Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum Lab Only
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MKNITIYTKNYCPYSKKAVSLLSSKGVDFKEVDVTHDSKAFEDVMAKTGWDTVPQVFVDEEFLGGCDDIHALDRQGILDK
KLGLKLEHHHHH

The query sequence (length=92) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4tr0:A 92 92 0.9891 0.9891 0.9891 2.78e-64 4tr0:B, 4tr1:A, 4tr1:B
2 3grx:A 82 80 0.4130 0.4634 0.4750 6.21e-24
3 4i2u:A 109 94 0.3913 0.3303 0.3830 6.94e-15
4 5w1j:A 584 88 0.3043 0.0479 0.3182 6.49e-12 5w1j:B, 5w1l:A, 5w1l:B
5 4rqr:A 107 85 0.2717 0.2336 0.2941 9.05e-11 1b4q:A
6 3uiw:A 110 78 0.2935 0.2455 0.3462 1.80e-10 3uiw:B
7 2yan:B 105 67 0.2391 0.2095 0.3284 2.03e-10
8 2ht9:B 111 78 0.3043 0.2523 0.3590 2.33e-10 2fls:A, 2ht9:A
9 2e7p:C 115 69 0.2500 0.2000 0.3333 6.26e-09 2e7p:A, 2e7p:B, 2e7p:D
10 2wci:A 113 69 0.2391 0.1947 0.3188 6.84e-09 2wci:B
11 4n11:A 108 84 0.2500 0.2130 0.2738 9.32e-09 7din:A, 7dio:A, 7dip:A, 7diq:A
12 2wul:A 109 77 0.2826 0.2385 0.3377 1.64e-08 2wul:B, 2wul:C, 2wul:D
13 5kqa:A 110 78 0.2609 0.2182 0.3077 8.25e-08
14 3msz:B 87 85 0.3152 0.3333 0.3412 9.50e-08 3msz:A
15 3rhc:A 103 85 0.2935 0.2621 0.3176 1.77e-07 3rhb:A, 3rhc:B
16 3d5j:A 112 89 0.2935 0.2411 0.3034 2.01e-07 3d5j:B
17 3fz9:A 106 83 0.2935 0.2547 0.3253 2.23e-07 3fza:A
18 1grx:A 85 73 0.3043 0.3294 0.3836 2.95e-07 1qfn:A
19 7p0x:B 581 81 0.2500 0.0396 0.2840 1.52e-05 7p0x:A, 7put:A, 7put:B, 7pvj:A, 7pvj:B
20 2jac:A 108 74 0.2717 0.2315 0.3378 8.83e-05 3c1s:A
21 8a1r:A 593 64 0.2065 0.0320 0.2969 0.001 8a1r:B, 7b02:A, 6fmu:A, 6fmz:A, 6fp4:A, 6ftc:A, 3h4k:A, 4la1:A, 4la1:B, 7npx:A, 7npx:B, 8pdd:A, 8pdd:B, 8pl0:A, 8pl0:B, 8pl1:A, 8pl1:B, 8pl2:A, 8pl2:B, 8pl3:A, 8pl3:B, 8pl4:A, 8pl4:B, 8pl5:A, 8pl5:B, 8pl6:A, 8pl7:A, 8pl7:B, 8pl8:A, 8pl9:A, 8pl9:B, 8pla:A, 8pla:B, 8plb:A, 8plb:B, 8plc:A, 8plc:B, 8pld:A, 8pld:B, 8ple:A, 8ple:B, 8plf:A, 8plf:B, 8plg:A, 8plh:A, 8pli:A, 8pli:B, 8plj:A, 8plj:B, 8plk:A, 8plk:B, 8pll:A, 8plm:A, 8pln:A, 8plo:A, 8plo:B, 8plp:A, 8plp:B, 8plq:A, 8plq:B, 8plr:A, 8plr:B, 8pls:A, 8pls:B, 8plt:A, 8plt:B, 8plu:A, 8plu:B, 8plv:A, 8plv:B, 8plw:A, 8plw:B, 8plx:A, 8plx:B, 8ply:A, 8ply:B, 6rtj:A, 6rtm:A, 6rto:A, 2v6o:A, 2x8c:A, 2x8c:B, 2x8g:A, 2x8h:A, 2x99:A, 6zlb:A, 6zlp:A, 6zp3:A, 6zst:A
22 3wd6:A 242 58 0.1630 0.0620 0.2586 0.002 3wd6:B, 3wd6:C, 3wd6:D
23 3ic4:A 92 61 0.1848 0.1848 0.2787 0.011
24 4g10:A 263 52 0.1739 0.0608 0.3077 0.024 4yav:A
25 4qq7:A 204 51 0.1739 0.0784 0.3137 0.026 4qq7:B
26 4hoj:A 197 62 0.1957 0.0914 0.2903 0.036
27 4uy7:A 327 71 0.2174 0.0612 0.2817 0.044 6fnq:A, 6fnq:B, 6fnr:A, 6fnr:B, 6fns:A, 6fns:B, 6fnt:A, 6fnt:B, 4pin:A, 4pin:B, 4pio:A, 4pio:B, 4pip:A, 4pip:B, 4pip:C, 4pip:D, 4uy5:A, 4uy6:A, 4uy7:B
28 7qej:A 204 53 0.1848 0.0833 0.3208 0.098 7qej:B, 7qek:A, 7qek:B
29 8qll:A 237 52 0.1304 0.0506 0.2308 0.13 8qll:B
30 6wmt:S 202 22 0.1196 0.0545 0.5000 0.33 6weg:D
31 6mhc:A 244 52 0.1413 0.0533 0.2500 0.33 1eem:A, 4is0:A, 3lfl:A, 3lfl:B, 3lfl:C, 6mhb:A, 6mhb:B, 6mhb:C, 6mhb:D, 6mhb:E, 6mhb:F, 6mhc:B, 6mhd:A, 6mhd:B, 6pnm:A, 6pnn:A, 6pno:A, 5ueh:A, 5v3q:A, 3vln:A, 4yqm:A, 4yqm:B, 4yqm:C, 4yqu:A, 4yqu:B, 4yqv:A, 4yqv:B, 4yqv:C, 5yvn:A, 5yvo:A
32 7p0x:C 550 52 0.1739 0.0291 0.3077 0.35 7put:C, 7pvj:C
33 8awz:A 241 33 0.1196 0.0456 0.3333 0.38 8awz:B, 8ax0:A, 8ax0:B, 8ax1:A, 8ax1:B, 8ax2:A, 8ax2:B, 6f4b:A, 6f4b:B, 6f4f:A, 6f4f:B, 6f4k:A, 6f4k:B, 6f51:A, 6f51:B, 6f66:A, 6f66:B, 6f67:A, 6f67:B, 6f68:A, 6f68:B, 6f69:A, 6f69:B, 6f6a:A, 6f6a:B, 6hpe:A, 6hpe:B
34 6srb:B 233 48 0.1413 0.0558 0.2708 0.47 6srb:A
35 4z6k:A 345 38 0.1630 0.0435 0.3947 0.80 4z6k:B, 4z6k:C, 4z6k:D
36 2pw0:B 341 59 0.1957 0.0528 0.3051 1.5
37 1rxq:D 169 91 0.2717 0.1479 0.2747 1.6
38 3qag:A 238 37 0.1196 0.0462 0.2973 1.6 3q19:A, 3q19:B
39 3ip4:B 482 16 0.0978 0.0187 0.5625 1.9 2df4:B, 2dqn:B, 2f2a:B, 2g5h:B, 2g5i:B
40 6hjs:A 236 38 0.1087 0.0424 0.2632 2.2 6hjs:B
41 6iey:A 307 18 0.1087 0.0326 0.5556 2.7
42 3eqt:B 142 43 0.1848 0.1197 0.3953 2.7 3eqt:A, 2rqa:A
43 7nf4:A 504 22 0.1304 0.0238 0.5455 2.8 8crd:A, 6ev3:A, 6ev4:A, 6ev5:A, 6ev6:A, 6ev7:A, 6ev8:A, 6ev9:A, 6eva:A, 6evb:A, 6evc:A, 6evd:A, 7nf3:A, 7nf4:B, 8oed:A, 8oeh:A, 8oeo:A, 6r2p:A, 6r2r:A, 6r2t:A, 6r2z:A, 6r30:A, 6r32:A, 6r33:A, 6r34:A, 6r3f:A, 6r3g:A, 6r3i:A, 6r3j:A, 6r3l:A, 6r3n:A, 6r3o:A, 6tib:AAA, 6tic:AAA, 6tie:AAA, 6tih:AAA, 6tij:AAA, 6til:AAA, 6tin:AAA, 6tio:AAA, 4za4:A, 4za5:A, 4za7:A, 4za8:A, 4za9:A, 4zaa:A, 4zab:A
44 8iox:A 524 22 0.1087 0.0191 0.4545 3.1 8iox:C, 8iox:D, 8iox:E, 8iox:F, 8iox:G, 8iox:H, 8iox:I, 8iox:J, 8iox:K, 8ip1:A, 8ip1:B
45 3en8:A 128 49 0.1413 0.1016 0.2653 4.3
46 6d9m:A 326 37 0.1413 0.0399 0.3514 4.7
47 3bem:B 210 47 0.1522 0.0667 0.2979 4.9 3bem:A
48 5k87:A 389 59 0.1848 0.0437 0.2881 5.4 5k87:B, 2pvz:B, 2pvz:A, 2pw0:A
49 8ddx:D 992 41 0.1196 0.0111 0.2683 5.5
50 3pgv:A 259 17 0.0761 0.0270 0.4118 6.6 3pgv:B, 3pgv:C, 3pgv:D
51 6ks6:h 527 74 0.2065 0.0361 0.2568 7.0 6ks6:H, 4v81:G, 4v81:g, 4v8r:AH, 4v8r:Ah, 4v8r:BH, 4v8r:Bh, 4v94:G, 4v94:O, 4v94:g, 4v94:o, 7ylw:H, 7ylw:h, 7ylx:H, 7ylx:h, 7yly:H, 7yly:h
52 3uat:A 276 82 0.2391 0.0797 0.2683 7.5
53 7lzh:A 798 22 0.0978 0.0113 0.4091 7.8 7lzh:B, 7lzh:C, 7lzh:D, 7lzi:A, 7lzi:B, 7lzi:C, 7lzi:D
54 1d4c:A 570 30 0.1196 0.0193 0.3667 8.7 1d4c:C, 1d4c:B, 1d4c:D, 1d4d:A, 1d4e:A
55 6y87:A 470 29 0.1196 0.0234 0.3793 9.6 6y87:B, 6y87:C, 6y87:D, 6y87:E, 6y87:F

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023)(download the PDF file).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218