 8pn4:A, 8pn4:D, 8pn4:G, 8pn4:M, 8pn4:J, 8pnc:A, 8pnc:K, 8pnc:E, 8pnc:H
27 8eml:A 58 37 0.2414 0.2414 0.3784 0.013 8eml:B
28 2h1k:B 60 51 0.2759 0.2667 0.3137 0.016 2h1k:A
29 1ahd:P 68 51 0.2586 0.2206 0.2941 0.019
30 2r5z:A 75 51 0.2586 0.2000 0.2941 0.020 9ant:A, 9ant:B, 5jlw:A, 5jlw:D, 5jlx:A, 5jlx:D, 2r5y:A, 4xic:A, 4xic:D, 4xid:A, 4xid:D
31 4j19:A 77 73 0.3621 0.2727 0.2877 0.026 4j19:B
32 6es3:K 72 51 0.3103 0.2500 0.3529 0.033 6es2:K, 6es2:L, 6es3:M, 5lty:K, 5lty:M, 5lux:K, 5lux:L, 7q3o:K, 7q3o:C, 7q3o:E, 7q3o:G, 7q4n:K, 7q4n:C
33 4rbo:A 55 54 0.2759 0.2909 0.2963 0.047 4rbo:D
34 2ld5:A 67 48 0.2069 0.1791 0.2500 0.075
35 6m3d:C 108 37 0.2069 0.1111 0.3243 0.080 1du0:A, 1du0:B, 1hdd:C, 1hdd:D, 2hdd:A, 2hdd:B, 3hdd:A, 3hdd:B, 2hos:A, 2hos:B, 2hot:A, 2hot:B
36 6m3d:C 108 33 0.1897 0.1019 0.3333 0.23 1du0:A, 1du0:B, 1hdd:C, 1hdd:D, 2hdd:A, 2hdd:B, 3hdd:A, 3hdd:B, 2hos:A, 2hos:B, 2hot:A, 2hot:B
37 3a01:A 78 27 0.1724 0.1282 0.3704 0.084 3a01:E
38 5eea:G 63 46 0.1724 0.1587 0.2174 0.20 8byx:B, 8byx:J, 8byx:A, 8byx:K, 8byx:G, 8byx:L, 5edn:A, 5edn:B, 5edn:G, 5edn:J, 5eea:B, 5eea:A, 5eea:J, 5ef6:A, 5ef6:J, 5ef6:B, 5ef6:G, 5eg0:B, 5ego:B, 5no6:A, 5no6:B, 7psx:A, 7psx:B, 7psx:G, 7psx:J
39 2d5v:A 135 33 0.2241 0.0963 0.3939 0.20 2d5v:B, 8t0f:A, 8t11:A
40 1zq3:P 68 52 0.2931 0.2500 0.3269 0.26
41 9b8u:B 66 27 0.2069 0.1818 0.4444 0.34 9b8u:A, 9b8u:C, 9b8u:D
42 6cpu:A 526 56 0.2931 0.0323 0.3036 0.47 6cpt:A
43 8dzz:A 2363 41 0.2069 0.0051 0.2927 0.63 8dzz:D, 8e00:A
44 7mgm:A 2274 41 0.2069 0.0053 0.2927 0.64
45 5flv:M 229 34 0.2069 0.0524 0.3529 0.65 5flv:A, 5flv:E, 5flv:I, 4s0h:A, 4s0h:B, 4s0h:E, 4s0h:F, 6wc2:N, 6wc2:M, 6wc2:O, 6wc5:I, 6wc5:N, 2x6u:A, 2x6v:A, 2x6v:B
46 4w8f:B 2609 41 0.2069 0.0046 0.2927 0.66 220l:A, 223l:A, 225l:A, 227l:A, 148l:E, 258l:A, 259l:A, 260l:A, 182l:A, 183l:A, 184l:A, 185l:A, 186l:A, 187l:A, 188l:A, 2a4t:A, 1c61:A, 1c62:A, 1c65:A, 1c66:A, 1c67:A, 1c68:A, 1c6a:A, 1c6b:A, 1c6d:A, 1c6e:A, 1c6g:A, 1c6h:A, 1c6j:A, 1c6k:A, 1c6m:A, 1c6n:A, 1c6q:A, 1c6t:A, 2cuu:A, 3dmx:A, 3dmz:A, 3dn0:A, 3dn1:A, 3dn2:A, 3dn3:A, 3dn4:A, 3dn6:A, 3dn8:A, 3dna:A, 1epy:A, 5g27:A, 3g3v:A, 3g3w:A, 3g3x:A, 3guj:A, 3guk:A, 3gul:A, 3gul:B, 3gum:A, 3gum:B, 3gun:A, 3gun:B, 3guo:A, 3guo:B, 3gup:A, 3gup:B, 3hh3:A, 3hh5:A, 3hh6:A, 3ht6:A, 3ht7:A, 3ht8:A, 3ht9:A, 3htb:A, 3htd:A, 3htf:A, 3htg:A, 3hu8:A, 3hu9:A, 3hua:A, 3huk:A, 3huq:A, 3hwl:A, 2igc:A, 5jdt:A, 5jgn:A, 5jgr:A, 5jgv:A, 5jgz:A, 5jws:A, 5jwt:A, 5jwu:A, 5jwv:A, 5jww:A, 3k2r:A, 3l2x:A, 7l3b:A, 7l3c:A, 7l3d:A, 7l3e:A, 7l3f:A, 7l3g:A, 7l3h:A, 7l3i:A, 7l3j:A, 7l3k:A, 1l83:A, 1l84:A, 1lgw:A, 1lgx:A, 1li3:A, 1li6:A, 7loa:A, 7lob:A, 7loc:A, 7lod:A, 7loe:A, 7lof:A, 7log:A, 7loj:A, 5lwo:A, 7lx6:A, 7lx7:A, 7lx8:A, 7lx9:A, 7lxa:A, 4lzm:A, 5lzm:A, 6lzm:A, 7lzm:A, 1nhb:A, 2ntg:A, 2nth:A, 2oty:X, 2otz:X, 2ou0:X, 2ou8:A, 2ou9:A, 1ov5:A, 1ov7:A, 1ovh:A, 1ovj:A, 1ovk:A, 1owy:A, 1owz:A, 6pgy:A, 6pgz:A, 6pgz:B, 4pjz:A, 4pk0:A, 2q9d:A, 2q9e:B, 2q9e:C, 2ray:X, 2raz:X, 2rb0:X, 2rb1:X, 2rb2:X, 2rbn:A, 2rbo:A, 2rbp:A, 2rbq:A, 2rbr:A, 2rbs:A, 3run:A, 3sb5:B, 3sb5:A, 3sb5:C, 3sb5:D, 3sb6:A, 3sb6:B, 3sb8:A, 3sb8:B, 3sb9:A, 3sb9:B, 3sba:B, 3sba:C, 3sba:F, 8tat:A, 6v51:A, 4w52:A, 4w53:A, 4w54:A, 4w55:A, 4w56:A, 4w57:A, 4w58:A, 4w59:A, 4w8f:A, 1xep:A, 1zur:A, 1zwn:A, 1zyt:A
47 4ai6:A 2650 41 0.2069 0.0045 0.2927 0.68 4ai6:B, 4akg:A, 4akg:B, 4akh:A, 4akh:B, 4aki:A, 4aki:B, 3crt:A, 3cru:A, 3d0z:A, 1dug:A, 1dug:B, 1gne:A, 1gtb:A, 8gyd:A, 8gyd:B, 5gzz:B, 5gzz:C, 5gzz:D, 5gzz:E, 5gzz:F, 5gzz:G, 6ji6:A, 1m99:A, 1m9a:A, 1m9b:A, 7mi3:A, 7mi6:A, 6rwd:A, 6rwd:B, 1u87:A, 1u88:A, 1ua5:A, 4wr4:A, 4wr5:A
48 3rkq:A 58 33 0.2069 0.2069 0.3636 0.69 3rkq:B
49 6qs4:C 630 54 0.2931 0.0270 0.3148 0.89 5og1:C, 5og1:D, 6qs4:D, 6qs4:E, 6qs6:C, 6qs6:D, 6qs7:C, 6qs7:D, 6qs7:E, 6qs8:C, 6qs8:D, 6qs8:E
50 3l1p:A 147 38 0.2069 0.0816 0.3158 0.97 8bx2:A, 6ht5:E, 3l1p:B, 8sps:L, 8spu:L, 6t90:K, 7u0g:M, 7u0g:L, 7u0i:L, 7u0i:M
51 8bx1:A 127 33 0.1897 0.0866 0.3333 1.4
52 6fwf:A 712 27 0.1897 0.0154 0.4074 2.0
53 8g8e:X 140 39 0.1897 0.0786 0.2821 3.3 8g87:X, 8g88:X, 8g8b:X, 8g8g:X, 8sps:M, 7u0g:K
54 1ig7:A 58 34 0.1897 0.1897 0.3235 3.5
55 5ej0:A 212 41 0.2069 0.0566 0.2927 3.7
56 1jgg:A 57 34 0.1897 0.1930 0.3235 5.4 1jgg:B
57 2hk6:A 309 44 0.2069 0.0388 0.2727 5.5 1c1h:A, 1c9e:A, 1ld3:A, 3m4z:A, 2q2n:A, 2q2o:A, 2q3j:A
58 2zue:A 628 34 0.2414 0.0223 0.4118 6.5 2zuf:A
59 4i1i:A 320 14 0.1724 0.0312 0.7143 7.2
60 4eyw:B 634 23 0.1724 0.0158 0.4348 7.4 2deb:A, 2deb:B, 4ep9:A, 4eph:A, 4eyw:A, 2fw3:A, 2rcu:A, 2rcu:B
61 7l28:C 375 22 0.1724 0.0267 0.4545 7.5 7eg0:A, 7eg0:C, 7eg1:A, 7eg1:C, 7eg4:C, 7eg4:A, 7kwe:A, 7kwe:D, 7kwe:C, 7kwe:B, 7l27:A, 7l27:B, 7l27:C, 7l27:D, 7l28:A, 7l28:B, 7l28:D, 7l29:A, 7l29:B, 7l29:C, 7l29:D, 7lrc:B, 7lrc:C, 7lrd:B, 7lrd:D
62 2me6:A 71 34 0.1724 0.1408 0.2941 8.5
63 3bul:A 577 40 0.1724 0.0173 0.2500 8.9 6bdy:A, 1bmt:A, 1bmt:B, 6bm5:A, 6bm6:A, 3iv9:A, 3iva:A, 1k7y:A, 1k98:A, 1msk:A
64 3hft:A 242 21 0.1379 0.0331 0.3810 9.0

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023)(download the PDF file).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • zhanglabzhanggroup.org | +65-6601-1241 | Computing 1, 13 Computing Drive, Singapore 117417