Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MIQIYHADAFEIIKDFYQQNLKVDAIITDPPNFKLLEWIARYAPLVNPNGCMVIFCSYRFISYIADFLEENGFVVKDFIQ
WVKNNPMPRNIHRRYVQDTEFALWAVKKKAKWVFNKPKNEKYLRPLILKSHPTQKSLALMEKIISIHTNPNDIVLDPFMG
SGTTGLACKNLERNFIGIESEKEYFQTAKKRLN

The query sequence (length=193) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5hfj:C 204 203 1.0000 0.9461 0.9507 1.13e-140 5hfj:A, 5hfj:B, 5hfj:D, 5hfj:E, 5hfj:F, 5hfj:G, 5hfj:H
2 6pbd:B 331 222 0.3834 0.2236 0.3333 5.99e-28
3 6pbd:A 350 179 0.3212 0.1771 0.3464 3.69e-25
4 9c3s:A 250 193 0.2850 0.2200 0.2850 2.72e-17 9c3s:B, 9c3s:C, 9c3s:D, 9c3t:A, 9c3t:B, 9c3t:C, 9c3t:D, 9c3u:A, 9c3u:B, 9c3u:C, 9c3u:D, 8urk:A, 8urk:B, 8urk:C, 8urk:D
5 1g60:A 238 184 0.2902 0.2353 0.3043 5.81e-15 1g60:B
6 1boo:A 282 244 0.2746 0.1879 0.2172 5.05e-10
7 1nw8:A 272 197 0.2487 0.1765 0.2437 4.57e-07 1eg2:A, 1nw5:A, 1nw6:A, 1nw7:A
8 8s9m:A 241 133 0.1813 0.1452 0.2632 4.79e-07
9 2zif:B 243 56 0.1140 0.0905 0.3929 6.45e-07 2zif:A
10 8s9o:A 230 62 0.1244 0.1043 0.3871 8.32e-07 8s9n:A, 8s9o:B
11 7dsu:B 420 101 0.1710 0.0786 0.3267 0.002 7dsu:A
12 6k0w:A 528 104 0.1606 0.0587 0.2981 0.045
13 6k0w:B 499 57 0.1244 0.0481 0.4211 0.047
14 6k0w:D 435 57 0.1244 0.0552 0.4211 0.052 6k0w:C
15 4zcf:A 616 50 0.1036 0.0325 0.4000 0.075 4zcf:B
16 3cjt:A 254 50 0.0881 0.0669 0.3400 0.18 3cjq:A, 3cjq:D, 3cjq:G, 3cjr:A, 3cjt:C, 3cjt:E, 3cjt:G, 3cjt:I, 3cjt:K, 3cjt:M, 3cjt:O, 3egv:A, 2nxe:A, 2nxe:B, 2zbp:A, 2zbq:A, 2zbr:A
17 3tm5:A 368 68 0.1036 0.0543 0.2941 0.36 3tlj:A, 3tlj:B, 3tm4:A, 3tm4:B, 3tm5:B
18 3f0a:A 159 79 0.0881 0.1069 0.2152 1.3 3k9u:A, 3k9u:B, 3ne7:A
19 3ax1:A 298 93 0.1399 0.0906 0.2903 1.4
20 2zzn:A 336 23 0.0570 0.0327 0.4783 1.5 3ay0:A, 2yx1:A, 2zzm:A, 2zzn:B
21 3ay0:B 314 23 0.0570 0.0350 0.4783 1.6 2yx1:B
22 2cww:B 382 32 0.0415 0.0209 0.2500 1.6 2cww:A
23 3ckl:B 296 27 0.0622 0.0405 0.4444 4.2 3ckl:A, 2z5f:A, 2z5f:B
24 5xj2:A 454 40 0.0570 0.0242 0.2750 4.3 5xj2:B, 5xj2:C, 5xj2:D, 5zq0:A, 5zq1:A, 5zq8:B, 5zq8:A, 5zth:A
25 2bjj:X 692 81 0.1192 0.0332 0.2840 4.3 1b0l:A, 1bka:A, 1cb6:A, 1dsn:A, 1eh3:A, 1fck:A, 1h43:A, 1h44:A, 1h45:A, 1hse:A, 7jrd:B, 1lcf:A, 1lct:A, 1lfg:A, 1lfi:A, 1n76:A, 7n88:B, 2pms:A, 2pms:B, 1sqy:A, 1vfd:A, 1vfe:A
26 2glu:A 234 55 0.0933 0.0769 0.3273 6.9 2glu:B
27 1b7e:A 372 66 0.1192 0.0618 0.3485 7.0
28 8h69:A 716 23 0.0570 0.0154 0.4783 8.5 4avg:A, 4avg:B, 4avg:C, 4avg:D, 4avl:A, 4avl:B, 4avl:C, 4avl:D, 4avq:A, 4avq:B, 4avq:C, 4avq:D, 4awf:A, 4awf:B, 4awf:C, 4awf:D, 4awg:A, 4awg:B, 4awg:C, 4awh:A, 4awh:B, 4awh:C, 4awh:D, 4awm:A, 8bek:A, 5ccy:A, 5cgv:A, 5cl0:A, 3cm8:A, 5cxr:A, 5czn:A, 5d2o:A, 5d42:A, 5d4g:A, 5d8u:A, 5d9j:A, 5dbs:A, 6dcz:A, 5deb:A, 5des:A, 8dip:A, 8dpj:A, 8dqs:A, 8dtw:A, 8dvo:A, 8e1q:A, 8e21:A, 8e4s:A, 4e5e:A, 4e5e:B, 4e5e:C, 4e5e:D, 4e5f:A, 4e5f:B, 4e5f:C, 4e5f:D, 4e5g:A, 4e5g:B, 4e5g:C, 4e5g:D, 4e5h:A, 4e5h:B, 4e5h:C, 4e5h:D, 4e5i:A, 4e5i:B, 4e5i:C, 4e5i:D, 4e5j:A, 4e5j:B, 4e5j:C, 4e5j:D, 4e5l:A, 4e5l:B, 4e5l:C, 4e5l:D, 8edz:A, 5ega:A, 7k0w:A, 7k77:A, 7k87:A, 7kaf:A, 7kbc:A, 4kil:A, 7kl3:A, 7knr:A, 7kny:A, 7kop:A, 7lm4:A, 4ln7:A, 7lp7:A, 7lp8:A, 7lw6:A, 7m0n:A, 7m0n:B, 7m0n:C, 7m0n:D, 4m4q:A, 4m5o:A, 4m5q:A, 4m5r:A, 4m5u:A, 4m5v:A, 4mk1:A, 4mk2:A, 4mk5:A, 7ml8:A, 7mpf:A, 7mty:A, 7mx0:A, 7my5:A, 7n47:A, 7n55:A, 7n68:A, 7n8f:A, 6nel:A, 6nem:A, 7nha:A, 7nhc:A, 7nhx:A, 7ni0:A, 7nik:A, 7nil:A, 7nir:A, 7nis:A, 7nj3:A, 7nj4:A, 7nj5:A, 7nj7:A, 7nk1:A, 7nk2:A, 7nk4:A, 7nk6:A, 7nk8:A, 7nka:A, 7nkc:A, 7nki:A, 7nkr:A, 7nug:A, 7nuh:A, 8pm0:A, 8pnp:A, 8pnq:A, 8poh:A, 8poh:E, 7qtl:A, 6qx3:A, 6qx8:A, 6qx8:E, 6qxe:A, 6qxe:E, 7r0e:A, 8r3k:A, 8r3l:A, 8r60:A, 8r65:A, 7rkp:A, 6rr7:A, 7umr:A, 7uuh:A, 6v53:A, 6v56:A, 6vbr:A, 6vg9:A, 6viv:A, 6vjh:A, 6vl3:A, 6vll:A, 5vp8:A, 5vpt:A, 5vpx:A, 5vqn:A, 5vrj:A, 5w44:A, 2w69:A, 2w69:B, 2w69:D, 5w73:A, 6w7a:A, 4w9s:A, 5wa7:A, 5wap:A, 5wb3:A, 5wcs:A, 5wct:A, 5wdn:A, 5wdw:A, 5we7:A, 5we9:A, 5web:A, 5wef:A, 5wei:A, 5wf3:A, 5wfm:A, 5wfw:A, 5wfz:A, 5wg9:A, 6whm:A, 6wij:A, 6wj4:A, 6ws3:A, 6ya5:A, 6yem:A, 7z4o:DDD, 7z4o:AAA, 7zpl:A, 7zpl:D
29 3iet:D 211 43 0.0725 0.0664 0.3256 8.8 3iet:B
30 7pks:g 886 94 0.1244 0.0271 0.2553 9.2 8rbx:g, 8rbz:g
31 7ycx:G 910 94 0.1244 0.0264 0.2553 9.2

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218