Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MDTTVPTFSLAELQQGLHQDEFRRCLRDKGLFYLTDCGLTDTELKSAKDLVIDFFEHGSEAEKRAVTSPVPTMRRGFTGL
TGSYSDYSMCYSMGTADNLFPSGDFERIWTQYFDRQYTASRAVAREVLRATGTEPDGGVEAFLDCEPLLRFRYFPQLRMA
PHYDLSMVTLIQQTPCANGFVSLQAEVGGAFTDLPYRPDAVLVFCGAIATLVTGGQVKAPRHHVAAPRRDQIAGSSRTSS
VFFLRPNADFTFSVPLARECGFDVSLDGETATFQDWIGGNYVNIRRTS

The query sequence (length=288) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1unb:A 288 288 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 1e5h:A, 1hjf:A, 2jb8:A, 1rxg:A, 1uo9:A, 1uob:A, 1w2a:X, 1w2n:A, 1w2o:A
2 1uof:A 267 288 0.9236 0.9963 0.9236 0.0 1e5i:A, 1hjg:A, 1rxf:A, 1uog:A
3 6kwa:A 267 230 0.1562 0.1685 0.1957 2.58e-04 6kwa:B, 6kwb:A, 6kwb:B
4 5c3q:B 311 244 0.1910 0.1768 0.2254 7.83e-04 5c3o:A, 5c3p:D, 5c3q:C, 5c3r:B, 5c3r:C, 5c3s:B, 5c3s:C
5 8y4u:A 298 240 0.1562 0.1510 0.1875 0.002
6 5c3q:A 335 188 0.1528 0.1313 0.2340 0.008 5c3p:A, 5c3p:B, 5c3p:C, 5c3q:D, 5c3r:A, 5c3r:D, 5c3s:A, 5c3s:D
7 6xjj:A 291 185 0.1458 0.1443 0.2270 0.022
8 8bbb:A 331 90 0.0799 0.0695 0.2556 0.049 8a4g:A, 8ali:A, 8alj:A, 4bb3:A, 8bb9:A, 8bba:A, 8bbc:A, 8bbd:A, 2bjs:A, 1bk0:A, 1blz:A, 8bsv:A, 8bsw:A, 8bsx:A, 8bsy:A, 2bu9:A, 1hb1:A, 1hb2:A, 1hb3:A, 1hb4:A, 1ips:A, 1ips:B, 2ivi:B, 2ivj:A, 2jb4:A, 1obn:A, 1oc1:A, 1odm:A, 1odn:A, 7p3l:A, 8p46:A, 8p47:A, 8p48:A, 8p7o:A, 8p7p:A, 7poy:A, 7psw:A, 8ptv:A, 8py5:A, 8py6:A, 8py7:A, 8py8:A, 8py9:A, 8pya:A, 1qiq:A, 1qje:A, 1qjf:A, 1uzw:A, 2vau:A, 2vbb:A, 2vbd:A, 2vbp:A, 2vcm:A, 2ve1:A, 1w03:A, 1w04:A, 1w05:A, 1w06:A, 1w3v:A, 1w3x:A, 2wo7:A, 6y0o:A, 6y0p:A, 2y60:A, 2y6f:A, 6zae:A, 6zaf:A, 6zag:A, 6zah:A, 6zai:A, 6zaj:A, 6zak:A, 6zal:A, 6zam:A, 6zan:A, 6zao:A, 6zap:A, 6zaq:A, 3zku:A, 3zky:A, 3zoi:A, 7zoe:A, 6zw8:A
9 5o9w:A 356 105 0.0868 0.0702 0.2381 0.063
10 4qnw:A 369 223 0.1736 0.1355 0.2242 0.49
11 6ks6:z 538 108 0.0972 0.0520 0.2593 0.98 6ks6:Z, 4v81:F, 4v81:N, 4v81:f, 4v81:n, 4v8r:AZ, 4v8r:Az, 4v8r:BZ, 4v8r:Bz, 4v94:F, 4v94:N, 4v94:f, 4v94:n, 7ylw:Z, 7ylw:z, 7ylx:Z, 7ylx:z, 7yly:Z, 7yly:z
12 5tcv:A 299 88 0.0799 0.0769 0.2614 1.6 1wa6:X
13 5gja:A 299 92 0.0764 0.0736 0.2391 2.7 5gj9:A, 5gj9:B, 5gja:B, 5gja:C, 5gja:D, 5gja:E, 5gja:F, 5gja:G, 5gja:H
14 4ht4:A 194 66 0.0625 0.0928 0.2727 3.0
15 8jal:B 573 89 0.0660 0.0332 0.2135 3.1 8jal:A, 8jaq:A, 8jaq:B, 8jaq:J, 8jaq:K, 8jar:A, 8jar:B, 8jas:A, 8jas:B, 8jas:K, 8jas:J, 8jau:A, 8jau:B, 8jav:A, 8jav:B, 8jav:J, 8jav:K
16 4d0t:A 496 77 0.0694 0.0403 0.2597 3.3 5ajn:A, 5ajo:A, 5ajp:A, 4d0t:C, 4d0t:F, 4d0t:B, 4d0t:D, 4d0t:E, 4d0z:B, 4d0z:E, 4d0z:A, 4d0z:C, 4d0z:D, 4d0z:F, 4d11:D, 4d11:E, 4d11:B, 4d11:A, 4d11:F, 6e7i:A, 6egs:A, 6egs:B, 2ffu:A, 2ffv:A, 2ffv:B, 5fv9:A, 5fv9:B, 5fv9:C, 5fv9:D, 5fv9:E, 5fv9:F, 5ndf:A, 5ndf:B, 5ndf:C, 5ndf:D, 5ndf:E, 5ndf:F, 6nqt:A, 6nqt:B, 6nqt:C, 6nqt:D, 6nqt:E, 6nqt:F
17 4pev:A 370 57 0.0590 0.0459 0.2982 3.3 4pev:B, 4pev:C
18 8egx:B 425 50 0.0590 0.0400 0.3400 3.9 8egw:B
19 4d11:C 436 77 0.0694 0.0459 0.2597 4.6
20 6ku3:B 318 86 0.0799 0.0723 0.2674 7.5 6ku3:A, 6ku3:D, 6ku3:C
21 7p7w:BBB 306 36 0.0347 0.0327 0.2778 9.4 7p7i:AAA, 7p7i:BBB, 7p7w:AAA, 7p9l:AAA, 7p9l:BBB, 7p9p:AAA, 7p9p:BBB, 7p9y:AAA, 7p9y:BBB, 7pa1:AAA, 7pa1:BBB
22 7l0f:H 94 55 0.0660 0.2021 0.3455 9.8 7l0f:F, 7l0f:B, 7l0f:M, 7l0g:C, 7l0g:D, 7l0g:F, 7l0g:H

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218