Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
NFINLYTVKNPLKCKIVDKINLVRPNSPNEVYHLEINHNGLFKYLEGHTCGIIPYYNKQRCARLYSISSSNNMENLSVAI
KIHKYEQTNYGYCSGFIKNLKINDDIYLTGAHGYFNLPNDAIQKNTNFIFIATGTGISPYISFLKKLFAYDKNNLRNSNY
TGYITIYYGVYNEDSILYLNELEYFQKMYPNNINIHYVFSYKQNSDATSFYVQDEIYKRKTEFLNLFNNYKCELYICGLK
SIRYKVMDILKSHDEKKKKRVHVEVY

The query sequence (length=266) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3jqp:D 269 270 0.9925 0.9814 0.9778 0.0 3jqp:A, 3jqp:B, 3jqp:C, 3jqp:E, 3jqp:F, 3jqq:A, 3jqq:B, 3jqq:C, 3jqq:D, 3jqq:E, 3jqq:F, 3jqr:A, 2ok7:A, 2ok7:B, 2ok7:C, 2ok7:D, 2ok7:E, 2ok7:F, 2ok8:A, 2ok8:B, 2ok8:C, 2ok8:D
2 5h59:A 311 298 0.3759 0.3215 0.3356 1.59e-40 5h5j:A, 5h5j:C, 1jb9:A, 3lo8:A, 3lvb:A, 5vw2:A, 5vw3:A, 5vw4:A, 5vw5:A, 5vw6:A, 5vw7:A, 5vw8:A, 5vw9:A, 5vwa:A, 5vwb:A
3 1ewy:A 303 296 0.3346 0.2937 0.3007 3.48e-35 1b2r:A, 1bjk:A, 2bmw:A, 4bpr:A, 1bqe:A, 2bsa:A, 4c43:A, 1e62:A, 1e63:A, 1e64:A, 1ewy:B, 1gjr:A, 1go2:A, 1gr1:A, 1h42:A, 1h85:A, 1ogi:A, 1ogj:A, 1qgy:A, 1qgz:A, 1qh0:A, 1que:A, 1quf:A, 2vyq:A, 2vzl:A, 1w34:A, 1w35:A, 1w87:A, 1w87:B, 2x3u:A, 3zbt:A, 3zbu:A, 3zc3:A, 3zc3:B
4 3vo2:A 296 262 0.2932 0.2635 0.2977 4.13e-33 3vo1:A, 3vo1:B, 3vo2:B
5 2b5o:A 292 295 0.3271 0.2979 0.2949 1.26e-32 2b5o:B
6 1gaw:B 305 268 0.2970 0.2590 0.2948 2.55e-30 1gaq:A, 1gaq:C, 1gaw:A, 3w5u:A, 3w5u:C, 3w5u:E, 3w5u:G, 3w5v:A, 3w5v:C
7 1bx0:A 296 265 0.2820 0.2534 0.2830 1.08e-28 1bx1:A, 1fnb:A, 1fnc:A, 1fnd:A, 1frn:A, 1frq:A
8 1qfy:A 308 265 0.2782 0.2403 0.2792 4.52e-26 4af6:A, 4af6:B, 4af7:A, 4af7:B, 3mhp:A, 3mhp:B, 1qfy:B, 1qfz:A, 1qfz:B, 1qg0:A, 1qg0:B, 1qga:A, 1qga:B, 1sm4:A, 1sm4:B, 2xnc:A, 2xnc:B
9 2rc5:A 306 268 0.2744 0.2386 0.2724 6.16e-17 2rc5:B, 2rc5:C, 2rc5:D, 2rc6:A, 2rc6:B, 2rc6:C, 2rc6:D
10 7rom:A 255 165 0.1654 0.1725 0.2667 3.42e-08
11 7qty:A 279 210 0.1917 0.1828 0.2429 1.28e-07 7qu0:A
12 2bf4:A 645 127 0.1278 0.0527 0.2677 2.59e-07 2bf4:B, 2bn4:A, 2bn4:B, 2bpo:A, 2bpo:B
13 8dme:A 1034 187 0.1805 0.0464 0.2567 1.39e-06 5b2u:A, 5b2u:B, 5b2v:A, 5b2v:B, 5b2w:A, 5b2w:B, 5b2x:A, 5b2x:B, 5b2y:A, 5b2y:B, 3ben:A, 3ben:B, 2bmh:A, 2bmh:B, 1bu7:A, 1bu7:B, 1bvy:A, 1bvy:F, 1bvy:B, 3cbd:A, 3cbd:B, 7ckn:A, 7ckn:B, 7con:A, 7con:B, 7coo:A, 7coo:B, 7cp8:A, 7cp8:B, 7cvr:A, 7cvr:B, 7cx6:A, 7cx6:B, 7cx8:A, 7cx8:B, 7czi:A, 7czi:B, 7d0t:A, 7d0t:B, 7d0u:A, 7d0u:B, 7d1f:A, 7d1f:B, 3dgi:A, 8dme:B, 8dmg:A, 8dmg:B, 4dqk:A, 4dqk:B, 4dql:A, 4dql:B, 8dsg:A, 8dsg:B, 8dsg:C, 8dsg:D, 4dtw:B, 4dtw:A, 4dty:B, 4dty:A, 4dtz:A, 4dtz:B, 4du2:B, 4du2:A, 4dua:A, 4dua:B, 4dub:A, 4dub:B, 4duc:A, 4duc:B, 4dud:A, 4dud:B, 4due:A, 4due:B, 4duf:A, 4duf:B, 4duf:C, 4duf:D, 5dyp:A, 5dyp:C, 5dyz:A, 5dyz:C, 7e46:A, 7e46:B, 5e78:A, 5e78:B, 5e7y:A, 5e7y:B, 5e9z:A, 5e9z:B, 5e9z:C, 5e9z:D, 7egn:A, 7egn:B, 3ekb:A, 3ekb:B, 3ekd:A, 3ekd:B, 3ekf:A, 3ekf:B, 1fag:A, 1fag:B, 1fag:C, 1fag:D, 1fah:A, 1fah:B, 6h1l:A, 6h1l:B, 6h1o:A, 6h1o:B, 6h1s:A, 6h1s:B, 6h1t:A, 6h1t:B, 6h1t:C, 6h1t:D, 4h23:A, 4h23:B, 4h24:A, 4h24:B, 4h24:C, 4h24:D, 4hgf:A, 4hgf:B, 4hgg:A, 4hgg:B, 4hgh:A, 4hgh:B, 4hgi:A, 4hgi:B, 4hgj:A, 4hgj:B, 6hn8:A, 6hn8:B, 8hon:A, 8hon:B, 8hoo:A, 8hoo:B, 8hop:A, 8hop:B, 8hoq:A, 8hoq:B, 8hor:A, 8hor:B, 8hos:A, 8hos:B, 8hot:A, 8hot:B, 8hou:A, 8hou:B, 2hpd:A, 2hpd:B, 6iao:A, 6iao:B, 6iao:C, 6iao:D, 2ij2:A, 2ij2:B, 2ij3:A, 2ij3:B, 2ij4:A, 2ij4:B, 2j1m:A, 2j1m:B, 2j4s:A, 2j4s:B, 8jc3:B, 8jc3:A, 8jc4:A, 8jc4:B, 6jlv:A, 6jlv:B, 1jme:A, 1jme:B, 6jmh:A, 6jmh:B, 6jmw:A, 6jmw:B, 6jo1:A, 6jo1:B, 1jpz:A, 1jpz:B, 5jq2:A, 5jq2:B, 5jqu:A, 5jqu:B, 5jqu:C, 5jqu:D, 5jqu:E, 5jqu:F, 5jqu:G, 5jqu:H, 5jqv:A, 5jqv:B, 5jqv:C, 5jqv:D, 5jqv:E, 5jqv:F, 5jqv:G, 5jqv:H, 6js8:A, 6js8:B, 5jtd:A, 5jtd:B, 6jvc:A, 6jvc:C, 6jzs:A, 6jzs:C, 6k24:A, 6k24:B, 6k3q:A, 6k3q:B, 6k58:A, 6k58:B, 6k9s:A, 6k9s:B, 4kew:A, 4kew:B, 4key:A, 4key:B, 4kf0:A, 4kf0:B, 4kf2:A, 4kf2:B, 4kpa:A, 4kpb:A, 4kpb:B, 3kx3:A, 3kx3:B, 3kx4:A, 3kx4:B, 3kx5:A, 3kx5:B, 6l1a:A, 6l1a:B, 6l1b:A, 6l1b:B, 6ly4:A, 3m4v:A, 3m4v:B, 2nnb:A, 2nnb:B, 3npl:A, 3npl:B, 4o4p:A, 4o4p:B, 5og9:A, 5og9:B, 1p0v:A, 1p0v:B, 1p0w:A, 1p0w:B, 1p0x:A, 1p0x:B, 3qi8:B, 8qze:A, 8qze:B, 8qzf:A, 8qzf:B, 4rsn:A, 4rsn:B, 1smi:A, 1smi:B, 1smj:A, 1smj:B, 1smj:C, 1smj:D, 5ucw:A, 5ucw:B, 2uwh:A, 2uwh:B, 2uwh:C, 2uwh:D, 2uwh:E, 2uwh:F, 7w97:A, 7w97:B, 7w9d:A, 7w9d:B, 7w9j:A, 7w9j:B, 7wdd:A, 7wdd:B, 7wde:A, 7wde:B, 7wdg:A, 7wdg:B, 7wdh:A, 7wdh:B, 7wdi:A, 7wdi:B, 4wg2:A, 4wg2:B, 4wg2:C, 7wg0:A, 7wg0:B, 3wsp:A, 3wsp:B, 7wy1:A, 7wy1:B, 7wy2:A, 7wy2:B, 7wy3:A, 7wy3:B, 7wy4:A, 7wy4:B, 2x7y:A, 2x7y:B, 2x80:A, 2x80:B, 5xa3:A, 5xa3:B, 5xa3:C, 5xa3:D, 5xhj:A, 5xhj:B, 7xzk:A, 7xzk:B, 7y0p:B, 7y0p:A, 7y0q:A, 7y0q:B, 7y0r:A, 7y0r:B, 7y0s:B, 7y0s:A, 7y0t:B, 7y0t:A, 7y0u:A, 7y0u:B, 7y9j:A, 7y9j:B, 7y9k:A, 7y9k:B, 7y9l:A, 7y9l:B, 7y9m:A, 7yd9:A, 7yd9:B, 7yda:A, 7yda:B, 7ydb:A, 7ydb:B, 7ydc:A, 7ydc:B, 7ydd:A, 7ydd:B, 7yde:A, 7yde:B, 7ydl:A, 7ydl:B, 7yft:A, 7yft:B, 7yjd:A, 7yjd:B, 7yje:A, 7yje:B, 7yjf:A, 7yjf:B, 7yjg:A, 7yjg:B, 7yjh:A, 7yjh:B, 1yqo:A, 1yqo:B, 1yqp:A, 1yqp:B, 4zf6:A, 4zf8:A, 4zfa:A, 4zfb:A, 5zis:A, 5zis:B, 5zis:C, 5zis:D, 5zlh:A, 5zlh:B, 5zlh:C, 5zlh:D, 1zo4:A, 1zo4:B, 1zo9:A, 1zo9:B, 1zoa:A, 1zoa:B
14 2r6h:C 289 210 0.1617 0.1488 0.2048 1.54e-06 2r6h:A, 2r6h:B, 2r6h:D
15 2qtl:A 448 138 0.1391 0.0826 0.2681 1.77e-06 2qtz:A
16 7suz:A 389 191 0.1692 0.1157 0.2356 2.88e-06 7sux:A, 7sv0:A
17 5yly:B 269 154 0.1429 0.1413 0.2468 5.50e-06 5yly:A
18 7qu5:A 280 170 0.1654 0.1571 0.2588 6.01e-06 7qu3:A
19 6efv:A 530 185 0.1654 0.0830 0.2378 7.84e-06 1ddg:A, 1ddg:B, 1ddi:A, 1ykg:A
20 1tll:A 630 208 0.1767 0.0746 0.2260 2.62e-05 1f20:A, 1tll:B
21 6j79:A 816 201 0.1955 0.0637 0.2587 3.85e-05 1amo:A, 1amo:B, 1b1c:A, 1dve:A, 1dvg:A, 1dvg:B, 2dy5:A, 2e7e:A, 5emn:A, 5emn:B, 3es9:A, 3es9:B, 3es9:C, 5fa6:A, 5fa6:B, 4g7l:A, 4g7p:A, 4g7t:A, 4g7u:A, 4g8p:A, 4g8u:A, 4g8w:A, 4g98:A, 4g99:A, 3i9t:A, 3i9u:A, 1ivj:A, 1ix3:A, 1ix4:A, 1j02:A, 1j2c:A, 6j79:B, 6j7a:A, 6j7a:B, 6j7i:A, 6j7i:B, 1j9z:A, 1j9z:B, 1ja0:A, 1ja0:B, 1ja1:A, 1ja1:B, 7l18:AAA, 7l18:BBB, 4mec:A, 4mec:B, 4mec:C, 4mec:D, 4mec:E, 6njr:A, 6njr:B, 3ojw:A, 3ojx:A, 3qe2:A, 3qe2:B, 3qfc:A, 3qfc:B, 3qfr:A, 3qfr:B, 1ubb:A, 1ulx:A, 5urd:A, 5urd:B, 5ure:A, 5ure:B, 5urg:A, 5urg:B, 5urh:A, 5urh:B, 5uri:A, 5uri:B, 1vgi:A, 3wkt:A, 3wkt:B, 3wkt:C, 3wkt:D, 4y7c:A, 4y7c:B, 4y9r:A, 4y9r:B, 4y9u:A, 4y9u:B, 4yaf:A, 4yaf:B, 4yal:A, 4yal:B, 4yao:A, 4yao:B, 4yau:A, 4yau:B, 4yaw:A, 4yaw:B, 2zvu:A
22 5gxu:A 552 210 0.1842 0.0888 0.2333 4.06e-05 5gxu:B
23 2bgj:A 260 97 0.1090 0.1115 0.2990 7.51e-05 2bgi:A, 2bgj:B, 2bgj:C, 2bgj:D, 4k1x:A, 4k1x:B, 2vnh:A, 2vni:A, 2vnj:A, 2vnk:A, 2vnk:B, 2vnk:C, 2vnk:D
24 2xnj:A 255 228 0.1805 0.1882 0.2105 8.68e-05 1fdr:A, 2xnj:B
25 5ogx:A 333 216 0.1504 0.1201 0.1852 1.06e-04
26 3fjo:A 603 201 0.1955 0.0862 0.2587 1.30e-04 3qfs:A, 3qft:A
27 8a1y:F 408 192 0.1767 0.1152 0.2448 2.12e-04 8a1t:F, 8a1u:F, 8a1v:F, 8a1w:F, 8a1x:F, 8acw:F, 8acy:F, 8ad0:F, 8ad3:A, 8ad3:B, 8ad4:A, 8ad4:B, 8ad5:A, 8ad5:B, 4u9u:A, 4u9u:B, 4uaj:A, 7xk3:F, 7xk4:F, 7xk5:F, 7xk6:F, 7xk7:F
28 4g1b:A 398 96 0.0865 0.0578 0.2396 2.31e-04 4g1b:B, 4g1b:C, 4g1b:D, 4g1v:A
29 2eix:A 243 138 0.1391 0.1523 0.2681 2.52e-04 2eix:B
30 6t1t:A 635 191 0.1767 0.0740 0.2461 2.75e-04 6t1t:B, 6t1u:A, 6t1u:B
31 1tvc:A 250 98 0.0865 0.0920 0.2347 4.42e-04
32 2pia:A 321 242 0.1842 0.1526 0.2025 0.002
33 3fpk:A 247 111 0.1128 0.1215 0.2703 0.003 3fpk:B
34 1krh:A 337 153 0.1278 0.1009 0.2222 0.003 1krh:B
35 6rr3:A 257 226 0.1805 0.1868 0.2124 0.005 6rra:A
36 4fk8:A 247 97 0.0940 0.1012 0.2577 0.008 4fk8:B
37 4wqm:A 326 201 0.1541 0.1258 0.2040 0.010
38 1cne:A 260 208 0.1654 0.1692 0.2115 0.017 1cnf:A, 2cnd:A
39 4b4d:A 256 91 0.0902 0.0938 0.2637 0.020
40 8dos:A 247 111 0.1015 0.1093 0.2432 0.024 8dos:B
41 5thx:A 257 91 0.0865 0.0895 0.2527 0.037
42 3crz:A 257 125 0.0977 0.1012 0.2080 0.048 2qdx:A
43 5tr9:A 246 130 0.1128 0.1220 0.2308 0.14 5tr9:B, 5ufa:A, 5ufa:B, 5ufa:C
44 1a8p:A 257 125 0.0940 0.0973 0.2000 0.18
45 8qq7:A 399 160 0.1353 0.0902 0.2250 0.18 8qq1:C, 8qq1:F, 8qq1:G, 8qq5:A, 8qq5:B, 8qq5:C, 8qt6:A, 8qt7:A, 8qt9:A, 8qta:A
46 6kbh:A 765 169 0.1316 0.0458 0.2071 0.19
47 5xlx:A 201 77 0.0827 0.1095 0.2857 0.20 5xlx:B, 5xlx:C, 5xlx:D
48 6o0a:A 383 87 0.0677 0.0470 0.2069 0.35
49 8c4y:AAA 312 48 0.0639 0.0545 0.3542 0.61 8oei:A, 8oem:A, 8oen:A, 8ogg:A, 8rk1:A
50 8u87:A 621 125 0.1316 0.0564 0.2800 1.1 8u7y:A, 8u7y:B, 8u85:A, 8u85:C, 8u86:A, 8u86:C, 8u87:C
51 1e54:A 332 87 0.1015 0.0813 0.3103 1.3 2fgq:X, 2fgr:A
52 5o0x:A 261 142 0.1241 0.1264 0.2324 3.0 8cak:A, 8cal:A, 8cao:A, 8cap:A, 8cap:E, 8cap:B, 8cap:C, 8cb0:A
53 8ban:C 251 90 0.0789 0.0837 0.2333 3.2 8ban:D, 8bbj:C, 8bbj:D
54 2dua:A 283 46 0.0338 0.0318 0.1957 5.0 2hjp:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218