Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum Lab Only
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MYVCLCQGVTDNQIRDAIYEGCCSYEEVREATGVGTQCGKCASLAKQVVRETLNDL

The query sequence (length=56) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4e6k:G 57 56 0.9821 0.9649 0.9821 3.18e-35 4e6k:I, 6e6q:A, 6e6q:B, 6e6r:A, 6e6s:A, 6e6s:B
2 4e6k:H 33 51 0.5893 1.0000 0.6471 1.35e-13
3 6wuu:B 321 40 0.2143 0.0374 0.3000 2.7 9brv:A, 9brv:B, 9brw:A, 9brw:B, 9brw:C, 9brw:D, 9brx:AA, 7cjd:D, 7cjd:A, 7cjd:B, 7cjd:C, 7cjm:B, 7cmd:A, 7cmd:B, 7cmd:C, 7cmd:D, 8cx9:B, 8cx9:A, 8cx9:C, 8cx9:D, 7d47:A, 7d47:B, 7d6h:A, 7d7k:A, 7d7k:B, 7d7l:A, 7d7l:B, 7e35:B, 7e35:A, 8eua:A, 8fwn:A, 8fwo:A, 8g62:A, 8g62:B, 8g62:C, 8iho:A, 8iho:C, 7jir:A, 7jit:A, 7jiv:A, 7jiw:A, 7jn2:A, 7jrn:A, 7jrn:J, 8jux:A, 8jux:B, 7koj:A, 7kok:A, 7kol:A, 7krx:A, 7lbr:A, 7lbr:B, 7lbs:A, 7lbs:B, 7llf:A, 7llf:B, 7llz:A, 7llz:B, 7los:A, 7los:B, 7m1y:A, 7m1y:B, 7nfv:AAA, 7nt4:A, 7nt4:B, 7ofs:A, 7oft:A, 7ofu:AAA, 7qcg:A, 7qch:A, 7qci:A, 7qcj:A, 7qck:A, 7qcm:A, 7rbr:A, 7rbs:A, 7rbs:C, 7rbs:E, 7rbs:G, 7rbs:I, 7rzc:A, 7rzc:B, 7rzc:C, 7sdr:A, 7sdr:B, 7sdr:C, 7sgu:A, 7sgv:A, 7sgw:A, 7sqe:A, 7sqe:B, 7sqe:C, 7tzj:A, 7tzj:B, 8uob:A, 8uuf:A, 8uug:A, 8uuh:A, 8uuu:A, 8uuv:A, 8uuw:A, 8uuy:A, 7uv5:A, 8uvm:A, 8uvm:B, 8uvm:C, 8uvm:D, 8vec:A, 6w9c:A, 6w9c:C, 6wrh:A, 6wuu:A, 6wuu:C, 6wuu:D, 6wx4:D, 6wzu:A, 6xa9:A, 6xa9:C, 6xa9:E, 6xaa:A, 6xg3:A, 7ybg:A
4 8rbq:C 477 18 0.1607 0.0189 0.5000 3.4 8ahx:C, 8rb8:C, 8rb9:C, 8rbm:C
5 2gtl:A 147 37 0.2143 0.0816 0.3243 4.5 2gtl:E, 2gtl:I, 5m3l:A, 5m3l:E, 5m3l:I, 1x9f:A, 1x9f:E, 1x9f:I
6 5qj0:A 559 30 0.2143 0.0215 0.4000 6.4 4e78:A, 4e7a:A, 5qj1:A, 5twm:A, 5uj2:A, 4wta:A, 4wtc:A, 4wtd:A, 4wte:A, 4wtf:A, 4wtg:A, 4wti:A, 4wtj:A, 4wtk:A, 4wtl:A, 4wtm:A, 1yvx:A, 1yvz:A
7 5dzc:A 816 32 0.1786 0.0123 0.3125 6.7 8em8:A, 5ezr:A, 5f0a:A, 5fet:A, 4ofg:A, 4rz7:A
8 4yjd:A 342 31 0.2321 0.0380 0.4194 8.8 1an9:A, 1an9:B, 1dao:A, 1dao:B, 1dao:C, 1dao:D, 1dao:E, 1dao:F, 1dao:G, 1dao:H, 1ddo:A, 1ddo:B, 1ddo:C, 1ddo:D, 1ddo:E, 1ddo:F, 1ddo:G, 1ddo:H, 1evi:A, 1evi:B, 1kif:A, 1kif:B, 1kif:C, 1kif:D, 1kif:E, 1kif:F, 1kif:G, 1kif:H, 1ve9:A, 1ve9:B, 3wgt:A, 3wgt:B, 5wwv:A, 5wwv:B, 5wwv:C, 5wwv:D, 5wwv:E, 5wwv:F, 5wwv:G, 5wwv:H, 5wx2:A, 5wx2:B, 5wx2:C, 5wx2:D, 5wx2:E, 5wx2:F, 5wx2:G, 5wx2:H, 4yjd:B, 4yjf:A, 4yjf:B, 4yjg:A, 4yjg:B, 4yjh:A, 4yjh:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023)(download the PDF file).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • zhanglabzhanggroup.org | +65-6601-1241 | Computing 1, 13 Computing Drive, Singapore 117417