Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PPTFNPPVPYFGRLQGGLTARRTIIIKGYVPPTGKSFAINFKVGSSGDIALHINPRMGNGTVVRNSLLNGSWGSEEKKIT
HNPFGPGQFFDLSIRCGLDRFKVYANGQHLFDFAHRLSAFQRVDTLEIQGDVTLSYVQI

The query sequence (length=139) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4ylz:C 140 139 1.0000 0.9929 1.0000 1.75e-101 5cbl:A, 5cbl:B, 5cbl:C, 5cbl:D, 6wab:A, 6wab:B, 4ylz:A, 4ylz:B, 4ylz:D, 4ym0:D, 4ym0:A, 4ym0:B, 4ym0:C, 4ym1:A, 4ym1:B, 4ym1:C, 4ym2:A, 4ym2:B, 4ym2:C, 4ym2:D, 4ym3:A, 4ym3:B, 4ym3:C, 4ym3:D
2 4han:A 293 131 0.4101 0.1945 0.4351 2.60e-35 7aen:A, 7aen:B, 7als:A, 7als:B, 3ap4:A, 3ap4:B, 3ap4:C, 3ap4:D, 3ap6:A, 3ap6:B, 3ap6:C, 3ap6:D, 3ap7:A, 3ap9:A, 4bmb:A, 4bme:A, 4bme:B, 8cm8:A, 8cm8:B, 4fqz:A, 4gxl:A, 5gzc:A, 5gzd:A, 5gze:A, 5gzf:A, 5gzg:A, 4han:B, 7p11:A, 7p11:B, 7p1m:A, 7p1m:B, 5t7i:A, 5t7s:A, 5t7t:A, 5t7u:A, 3vkl:A, 3vkl:B, 3vkm:A, 3vkm:B, 3vko:A, 3vko:B, 5vwg:A, 6w4z:A, 6w4z:B, 2yxs:A, 6z6y:A
3 4han:A 293 140 0.3525 0.1672 0.3500 4.49e-21 7aen:A, 7aen:B, 7als:A, 7als:B, 3ap4:A, 3ap4:B, 3ap4:C, 3ap4:D, 3ap6:A, 3ap6:B, 3ap6:C, 3ap6:D, 3ap7:A, 3ap9:A, 4bmb:A, 4bme:A, 4bme:B, 8cm8:A, 8cm8:B, 4fqz:A, 4gxl:A, 5gzc:A, 5gzd:A, 5gze:A, 5gzf:A, 5gzg:A, 4han:B, 7p11:A, 7p11:B, 7p1m:A, 7p1m:B, 5t7i:A, 5t7s:A, 5t7t:A, 5t7u:A, 3vkl:A, 3vkl:B, 3vkm:A, 3vkm:B, 3vko:A, 3vko:B, 5vwg:A, 6w4z:A, 6w4z:B, 2yxs:A, 6z6y:A
4 5jpg:A 144 138 0.4101 0.3958 0.4130 1.67e-32 5jpg:B
5 3wv6:A 284 133 0.3885 0.1901 0.4060 3.44e-29 2eak:A, 2eak:C, 2eal:A, 2eal:B, 3lse:A, 3nv2:A, 3nv3:A, 3nv4:A, 3wlu:A, 3wlu:B, 3wlu:C, 3wlu:D, 3wv6:B, 2yy1:A, 2zhk:A, 2zhk:B, 2zhl:A, 2zhl:B, 2zhl:C, 2zhl:D, 2zhm:A, 2zhm:B, 2zhm:C, 2zhm:D, 2zhn:A
6 3wv6:A 284 139 0.4604 0.2254 0.4604 6.49e-28 2eak:A, 2eak:C, 2eal:A, 2eal:B, 3lse:A, 3nv2:A, 3nv3:A, 3nv4:A, 3wlu:A, 3wlu:B, 3wlu:C, 3wlu:D, 3wv6:B, 2yy1:A, 2zhk:A, 2zhk:B, 2zhl:A, 2zhl:B, 2zhl:C, 2zhl:D, 2zhm:A, 2zhm:B, 2zhm:C, 2zhm:D, 2zhn:A
7 4wvv:A 145 140 0.3813 0.3655 0.3786 9.90e-25 4wvw:A
8 4xzp:A 148 139 0.3813 0.3581 0.3813 3.30e-24 5duu:A, 5duu:B, 5duu:C, 5duu:D, 5duv:A, 5duv:B, 5duv:C, 5duv:D, 5duw:A, 5duw:B, 5duw:C, 5duw:D, 5dux:B, 5dux:D, 5dux:A, 5dux:C
9 3i8t:A 140 137 0.3525 0.3500 0.3577 5.78e-23
10 5glt:A 278 134 0.3741 0.1871 0.3881 4.80e-22 5glt:B, 5glu:A, 5glu:B, 5glw:A, 5glz:A, 5glz:B, 5glz:C, 5gm0:A, 5gm0:B
11 5glt:A 278 138 0.3022 0.1511 0.3043 6.68e-17 5glt:B, 5glu:A, 5glu:B, 5glw:A, 5glz:A, 5glz:B, 5glz:C, 5gm0:A, 5gm0:B
12 2d6n:B 153 138 0.3525 0.3203 0.3551 7.49e-22 2d6m:A, 2d6m:B, 2d6n:A, 2d6o:X, 2d6p:A, 2d6p:B
13 6fof:A 153 136 0.3525 0.3203 0.3603 1.85e-21 1a3k:A, 3aya:A, 3aya:B, 3ayc:B, 3ayd:A, 3aye:A, 3aye:B, 6b8k:A, 4bli:A, 4blj:A, 4bm8:A, 8bz3:A, 7cxa:A, 7cxa:B, 7df5:A, 5e88:A, 5e89:A, 5e8a:A, 6eog:A, 6eol:A, 5exo:A, 6exy:A, 6eym:A, 6f6y:A, 6fk2:A, 6fof:C, 6fof:D, 6fof:E, 6fof:G, 6fof:B, 6fof:F, 6fof:H, 6fof:I, 6fof:J, 6fof:K, 6fof:L, 6g0v:A, 6h64:A, 6h64:F, 6h64:B, 6h64:E, 6h64:C, 6h64:D, 5h9p:A, 5h9r:A, 6i74:A, 6i75:A, 6i76:A, 6i77:A, 6i78:A, 8itx:A, 8itx:B, 8itz:A, 5iuq:A, 4jc1:A, 4jck:A, 1kjl:A, 1kjr:A, 6kxa:A, 6kxb:A, 4lbj:A, 4lbk:A, 4lbl:A, 4lbm:A, 4lbn:A, 4lbo:A, 5nf7:A, 5nf9:A, 5nfa:A, 5nfb:A, 2nmn:A, 2nmo:A, 2nn8:A, 5oax:A, 5ody:A, 8oji:A, 8ojk:A, 8ojm:A, 8ojo:A, 8pbf:A, 8pf9:A, 8pff:A, 8ppn:A, 6q0q:A, 6q17:A, 6qge:A, 6qgf:A, 6qln:A, 6qlo:A, 6qlp:A, 6qlq:B, 6qlr:A, 6qls:A, 6qlt:A, 6qlu:A, 4r9a:A, 4r9b:A, 4r9c:A, 4r9d:A, 7rdo:A, 7rdp:A, 7rgx:A, 7rgy:A, 7rgz:A, 6rhl:A, 6rhm:A, 7rh0:A, 7rh1:A, 7rh3:A, 7rh4:A, 4rl7:A, 6rzf:A, 6rzg:A, 6rzh:A, 6rzi:A, 6rzj:A, 6rzk:A, 6rzl:A, 6rzm:A, 3t1l:A, 3t1m:A, 6tf6:A, 6tf7:A, 4xbn:A, 7xfa:A, 2xg3:A, 6y4c:A, 6y78:A, 7zqx:A, 3zsj:A, 3zsk:A
14 7df6:A 139 131 0.3237 0.3237 0.3435 8.45e-21 7cxb:A, 7cxc:A, 7cxc:B, 7cxd:A, 7cxd:B, 7cxd:D, 7cxd:E, 7df6:B, 8ilu:A, 8ilu:B, 8iu1:A
15 7xbl:B 136 134 0.3669 0.3750 0.3806 6.37e-19 2gal:A, 2gal:B, 3gal:A, 3gal:B, 4gal:B, 5gal:B, 5h9q:B, 5h9s:B, 7n57:A, 7n57:B, 7n8d:A, 7n8d:B, 7rdg:C, 7rdg:B, 7rdg:A, 7rdg:D, 7tkx:A, 7tkx:B, 7tkz:B, 7tkz:A, 7tro:B, 4uw3:A, 4uw4:B, 4uw5:A, 4uw5:D, 4uw5:F, 4uw6:B, 6vto:A, 6vto:B, 6vtq:A, 6vtq:B, 6vts:A, 6vts:B, 7xac:A, 7xac:B, 4xbq:A, 4xbq:B, 7xbl:A, 4y26:A, 4y26:B, 3zxe:A, 3zxe:B
16 5nld:B 138 123 0.2590 0.2609 0.2927 7.08e-16 5nle:A, 5nle:B, 5nle:C, 5nle:D, 5nlh:A, 5nm1:A, 5nm1:B, 5nm1:C, 5nm1:D, 5nmj:A, 7p8h:C, 7p8h:A
17 6n3r:C 136 136 0.3381 0.3456 0.3456 2.87e-13 6n3r:B, 6n3r:D, 6n3r:F, 6n3r:H
18 7cya:A 139 138 0.3381 0.3381 0.3406 2.50e-12
19 6ljq:A 140 137 0.3022 0.3000 0.3066 1.57e-11 6ljr:A
20 3vv1:A 141 137 0.3022 0.2979 0.3066 3.58e-11 3vv1:B
21 2ymz:B 130 117 0.2590 0.2769 0.3077 9.42e-11 2ymz:D
22 6k2z:A 138 138 0.3237 0.3261 0.3261 2.45e-10 6k2z:B
23 3ajy:A 133 123 0.2374 0.2481 0.2683 2.96e-10 3ajy:C
24 2wt0:A 300 138 0.2806 0.1300 0.2826 4.50e-10 2wsv:A, 2wt1:A, 2wt2:A, 2wt2:B
25 2wt0:A 300 131 0.2590 0.1200 0.2748 4.15e-08 2wsv:A, 2wt1:A, 2wt2:A, 2wt2:B
26 4ga9:A 134 120 0.2446 0.2537 0.2833 4.79e-10 4ga9:B, 3m2m:A, 3m2m:C, 3m2m:D, 3m2m:E, 3m2m:H, 4no4:A, 4no4:B, 4no4:C, 4no4:D, 4no4:E, 4no4:F
27 5dg2:B 131 117 0.2518 0.2672 0.2991 8.25e-10 5dg1:C, 5dg1:H, 5dg1:D, 5dg1:I, 5ews:C, 5ews:D, 5ews:A, 5ews:G, 5ews:H, 5ews:I, 5ews:J, 5ews:K, 5ews:M, 5ews:N, 1hlc:A, 1hlc:B
28 1w6m:A 134 120 0.2446 0.2537 0.2833 1.16e-09 1w6m:B, 1w6o:A, 1w6o:B, 1w6p:A, 1w6p:B, 2zkn:A
29 6a62:A 138 138 0.2950 0.2971 0.2971 1.18e-09 6a63:A, 6a64:A, 5xg8:A
30 6m5y:A 270 141 0.2878 0.1481 0.2837 1.40e-09 8b0w:A, 8b0w:B, 8b0z:A, 8b0z:B, 6b94:A, 6b94:B, 6f83:A, 6f83:B, 1gzw:A, 1gzw:B, 7lta:A, 5mwt:A, 5mwt:B, 5mwx:A, 5mwx:B, 7nml:B, 8ojp:A, 8ojp:B, 3oy8:A, 3oy8:B, 3oyw:A, 3oyw:B, 4q1p:A, 4q1p:B, 4q1r:A, 4q1r:B, 4q26:A, 4q26:B, 4q26:G, 4q26:H, 4q27:A, 4q27:B, 4q2f:A, 4q2f:B, 8r74:A, 8r74:B, 3t2t:A, 4xbl:A, 4xbl:B, 4y1u:B, 4y1u:A, 4y1v:A, 4y1v:B, 4y1x:A, 4y1x:B, 4y1y:A, 4y1y:B, 4y1z:A, 4y1z:B, 4y20:A, 4y20:B, 4y22:B, 4y24:A, 4y24:B
31 6m5y:A 270 120 0.2518 0.1296 0.2917 2.00e-09 8b0w:A, 8b0w:B, 8b0z:A, 8b0z:B, 6b94:A, 6b94:B, 6f83:A, 6f83:B, 1gzw:A, 1gzw:B, 7lta:A, 5mwt:A, 5mwt:B, 5mwx:A, 5mwx:B, 7nml:B, 8ojp:A, 8ojp:B, 3oy8:A, 3oy8:B, 3oyw:A, 3oyw:B, 4q1p:A, 4q1p:B, 4q1r:A, 4q1r:B, 4q26:A, 4q26:B, 4q26:G, 4q26:H, 4q27:A, 4q27:B, 4q2f:A, 4q2f:B, 8r74:A, 8r74:B, 3t2t:A, 4xbl:A, 4xbl:B, 4y1u:B, 4y1u:A, 4y1v:A, 4y1v:B, 4y1x:A, 4y1x:B, 4y1y:A, 4y1y:B, 4y1z:A, 4y1z:B, 4y20:A, 4y20:B, 4y22:B, 4y24:A, 4y24:B
32 7xxy:A 137 94 0.2302 0.2336 0.3404 4.68e-09 7xxv:A
33 6l6a:A 142 134 0.2734 0.2676 0.2836 8.32e-09 6a1t:A, 1g86:A, 6gku:A, 1hdk:A, 6l64:A, 6l67:A, 6l68:A, 6l6b:A, 6l6c:A, 1qkq:A, 6qrn:A, 5xrg:A, 5xri:A, 5xrk:A, 5xrl:A, 5xrm:A, 5xrn:A, 5xro:A, 5xrp:A, 5yt4:A
34 3ajz:A 132 121 0.2590 0.2727 0.2975 1.31e-08 3ak0:A, 3ak0:B
35 3wud:A 132 122 0.2446 0.2576 0.2787 1.37e-07
36 6e20:B 133 123 0.2806 0.2932 0.3171 2.75e-07 6e20:A
37 1sla:A 134 120 0.2302 0.2388 0.2667 3.82e-07 1slb:A, 1slb:C, 1slc:A, 1slc:B, 1slt:A, 1slt:B
38 1is3:A 134 123 0.2374 0.2463 0.2683 0.001 1is4:A, 1wld:A, 1wlw:A
39 1a78:A 134 61 0.1511 0.1567 0.3443 0.001 1a78:B, 1gan:A, 1gan:B
40 1ulc:A 150 65 0.1871 0.1733 0.4000 0.025 1ulc:B, 1uld:A, 1uld:B, 1uld:C, 1uld:D, 1ule:A, 1ule:B, 1ulf:A, 1ulf:B, 1ulg:A, 1ulg:B, 1ulg:C, 1ulg:D, 2wkk:A, 2wkk:B, 2wkk:C, 2wkk:D
41 8iib:A 355 96 0.1727 0.0676 0.2500 0.77 8iib:B
42 3rku:A 268 45 0.1007 0.0522 0.3111 0.90 3rku:B, 3rku:C, 3rku:D
43 2o1q:A 144 56 0.1151 0.1111 0.2857 4.9 2o1q:B
44 5xev:A 409 43 0.0935 0.0318 0.3023 5.0
45 5mrc:77 165 58 0.1439 0.1212 0.3448 6.9 5mre:77, 5mrf:77
46 6euo:C 354 54 0.0935 0.0367 0.2407 9.3 6euo:A, 6euo:B, 6euo:D, 6eur:A, 6eur:C, 6eur:D, 6exf:A, 6exf:C, 6exf:D, 6exh:A, 6exh:B, 6exh:C, 6exh:D, 6f9p:A, 6f9p:C, 6f9p:D
47 3hzl:A 394 19 0.0719 0.0254 0.5263 9.5 2oln:A, 2olo:A, 2q6u:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218