Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MKVQYCDSLVIGGGLAGLRAAVATQQKGLSTIVLSLIPVKRSHSAAAQGGMQASLGNSKMSDGDNEDLHFMDTVKGSDWG
CDQKVARMFVNTAPKAIRELAAWGVPWTRIHKGDRMAIINAQKTTITEEDFRHGLIHSRDFGGTKKWRTCYTADATGHTM
LFAVANECLKLGVSIQDRKEAIALIHQDGKCYGAVVRDLVTGDIIAYVAKGTLIATGGYGRIYKNTTNAVVCEGTGTAIA
LETGIAQLGNMEAVQFHPTPLFPSGILLTEGCRGDGGILRDVDGHRFMPDYEPEKKELASRDVVSRRMIEHIRKGKGVQS
PYGQHLWLDISILGRKHIETNLRDVQEICEYFAGIDPAEKWAPVLPMQHYSMGGIRTDYRGEAKLKGLFSAGEAACWDMH
GFNRLGGNSVSEAVVAGMIVGEYFAEHCANTQVDLETKTLEKFVKGQEAYMKSLVESKGTEDVFKIKNRMKDVMDDNVGI
FRDGPHLEKAVKELEELYKKSKNVGIKNKRLHANPELEEAYRVPMMLKVALCVAKGALDRTESRGAHNREDYPKRDDINW
LNRTLASWPNPEQTLPTLEYEALDVNEMEIAPGYRGYGAKGNYIENPLSVKRQEEIDKIQSELEAAGKDRHAIQEALMPY
ELPAKYKARNERLGD

The query sequence (length=655) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2bs2:A 655 655 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 2bs2:D, 2bs3:A, 2bs3:D, 2bs4:A, 2bs4:D, 1e7p:A, 1e7p:D, 1e7p:G, 1e7p:J, 1qlb:A, 1qlb:D
2 5xmj:A 622 610 0.5252 0.5531 0.5639 0.0 5xmj:E, 5xmj:I, 5xmj:M
3 5vpn:E 585 582 0.3191 0.3573 0.3591 6.71e-104 6awf:A, 2b76:A, 2b76:M, 1kf6:A, 1kf6:M, 1kfy:A, 1kfy:M, 4kx6:A, 4kx6:M, 1l0v:A, 1l0v:M, 3p4p:A, 3p4p:M, 3p4q:A, 3p4q:M, 3p4r:A, 3p4r:M, 3p4s:A, 3p4s:M, 5vpn:A
4 2acz:A 588 576 0.3237 0.3605 0.3681 2.66e-103 1nek:A, 1nen:A, 2wdq:A, 2wdq:E, 2wdq:I, 2wdr:A, 2wdr:E, 2wdr:I, 2wdv:A, 2wdv:E, 2wdv:I, 2wp9:A, 2wp9:E, 2wp9:I, 2ws3:A, 2ws3:E, 2ws3:I, 2wu2:A, 2wu2:E, 2wu2:I, 2wu5:A, 2wu5:E, 2wu5:I
5 5c2t:A 616 557 0.2992 0.3182 0.3519 2.85e-96 5c2t:E, 5c3j:A, 5c3j:E, 3vr8:A, 3vr8:E, 3vr9:A, 3vr9:E, 3vra:A, 3vra:E, 3vrb:A, 3vrb:E, 4ysx:A, 4ysx:E, 4ysy:A, 4ysy:E, 4ysz:A, 4ysz:E, 4yt0:A, 4yt0:E, 4ytm:A, 4ytm:E, 4ytn:A, 4ytn:E
6 8gs8:A 614 551 0.3023 0.3225 0.3593 7.69e-96 3abv:A, 3ae1:A, 3ae2:A, 3ae3:A, 3ae4:A, 3ae5:A, 3ae6:A, 3ae7:A, 3ae8:A, 3ae9:A, 3aea:A, 3aeb:A, 3aec:A, 3aed:A, 3aee:A, 3aef:A, 3aeg:A, 8dyd:A, 8dye:A, 2fbw:A, 2fbw:N, 2h88:A, 2h88:N, 2h89:A, 6myo:A, 6myp:A, 6myq:A, 6myr:A, 6mys:A, 6myt:A, 6myu:A, 3sfd:A, 3sfe:A, 6vax:A, 6vax:C, 2wqy:A, 2wqy:N, 1yq3:A, 1yq4:A, 4ytp:A, 4yxd:A, 1zoy:A, 1zp0:A
7 3cir:A 541 537 0.2885 0.3494 0.3520 1.04e-92
8 6b58:C 544 548 0.2870 0.3456 0.3431 2.53e-91 6b58:A
9 8b6g:CA 599 618 0.3221 0.3523 0.3414 3.47e-91 8bqs:CA, 8gym:sa, 8gym:SA, 8gzu:sa, 8gzu:SA
10 6c12:B 537 576 0.2992 0.3650 0.3403 7.15e-91 6c12:A
11 6lum:A 539 547 0.2870 0.3488 0.3437 6.33e-84 6lum:J, 6lum:P
12 3cir:M 504 537 0.2687 0.3492 0.3277 2.19e-75
13 7d6v:A 601 581 0.2931 0.3195 0.3305 2.29e-74 7d6x:A
14 6awf:E 487 537 0.2458 0.3306 0.2998 8.61e-62
15 1knp:A 529 565 0.2504 0.3100 0.2903 3.40e-49 1knr:A
16 2e5v:A 472 568 0.2550 0.3538 0.2940 7.49e-45 2e5v:B
17 5kxj:A 481 359 0.1756 0.2391 0.3203 3.44e-39
18 7jz2:A 481 259 0.1466 0.1996 0.3707 9.87e-32 7jz2:E, 7jz2:I, 6wu6:A, 6wu6:E, 6wu6:I
19 7jz2:A 481 217 0.1115 0.1518 0.3364 1.53e-26 7jz2:E, 7jz2:I, 6wu6:A, 6wu6:E, 6wu6:I
20 1qo8:A 564 479 0.1863 0.2163 0.2547 6.59e-20 1qo8:D
21 1d4c:A 570 459 0.1710 0.1965 0.2440 1.57e-17 1d4c:C, 1d4c:B, 1d4c:D, 1d4d:A, 1d4e:A
22 2b7r:A 568 462 0.1649 0.1901 0.2338 2.96e-14 2b7s:A, 1e39:A, 1jrx:A, 1jrx:B, 1jry:A, 1jry:B, 1jrz:A, 1jrz:B, 1kss:A, 1ksu:A, 1ksu:B, 1lj1:A, 1lj1:B, 1m64:A, 1m64:B, 1p2e:A, 1p2h:A, 1q9i:A, 1qjd:A, 1y0p:A
23 6t85:A 459 475 0.1771 0.2527 0.2442 4.08e-10 6t86:A, 6t87:A, 6t88:A
24 5glg:A 471 500 0.1786 0.2484 0.2340 1.20e-07 6ku6:B, 6ku6:H, 5zyn:B
25 8a8o:A 556 493 0.1664 0.1960 0.2211 6.39e-05 8a8o:B
26 2fja:A 642 218 0.0748 0.0763 0.2248 0.051 2fja:C, 2fjb:A, 2fjb:C, 2fjd:A, 2fjd:C, 2fje:A, 2fje:C, 1jnr:A, 1jnr:C, 1jnz:A, 1jnz:C
27 7a7b:G 265 32 0.0198 0.0491 0.4062 0.17
28 7apr:G 293 32 0.0198 0.0444 0.4062 0.21
29 7a7b:A 323 32 0.0198 0.0402 0.4062 0.22 7a7b:B, 7a7b:C, 7a7b:D, 7a7b:E, 7a7b:F, 7a7b:H, 7apr:A, 7apr:B, 7apr:C, 7apr:D, 7apr:E, 7apr:F, 7apr:H
30 8u7j:T 187 95 0.0427 0.1497 0.2947 0.59 8u7j:N, 8u7j:S, 8u7j:X, 8u7j:R, 8u7j:W, 8u7j:O, 8u7j:M, 8u7j:V, 8u7j:U, 8u7j:P, 8u7j:Q
31 2q7v:A 313 28 0.0229 0.0479 0.5357 1.00 2q7v:B
32 7jyp:A 305 30 0.0244 0.0525 0.5333 1.0
33 6itu:A 146 59 0.0275 0.1233 0.3051 1.1
34 7u6l:D 436 28 0.0214 0.0321 0.5000 1.2 7e7h:A, 7e7h:B, 7u6l:A, 7u6l:B, 7u6l:C
35 8bxl:B 590 84 0.0382 0.0424 0.2976 1.9 8bxl:C, 8bxl:D, 8bxl:A, 8bxl:F, 8bxl:E
36 3atq:A 452 41 0.0244 0.0354 0.3902 2.2 3atr:A, 4opc:A, 4opd:A, 4opd:B, 4opg:A, 4opi:A, 4opl:A, 4opt:A, 4opu:A
37 2csg:A 417 56 0.0260 0.0408 0.3036 2.2
38 2z5x:A 513 28 0.0214 0.0273 0.5000 2.8 2bxr:A, 2bxr:B, 2bxs:A, 2bxs:B, 2z5y:A
39 6s6b:J 475 51 0.0244 0.0337 0.3137 3.4 6s8b:J, 6s8e:J, 6s91:J, 6sh8:J, 6shb:J, 6sic:J
40 7aaw:A 315 28 0.0214 0.0444 0.5000 4.2 7aaw:B
41 8joj:A 523 29 0.0214 0.0268 0.4828 5.4 4c3x:A, 4c3x:B, 4c3x:C, 4c3x:D, 4c3x:E, 4c3x:F, 4c3x:G, 4c3x:H, 4c3y:A, 4c3y:B, 4c3y:C, 4c3y:D, 4c3y:E, 4c3y:F, 4c3y:G, 4c3y:H, 8jbz:AAA, 8ju4:A, 8kcz:A
42 5nii:B 298 30 0.0214 0.0470 0.4667 6.0 5nii:A
43 5k0a:D 322 28 0.0183 0.0373 0.4286 6.7 5jri:A, 5jri:B, 5k0a:A, 5k0a:B, 5k0a:C
44 7tao:E 159 88 0.0412 0.1698 0.3068 7.5 7tao:F, 7tao:G, 7tao:H, 7tao:I, 7tao:J, 7tao:K, 7tao:L, 7tap:E, 7tap:F, 7tap:G, 7tap:H, 7tap:I, 7tap:J, 7tap:K
45 6xu6:DA 350 42 0.0229 0.0429 0.3571 7.8
46 8p84:B 450 31 0.0214 0.0311 0.4516 8.0 8p84:A
47 5odc:A 653 31 0.0198 0.0199 0.4194 8.6 5odc:G, 5odh:A, 5odh:G, 5odi:A, 5odi:G, 5odq:A, 5odq:G, 5odr:A, 5odr:G
48 8cmk:A 913 50 0.0275 0.0197 0.3600 8.8 8cmk:B, 6gx9:A, 6gx9:B
49 7a76:A 326 26 0.0168 0.0337 0.4231 10.0 7a76:B, 7a76:C, 7a76:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218