Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum Lab Only
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PKPGDIFEVELAKNDNSLGISVTGGVNTSVRHGGIYVKAVIPQGAAESDGRIHKGDRVLAVNGVSLEGATHKQAVETLRN
TGQVVHLLLEKGQSPT

The query sequence (length=96) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2m0z:A 97 96 0.9792 0.9691 0.9792 5.33e-64 1d5g:A, 3lny:A, 2m10:A, 1vj6:A, 7xty:A, 7xty:B
2 8bq8:C 93 90 0.3958 0.4086 0.4222 7.94e-17 8bq8:A, 8bq8:B
3 7pc3:A 405 91 0.4167 0.0988 0.4396 5.33e-16 2awu:B, 2aww:A, 2awx:B, 8cn3:A, 8cn3:B, 2g2l:A, 2g2l:B, 4g69:A, 2i0l:A, 2i0l:B, 2m3m:A, 4oaj:A, 2oqs:A, 3rl8:B
4 2ka9:A 189 93 0.4167 0.2116 0.4301 6.39e-16 8cn1:B, 8cn1:A, 8cn1:E, 8cn1:D, 2mho:A, 1rgr:A, 3rl7:A, 3rl7:F, 3rl7:D, 3rl7:C, 3rl7:E, 6spv:A, 6spz:A
5 2ka9:A 189 93 0.3438 0.1746 0.3548 2.16e-12 8cn1:B, 8cn1:A, 8cn1:E, 8cn1:D, 2mho:A, 1rgr:A, 3rl7:A, 3rl7:F, 3rl7:D, 3rl7:C, 3rl7:E, 6spv:A, 6spz:A
6 4xhv:A 94 85 0.3542 0.3617 0.4000 1.43e-13
7 7p73:A 420 85 0.3229 0.0738 0.3647 8.16e-13 8ael:A, 7p74:A, 7pc9:A, 7pc9:B, 7r2m:A, 7r2m:D, 7r2t:A
8 2exg:A 101 90 0.3646 0.3465 0.3889 1.41e-12 2ain:A, 7qcr:B, 7qcr:A
9 2r4h:C 98 91 0.2917 0.2857 0.3077 1.95e-12
10 8cn1:H 101 88 0.3229 0.3069 0.3523 1.37e-11 8cn1:C, 8cn1:G, 8cn1:J, 8cn1:L, 8cn1:F, 8cn1:K, 8cn1:I, 3rl7:B
11 4wyu:A 201 98 0.3438 0.1642 0.3367 2.27e-11 8b8o:B, 8b8o:A, 8b9t:A, 8bj0:A, 7qs8:A, 7qs8:B, 7qsa:A, 7qsa:B, 7qtu:B, 7qtu:A, 7qtu:E, 7qtu:G, 5vwi:A, 5vwi:B, 4wyu:B, 6xa6:B, 6xa6:A
12 4wyu:A 201 99 0.3854 0.1841 0.3737 4.31e-10 8b8o:B, 8b8o:A, 8b9t:A, 8bj0:A, 7qs8:A, 7qs8:B, 7qsa:A, 7qsa:B, 7qtu:B, 7qtu:A, 7qtu:E, 7qtu:G, 5vwi:A, 5vwi:B, 4wyu:B, 6xa6:B, 6xa6:A
13 6xa7:B 96 84 0.3542 0.3542 0.4048 2.81e-11 7qrt:A, 7qrt:B, 6xa7:A, 6xa7:C, 6xa7:D
14 5heb:A 119 73 0.2812 0.2269 0.3699 2.89e-11 1be9:A, 5d13:B, 5d13:A, 5d13:C, 5d13:D, 5hed:A, 5hey:A, 5hf1:A, 5hfb:A, 5hfc:A, 5hfe:A, 5hff:A, 1tp3:A, 1tp5:A
15 8b82:A 108 93 0.3750 0.3333 0.3871 3.60e-11 8b82:B, 8b87:A, 8b87:B, 8bia:A, 8cd3:B, 6ms1:A, 6ms1:B, 6mtu:B, 6mtu:A, 6mtv:A, 6mtv:B, 6mye:A, 7qrs:B, 7qrs:A, 7qs9:A, 7qs9:B, 7qto:A, 7qto:B, 7qtp:A, 5vwk:D, 5vwk:C, 5vwk:B, 5vwk:A, 6xa8:B, 6xa8:A
16 7weg:B 96 77 0.3021 0.3021 0.3766 4.57e-11 7weg:A
17 2koh:A 111 80 0.3750 0.3243 0.4500 4.81e-11 9imp:A, 9imp:B, 9imp:C, 9imp:D, 9imp:E, 9imp:F, 6jue:L, 2k20:A
18 2qt5:A 194 84 0.3229 0.1598 0.3690 5.91e-11 2qt5:B
19 2qt5:A 194 95 0.3333 0.1649 0.3368 4.70e-06 2qt5:B
20 3jxt:A 96 74 0.2917 0.2917 0.3784 2.08e-10 3jxt:B
21 1n7f:A 86 86 0.3229 0.3605 0.3605 2.61e-10 1n7f:B
22 8bp4:A 93 82 0.2708 0.2796 0.3171 3.09e-10 8bp4:C, 8bp4:B
23 8c1t:A 90 87 0.2917 0.3111 0.3218 3.82e-10 8c1t:D, 8c1t:B, 8c1t:C
24 6zbq:A 89 71 0.2917 0.3146 0.3944 4.12e-10 6zc4:A
25 7pc5:A 405 71 0.2917 0.0691 0.3944 5.88e-10
26 1l6o:A 95 65 0.2812 0.2842 0.4154 6.66e-10 2f0a:B, 2f0a:D, 1l6o:B, 1l6o:C, 6zbq:B, 6zbz:A, 6zbz:B, 6zbz:C, 6zbz:D, 6zc3:A, 6zc3:B, 6zc4:B, 6zc6:A, 6zc7:A, 6zc7:B, 6zc8:A, 6zc8:B
27 6gbe:A 119 87 0.3646 0.2941 0.4023 1.06e-09
28 2kaw:A 90 62 0.2812 0.3000 0.4355 2.27e-09 6lcb:A, 2mx6:A
29 7pcb:A 415 80 0.3542 0.0819 0.4250 3.41e-09 7e0b:A, 5elq:A, 5elq:B, 5em9:A, 5ema:A, 5emb:A, 7p72:A, 3qgl:A, 3qgl:B, 3qgl:C, 3qgl:D, 3qgl:E, 4z8j:A
30 4e34:A 87 76 0.3438 0.3793 0.4342 1.22e-08 4e34:B, 4e35:A, 4e35:B, 5ic3:A, 5ic3:B, 4joe:A, 4joe:B, 4jof:A, 4jof:B, 4jog:A, 4jog:B, 4joh:A, 4joh:B, 4joj:A, 4joj:B, 4jok:A, 4jok:B, 4jop:A, 4jop:B, 4jor:A, 4jor:B, 7jzo:A, 7jzo:B, 7jzp:A, 7jzp:B, 7jzq:A, 7jzr:A, 7jzr:B, 5k4f:A, 5k4f:B, 4k6y:A, 4k6y:B, 4k72:A, 4k72:B, 4k75:A, 4k76:A, 4k76:B, 4k76:C, 4k76:D, 4k78:A, 2lob:A, 4nmo:A, 4nmo:B, 4nmp:A, 4nmp:B, 4nmq:A, 4nmq:B, 4nmr:A, 4nmr:B, 4nms:A, 4nms:B, 4nmt:A, 4nmt:B, 4nmv:A, 4nmv:B, 6ov7:A, 6ov7:B, 4q6h:A, 4q6s:A, 4q6s:B, 6v84:A, 6v84:B, 6xnj:A
31 5wou:A 95 88 0.2917 0.2947 0.3182 1.37e-08
32 8bv7:A 95 58 0.2083 0.2105 0.3448 2.98e-08 8buw:A, 8buw:B
33 5zys:A 90 85 0.2604 0.2778 0.2941 4.22e-08
34 6x23:A 89 85 0.2500 0.2697 0.2824 9.97e-08
35 7qct:A 90 89 0.2917 0.3111 0.3146 1.15e-07 7qct:B
36 2i0i:A 81 81 0.2917 0.3457 0.3457 3.48e-07 2i0i:B, 2i0i:C
37 2pdz:A 86 70 0.2708 0.3023 0.3714 2.00e-06
38 7p70:A 407 70 0.2604 0.0614 0.3571 3.33e-06 7pc4:A, 7qql:A
39 1ihj:B 95 74 0.1979 0.2000 0.2568 6.36e-06 1ihj:A
40 4xh7:A 110 65 0.2188 0.1909 0.3231 7.38e-06
41 1n7t:A 103 82 0.2812 0.2621 0.3293 1.70e-05 7lul:A, 1mfg:A, 1mfl:A, 6q0m:A, 6q0n:A, 6q0n:B, 6q0u:A, 6q0u:B, 6ubh:A, 6ubh:B, 6ubh:C, 6ubh:D
42 5oak:A 90 49 0.2188 0.2333 0.4286 1.76e-05 5oak:C
43 2m0v:A 128 56 0.2083 0.1562 0.3571 1.84e-05
44 7qqn:C 414 70 0.2188 0.0507 0.3000 1.97e-05 7pc7:A, 7pc7:B, 7pc8:A, 7pc8:B, 7qql:C, 7qql:B, 7qqn:A
45 7qqm:A 413 93 0.3021 0.0702 0.3118 2.69e-05
46 2kpl:A 129 91 0.2708 0.2016 0.2857 4.15e-05
47 1rzx:A 98 71 0.2188 0.2143 0.2958 4.23e-05 5i7z:A, 1x8s:A
48 5n7d:A 423 91 0.2708 0.0615 0.2857 7.73e-05 2i04:A, 2i04:B, 5n7d:B, 5n7f:A, 5n7f:B, 5n7g:A, 7p71:A, 7p71:B, 6twq:B, 6twq:A, 6twu:B, 6twu:A, 6twx:B, 6twx:A, 6twy:B, 6twy:A
49 3vqg:A 85 87 0.2604 0.2941 0.2874 1.06e-04
50 2m0u:A 117 56 0.2292 0.1880 0.3929 1.33e-04
51 2l4t:A 124 84 0.2917 0.2258 0.3333 1.80e-04 3diw:A, 3diw:B, 4e3b:A, 4e3b:B, 3gj9:A, 3gj9:B, 4nnl:A, 4nnl:B, 4nnm:A, 4nnm:B, 3sfj:A, 3sfj:C, 2vz5:A
52 3ch8:A 190 77 0.2708 0.1368 0.3377 1.92e-04 2qbw:A
53 6kz1:A 97 76 0.2500 0.2474 0.3158 3.10e-04 6y38:A, 6y38:B, 6y9n:A, 6y9o:A, 6y9p:A, 6y9p:B, 6y9p:I, 6y9p:E, 6y9p:G, 6y9p:K, 6y9q:B
54 1b8q:A 127 64 0.2292 0.1732 0.3438 3.66e-04
55 3r0h:D 199 91 0.2708 0.1307 0.2857 4.03e-04 3r0h:A, 3r0h:C, 3r0h:B, 3r0h:E, 3r0h:H, 3r0h:F, 3r0h:G
56 3r0h:D 199 63 0.1979 0.0955 0.3016 5.7 3r0h:A, 3r0h:C, 3r0h:B, 3r0h:E, 3r0h:H, 3r0h:F, 3r0h:G
57 2os6:A 89 87 0.2708 0.2921 0.2989 7.17e-04
58 4wsi:A 372 89 0.2500 0.0645 0.2697 7.53e-04 7m4r:A, 7ntj:B, 7ntj:A, 7ntk:A, 7ntk:D, 7ntk:B, 7ntk:F, 7qcs:A, 7qcs:B, 4uu5:A, 4wsi:B
59 7x2e:A 163 64 0.2083 0.1227 0.3125 0.003 2kbs:A
60 1zub:A 109 78 0.2500 0.2202 0.3077 0.004
61 1u38:A 89 44 0.1562 0.1685 0.3409 0.007
62 6q0m:B 94 82 0.2396 0.2447 0.2805 0.007
63 6ar4:B 87 73 0.2292 0.2529 0.3014 0.010 6ar4:A, 6bjo:A, 6bjo:B, 2pku:A
64 2egn:A 83 33 0.1250 0.1446 0.3636 0.025
65 7d6f:A 87 48 0.1667 0.1839 0.3333 0.029
66 4ydp:A 83 51 0.1458 0.1687 0.2745 0.048 4ydp:B
67 3qw4:C 447 48 0.1667 0.0358 0.3333 0.071 3qw4:B
68 3cyy:B 81 36 0.1458 0.1728 0.3889 0.093 3cyy:A
69 6hks:B 94 66 0.1667 0.1702 0.2424 0.13 8cqy:A, 6hks:A, 6hks:C, 6hks:D, 6hks:E, 6hks:F, 8oep:A, 8oep:C, 6t36:A
70 6nid:B 88 78 0.2188 0.2386 0.2692 0.38 6nid:A, 6nid:C
71 5ez0:D 95 77 0.2188 0.2211 0.2727 0.72 5eyz:A, 5eyz:B, 5eyz:C, 5eyz:D, 5ez0:A, 5ez0:C, 5ez0:B, 3nfk:A, 3nfk:B, 3nfl:A, 3nfl:B, 3nfl:C, 3nfl:D, 7vze:A, 7vze:B, 7vze:C, 7vze:D
72 4qys:B 418 43 0.1771 0.0407 0.3953 1.1 6hte:B, 6hte:D, 4qys:A
73 3pep:A 326 31 0.1146 0.0337 0.3548 1.8 1psa:A, 1psa:B, 6xct:A, 6xcy:A, 6xcz:A, 6xd2:A
74 1mkm:A 246 90 0.2083 0.0813 0.2222 2.0
75 2kqf:A 96 45 0.1354 0.1354 0.2889 2.0 2kyl:A
76 2c1l:B 358 41 0.1562 0.0419 0.3659 3.2 3zi5:A, 3zi5:D
77 6gaw:BK 176 65 0.1562 0.0852 0.2308 3.2 7a5f:J3, 7a5g:J3, 7a5h:J, 7a5i:J3, 7a5j:J, 7a5k:J3, 5aj4:BK, 8any:J, 6gb2:BK, 6i9r:J, 3j7y:J, 3j9m:J, 8k2a:LK, 8k2b:LK, 7l08:J, 7l20:J, 7nqh:BK, 7nql:BK, 7nsh:BK, 7nsi:BK, 7nsj:BK, 6nu2:J, 6nu3:J, 7o9k:J, 7o9m:J, 7odr:J, 7ods:J, 7odt:J, 7of0:J, 7of2:J, 7of3:J, 7of4:J, 7of5:J, 7of6:J, 7of7:J, 7og4:XJ, 7oi6:J, 7oi7:J, 7oi8:J, 7oi9:J, 7oia:J, 7oib:J, 7oic:J, 7oid:J, 7oie:J, 8oin:BQ, 8oiq:BQ, 8oir:BQ, 8oit:BQ, 5ool:J, 5oom:J, 7pd3:J, 8pk0:J, 7po4:J, 7qi4:J, 7qi5:J, 7qi6:J, 8qsj:J, 8qu1:J, 8qu5:J, 4v19:K, 6vlz:J, 6vmi:J, 8xt0:LK, 8xt1:LK, 8xt2:LK, 8xt3:LK, 6ydp:BK, 6ydw:BK, 6zm5:J, 6zm6:J, 6zs9:XJ, 6zsa:XJ, 6zsb:XJ, 6zsc:XJ, 6zsd:XJ, 6zse:XJ, 6zsg:XJ
78 7nsh:BC 700 38 0.1354 0.0186 0.3421 4.7 7l20:w
79 6gqi:A 529 27 0.0938 0.0170 0.3333 6.2 6gqi:B, 5m0z:A, 5m10:A, 7v8o:A, 7v8o:B, 7v8r:A, 7v8s:A, 7v8s:B
80 6yx0:B 112 47 0.1562 0.1339 0.3191 6.2 7a00:A, 7a00:B, 1q3p:A, 1q3p:B, 3qjm:A, 3qjm:B, 3qjn:A, 3qjn:B, 3qjn:C, 3qjn:D, 3qjn:E, 3qjn:F, 3qjn:G, 3qjn:H, 8s1r:AAA, 8s1r:BBB, 8s1r:CCC, 8s1r:DDD, 6ywz:B, 6ywz:A, 6yx0:A, 6yx1:A, 6yx1:B, 6yx2:A, 6yx2:B
81 2b1g:A 590 34 0.1354 0.0220 0.3824 6.8 2b1g:D, 2b1i:A, 2b1i:B, 1g8m:A, 2iu0:B, 2iu3:B, 1m9n:A, 1m9n:B, 1oz0:A, 1oz0:B, 1thz:A, 1thz:B
82 6n7f:A 451 35 0.1354 0.0288 0.3714 7.8 6n7f:B, 6n7f:C, 6n7f:D
83 5m7n:B 428 56 0.1979 0.0444 0.3393 7.9
84 7koe:C 438 64 0.1979 0.0434 0.2969 8.0 7koe:G
85 7mdl:A 474 24 0.1042 0.0211 0.4167 8.5 3bcb:A, 8g9z:A, 8g9z:B, 8g9z:C, 8g9z:D, 3hl2:A, 3hl2:B, 3hl2:C, 3hl2:D, 7l1t:A, 7mdl:B, 7mdl:C, 7mdl:D, 4zdl:A, 4zdl:B, 4zdo:A, 4zdo:B, 4zdo:C, 4zdo:D, 4zdp:A, 4zdp:B, 4zdp:C, 4zdp:D
86 2ejy:A 85 44 0.1146 0.1294 0.2500 8.5
87 5znq:A 183 36 0.1458 0.0765 0.3889 9.9 5b6h:A, 5y07:A, 5y07:B, 5zc7:A, 5zc7:B, 5zmi:A, 5znq:B, 5zoc:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023)(download the PDF file).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • zhanglabzhanggroup.org | +65-6601-1241 | Computing 1, 13 Computing Drive, Singapore 117417