Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
RDSGTVWGALGHGIDLDIPNFQMTDDIDEVRWERGSTLVAEFKRKMKPFLKSGAFEILANGDLKIKNLTRDDSGTYNVTV
YSTNGTRILNKALDLRILE

The query sequence (length=99) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1t6w:A 99 99 1.0000 1.0000 1.0000 1.73e-69
2 8cro:C 390 57 0.1818 0.0462 0.3158 0.005
3 6zr7:AAA 292 46 0.1515 0.0514 0.3261 0.029
4 7ok5:A 582 77 0.2424 0.0412 0.3117 0.040 7ok5:B
5 5nrl:A 2216 47 0.1717 0.0077 0.3617 0.049 6bk8:A, 6exn:A, 7fju:A, 7fjv:A, 7fjw:A, 7fjy:A, 7fjz:A, 7fk1:A, 7fk2:A, 7fk3:A, 7fk4:A, 7fk6:A, 7fka:A, 7fkh:A, 7fkj:A, 7fkk:A, 7fkl:A, 7fkn:A, 7fko:A, 7fkp:A, 7fkr:A, 7fkt:A, 7fkv:A, 7fkw:A, 7fkx:A, 7fl1:A, 7fl3:A, 7fl6:A, 7fl9:A, 7fla:A, 7fld:A, 7fle:A, 7flf:A, 7flg:A, 7fli:A, 7flk:A, 7fll:A, 7flm:A, 7flp:A, 7flr:A, 7flu:A, 7flx:A, 7fly:A, 7fm7:A, 7fmb:A, 7fmf:A, 7fmg:A, 7fmi:A, 7fmk:A, 7fml:A, 7fmo:A, 7fmq:A, 7fms:A, 7fmx:A, 7fmy:A, 7fn1:A, 7fn2:A, 7fn4:A, 7fne:A, 7fno:A, 7fnq:A, 7fns:A, 7fnu:A, 7fny:A, 7fo3:A, 7fo4:A, 7fo6:A, 7fo8:A, 7fok:A, 7fol:A, 7fon:A, 7foo:A, 7foq:A, 7for:A, 7foy:A, 7fp0:A, 7fp1:A, 7fp2:A, 7fp3:A, 7fp8:A, 7fpb:A, 7fpd:A, 7fpj:A, 5gap:A, 5lj3:A, 5qy4:A, 5qy6:A, 5qy8:A, 5qy9:A, 5qya:A, 5qyb:A, 5qyc:A, 5qyd:A, 5qye:A, 5qyg:A, 5qyh:A, 5r0b:A, 5r0d:A, 5r0e:A, 5r0f:A, 5r0g:A, 5r0h:A, 5r0i:A, 5r0j:A, 5r0l:A, 5r0m:A, 5st1:A, 5st3:A, 5st9:A, 5stb:A, 5stc:A, 5stn:A, 5stq:A, 5str:A, 5stu:A, 5stz:A, 5su4:A, 5su6:A, 5su8:A, 5sub:A, 5suc:A, 5sue:A, 5sug:A, 5wsg:A, 5ylz:A
6 7dco:A 2205 48 0.1818 0.0082 0.3750 0.061 7b9v:A, 5gm6:A, 3jcm:A, 5lj5:A, 5zwm:A, 5zwo:A
7 5gan:A 2196 48 0.1818 0.0082 0.3750 0.063 5gam:A, 5mps:A, 5mq0:A
8 6s9f:B 300 33 0.1212 0.0400 0.3636 0.068 6s9f:A
9 5lqw:A 2130 47 0.1818 0.0085 0.3830 0.077
10 6iaa:A 815 39 0.1515 0.0184 0.3846 0.21 6iaa:B
11 6iaa:A 815 32 0.1414 0.0172 0.4375 5.0 6iaa:B
12 6rie:O 822 30 0.1515 0.0182 0.5000 0.42 4ckb:A, 4ckb:D, 4ckc:A, 4ckc:D, 4cke:A, 4cke:D, 2vdw:A, 2vdw:C, 2vdw:E, 2vdw:G
13 6fey:C 124 27 0.1212 0.0968 0.4444 0.56
14 4jkw:A 119 113 0.3131 0.2605 0.2743 0.85 4k55:A
15 4y88:A 108 28 0.1111 0.1019 0.3929 0.89
16 5myj:BO 146 41 0.1919 0.1301 0.4634 1.1
17 7zyb:A 112 60 0.1717 0.1518 0.2833 1.1 7zyc:A
18 4gos:A 115 29 0.1010 0.0870 0.3448 1.1
19 7vw3:A 1052 48 0.1818 0.0171 0.3750 1.3 5axw:A, 5czz:A, 7el1:A, 7eni:A, 7enr:A, 8jft:A, 8jg9:A, 8jg9:D
20 7oyc:E1 214 45 0.1212 0.0561 0.2667 1.7
21 5k6w:A 475 80 0.1717 0.0358 0.2125 1.9 5k6v:A, 5k6w:B
22 4y8a:A 108 29 0.1212 0.1111 0.4138 2.5 4y8a:B
23 6kf9:C 388 56 0.1717 0.0438 0.3036 2.9 9bct:C, 9bcu:C
24 6lyc:A 110 54 0.1717 0.1545 0.3148 3.1
25 1e5e:A 394 35 0.1414 0.0355 0.4000 3.1 1e5e:B, 1e5f:A, 1e5f:B
26 5cjx:H 227 22 0.1212 0.0529 0.5455 3.5 5c7k:E, 5cjx:A, 5cjx:D, 6cm3:P, 6cm3:R, 6cm3:T, 8czz:C, 8czz:G, 8czz:K, 8dok:C, 8dok:G, 8dok:K, 6edu:P, 6edu:T, 8g6u:C, 8g6u:G, 8g6u:K, 8gpi:D, 8gpi:H, 8gpi:A, 8gpj:D, 8gpj:H, 8gpj:A, 5js9:E, 5jsa:E, 7kde:S, 7kde:Q, 7kde:O, 7mxe:H, 7mxe:A, 7mxe:M, 6nqd:C, 6nqd:G, 6nqd:K, 4p9h:H, 5thr:T, 5thr:R, 8ttw:C, 8ttw:G, 8ttw:K, 5viy:K, 5viy:O
27 2yd8:A 198 40 0.1212 0.0606 0.3000 3.6
28 5tky:A 597 56 0.1616 0.0268 0.2857 4.2 5tky:B
29 4nzd:A 210 57 0.1818 0.0857 0.3158 5.4 4nzd:B, 4nzd:C, 3tgx:A, 3tgx:C, 3tgx:E, 3tgx:G, 3tgx:I, 3tgx:K, 3tgx:O, 3tgx:M
30 8tgo:D 236 23 0.1010 0.0424 0.4348 6.3 6opa:I, 8tgo:L, 8tgo:b
31 6hv9:3 558 31 0.1313 0.0233 0.4194 9.3
32 2bve:A 119 43 0.1515 0.1261 0.3488 9.4 2bve:B, 1od7:A, 1od9:A, 1oda:A, 1qfo:A, 1qfo:B, 1qfo:C, 1url:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218