Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MDSNFLKYLSTAPVLFTVWLSFTASFIIEANRFFPDMLYFPM

The query sequence (length=42) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8wm6:J 42 42 1.0000 1.0000 1.0000 5.11e-25 8wmj:J, 8wmv:J, 8wmw:J, 7y7b:J, 7y8a:J
2 6l4u:J 41 36 0.6667 0.6829 0.7778 8.07e-16
3 4fe1:J 41 40 0.5238 0.5366 0.5500 3.42e-12 7fix:J1, 7fix:J2, 7fix:J3, 1jb0:J, 6k33:aJ, 6k33:bJ, 6k33:cJ, 7m75:J, 7m76:J, 7m78:J, 3pcq:J, 6pfy:J, 6pfy:S, 6pfy:f, 6pgk:J, 6pgk:S, 6pgk:f, 6tra:J, 6trc:J, 6trc:j, 6trc:8, 6trd:J, 6trd:j, 6trd:8, 5zf0:J1, 5zf0:J2, 5zf0:J3, 5zf0:J4, 5zf0:J6, 5zf0:J5
4 6k61:J 45 42 0.5238 0.4889 0.5238 1.59e-11 6jeo:aJ, 6jeo:bJ, 6jeo:cJ, 6jeo:dJ, 6k61:j, 6tcl:J1, 6tcl:J2, 6tcl:J, 6tcl:JJ, 7y3f:J
5 6kif:J 41 36 0.4762 0.4878 0.5556 4.28e-11 6kif:T, 6kif:l, 6kig:J, 6kig:T, 6kig:l
6 7yca:J 41 40 0.5714 0.5854 0.6000 5.21e-11
7 7y5e:JN 38 38 0.5238 0.5789 0.5789 6.49e-11 7y5e:J2, 7y7a:J7, 7y7a:Jo
8 7blz:J 38 37 0.5476 0.6053 0.6216 8.45e-11 6fos:J, 8wey:J, 5zgb:J, 5zgh:J
9 7d0j:J 41 38 0.5238 0.5366 0.5789 1.26e-10 7bgi:J, 7blx:J, 7dz7:J, 7dz8:J, 8h2u:J, 6ijj:J, 6ijo:J, 6jo5:J, 6jo6:J, 7r3k:J, 7wyi:J, 7wzn:J, 7zq9:J, 7zqc:J, 7zqd:J, 7zqd:J2
10 8htu:J 41 35 0.5238 0.5366 0.6286 1.27e-10 7ksq:J, 7kux:J, 6l35:J, 7xqp:J
11 7coy:aJ 35 35 0.4762 0.5714 0.5714 1.21e-09 7coy:bJ, 7coy:cJ
12 6igz:J 41 38 0.5476 0.5610 0.6053 1.33e-09
13 8cmo:J 40 38 0.5238 0.5500 0.5789 1.52e-09
14 6vpv:J 39 34 0.5000 0.5385 0.6176 2.04e-09 6vpv:j, 6vpv:8
15 6qph:J 41 38 0.5000 0.5122 0.5526 2.73e-08 6rhz:J, 6sl5:J, 6yxr:J
16 8bcv:J 43 34 0.4762 0.4651 0.5882 3.27e-08 7ew6:J, 7ewk:J, 7f9o:J, 7f9o:m, 8j6z:J, 8j7a:J, 8j7b:J, 3lw5:J, 2o01:J, 7wfd:AJ, 7wfe:BJ, 7wg5:AJ, 7wg5:BJ, 8wgh:J, 2wsc:J, 2wse:J, 2wsf:J, 5zji:J
17 5l8r:J 42 34 0.4762 0.4762 0.5882 4.88e-08 7dkz:J, 6ly5:j, 4rku:J, 4xk8:J, 4xk8:j, 4y28:J, 6yac:J, 6yez:J, 6zoo:J, 6zxs:J
18 7dr0:J 37 37 0.5000 0.5676 0.5676 5.79e-08 7dr1:J, 7dr2:aJ, 7dr2:bJ, 7dr2:cJ, 7dr2:dJ
19 7a4p:J 41 36 0.4524 0.4634 0.5278 4.26e-07 6zzx:J, 6zzy:J
20 4l6v:F 125 34 0.4286 0.1440 0.5294 1.39e-06 8am5:j, 8asl:j, 8asp:j, 6hqb:J, 4kt0:J, 4l6v:f, 4l6v:6, 6nwa:J, 6nwa:j, 6nwa:S, 5oy0:J, 5oy0:j, 5oy0:7, 7umh:J, 7umh:S, 7umh:j, 6uzv:J, 6uzv:j, 6uzv:7
21 7qco:q 37 33 0.4286 0.4865 0.5455 2.03e-06 7qco:j
22 7s3d:J 41 35 0.3810 0.3902 0.4571 7.50e-05 7s3d:S, 7s3d:j
23 8jw0:j 70 33 0.4286 0.2571 0.5455 7.92e-05
24 8jze:j 98 25 0.2857 0.1224 0.4800 0.046 8jzf:j
25 8jjr:j 99 53 0.4524 0.1919 0.3585 0.11
26 7zgm:A 702 32 0.2857 0.0171 0.3750 0.97
27 5gq1:F 173 17 0.1905 0.0462 0.4706 2.7
28 4f4z:A 342 16 0.1667 0.0205 0.4375 3.9 4f4z:B
29 2imw:P 348 16 0.1667 0.0201 0.4375 3.9 2ago:A, 2agp:A, 2agp:B, 2agq:A, 2asd:A, 2asd:B, 2asj:A, 2asj:B, 2asl:A, 2asl:B, 2atl:A, 2atl:B, 2au0:A, 2au0:B, 2bq3:A, 2bqr:A, 2bqu:A, 2br0:A, 2c22:A, 2c28:A, 2c2d:A, 2c2e:A, 2c2r:A, 5edw:A, 4fbt:A, 4fbu:A, 4fbu:B, 4g3i:A, 4g3i:B, 4gc6:A, 4gc7:A, 4gc7:B, 3gii:A, 3gij:A, 3gij:B, 3gik:A, 3gil:A, 3gil:B, 3gim:A, 2ia6:A, 2ia6:B, 2ibk:A, 2j6s:A, 2j6t:A, 2j6u:A, 2jef:A, 2jeg:A, 2jei:A, 2jej:A, 4juz:A, 4jv0:A, 4jv1:A, 4jv2:A, 1jx4:A, 1jxl:A, 3khg:A, 3khg:B, 3khh:A, 3khh:B, 3khl:A, 3khl:B, 3khr:A, 3khr:B, 7kle:A, 7klf:A, 6l84:A, 6l97:A, 6l97:B, 3m9m:B, 3m9n:B, 3m9o:B, 1n48:A, 1n56:A, 1n56:B, 3pr4:A, 3pr5:B, 3pvx:A, 3pw0:A, 3pw2:A, 3pw4:A, 3pw5:A, 3pw7:A, 3pw7:E, 4qw8:A, 4qw9:A, 4qwa:A, 4qwb:A, 4qwc:A, 4qwc:D, 4qwd:A, 4qwe:A, 3qz7:A, 3qz8:A, 2r8g:A, 2r8h:A, 2r8i:A, 3raq:A, 3raq:B, 3rax:A, 3rax:B, 3rb0:A, 3rb0:B, 3rb3:A, 3rb4:A, 3rb4:B, 3rb6:A, 3rb6:B, 3rbd:A, 3rbd:B, 3rbe:A, 3rbe:B, 2rdj:A, 2rdj:B, 4rua:A, 4ruc:A, 1ryr:A, 1rys:A, 1rys:B, 4rzr:A, 4rzr:D, 1s0m:A, 1s0m:B, 1s0n:A, 1s0o:A, 1s0o:B, 1s10:A, 1s97:A, 1s97:B, 1s97:C, 1s97:D, 1s9f:A, 1s9f:B, 1s9f:C, 1s9f:D, 3t5h:A, 3t5j:A, 3t5k:A, 3t5l:A, 4tqr:A, 4tqs:B, 4tqs:A, 2uvr:A, 2uvu:A, 2uvv:A, 2uvw:A, 2v4q:A, 2v4r:A, 3v6h:B, 3v6h:A, 3v6j:A, 3v6j:J, 3v6k:A, 3v6k:J, 2v9w:A, 2v9w:B, 2va2:A, 2va2:B, 2va3:A, 6vg6:A, 6vg6:D, 6vgm:D, 6vgm:A, 6vkp:A, 6vkp:D, 6vnp:A, 6vnp:D, 6vnp:G, 6vnp:J, 2w8k:A, 2w8l:A, 2w9a:A, 2w9b:A, 2w9b:B, 2w9c:A, 2w9c:B, 2xc9:A, 2xca:A, 2xcp:B, 2xcp:A
30 7lx0:S 43 33 0.3095 0.3023 0.3939 6.4 7lx0:j, 7lx0:J, 6pnj:J, 6pnj:S, 6pnj:j
31 3bn1:A 368 20 0.1905 0.0217 0.4000 9.0 3bn1:B, 3dr4:A, 3dr4:B, 3dr4:C, 3dr4:D, 3dr7:A, 3dr7:B, 3dr7:C, 3dr7:D
32 7ktr:A 3042 26 0.2381 0.0033 0.3846 9.7

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218