Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
REVLDLGELISEFEVLLRRLLREDVKLITDYGRDLPQVRADKSQLETAVMNLAVNARDAVRAAKGGGVVRIRTARLTRDE
AIQLGFPAADGDTAFIEVSDDGPGIPPDVMGKIFDPFFTTKPVGEGTGLGLATVYGIVKQSDGWIHVHSRPNEGAAFRIF
LPVYEAPAALEHHHHHH

The query sequence (length=177) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5idj:A 242 166 0.9379 0.6860 1.0000 1.67e-118 5idm:A, 5idm:B
2 4gcz:B 378 177 0.3503 0.1640 0.3503 1.52e-15 4gcz:A
3 4biv:A 269 99 0.2147 0.1413 0.3838 1.50e-13 4biu:C, 4biu:E, 4biu:F, 4biv:B, 4biw:A, 4biw:B, 4bix:A, 4biy:A, 4biy:C, 4biz:A, 4biz:C, 4biz:E, 4biz:F, 4cb0:A, 4cb0:B, 5lfk:A, 5lfk:B
4 8a6x:B 368 165 0.3164 0.1522 0.3394 4.35e-13 8a3u:A, 8a52:A, 8a52:B, 8a6x:A, 8a7f:A, 8a7f:B, 8a7h:A, 8a7h:B
5 3a0t:A 152 174 0.2994 0.3487 0.3046 1.05e-11 3a0w:A
6 3d36:B 221 126 0.1808 0.1448 0.2540 5.55e-11 3d36:A
7 4kp4:A 219 129 0.2147 0.1735 0.2946 2.27e-09 1bxd:A
8 5c93:A 235 135 0.2655 0.2000 0.3481 2.43e-09 5c93:B, 4u7o:A, 4u7o:B, 4zki:B
9 6qrj:A 463 133 0.2429 0.0929 0.3233 2.24e-07 6qrl:A, 6qrl:B
10 8f71:B 196 134 0.2147 0.1939 0.2836 2.85e-07 8f71:A
11 8upk:A 739 149 0.2542 0.0609 0.3020 4.31e-06 8uph:A, 8uph:B, 8upk:B, 8upm:A, 8upm:B
12 7z8n:A 292 145 0.2486 0.1507 0.3034 6.09e-06 7z8n:B
13 6blk:C 158 132 0.2373 0.2658 0.3182 1.85e-05 6blk:D, 6blk:A, 6blk:B
14 4jav:A 246 88 0.1638 0.1179 0.3295 2.46e-05 6azr:A, 6azr:C, 2c2a:A, 3dge:A, 3dge:B, 4jas:A, 4jau:A, 4jav:B, 6rfv:A, 6rfv:B, 6rgy:A, 6rgy:B, 6rgz:A, 6rgz:B, 6rh0:A, 6rh0:B, 6rh1:A, 6rh1:B, 6rh2:A, 6rh2:B, 6rh7:A, 6rh7:B, 6rh8:A, 6rh8:B, 5uht:A, 5uht:C
15 3sl2:A 145 140 0.2316 0.2828 0.2929 3.06e-04
16 4xiv:B 252 101 0.1582 0.1111 0.2772 0.001 4xiv:A
17 2ch4:A 320 104 0.1638 0.0906 0.2788 0.003 2ch4:B, 1i58:A, 1i58:B, 1i59:A, 1i59:B, 1i5a:A, 1i5a:B, 1i5b:A, 1i5b:B, 1i5c:A, 1i5c:B, 1i5d:A, 6mi6:A, 6mi6:B, 6mi6:C, 6mi6:D, 8oyq:B, 8oyq:A, 8oyz:B, 8oyz:A, 8oz9:B, 8oz9:A, 8p3n:B, 8p3n:A, 8p3r:A, 8p3r:B, 8p59:A, 8p59:B, 8pf2:B, 8pf2:A
18 1id0:A 146 51 0.1186 0.1438 0.4118 0.005
19 4pl9:A 150 117 0.1977 0.2333 0.2991 0.022
20 7rzw:B 864 162 0.2373 0.0486 0.2593 0.20 7rzw:A
21 3d2r:B 362 70 0.1130 0.0552 0.2857 0.36 3d2r:A, 2e0a:A, 2e0a:B, 7eat:A, 7eat:B, 7ebb:A, 7ebb:B, 7ebg:B, 2zdx:B, 2zdy:A, 2zdy:B, 2zkj:A, 2zkj:B
22 1l0o:A 141 59 0.1130 0.1418 0.3390 0.61 1l0o:B, 1th8:A, 1thn:A, 1thn:C, 1tid:A, 1tid:C, 1til:A, 1til:C, 1til:E
23 3crl:B 383 48 0.0904 0.0418 0.3333 0.69 2bu2:A, 2bu5:A, 2bu6:A, 2bu7:A, 2bu8:A, 3crk:A, 3crk:B, 3crl:A, 7ea0:A, 7eas:A, 7ebh:A, 5j6a:A, 1jm6:A, 1jm6:B, 6lil:A, 6lil:B, 6lin:A, 6lin:B, 6lin:C, 6lin:D, 6lio:A, 6lio:B, 5m4k:A, 5m4m:A, 5m4n:A, 5m4p:A, 4mp2:A, 4mp7:A, 4mpc:A, 4mpe:A, 4mpn:A, 6tmp:AAA, 6tmq:AAA, 6tmz:AAA, 6tn0:AAA, 6tn2:AAA, 4v25:A, 4v26:A, 7vbu:A, 7vbv:A, 7vbv:B, 7vbx:A, 8zm1:A, 8zm2:A
24 8f5f:A 326 55 0.1017 0.0552 0.3273 0.71 4dzy:A, 4e00:A, 4e01:A, 4e02:A, 8egd:A, 8egf:A, 8egq:A, 8egu:A, 8f4q:A, 8f5f:B, 8f5j:A, 8f5s:A, 8f5s:B, 1gjv:A, 1gkz:A, 4h7q:A, 4h81:A, 4h85:A, 3tz0:A, 3tz2:A, 3tz4:A, 3tz5:A, 3vad:A
25 7yey:A 162 51 0.1073 0.1173 0.3725 0.89 7vkl:A
26 8v6g:A 1050 92 0.1243 0.0210 0.2391 1.00 8v6h:A, 8v6i:A, 8v6j:A
27 8g99:A 1063 92 0.1243 0.0207 0.2391 1.00 8g9f:A, 8g9l:A, 8g9n:A, 8g9o:A, 8ucu:A, 8ucv:A, 8ucw:A, 8v5m:A, 8v5n:A, 8v5o:A
28 1y8p:A 381 50 0.0904 0.0420 0.3200 1.00 2q8i:A, 1y8n:A, 1y8o:A
29 8g3b:E 334 91 0.1299 0.0689 0.2527 1.7 8g3f:E
30 4urm:B 195 56 0.0904 0.0821 0.2857 2.0 5cph:A, 5cph:B, 5ctu:A, 5ctu:B, 5ctw:A, 5ctw:B, 5ctx:B, 5cty:B, 5d6p:A, 5d6p:B, 5d6q:B, 5d7c:A, 5d7c:B, 5d7d:A, 5d7d:B, 5d7r:A, 5d7r:B, 3g75:A, 3g75:B, 3g7b:A, 3g7b:B, 4p8o:A, 4p8o:B, 6tck:A, 6tck:B, 3ttz:A, 3ttz:B, 6ttg:A, 6ttg:B, 3u2d:A, 3u2d:B, 3u2k:A, 3u2k:B, 4urm:A, 4urm:C, 4urm:D, 4uro:A, 4uro:B, 4uro:C, 4uro:D, 5z9p:A, 5z9p:B
31 3j9w:AE 165 105 0.1695 0.1818 0.2857 5.0 8buu:e, 8cdu:G, 8cdv:G, 8cec:G, 8ced:G, 8cee:G, 6ha1:e, 6ha8:e, 6htq:e, 5njt:E, 7o5b:E, 8qcq:e, 7qgu:j, 7qh4:i, 8qpp:E, 7qv1:e, 7qv2:e, 7qv3:e, 8r55:E
32 7fhk:A 663 36 0.0678 0.0181 0.3333 5.5 5dqq:A, 7fhk:C, 7fhl:A, 7fhl:C, 7fhn:A, 7fhn:C, 7fho:A, 7fho:C, 5tua:A
33 2anr:A 155 24 0.0565 0.0645 0.4167 5.9 2ann:A
34 2q8g:A 368 102 0.1412 0.0679 0.2451 5.9 2q8h:A
35 1d02:B 200 49 0.0734 0.0650 0.2653 5.9 1d02:A
36 8ujm:B 237 24 0.0621 0.0464 0.4583 6.8 8ujm:A
37 6cpm:E 79 41 0.0847 0.1899 0.3659 9.8

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218