Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum Lab Only
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
NKGQRHIKIREIITSNEIETQDELVDMLKQDGYKVTQATVSRDIKELHLVKVPTNNGSYKYSL

The query sequence (length=63) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2p5l:D 64 63 1.0000 0.9844 1.0000 1.17e-41 2p5l:C, 2p5l:G, 2p5l:H
2 3fhz:D 166 58 0.3651 0.1386 0.3966 2.74e-10 3cag:A, 3cag:C, 3cag:E, 3cag:B, 3cag:D, 3cag:F, 3ere:D, 3fhz:C, 3fhz:E, 3fhz:B, 3fhz:F, 3fhz:A, 3laj:C, 3laj:E, 3laj:B, 3laj:F, 3laj:A, 3laj:D, 3lap:C, 3lap:E, 3lap:B, 3lap:F, 3lap:A, 3lap:D, 2zfz:A, 2zfz:C, 2zfz:F, 2zfz:B, 2zfz:D, 2zfz:E
3 8vii:A 449 66 0.3333 0.0468 0.3182 0.30 8vih:A, 8vih:B, 8vii:B, 8vik:A, 8vil:A
4 8vil:B 424 66 0.3333 0.0495 0.3182 0.32 8vik:B
5 2jkg:A 165 29 0.2063 0.0788 0.4483 0.33
6 7by6:A 299 68 0.3016 0.0635 0.2794 1.8
7 4gp2:A 342 54 0.2540 0.0468 0.2963 1.8 4gp1:A, 4gp2:B
8 2ja1:A 193 47 0.2222 0.0725 0.2979 2.2 2j9r:A
9 8a6t:B 630 32 0.1746 0.0175 0.3438 2.9 8a6t:E, 8bew:B, 8bew:E
10 3t5g:A 171 50 0.2857 0.1053 0.3600 4.1 6bcu:S, 6bcu:R, 6bsx:A, 6bsx:B, 6bsx:C, 6bsx:D, 6bt0:A, 6bt0:B, 6bt0:C, 6bt0:D, 7bta:A, 7btc:A, 7btc:B, 7btc:C, 7btc:D, 7btd:A, 2l0x:A, 4o25:A, 4o25:B, 4o2l:A, 4o2l:B, 4o2r:A, 4o2r:B, 3sea:A, 3sea:B, 1xtq:A, 1xtr:A, 1xts:A, 5yxh:A, 5yxh:B, 5yxh:C, 5yxh:D
11 7r6q:K 286 46 0.1905 0.0420 0.2609 5.7 7btb:K, 6c0f:K, 6cb1:K, 8e5t:K, 6elz:K, 6em1:K, 6em3:K, 6em4:K, 6em5:K, 3jct:K, 6m62:K, 7nac:K, 7ohp:K, 7ohq:K, 7ohr:K, 7ohs:K, 7ohv:K, 7ohw:K, 7ohx:K, 7r7a:K, 7u0h:K, 7uoo:K, 7uqb:K, 7uqz:K, 7v08:K, 8v83:K, 8v84:K, 8v87:K, 6ylx:K, 6yly:K, 5z3g:H
12 6et4:A 367 36 0.2381 0.0409 0.4167 5.8 2b0m:A, 9bkm:A, 9bkn:A, 9bko:A, 2bxv:A, 6cjf:A, 6cjf:B, 6cjg:A, 1d3g:A, 1d3h:A, 8dhf:A, 8dhg:A, 8dhh:A, 3f1q:A, 3fj6:A, 3fjl:A, 6fmd:A, 2fpt:A, 2fpv:A, 2fpy:A, 2fqi:A, 3g0u:A, 3g0x:A, 6gk0:A, 5h2z:A, 5h73:A, 5hin:A, 5hqe:A, 6idj:A, 4igh:A, 6j3b:A, 6j3c:A, 4jgd:A, 6jmd:A, 6jme:A, 4js3:A, 4jts:A, 4jtt:A, 4jtu:A, 7k2u:A, 8k4f:A, 5k9c:A, 5k9d:A, 3kvj:A, 3kvk:A, 3kvl:A, 3kvm:A, 6lp6:A, 6lp7:A, 6lp8:A, 4ls0:A, 4ls1:A, 4ls2:A, 6lzl:A, 6m2b:A, 5mut:A, 5mvc:A, 5mvd:A, 6oc0:A, 6oc1:A, 4oqv:A, 2prh:A, 2prl:A, 2prm:A, 6qu7:A, 8rak:A, 4rk8:A, 4rka:A, 4rli:A, 4rr4:A, 6syp:AAA, 3u2o:A, 8vhl:A, 8vhm:A, 6vnd:A, 3w7r:A, 2wv8:A, 8yhr:A, 4ylw:A, 7z6c:A, 5zf4:A, 5zf7:A, 5zf8:A, 5zf9:A, 5zfa:A, 5zfb:A, 4zl1:A, 4zmg:A, 3zws:A, 3zwt:A
13 3cuz:A 529 19 0.1429 0.0170 0.4737 8.8 3cv1:A, 3cv2:A, 3cv2:B
14 6a83:A 357 20 0.1587 0.0280 0.5000 8.9 5zzu:A, 5zzu:B, 5zzu:C
15 7x54:A 285 47 0.2222 0.0491 0.2979 9.2 7x54:B, 7x54:C, 7x54:D, 7x54:E, 7x55:A, 7x55:B, 7x55:C, 7x55:D, 7x55:E, 7x56:A, 7x56:B, 7x56:C, 7x56:D, 7x56:E, 7x59:A, 7x59:B, 7x59:C, 7x59:D, 7x59:E
16 3zja:A 114 42 0.1746 0.0965 0.2619 9.8

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023)(download the PDF file).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • zhanglabzhanggroup.org | +65-6601-1241 | Computing 1, 13 Computing Drive, Singapore 117417