Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
PVWKDADTTLFCASDAKAYETEVHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTENFNMWKNNMVEQMHEDIISLWDQSLQPCVVI
KQACPKISFDPIPIHYCTPAGYVILKCNDKNFNGTGPCKNVSSVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEIIIRSENLTNNA
KTIIVHLNKSVEINCTRPSDIRKAYCEINGTKWNKVLKQVTEKLKEHFNNKTIIFQPPSGGDLEITMHTFNCRGEFFYCN
TTQLFNNTCIMKGCNGTITLPCKIKQIINMWQGTGQAMYAPPIDGKINCVSNITGILLTRDGGANNTSNETFRPGGGDMR
DNWRSELYKYKVVQIE

The query sequence (length=336) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 5w4l:G 357 345 0.9792 0.9216 0.9536 0.0 6bf4:G, 8dcq:A, 4dko:A, 4dko:C, 4dkp:A, 4dkp:C, 4dkq:A, 4dkr:A, 4dkr:C, 4dku:A, 4dku:B, 4dkv:A, 4dkv:B, 4dvs:A, 4dvs:B, 4dvt:A, 4dvt:B, 4dvv:A, 4dvv:B, 4dvw:A, 4dvw:B, 4dvx:A, 4dvx:B, 8f9z:A, 8fa0:A, 8gcz:A, 8gd0:A, 8gd1:A, 8gd3:A, 8gd5:A, 8gdj:A, 8gdk:A, 8gjt:A, 4i54:A, 4i54:B, 5kjr:G, 4lsq:G, 6mfp:G, 6mfp:A, 6mg7:G, 7n8q:G, 3ngb:G, 3ngb:A, 3ngb:D, 3ngb:I, 6one:A, 6onf:A, 6onh:A, 6onv:A, 6ooo:A, 6p9n:A, 4rfn:G, 4rfn:A, 4rfo:G, 4rz8:A, 4rz8:B, 4rz8:C, 4rz8:D, 3se9:G, 5u6e:A, 5u6e:B, 5uem:G, 6usw:A, 6ut1:A, 5w4l:A, 6w4m:G
2 4r4n:B 342 344 0.7649 0.7515 0.7471 0.0 4r4n:A, 4r4n:E, 4r4n:I, 4r4n:M, 4r4n:P, 4r4n:S, 4r4n:V
3 3tgs:A 345 348 0.7857 0.7652 0.7586 0.0 5f4l:A, 5f4l:B, 5f4p:D, 5f4p:A, 5f4r:A, 5f4r:C, 5f4u:A, 5f4u:B, 8fly:A, 8fly:B, 8fly:C, 8fly:D, 8flz:A, 8flz:D, 8flz:B, 8flz:C, 8fm0:B, 8fm0:A, 8fm0:C, 8fm0:D, 8fm2:D, 8fm2:B, 8fm2:A, 8fm2:C, 8fm3:A, 8fm3:C, 8fm3:D, 8fm3:B, 8fm4:B, 8fm4:D, 8fm4:A, 8fm4:C, 8fm5:D, 8fm5:A, 8fm5:C, 8fm5:B, 8fm7:A, 8fm7:B, 8fm7:C, 8fm7:D, 8fm8:C, 8fm8:D, 8fm8:A, 8fm8:B, 4i53:A, 4i53:B, 7rsx:C, 7rsx:B, 7rsx:A, 7rsx:D, 7rsy:A, 7rsy:B, 7rsy:C, 7rsy:D, 7rsz:B, 7rsz:A, 7rsz:C, 7rsz:D, 3tgs:B, 7tjo:D, 7tjo:A, 7tjo:C, 7tjo:B, 7tjp:A, 7tjp:B, 7tjp:D, 7tjp:C
4 4laj:A 343 346 0.7827 0.7668 0.7601 0.0 4dvr:G, 2i5y:G, 2i5y:P, 2i60:G, 2i60:P, 4jzw:G, 4jzw:A, 4jzz:A, 4k0a:A, 4ka2:A, 4laj:J, 4laj:F, 4laj:B, 4r4f:A, 1yyl:G, 1yyl:P, 1yym:G, 1yym:P
5 4j6r:G 343 345 0.7708 0.7551 0.7507 0.0
6 4xmp:G 337 340 0.7619 0.7596 0.7529 0.0
7 8d53:G 446 420 0.8244 0.6211 0.6595 0.0
8 7txd:A 397 376 0.7679 0.6499 0.6862 0.0 7txd:E
9 6meo:G 398 385 0.7857 0.6633 0.6857 0.0 6met:G
10 6cm3:D 372 358 0.7649 0.6909 0.7179 0.0 6cm3:E, 6cm3:F, 7lo6:C, 7lo6:A, 7lo6:E, 7lok:A, 7lok:C, 7lok:E, 6u0l:B, 6u0l:C, 6u0n:A, 6u0n:C
11 6opp:A 389 365 0.7679 0.6632 0.7068 0.0 6opo:A, 6opo:D, 6opo:J, 6opp:D, 6opp:J, 6opq:A, 6opq:D, 6opq:E, 5vn3:G, 5vn3:I, 5vn3:J
12 6x5b:A 353 350 0.7560 0.7195 0.7257 0.0 6opn:A, 6opn:D, 6opn:G, 6x5b:D, 6x5b:J, 6x5c:A, 6x5c:D, 6x5c:E
13 5fa2:A 336 340 0.7202 0.7202 0.7118 0.0
14 5te4:G 341 347 0.7292 0.7185 0.7061 1.13e-178
15 6edu:D 401 390 0.7470 0.6259 0.6436 2.16e-175 6edu:E, 6edu:F
16 7mxd:A 472 288 0.6845 0.4873 0.7986 2.27e-155 7mxd:F, 7mxd:G, 7n28:A
17 7mxd:A 472 88 0.2173 0.1547 0.8295 3.03e-46 7mxd:F, 7mxd:G, 7n28:A
18 1gc1:G 297 305 0.6399 0.7239 0.7049 2.48e-154
19 8czz:A 440 281 0.6399 0.4886 0.7651 1.96e-151 8czz:E, 8czz:I
20 8czz:A 440 84 0.2232 0.1705 0.8929 1.92e-48 8czz:E, 8czz:I
21 8tgw:A 387 410 0.6905 0.5995 0.5659 6.68e-151
22 8d0y:G 455 432 0.6756 0.4989 0.5255 2.20e-140 5cez:G, 6ch8:G, 6de7:G, 5i8h:A, 5i8h:C, 7l7u:A, 7l7u:C, 7l7u:E, 6mtj:G, 6mtn:G, 6mu6:G, 6mu7:G, 6mu8:G, 7pc2:A, 7rai:A, 7rai:C, 7rai:E, 8s2e:E, 5t3z:G, 8tjr:B, 8tjr:C, 8tjs:G, 8tjs:N, 8tjs:O, 8ttw:E, 8ttw:I, 8ttw:A, 4tvp:G, 5u7m:G, 5u7o:G, 7ucf:G, 5utf:G, 5v7j:G, 4zmj:G
23 7n6u:B 595 282 0.5774 0.3261 0.6879 2.01e-135 5fuu:A, 5fuu:D, 5fuu:E, 5fuu:F, 6j5e:K, 7n6u:C, 7n6u:A, 7n6w:A, 7n6w:B, 7n6w:C, 6olp:C, 7ska:B, 7ska:O, 7ska:Z, 6vpx:C, 5y14:C, 5y14:A, 5y14:B, 5yc0:B, 5yc0:C, 5yc0:F
24 7n6u:B 595 84 0.2113 0.1193 0.8452 1.81e-43 5fuu:A, 5fuu:D, 5fuu:E, 5fuu:F, 6j5e:K, 7n6u:C, 7n6u:A, 7n6w:A, 7n6w:B, 7n6w:C, 6olp:C, 7ska:B, 7ska:O, 7ska:Z, 6vpx:C, 5y14:C, 5y14:A, 5y14:B, 5yc0:B, 5yc0:C, 5yc0:F
25 7lu9:e 461 291 0.5804 0.4230 0.6701 9.13e-135 7lu9:f
26 7lu9:e 461 84 0.2054 0.1497 0.8214 6.85e-44 7lu9:f
27 8fae:A 468 293 0.5863 0.4209 0.6724 1.82e-133 8fad:C, 8fad:E, 8fad:A, 8fae:C, 8fae:E
28 8fae:A 468 84 0.2143 0.1538 0.8571 2.66e-45 8fad:C, 8fad:E, 8fad:A, 8fae:C, 8fae:E
29 6ch9:G 448 281 0.5565 0.4174 0.6655 2.10e-130 6mug:G
30 6ch9:G 448 84 0.2173 0.1629 0.8690 3.84e-45 6mug:G
31 5fyj:G 479 286 0.5506 0.3862 0.6469 5.15e-127
32 5fyj:G 479 84 0.2143 0.1503 0.8571 2.54e-45
33 6pwu:A 615 287 0.5446 0.2976 0.6376 3.34e-125 6j5e:I, 6ulc:C, 6ulc:A, 3vtp:C, 5yb2:E, 5yb2:F, 5yb2:D, 5yb2:A, 5yb2:B, 5yb2:C, 5yb2:M, 5yb3:E, 5yb3:F, 5yb3:D, 5yc0:A, 5yc0:D, 5yc0:E, 5z0w:E, 5zcx:A, 5zpw:A, 5zpw:E, 5zpw:C
34 6pwu:A 615 84 0.2143 0.1171 0.8571 3.10e-45 6j5e:I, 6ulc:C, 6ulc:A, 3vtp:C, 5yb2:E, 5yb2:F, 5yb2:D, 5yb2:A, 5yb2:B, 5yb2:C, 5yb2:M, 5yb3:E, 5yb3:F, 5yb3:D, 5yc0:A, 5yc0:D, 5yc0:E, 5z0w:E, 5zcx:A, 5zpw:A, 5zpw:E, 5zpw:C
35 6tyb:G 345 359 0.3631 0.3536 0.3398 1.72e-56 3fus:A
36 7t4g:A 493 295 0.2738 0.1866 0.3119 2.31e-34 7t4g:C, 7t4g:E
37 7t4g:A 493 84 0.0923 0.0629 0.3690 1.73e-10 7t4g:C, 7t4g:E
38 6rmw:C 386 48 0.0476 0.0415 0.3333 2.0 6rmd:D, 6rme:A, 6rme:B, 6rme:C, 6rme:D, 6rme:E, 6rme:F, 6rme:G, 6rme:H, 6rmw:A, 6rmw:B, 6rmw:D, 6rmw:E, 6rmw:F, 6rmw:G, 6rmw:H
39 1fay:A 236 30 0.0357 0.0508 0.4000 2.4 1f9k:A, 1f9k:B, 1fay:B, 1fay:C, 1fay:D, 1fay:E, 1fay:F, 1fay:G, 1fay:H
40 1jym:A 179 41 0.0417 0.0782 0.3415 2.7 1jym:B, 1jym:C, 1jym:D, 1jym:E, 1jym:F, 1jym:G, 1jym:H, 1jym:I, 1jym:J, 1rl4:A, 1rl4:B, 1rqc:A, 1rqc:B, 1rqc:C, 1rqc:D, 1rqc:E, 1rqc:F, 1rqc:G, 1rqc:H, 1rqc:I, 1rqc:J
41 4pyu:A 76 45 0.0476 0.2105 0.3556 5.2 4pyu:B, 4pyu:G, 4pyu:K, 4pyu:O, 4pyu:S, 8q7n:s
42 7s7b:F 352 39 0.0357 0.0341 0.3077 6.2 7s7b:B, 7s7c:B
43 6qfo:A 1348 131 0.0893 0.0223 0.2290 6.7 8a19:A, 8a1a:A, 6qep:A, 6qev:B, 6qfk:A, 6sh9:B, 2zxq:A
44 8hr5:A 466 64 0.0655 0.0472 0.3438 9.3
45 2bdz:A 212 93 0.0714 0.1132 0.2581 9.9 2bdz:D, 2bdz:B, 2bdz:C

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218