Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum Lab Only
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PRTVMVNLNIHSSDYYNRSTSPWNLHRNEDPERYPSVIWEAKCRHLGCINADGNVDYHMNSVPIQQEILVLRREPPHCPN
SFRLEKILVSVGCTCVTPI

The query sequence (length=99) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5vb9:A 108 99 0.9697 0.8889 0.9697 7.47e-69 7ama:A, 7ama:B, 7amg:A, 7amg:B, 7amg:C, 7amg:D, 8cdg:A, 8cdg:B, 8dyf:A, 8dyf:B, 8dyg:A, 8dyg:B, 8dyh:A, 8dyh:B, 8dyi:A, 8dyi:B, 5hhv:A, 5hhx:A, 5hi3:A, 5hi3:B, 5hi4:A, 5hi4:B, 5hi5:A, 5hi5:B, 8usr:A, 8usr:B, 8usr:D, 5vb9:B
2 8uss:A 107 108 0.9293 0.8598 0.8519 2.61e-59
3 3jvf:B 104 88 0.5455 0.5192 0.6136 1.43e-34
4 8opt:A 783 45 0.1313 0.0166 0.2889 2.0 8ops:A, 5w0m:B, 5w0n:C, 5w0o:A, 5w0o:B
5 8opp:A 670 45 0.1313 0.0194 0.2889 2.1
6 8htu:H 95 18 0.0808 0.0842 0.4444 2.7 7ksq:H, 7kux:H, 6l35:H, 7xqp:H
7 6z1p:AR 274 55 0.1717 0.0620 0.3091 3.9
8 2ewa:A 330 23 0.1212 0.0364 0.5217 4.0 4e8a:A, 4eh5:A, 1kv2:A, 5ml5:A, 5n63:A, 5omh:A, 2yis:A, 2yiw:A, 3zsi:A, 6zwp:A
9 3itz:A 357 23 0.1212 0.0336 0.5217 4.1 8a8m:A, 1a9u:A, 4a9y:A, 4aa0:A, 4aa4:A, 4aa5:A, 4aac:A, 8acm:AAA, 8aco:AAA, 6anl:A, 2baj:A, 2bak:A, 2bal:A, 2baq:A, 7bdo:A, 7bdq:A, 7be4:A, 7be5:A, 1bl6:A, 1bl7:A, 1bmk:A, 3bv2:A, 3bv3:A, 3bx5:A, 3c5u:A, 3ctq:A, 3d7z:A, 3d83:A, 1di9:A, 4dli:A, 4dlj:A, 3ds6:A, 3ds6:B, 3ds6:C, 3ds6:D, 3dt1:A, 4e6a:A, 4e6c:A, 3e92:A, 3e93:A, 8efj:A, 4eh2:A, 4eh3:A, 4eh4:A, 4eh6:A, 4eh7:A, 4eh8:A, 4eh9:A, 4ehv:A, 5eta:B, 5eta:A, 5etf:A, 4ewq:A, 4f9w:A, 4f9y:A, 4fa2:A, 3fc1:X, 3fi4:A, 3fkl:A, 3fkn:A, 3fko:A, 3fl4:A, 3fln:C, 3flq:A, 3fls:A, 3flw:A, 3fly:A, 3flz:A, 3fmh:A, 3fmj:A, 3fmk:A, 3fml:A, 3fmm:A, 3fmn:A, 3fsf:A, 3fsk:A, 3gc7:A, 3gcp:A, 3gcq:A, 3gcs:A, 3gcu:A, 3gcu:B, 3gcv:A, 2gfs:A, 3gfe:A, 2ghl:A, 2ghm:A, 3gi3:A, 2gtm:A, 2gtn:A, 3ha8:A, 3hec:A, 3heg:A, 3hl7:A, 3hll:A, 3hp2:A, 3hp5:A, 3hrb:A, 3hub:A, 3huc:A, 3hv3:A, 3hv4:A, 3hv4:B, 3hv5:A, 3hv5:B, 3hv6:A, 3hv7:A, 3hvc:A, 6hwt:A, 6hwu:A, 6hwv:A, 2i0h:A, 3iph:A, 3iw5:A, 3iw6:A, 3iw7:A, 3iw8:A, 3k3i:A, 3k3j:A, 4ka3:A, 3kf7:A, 4kin:A, 4kin:B, 4kin:C, 4kin:D, 4kip:A, 4kip:B, 4kiq:A, 4kiq:B, 4kiq:C, 4kiq:D, 3kq7:A, 1kv1:A, 3l8s:A, 3l8x:A, 4l8m:A, 5lar:A, 1lew:A, 1lez:A, 3lfa:A, 3lfb:A, 3lfc:A, 3lfd:A, 3lfe:A, 3lff:A, 3lhj:A, 4loo:A, 4lop:A, 4lop:C, 4lop:B, 4lop:D, 4loq:A, 4loq:B, 4loq:C, 4loq:D, 1m7q:A, 6m95:A, 6m9l:A, 3mpa:A, 3mpt:A, 5mtx:A, 5mty:A, 3mvl:A, 3mvl:B, 3mvm:A, 3mvm:B, 3mw1:A, 5mz3:A, 5n64:A, 5n65:A, 5n66:A, 5n67:A, 5n68:A, 3new:A, 3nnu:A, 3nnv:A, 3nnw:A, 3nnx:A, 3nww:A, 5nzz:E, 5nzz:F, 5nzz:G, 5nzz:H, 3o8p:A, 3o8t:A, 3o8u:A, 5o8u:A, 5o8v:A, 5o90:A, 3obg:A, 3obj:A, 3oc1:A, 3ocg:A, 6ohd:A, 2okr:A, 2okr:D, 5omg:A, 1ouk:A, 1ouy:A, 1ove:A, 1oz1:A, 3p4k:A, 3p5k:A, 3p78:A, 3p79:A, 3p7a:A, 3p7b:A, 3p7c:A, 3pg3:A, 2puu:A, 7pvu:B, 2qd9:A, 6qdz:A, 6qe1:A, 3qud:A, 3que:A, 1r3c:A, 4r3c:A, 5r8u:A, 5r8v:A, 5r8w:A, 5r8x:A, 5r8y:A, 5r8z:A, 5r90:A, 5r91:A, 5r92:A, 5r93:A, 5r94:A, 5r95:A, 5r96:A, 5r97:A, 5r98:A, 5r99:A, 5r9a:A, 5r9b:A, 5r9c:A, 5r9d:A, 5r9e:A, 5r9f:A, 5r9g:A, 5r9h:A, 5r9i:A, 5r9j:A, 5r9k:A, 5r9l:A, 5r9m:A, 5r9n:A, 5r9o:A, 5r9p:A, 5r9q:A, 5r9r:A, 5r9s:A, 5r9t:A, 5r9u:A, 5r9v:A, 5r9w:A, 5r9x:A, 5r9y:A, 5r9z:A, 5ra0:A, 5ra1:A, 5ra2:A, 5ra3:A, 5ra4:A, 5ra5:A, 5ra6:A, 5ra7:A, 5ra8:A, 5ra9:A, 2rg5:A, 2rg6:A, 3rin:A, 3roc:A, 3s3i:A, 3s4q:A, 6sfi:A, 6sfj:A, 6sfk:A, 6sfo:A, 6so1:A, 6so2:A, 6so4:A, 6sod:A, 6soi:A, 6sot:A, 6sou:A, 6sov:A, 6sp9:A, 6spl:A, 5tbe:A, 5tco:A, 6tca:B, 6tca:D, 6tca:F, 6tca:H, 4tyh:B, 3u8w:A, 3uvp:A, 3uvq:A, 3uvr:A, 8vxe:A, 1w7h:A, 1w82:A, 1w83:A, 1w84:A, 1wbn:A, 1wbo:A, 1wbs:A, 1wbt:A, 1wbv:A, 1wbw:A, 5wjj:A, 5xyx:A, 5xyy:A, 6y4t:A, 6y4u:A, 6y4v:A, 6y4w:A, 6y4x:A, 6y6v:A, 6y7w:A, 6y7x:A, 6y7y:A, 6y7z:A, 2y8o:A, 6y80:A, 6y81:A, 6y82:A, 6y85:A, 6y8h:A, 6ycu:A, 6ycw:A, 2yix:A, 6yjc:A, 6yk7:A, 1yqj:A, 1yw2:A, 1ywr:A, 7z6i:AAA, 7z9t:AAA, 7z9t:BBB, 2zaz:A, 2zb0:A, 2zb1:A, 6zqs:A, 3zs5:A, 3zsg:A, 3zsh:A, 4zth:A, 6zwr:A, 1zyj:A, 3zya:A, 1zz2:A, 1zzl:A
10 1ygp:A 858 20 0.0808 0.0093 0.4000 4.8 1ygp:B
11 8jjm:A 484 43 0.1414 0.0289 0.3256 5.6 8jjm:B
12 4pu5:A 438 20 0.0909 0.0205 0.4500 9.1

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023)(download the PDF file).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • zhanglabzhanggroup.org | +65-6601-1241 | Computing 1, 13 Computing Drive, Singapore 117417