Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MEEQPVWHHATSSIGEPKYKDGFARFDYVNPDAPKGGELRLSESGTFDSFNPILAKGEVATGVSSLVFETLLKSAEDEIT
TSYGLLAEGISYPDDISSATFRLRAEAKWADGKPVTPEDVVFSFDMVKEHNPLFSNYYRHVISAEKTGERDVTFRFDEKN
NHELPNILGQFPILPKHWWEGQDAKGSKRDISRTTLEPVMGSGPYKIASFQAGGSIRFELRDDYWGKDLNVNVGRYNFRT
INYAFFSDRSVQFEAFRAGNVDFYQDNSASHWATAYDFPAMKDGRVIREEIENPLRATGIMQAFVPNMRREKFKDQRVRQ
ALNYAFDFEDLNRSLAHNAFQRVDSYFWGTELASSGLPEGREKEILEELKDKVPAAVFTTPYKNPVNGDPQKVRDNLRKA
LALFKEAGYELKGSRLVNAKTGEPFSFEILLSNPTFERTVTPFVNSVRKIGIDARIRTVDDSQYTNRVRSYDYDMIYGIW
AQTLVPGNEQSDYWGSASVNQPGSRNYAGIADPAIDELIRRIVFAPNREELVATTRALDRVLLAHHYVVPLFYSKALRVA
YWNHLARPKELPYYGMDFPDAWWSKNTAAK

The query sequence (length=590) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7z8e:A 590 590 1.0000 1.0000 1.0000 0.0
2 7z6f:E 581 584 0.3661 0.3718 0.3699 7.41e-124 7atr:A, 8fsq:A, 8fsr:A, 8fss:A
3 1xoc:A 504 546 0.2203 0.2579 0.2381 1.92e-26
4 7ebi:A 537 550 0.2288 0.2514 0.2455 1.63e-22 7ebm:A, 6lzq:A, 6lzt:A, 6lzu:A, 6lzv:A, 6lzw:A
5 4gfr:A 529 523 0.2085 0.2325 0.2352 8.55e-17 8i5j:A, 8i5j:B, 8i5k:A, 1zu0:A
6 4oes:A 498 421 0.1627 0.1928 0.2280 1.67e-14
7 3m8u:A 508 513 0.1966 0.2283 0.2261 9.98e-14
8 4pfy:A 539 528 0.1831 0.2004 0.2045 1.18e-13 4pft:A, 4pft:B, 4pfy:B
9 4pfu:B 542 547 0.1983 0.2159 0.2139 1.28e-13 5hm4:B, 4pfu:A, 4pfw:A, 4pfw:B
10 6hlx:A 491 397 0.1627 0.1955 0.2418 5.48e-13
11 1dpp:A 507 464 0.1780 0.2071 0.2263 6.81e-13 1dpp:C, 1dpp:E, 1dpp:G
12 3i5o:A 582 408 0.1627 0.1649 0.2353 4.09e-11 3i5o:B, 4jsd:A, 4jso:A, 2o7i:A
13 5z99:A 485 294 0.1271 0.1546 0.2551 6.08e-10 5yyb:A, 5yyb:B
14 3e3k:B 500 423 0.1525 0.1800 0.2128 1.10e-09 7a0c:A, 7a0c:B, 4dcx:A, 4dcx:B, 4dcy:A, 4dcy:B, 3dp8:A, 3dp8:B, 3dp8:C, 3e3k:A, 3e3k:C, 4i8c:A, 4i8c:B, 4i8c:C, 4i9d:A, 4i9d:B, 5l8d:A, 5l8d:B, 3mvw:A, 3mvw:B, 3mvx:A, 3mvx:B, 3mvy:A, 3mvy:B, 3mvz:A, 3mvz:B, 3mw0:A, 3mw0:B, 5mwu:A, 5mwu:B, 3mz9:A, 3mz9:B, 3mzb:A, 3mzb:B, 2noo:A, 5on0:A, 5on0:B, 5on1:A, 5on1:B, 5on4:A, 5on4:B, 5on5:A, 5on5:B, 5on8:A, 5on8:B, 5on9:A, 5on9:B, 6r4q:A, 6r4q:B, 8spm:A, 1zlq:A, 1zlq:B
15 8arn:A 509 318 0.1254 0.1454 0.2327 3.18e-09 8are:A, 8arn:B
16 6tfx:B 494 301 0.1254 0.1498 0.2458 4.40e-09 6tfq:A, 6tfq:B, 6tfs:A, 6tfs:B, 6tfx:A
17 1b05:A 517 590 0.2119 0.2418 0.2119 5.87e-09 1b0h:A, 1b1h:A, 1b2h:A, 1b32:A, 1b3f:A, 1b3g:A, 1b3h:A, 1b3l:A, 1b3l:C, 1b40:A, 1b46:A, 1b4h:A, 1b4z:A, 1b51:A, 1b52:A, 1b58:A, 1b5h:A, 1b5i:A, 1b5j:A, 1b6h:A, 1b7h:A, 1b9j:A, 1jet:A, 1jeu:A, 1jev:A, 1ola:A, 1olc:A, 2olb:A, 1qka:A, 1qkb:A, 2rkm:A
18 8cko:A 492 306 0.1237 0.1484 0.2386 6.54e-09 8ckd:A, 8cke:A, 6i7w:A, 4ra1:A, 4ze9:A, 4zeb:A, 4zeb:B, 4zec:A, 4zed:A, 4zei:A, 4zek:A
19 4ofo:A 497 424 0.1593 0.1891 0.2217 4.32e-08 4ofl:A, 4ofl:B, 4ofo:B, 4ofo:C, 4ofo:D
20 5yh8:A 510 436 0.1475 0.1706 0.1995 7.74e-08 5yhe:A, 5yhe:B, 5yhg:A
21 2z23:A 517 491 0.1627 0.1857 0.1955 8.45e-08
22 8ay0:B 496 309 0.1220 0.1452 0.2330 9.43e-08 8ay0:A, 8ay0:C
23 3tcf:A 517 590 0.2017 0.2302 0.2017 1.59e-07 3tcf:B, 3tcf:C, 3tcf:D, 3tcf:E, 3tcf:F, 3tcf:G, 3tcf:H, 3tcg:A, 3tcg:B, 3tcg:C, 3tcg:D, 3tcg:E, 3tcg:F, 3tcg:G, 3tcg:H
24 3zs6:A 506 255 0.0949 0.1107 0.2196 5.02e-07
25 6dtg:A 522 539 0.1949 0.2203 0.2134 5.44e-07 6dqq:A, 6dqr:A, 6dqt:A, 6dqu:A, 6dtf:A, 6dth:A
26 5f1q:A 513 420 0.1525 0.1754 0.2143 8.67e-07 5f1q:B
27 8caw:A 491 321 0.1237 0.1487 0.2274 1.02e-06 8cay:A, 8cb9:A, 8cdo:A
28 4oev:A 494 293 0.1186 0.1417 0.2389 1.21e-06 4oeu:A, 4oeu:B, 4oev:B
29 8ch2:A 479 319 0.1237 0.1524 0.2288 1.57e-05 8ch1:A, 8ch3:A, 8chc:A, 8ci6:A, 8cju:A
30 6ofq:A 512 547 0.1898 0.2188 0.2048 6.02e-05 6pu3:A
31 4qfl:A 507 456 0.1712 0.1992 0.2215 9.00e-05 4qfl:B, 4qfn:A, 4qfn:B, 4qfo:A, 4qfo:B, 4qfp:A, 4qfp:B
32 7veu:A 612 148 0.0746 0.0719 0.2973 1.02e-04 7vev:A, 7vew:A, 7vew:B
33 5kzt:B 510 110 0.0593 0.0686 0.3182 1.61e-04 5kzt:A
34 2d5w:A 602 407 0.1542 0.1512 0.2236 4.15e-04 2d5w:B
35 7kz9:A 478 106 0.0525 0.0649 0.2925 7.54e-04 7kz9:B
36 7og0:B 498 192 0.0746 0.0884 0.2292 0.002 7ofw:A, 7ofz:A, 7og0:A
37 8upi:A 510 259 0.1085 0.1255 0.2471 0.003
38 1uqw:A 487 576 0.1949 0.2361 0.1997 0.004 1uqw:B
39 6npo:A 518 198 0.0729 0.0830 0.2172 0.004
40 3o9p:A 509 79 0.0475 0.0550 0.3544 0.013
41 2wop:A 554 114 0.0627 0.0668 0.3246 0.016 2wok:A
42 3ryb:A 563 534 0.1915 0.2007 0.2116 0.017 3drf:A, 3drg:A, 3drh:A, 3dri:A, 3drj:A, 3drk:A, 3rya:A
43 4faj:A 507 485 0.1610 0.1874 0.1959 0.024
44 4iqj:D 1185 35 0.0254 0.0127 0.4286 0.41 3e0d:A, 3e0d:B, 2hpi:A, 2hpm:A, 4iqj:B, 4iqj:C
45 4gl8:A 500 319 0.1305 0.1540 0.2414 0.73 4gl8:B
46 8qlg:A 624 202 0.0847 0.0801 0.2475 1.6 8qlg:B
47 2j5b:A 321 51 0.0288 0.0530 0.3333 1.6 2j5b:B
48 4bed:A 1664 139 0.0729 0.0258 0.3094 2.1 4bed:C
49 6epz:C 673 95 0.0390 0.0342 0.2421 2.2 6epy:A, 6epy:B, 6epy:C, 6epy:D, 6epz:A, 6epz:D, 6epz:B, 6eq0:A, 6eq0:B, 6eq1:A, 6eq1:B, 6eq8:D, 6eq8:B, 6eq8:C, 6eq8:A
50 6lu4:A 481 67 0.0339 0.0416 0.2985 2.4 6lu3:A
51 4ofj:A 465 440 0.1390 0.1763 0.1864 3.8 3rqt:A, 4xkn:A, 4xkp:A, 4xkq:A, 4xkr:A
52 6jmb:A 374 88 0.0424 0.0668 0.2841 5.6
53 4yd9:A 1656 164 0.0678 0.0242 0.2439 5.9 4yd9:D, 4yd9:G, 4yd9:J, 4yd9:M, 4yd9:P, 4yd9:S, 4yd9:V, 4yd9:Y, 4yd9:b
54 5w5y:Q 349 38 0.0203 0.0344 0.3158 6.6 5w64:Q, 5w65:Q, 5w66:Q
55 3iq0:B 308 37 0.0186 0.0357 0.2973 8.0 3iq0:A
56 4iqj:A 1164 33 0.0220 0.0112 0.3939 9.7

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218