Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum Lab Only
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MQTHAARMRTFMYWPSSVPVQPEQLAAAGFYYVGRNDDVKCFSCDGGLRCWESGDDPWVEHAKWFPGCEFLIRMKGQEYI
NNIHLTH

The query sequence (length=87) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3t6p:A 330 84 0.8851 0.2333 0.9167 5.14e-62 3d9t:A, 3d9t:B, 3d9u:A, 8dsf:A, 8dsf:B, 8dsf:C, 8dsf:D, 8dso:D, 4eb9:A, 4eb9:B, 4eb9:C, 4eb9:D, 6exw:A, 6exw:C, 6hpr:A, 4hy4:A, 4hy4:B, 4hy5:A, 4hy5:B, 4lge:A, 4lge:B, 4lgu:A, 4lgu:B, 5m6n:A, 5m6n:B, 4mti:A, 4mti:B, 3mup:A, 3mup:B, 3mup:C, 3mup:D, 4mu7:A, 4mu7:B, 3oz1:A, 3oz1:B, 3oz1:C, 3oz1:D, 1qbh:A, 7trm:A, 3uw4:A, 6w74:A, 6w7o:C, 6w7o:D, 6w8i:F, 6w8i:D, 6w8i:E
2 4kmn:A 103 84 0.8736 0.7379 0.9048 5.37e-57 7trl:A
3 2uvl:B 95 84 0.7471 0.6842 0.7738 1.80e-48 2uvl:A
4 2i3h:B 95 87 0.6207 0.5684 0.6207 1.15e-38 3f7h:A, 3f7h:B, 3f7i:A, 3f7i:B, 3gt9:A, 3gt9:B, 3gta:A, 3gta:B, 2i3h:A, 2i3i:A, 2i3i:B, 1tw6:A, 1tw6:B, 3uw5:A, 3uw5:B
5 1f9x:A 117 87 0.5862 0.4359 0.5862 2.17e-32 5c0k:A, 5c0l:A, 5c3h:A, 5c3k:A, 5c7a:A, 5c7b:A, 5c7c:A, 5c7d:A, 5c83:A, 5c84:A, 3clx:D, 3clx:A, 3clx:B, 3clx:C, 3cm2:D, 3cm2:H, 3cm2:A, 3cm2:B, 3cm2:C, 3cm2:G, 3cm2:E, 3cm2:F, 3cm2:I, 3cm2:J, 3cm7:C, 3cm7:A, 3cm7:B, 3cm7:D, 4ec4:A, 4ec4:F, 4ec4:B, 4ec4:G, 4ec4:C, 4ec4:D, 4ec4:K, 4ec4:E, 4ec4:L, 4ec4:J, 3eyl:A, 3eyl:B, 6ey2:A, 6ey2:C, 6ey2:B, 6ey2:G, 6ey2:D, 6ey2:E, 6ey2:F, 6ey2:H, 1g3f:A, 1g73:C, 1g73:D, 3g76:A, 3g76:B, 3g76:C, 3g76:D, 3g76:E, 3g76:F, 3g76:G, 3g76:H, 8gh7:A, 8gh7:B, 6h6q:A, 6h6q:B, 6h6r:A, 3hl5:A, 3hl5:B, 4hy0:A, 4hy0:D, 4hy0:B, 4hy0:G, 4hy0:C, 4hy0:E, 4hy0:F, 4hy0:H, 2jk7:A, 4kmp:A, 4kmp:B, 5m6e:A, 5m6f:A, 5m6h:A, 5m6l:A, 5m6m:A, 1nw9:A, 2opy:A, 2opz:A, 2opz:B, 2opz:C, 2opz:D, 5oqw:A, 5oqw:B, 1tfq:A, 1tft:A, 2vsl:A
6 3f7g:B 101 87 0.5057 0.4356 0.5057 3.71e-32 3f7g:A, 3f7g:C, 3f7g:D, 3f7g:E, 1oxn:E, 1oxn:A, 1oxn:B, 1oxn:C, 1oxn:D, 1oxq:E, 1oxq:A, 1oxq:B, 1oxq:C, 1oxq:D, 1oy7:E, 1oy7:A, 1oy7:B, 1oy7:C, 1oy7:D
7 1xb0:F 103 86 0.5517 0.4660 0.5581 1.31e-30 1xb0:A, 1xb0:B, 1xb0:C, 1xb0:D, 1xb0:E, 1xb1:A, 1xb1:B, 1xb1:C, 1xb1:D, 1xb1:E, 1xb1:F
8 1jd5:A 105 80 0.4598 0.3810 0.5000 3.26e-26 1jd4:A, 1jd4:B, 1jd6:A, 1q4q:G, 1q4q:I, 1q4q:F, 1q4q:H, 1q4q:J, 1q4q:A, 1q4q:C, 1q4q:D, 1q4q:B, 1q4q:E
9 5yud:A 1238 76 0.4713 0.0331 0.5395 3.52e-24
10 5yud:A 1238 71 0.2989 0.0210 0.3662 2.72e-08
11 8fvu:A 1361 80 0.4828 0.0309 0.5250 3.63e-24 2vm5:A
12 8fvu:A 1361 69 0.3678 0.0235 0.4638 4.97e-17 2vm5:A
13 8fvu:A 1361 72 0.2644 0.0169 0.3194 1.61e-08 2vm5:A
14 7rav:A 773 76 0.4713 0.0530 0.5395 6.71e-24
15 7rav:A 773 53 0.3218 0.0362 0.5283 1.17e-14
16 7rav:A 773 71 0.2989 0.0336 0.3662 3.55e-08
17 1c9q:A 117 72 0.3678 0.2735 0.4444 2.27e-20 8aza:C, 1i3o:E, 1i3o:F, 4j3y:A, 4j3y:C, 4j44:A, 4j44:C, 4j45:A, 4j45:C, 4j46:A, 4j46:C, 4j47:A, 4j47:C, 4j48:A, 4j48:C, 4kju:A, 4kju:C, 4kjv:A, 4kjv:C, 4wvs:A, 4wvt:A, 4wvt:B, 4wvu:A
18 3m0d:D 75 65 0.3678 0.4267 0.4923 3.05e-18 3m0a:D, 7nk0:D, 7nk0:E
19 7qgj:A 79 71 0.3908 0.4304 0.4789 4.59e-18 7qgj:B
20 3m1d:A 78 65 0.3563 0.3974 0.4769 1.29e-17 3m1d:B
21 2pop:D 80 65 0.3218 0.3500 0.4308 7.65e-15 6gjw:A, 6gjw:B, 6gjw:C, 6gjw:D, 4mtz:A, 4mtz:B, 4mtz:C, 4mtz:D, 4oxc:A, 4oxc:B, 4oxc:C, 4oxc:D, 2poi:A, 2pop:B, 6qci:A, 6qci:B, 6qci:C, 6qci:D, 2qra:D, 2qra:C, 2qra:B, 2qra:A
22 8atu:A 2837 91 0.4023 0.0123 0.3846 4.44e-14 8atu:B, 8atx:A, 8atx:B, 8auk:A, 8auk:B, 8auw:B
23 8auw:A 2900 91 0.4023 0.0121 0.3846 4.45e-14
24 3sip:F 108 73 0.3103 0.2500 0.3699 1.30e-11 1sdz:A, 1se0:A, 3sip:E, 3siq:A, 3siq:B, 3siq:C, 3siq:D, 3siq:E, 3siq:F
25 1m4m:A 112 80 0.3448 0.2679 0.3750 1.02e-09
26 3ued:C 139 80 0.3448 0.2158 0.3750 1.99e-08 4a0i:A, 4a0i:B, 4a0j:A, 4a0j:B, 4a0n:A, 1e31:A, 1e31:B, 1f3h:A, 1f3h:B, 7lbk:B, 7lbk:A, 7lbo:A, 7lbo:B, 7lbp:A, 7lbp:C, 7lbq:A, 2qfa:A, 2raw:A, 2rax:A, 2rax:E, 2rax:X, 6sho:A, 6sho:B, 3uec:A, 3ued:A, 3uee:A, 3uee:C, 3uef:A, 3uef:C, 3ueg:A, 3ueg:B, 3ueh:A, 3ueh:B, 3uei:A, 3uei:B, 3uig:A, 3uig:B, 3uih:A, 3uih:B, 3uii:A, 3uii:B, 3uij:A, 3uij:B, 3uik:A, 3uik:B, 1xox:A, 1xox:B, 6yie:A, 6yie:D, 6yif:A, 6yih:A
27 7vhv:A 485 46 0.1609 0.0289 0.3043 0.68 7vhv:D, 7vhv:C, 7vhv:B
28 6klr:A 297 37 0.1609 0.0471 0.3784 1.9
29 7yi2:A 506 15 0.0920 0.0158 0.5333 2.6 7yi5:A
30 8pzv:B 369 25 0.1149 0.0271 0.4000 2.6 8pzu:B, 4xga:A
31 8hxx:K 549 15 0.0920 0.0146 0.5333 2.6 8hxy:K, 8hy0:K, 8jho:K, 8kd3:B, 8kd4:B, 8kd5:B, 8kd6:B, 8tof:A
32 8ihn:K 598 15 0.0920 0.0134 0.5333 2.7 8iht:K
33 8unx:A 244 20 0.1264 0.0451 0.5500 4.2 7f1o:A, 7f1z:A, 7f23:A, 7f24:A, 5g53:C, 8gfv:A, 8gfw:A, 8gfx:A, 8gfy:A, 8gfz:A, 8gg0:A, 8gg1:A, 8gg2:A, 8gg3:A, 8gg4:A, 8gg5:A, 8gg6:A, 8gg7:A, 8gg8:A, 8gw8:A, 8jr9:A, 8unl:A, 8unm:A, 8unn:A, 8uno:A, 8unp:A, 8unq:A, 8unr:A, 8uns:A, 8unt:A, 8unu:A, 8unv:A, 8unw:A, 8uny:A, 8unz:A, 8uo0:A, 7vui:A, 7vuj:A
34 2nmb:A 147 51 0.1839 0.1088 0.3137 6.5 1ddm:A, 5yi7:A, 5yi7:C, 5yi8:A
35 8xql:A 240 20 0.1264 0.0458 0.5500 6.7
36 8rph:F 520 23 0.1034 0.0173 0.3913 7.3
37 5ntd:G 520 28 0.1149 0.0192 0.3571 7.5 4efd:F, 5nsm:A, 5nsm:B, 5nsm:C, 5nsm:D, 5nsm:E, 5nsm:F, 5nsm:G, 5nsm:H, 5nsm:I, 5nsm:J, 5nsm:K, 5nsm:L, 5nsq:A, 5nsq:B, 5nsq:C, 5nsq:D, 5nsq:E, 5nsq:F, 5ntd:A, 5ntd:B, 5ntd:D, 5ntd:C, 5ntd:E, 5ntd:F, 5ntd:H, 5ntd:I, 5ntd:J, 5ntd:K, 5ntd:L
38 8rph:D 608 23 0.1034 0.0148 0.3913 7.5 8rph:A, 8rph:B, 8rph:C, 8rph:E, 8rpi:A, 8rpi:B, 8rpi:C, 8rpi:D, 8rpi:E, 8rpi:F, 8rpj:A, 8rpj:B, 8rpj:C, 8rpj:E, 8rpj:D, 8rpj:F
39 2r01:A 195 35 0.1264 0.0564 0.3143 7.8
40 7e4s:A 279 42 0.1379 0.0430 0.2857 7.9 7e4s:B, 7e4s:C, 7e4s:D, 7e4s:E, 7e4s:F, 7ye3:A, 7ye3:B, 7ye3:C, 7ye3:D, 7ye3:E, 7ye3:F, 7yrs:A, 7yrs:B, 7yrs:C, 7yrs:D, 7yrs:E, 7yrs:F
41 6xr5:D 393 41 0.1609 0.0356 0.3415 8.0 6xr5:A, 6xr5:B, 6xr5:E, 6xr5:H

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023)(download the PDF file).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • zhanglabzhanggroup.org | +65-6601-1241 | Computing 1, 13 Computing Drive, Singapore 117417