Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MNPIHDRTSDYHKYLKVKQGDSDLFKLTVSDKRYIWYNPDPKERDSYECGEIVSETSDSFTFKTVDGQDRQVKKDDANQR
NPIKFDGVEDMSELSYLNEPAVFHNLRVRYNQDLIYTYSGLFLVAVNPFKRIPIYTQEMVDIFKGRRRNEVAPHIFAISD
VAYRSMLDDRQNQSLLITGESGAGKTENTKKVIQYLASVAGRGVLEQQILQANPILEAFGNAKTTRNNNSSEFGKFIEIQ
FNSAGFISGASIQSYLLEKSRVVFQSETERNYHIFYQLLAGATAEEKKALHLAGPESFNYLNQSGCVDIKGVSDSEEFKI
TRQAMDIVGFSQEEQMSIFKIIAGILHLGNIKFEKGAGEGAVLKDKTALNAASTVFGVNPSVLEKALMEPRILAGRDLVA
QHLNVEKSSSSRDALVKALYGRLFLWLVKKINNVLCQERKAYFIGVLDISGFRIFKVNSFEQLCINYTNEKLQQFFNHHM
FKLEQEEYLKEKINWTFIDFGLDSQATIDLIDGRQPPGILALLDEQSVFPNATDNTLITKLHSHFSKKNAKYEEPRFSKT
EFGVTHYAGQVMYEIQDWLEKNKDPLQQDLELCFKDSSDNVVTKLFNDPNIASRAKKGANFITVAAQYKEQLASLMATLE
TTNPHFVRCIIPNNKQLPAKLEDKVVLDQLRCNGVLEGIRITRKGFPNRIIYADFATDAVEQYRFGITKIFFR

The query sequence (length=713) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1g8x:A 1009 746 0.9888 0.6987 0.9450 0.0 1g8x:B
2 1jwy:A 1039 740 0.9860 0.6766 0.9500 0.0 4ae3:A, 2aka:A, 7b19:A, 7b1a:A, 3bz7:A, 3bz8:A, 3bz9:A, 1d0x:A, 1d0y:A, 1d0z:A, 1d1a:A, 1d1b:A, 1d1c:A, 1fmw:A, 2jhr:A, 2jj9:A, 1jx2:A, 1lvk:A, 3mjx:A, 3mkd:A, 1mma:A, 1mmd:A, 1mmg:A, 1mmn:A, 1mne:A, 3mnq:A, 3myh:X, 3myk:X, 3myl:X, 4pjk:A, 1vom:A, 1w9i:A, 1w9j:A, 1w9k:A, 1w9l:A, 2x9h:A, 2xel:A, 2xo8:A, 2y8i:X, 1yv3:A, 6z2s:A, 6z7t:A, 6z7t:B, 6z7u:A
3 1mnd:A 641 683 0.8878 0.9875 0.9268 0.0
4 7mf3:B 896 733 0.4993 0.3973 0.4857 0.0 1br1:A, 1br1:C, 1br1:E, 1br1:G, 1br4:A, 1br4:C, 1br4:E, 1br4:G, 7mf3:A, 6z47:A, 6z47:B
5 1qvi:A 806 724 0.4895 0.4330 0.4820 0.0 1kk7:A, 1kk8:A, 2otg:A, 1s5g:A
6 3i5f:A 810 724 0.4979 0.4383 0.4903 0.0
7 5t45:A 708 717 0.4867 0.4901 0.4840 0.0 5m05:A
8 5w1a:A 786 727 0.4853 0.4402 0.4759 0.0 8exw:A, 5w1a:C
9 1kwo:A 780 734 0.4867 0.4449 0.4728 0.0 1b7t:A, 1dfl:A, 1kqm:A, 1l2o:A
10 1dfl:B 766 719 0.4797 0.4465 0.4757 0.0
11 8act:A 873 716 0.4783 0.3906 0.4763 0.0 8act:B, 9f6c:B, 8qyp:A, 8qyq:A, 8qyq:B, 8qyr:B
12 4pa0:B 920 709 0.4755 0.3685 0.4781 0.0 8qyu:B
13 4pa0:A 974 725 0.4783 0.3501 0.4703 0.0 4db1:A, 4db1:B, 8efe:A, 8efh:A, 9f6c:A, 6fsa:A, 6fsa:B, 5n69:A, 5n69:B, 5n6a:A, 8qyu:A
14 5i4e:A 959 728 0.4712 0.3504 0.4615 0.0
15 1br2:A 673 711 0.4769 0.5052 0.4782 0.0 1br2:B, 1br2:C, 1br2:D, 1br2:E, 1br2:F
16 6ysy:A 767 707 0.4600 0.4276 0.4639 0.0
17 6qdj:A 758 725 0.4769 0.4485 0.4690 0.0
18 7dhw:A 726 682 0.4362 0.4284 0.4560 0.0
19 1w7j:A 752 721 0.4123 0.3910 0.4078 1.28e-179 7pm5:A, 7pm6:A, 7pm6:D, 7pm7:A, 7pm8:A, 7pm9:A, 7pma:A, 7pmb:A, 7pmc:A, 7pmd:A, 7pme:A, 7pme:D, 7pmf:A, 7pmg:A, 7pmh:A, 7pmi:A, 7pmj:A, 7pml:A, 1w7i:A
20 5hmp:B 712 659 0.4039 0.4045 0.4370 7.42e-179 5hmp:A, 4zg4:B, 4zg4:E
21 7udu:D 701 657 0.3955 0.4023 0.4292 3.55e-176 7rb8:D
22 5i0i:A 784 633 0.3857 0.3508 0.4344 3.19e-171 5i0h:A, 5i0h:B, 5i0i:B
23 4dbq:A 744 717 0.3899 0.3737 0.3877 3.92e-155 4pjj:A, 2vas:A
24 4l79:A 734 673 0.3815 0.3706 0.4042 4.63e-155 6c1d:P, 6c1g:P
25 2vb6:A 724 715 0.3829 0.3771 0.3818 6.46e-153
26 1lkx:C 679 674 0.3689 0.3873 0.3902 7.10e-151 1lkx:A, 1lkx:B, 1lkx:D
27 8w41:A 1162 755 0.3913 0.2401 0.3695 1.20e-148 4dbr:A, 4e7s:A, 4e7s:B, 4e7z:A, 4e7z:B, 5o2l:A, 4pfo:A, 4pfp:A, 4pfp:C, 4pjl:A, 4pjm:A, 4pjn:A, 4pk4:A, 2v26:A
28 4anj:A 995 742 0.3885 0.2784 0.3733 2.31e-148 1jbz:A
29 4byf:A 698 676 0.3590 0.3668 0.3787 8.83e-146 4byf:C
30 6ui4:A 692 619 0.3436 0.3540 0.3958 4.25e-143
31 6ycx:B 817 641 0.2931 0.2558 0.3261 1.60e-105 8a12:A, 8cdm:A, 8cdq:A, 6i7e:A, 6ycx:A, 6ycy:A, 6ycz:A
32 6due:A 737 618 0.2721 0.2632 0.3139 1.95e-95
33 6sh6:A 681 83 0.0365 0.0382 0.3133 0.009 8ejm:A, 8ro2:DX, 5xdr:A
34 1e29:A 135 47 0.0224 0.1185 0.3404 0.96 7n8o:V, 7n8o:v, 7rcv:V, 7rcv:v, 8tow:V, 8tow:v
35 3pz2:A 298 69 0.0337 0.0805 0.3478 1.3
36 7w1m:E 1226 146 0.0547 0.0318 0.2671 3.0 6wg3:E, 6wge:E
37 7s14:B 223 69 0.0252 0.0807 0.2609 3.9 7ldq:A, 7rzl:A, 7rzl:B, 7rzp:A, 7rzp:B, 7s14:A, 7s14:C, 7s14:D, 7s1a:A, 7s1a:B, 7t2z:A, 7t2z:B, 7t33:A, 7t33:B
38 8k20:A 337 67 0.0337 0.0712 0.3582 4.9
39 6d50:B 840 45 0.0168 0.0143 0.2667 5.1 6d50:A, 6nzg:A, 6nzg:B, 5uj6:A, 5uj6:B
40 6i3p:C 630 28 0.0196 0.0222 0.5000 5.7 6i3p:A, 6i3p:B, 6i3p:D, 6qic:A, 6qic:B, 6qic:C, 6qic:D
41 4bs9:A 691 116 0.0365 0.0376 0.2241 6.8
42 8j5q:D 611 35 0.0182 0.0213 0.3714 7.8 8j5r:D, 8j5s:D, 8j5t:D
43 7p0x:C 550 220 0.0729 0.0945 0.2364 8.8 7put:C, 7pvj:C
44 6jbj:A 565 45 0.0238 0.0301 0.3778 9.5 6jbj:B
45 5jcs:s 2003 94 0.0337 0.0120 0.2553 9.8
46 6bk8:P 653 27 0.0196 0.0214 0.5185 10.0 6exn:V, 5mq0:V

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218