Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MTQSLFQPITLGALTLKNRIVMPPMTRSRASQPGDVANHMMAIYYAQRASAGLIVSEGTQISPTAKGYAWTPGIYTPEQI
AGWRIVTEAVHAKGCAIFAQLWHVGRVTHPDNIDGQQPISSSTLKAENVKVFVDNEPGFVDVAVPRAMTKADIAQVIADY
RQAALNAMEAGFDGIELHAANGYLINQFIDSEANNRSDEYGGSLENRLRFLDEVVAALVDAIGAERVGVRLAPLTTLNGT
VDADPILTYTAAAALLNKHRIVYLHIAEVDWDDAPDTPVSFKRALREAYQGVLIYAGRYNAEKAEQAINDGLADMIGFGR
PFIANPDLPERLRHGYPLAEHVPATLFGGGEKGLTDYPTYQA

The query sequence (length=362) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2gou:A 365 365 1.0000 0.9918 0.9918 0.0 4aws:A, 4awt:A, 4awu:A, 2gq8:A, 2gq9:A, 2gqa:A
2 1gwj:A 374 359 0.5028 0.4866 0.5070 7.41e-119 3gx9:A, 2r14:A
3 6uff:A 362 357 0.4696 0.4696 0.4762 4.88e-113 6uff:B, 6uff:C, 6uff:D, 6uff:E, 6uff:F, 6uff:G, 6uff:H
4 1gvr:A 364 363 0.4586 0.4560 0.4573 3.12e-107 2aba:A, 2abb:A, 3f03:K, 6gi7:A, 6gi8:A, 6gi9:A, 6gia:A, 1gvo:A, 1gvq:A, 1gvs:A, 1h50:A, 1h51:A, 1h60:A, 1h61:A, 1h62:A, 1h63:A, 3kft:A, 3kft:B, 5lgx:A, 5lgz:A, 3p62:A, 3p67:A, 3p74:A, 3p7y:A, 3p80:A, 3p81:A, 3p82:A, 3p84:A, 3p8i:A, 3p8j:A, 1vyp:X, 1vyr:A, 1vys:X
5 6s32:D 352 357 0.4475 0.4602 0.4538 2.87e-106 6s32:A, 6s32:B, 6s32:C
6 7tmb:A 362 361 0.4503 0.4503 0.4515 3.30e-106 7tmb:B, 7tmb:C, 7tmb:D, 7tmb:E, 7tmb:F
7 4jic:A 370 368 0.4613 0.4514 0.4538 5.74e-105 4jic:B, 4jic:C, 4jip:A, 4jiq:A, 5n6g:A
8 8bpp:A 362 363 0.4503 0.4503 0.4490 1.01e-103 8bpp:B, 8bpp:C, 8bpq:A, 8bpq:B, 8bpq:C
9 7bn6:B 381 362 0.4503 0.4278 0.4503 2.03e-102 7bn6:A, 7bo0:A, 7bo0:B, 6s0g:B, 6s23:A, 6s23:B, 6s31:A
10 4ab4:A 349 358 0.4586 0.4756 0.4637 2.44e-102 4ab4:B, 4aeo:A, 4aeo:B
11 3gka:B 351 360 0.4613 0.4758 0.4639 1.63e-101 3gka:A
12 4a3u:A 355 357 0.4337 0.4423 0.4398 2.39e-95 4a3u:B
13 7tnb:AAA 353 358 0.4254 0.4363 0.4302 4.12e-95
14 8e5i:A 357 359 0.4309 0.4370 0.4345 1.36e-91
15 8fw1:A 362 359 0.4227 0.4227 0.4262 4.97e-91 8fw1:B, 8fw1:C, 6myw:A, 6myw:B, 6myw:C, 6myw:D, 6o08:A, 8vcn:A
16 2q3o:B 367 367 0.4171 0.4114 0.4114 2.30e-90 2g5w:A, 2g5w:B, 2q3o:A, 1q45:A, 1q45:B
17 9em0:A 376 376 0.4254 0.4096 0.4096 3.37e-90 8aua:A, 8aua:B, 8aub:A, 8aub:B, 8aue:A, 8aue:B, 8auj:A, 8auj:B, 8aul:A, 8aul:B, 8aum:A, 8aum:B, 8aun:A, 8aun:B, 8auo:B, 8auo:A, 8auq:A, 8auq:B, 9em0:B, 9em2:B, 9em2:A, 9em3:A, 9em4:B, 9em4:A, 9em5:A, 9em6:B, 9em6:A, 3hgo:A, 3hgo:B, 3hgs:A, 3hgs:B, 2hs6:A, 2hs6:B, 2hs8:A, 2hs8:B, 2hsa:B, 2hsa:A, 8qmx:A, 8qmx:B, 8qn1:A, 8qn1:B, 8qn1:C, 8qn1:D, 8qn3:A, 8qn3:B, 8qn9:B, 8s8v:A, 8s8v:B, 8s8y:B, 8s8y:A
18 1icp:A 358 357 0.3840 0.3883 0.3894 9.55e-86 3hgr:A, 3hgr:B, 1icp:B, 1icq:A, 1icq:B, 1ics:A, 1ics:B
19 2q3r:A 351 359 0.3840 0.3960 0.3872 2.65e-84 1vji:A
20 5dy2:A 378 376 0.4006 0.3836 0.3856 1.11e-83 5dxx:A, 5dxy:A, 5dy3:A
21 4b5n:A 354 344 0.4088 0.4181 0.4302 3.20e-81 5k0r:A, 5k1k:A, 5k1m:A, 5k1q:A, 5k1u:A, 5k1w:A
22 5v4v:A 397 381 0.4116 0.3753 0.3911 4.43e-77 5v4p:A, 5v4p:B, 5v4v:B
23 4ot7:A 308 357 0.3867 0.4545 0.3922 1.70e-76
24 1bwk:A 399 380 0.3978 0.3609 0.3789 5.87e-75 7bn7:A, 7bn7:B, 7bn7:C, 7bn7:D, 1bwl:A, 4gbu:A, 4ge8:A, 4gwe:A, 4gxm:A, 4h4i:A, 4h6k:A, 1k02:A, 1k03:A, 4k7v:A, 4k7y:A, 4k8e:A, 4k8h:A, 1oya:A, 1oyb:A, 1oyc:A, 3rnd:A, 3tx9:A, 3txz:A, 4yil:A, 4ync:A
25 4qnw:A 369 370 0.4006 0.3930 0.3919 1.40e-74
26 3aty:A 379 373 0.3729 0.3562 0.3619 7.86e-72 3aty:B, 3atz:A, 3atz:B, 3atz:C, 3atz:D, 4e2b:A, 4e2d:A, 4e2d:B, 4e2d:C, 4e2d:D
27 4tmc:A 399 382 0.3785 0.3434 0.3586 1.12e-65 4tmb:A, 4tmb:B, 4tmb:C, 4tmb:D, 4tmc:B, 4tmc:C, 4tmc:D
28 6agz:A 386 353 0.3785 0.3549 0.3881 1.38e-63 6agz:B
29 4rnu:C 385 279 0.3204 0.3013 0.4158 1.82e-63 4rnu:A, 4rnu:B, 4rnu:D, 4rnv:A, 4rnv:B, 4rnv:C, 4rnv:D, 4rnw:A, 4rnw:B
30 4rnu:C 385 75 0.0773 0.0727 0.3733 2.28e-07 4rnu:A, 4rnu:B, 4rnu:D, 4rnv:A, 4rnv:B, 4rnv:C, 4rnv:D, 4rnw:A, 4rnw:B
31 4df2:A 404 380 0.3398 0.3045 0.3237 1.45e-53 4m5p:A, 4qai:A, 4qai:B, 4qai:C, 4qai:D, 4qai:E, 4qai:F, 3tjl:A, 3upw:A
32 4rnx:A 390 231 0.2486 0.2308 0.3896 2.34e-43 4rnx:B
33 4rnx:A 390 124 0.1409 0.1308 0.4113 2.14e-22 4rnx:B
34 8e5h:A 368 359 0.3398 0.3342 0.3426 9.06e-43
35 3gr7:A 340 337 0.3011 0.3206 0.3234 2.14e-39 3gr7:B, 3gr8:A, 3gr8:B
36 1z41:A 337 335 0.2956 0.3175 0.3194 3.10e-38 1z41:B, 1z42:A, 1z42:B, 1z44:A, 1z44:B, 1z48:A, 1z48:B
37 1ps9:A 671 344 0.2983 0.1610 0.3140 1.07e-33
38 8pun:A 356 335 0.2735 0.2781 0.2955 2.55e-33 8pun:B, 8pun:C, 8pun:D
39 3kru:A 335 331 0.2541 0.2746 0.2779 3.11e-33 3kru:B, 3kru:C, 3kru:D, 3krz:A, 3krz:B, 3krz:C, 3krz:D
40 8auh:A 365 344 0.3039 0.3014 0.3198 3.50e-33 8a8i:B, 8a8i:D, 8au8:A, 8au8:B, 8au9:B, 8au9:A, 8auf:A, 8auf:B, 8aug:A, 8aug:B, 8auh:B, 8aui:A, 8aui:B, 5cpl:A, 5cpl:B, 5cpm:A, 5cpm:B, 5cpn:A, 5cpn:B, 5cpo:A, 5cpo:B, 2h8x:A, 2h8z:A, 2h90:A, 3l5l:A, 3l5m:A, 3l65:A, 3l66:A, 3l67:A, 3l68:A, 5lni:A, 5lnj:A, 3n14:A, 3n19:B, 3n19:D, 5n6q:A, 5n6q:B, 4uth:A, 4uti:A, 4utj:A, 4utk:A, 4utl:A, 4utm:A
41 7o0t:A 354 343 0.2762 0.2825 0.2915 7.49e-30 7o0t:B, 7o0t:C, 7o0t:D
42 7qfx:C 413 234 0.2238 0.1961 0.3462 5.39e-29 7qfx:B, 7qfx:E, 7qfx:G
43 5ocs:A 369 230 0.2155 0.2114 0.3391 9.01e-28 5ocs:C
44 1djn:A 729 347 0.2707 0.1344 0.2824 1.81e-26 1djn:B, 1djq:A, 1djq:B, 1o94:A, 1o94:B, 1o95:A, 1o95:B, 2tmd:A, 2tmd:B
45 8uat:F 351 224 0.1961 0.2023 0.3170 3.98e-26 3hf3:A, 3hf3:B, 3hf3:C, 3hf3:D, 3hgj:A, 3hgj:B, 3hgj:C, 3hgj:D, 5nux:A, 5nux:B, 5nux:C, 5nux:D, 5ogt:A, 5ogt:B, 5ogt:C, 5ogt:D, 8uaj:A, 8uaj:B, 8uaj:C, 8uaj:D, 8uat:B, 8uat:C, 8uat:D, 8uat:E, 8uat:G, 8uat:H, 8uat:A
46 6qkg:B 664 355 0.2597 0.1416 0.2648 1.03e-25 6qkg:A, 6qkr:A, 6qkr:B, 6qkx:A
47 8j59:B 388 224 0.1906 0.1778 0.3080 1.92e-24 8j59:A
48 6de6:A 689 350 0.2680 0.1408 0.2771 3.56e-23
49 6l6j:A 669 348 0.2680 0.1450 0.2787 6.73e-23
50 7blf:A 406 234 0.1961 0.1749 0.3034 1.52e-22 7blf:B
51 3k30:A 684 339 0.2459 0.1301 0.2625 4.83e-22 3k30:B
52 6de6:B 652 337 0.2597 0.1442 0.2789 1.42e-20
53 7fev:A 443 158 0.1409 0.1151 0.3228 7.64e-18
54 5ub4:B 279 38 0.0414 0.0538 0.3947 0.82 5ub4:A, 5ub6:A, 5ub6:B, 5ub7:A, 5ub7:B
55 6dnz:A 317 70 0.0525 0.0599 0.2714 1.0 6dnz:C
56 6lja:A 841 75 0.0635 0.0273 0.3067 1.9 6ljl:A
57 5ovz:A 259 46 0.0387 0.0541 0.3043 2.6 5ito:A, 5ito:B, 5itp:A, 5itp:B, 5ot8:A, 5ot8:B, 5ot9:A, 5ot9:B, 5ota:A, 5ota:B, 5otc:A, 5otc:B, 5ovz:B, 4pow:A, 4pow:B, 4pp0:A, 4pp0:B
58 6wn6:B 264 38 0.0414 0.0568 0.3947 3.1 6wn6:A, 6wn6:C, 6wn6:D
59 2art:A 247 77 0.0552 0.0810 0.2597 7.6 2ars:A, 2aru:A, 2c8m:A, 2c8m:B, 2c8m:C, 2c8m:D
60 4wso:A 227 88 0.0691 0.1101 0.2841 8.9 4wso:B
61 2o56:A 392 67 0.0552 0.0510 0.2985 9.2 2o56:B, 2o56:C, 2o56:D, 2o56:E, 2o56:F, 2o56:G, 2o56:H
62 6or5:A 2058 24 0.0276 0.0049 0.4167 9.3
63 6r2q:B 649 95 0.0746 0.0416 0.2842 9.6

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218