Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
LVPRGSHMNPNYDENSNQAFASATNDIDKNSHDRVDYLNDGDHSENRRWTNWSPTPSSNPEVSAGVIFRENGKIVERTVA
QAKLHFFADSGTDAPSKLVLERYVGPGFEVPTYYSNYQAYESGHPFNNPENWEAVPYRADKDIAAGDEINVTFKAVKAKA
MRWRMERKADKSGVAMIEMTFLAPS

The query sequence (length=185) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4cu9:B 185 185 1.0000 1.0000 1.0000 3.08e-139 4cu9:A
2 4cub:B 180 171 0.3297 0.3389 0.3567 3.02e-19 4cua:A, 4cua:B, 4cub:A
3 2liw:A 99 51 0.0811 0.1515 0.2941 0.37
4 1ig4:A 75 63 0.0811 0.2000 0.2381 0.50 6d1t:A
5 5ejw:A 80 58 0.0973 0.2250 0.3103 0.61 5epj:A, 2kvm:A, 2l12:A, 2l1b:A, 4mn3:A, 8sii:A, 8sii:B, 6v2r:A, 4x3k:A, 4x3k:B, 4x3s:B, 4x3s:A, 4x3t:A, 4x3t:B, 4x3t:C, 4x3t:D, 4x3t:E, 4x3t:F, 4x3u:A, 4x3u:B
6 4iou:B 179 78 0.1297 0.1341 0.3077 0.72 5hx5:A, 5hx5:B, 4iou:A, 4iou:C, 4iou:D
7 7wfg:I 160 70 0.0865 0.1000 0.2286 0.73 7wg5:I
8 4d8f:B 334 109 0.1622 0.0898 0.2752 0.83 2ani:A, 4d8f:A, 4d8f:C, 4d8f:D, 4d8g:A, 4d8g:B, 4d8g:C, 4d8g:D, 4m1i:A, 4m1i:B, 4m1i:C, 4m1i:D, 1syy:A
9 4aj3:A 416 24 0.0595 0.0264 0.4583 2.0 1ai2:A, 1ai3:A, 4aja:A, 4ajb:A, 4ajc:A, 4ajr:A, 4ajs:A, 1bl5:A, 1cw1:A, 1cw4:A, 1cw7:A, 1gro:A, 1grp:A, 1hj6:A, 9icd:A, 1idc:A, 1ide:A, 1ika:A, 1iso:A
10 5zva:B 185 55 0.0919 0.0919 0.3091 2.2 4j4j:A, 4j4j:B, 5w2m:A, 5w2m:B, 5w2m:C, 5w2m:D, 5w2m:M, 5w2m:J, 5w2m:K, 5w2m:L, 3wus:A, 3wus:B, 5zva:A, 5zvb:A, 5zvb:B
11 5h9m:A 190 46 0.0811 0.0789 0.3261 2.6 5h9m:B
12 4ie6:A 447 18 0.0649 0.0268 0.6667 2.8 6aej:A, 6ak4:A, 6akw:A, 7ckk:A, 4cxw:A, 4cxx:A, 4cxy:A, 5dab:A, 7e8z:A, 5f8p:A, 4ie0:A, 4ie4:A, 4ie5:A, 4ie7:A, 8it9:A, 3lfm:A, 4qho:A, 4qkn:A, 7wcv:A, 4zs2:A, 4zs3:A
13 2qry:C 318 56 0.0973 0.0566 0.3214 3.6 2qry:A, 2qry:B, 2qry:D
14 7dwa:B 327 34 0.0649 0.0367 0.3529 4.2 7dvj:B, 7dvj:A, 7dw8:A, 7dw8:B, 7dwa:A
15 3qur:A 249 12 0.0486 0.0361 0.7500 5.3 3qun:A
16 7edc:A 236 11 0.0541 0.0424 0.9091 5.4
17 3qvf:A 274 12 0.0486 0.0328 0.7500 6.2 3d40:A, 3d41:A, 3quo:A, 3qvh:A
18 4cdn:A 463 11 0.0541 0.0216 0.9091 7.9 4cdm:A, 7f8t:A, 8kcm:A, 5o86:A, 5o8d:A, 5o8e:A, 8oet:A, 8oy3:A, 8oy4:A, 8oy5:A, 8oy6:A, 8oy7:A, 8oy8:A, 8oy9:A, 8oya:A, 8oyb:A, 8oyc:A, 7viw:A, 7vix:A, 7viy:A, 7viz:A, 7vj0:A, 7vj1:A, 7vj2:A, 7vj3:A, 7vj4:A, 7vj5:A, 7vj6:A, 7vj7:A, 7vj8:A, 7vj9:A, 7vja:A, 7vjb:A, 7vjc:A, 7vje:A, 7vjg:A, 7vjh:A, 7vji:A, 7vjj:A, 7vjk:A, 2xry:A, 2xrz:A, 7yc7:A, 7ycm:A, 7ycp:A, 7ycr:A, 7yd6:A, 7yd7:A, 7yd8:A, 7ydz:A, 7ye0:A, 7yeb:A, 7yec:A, 7yee:A, 7yei:A, 7yej:A, 7yek:A, 7yel:A, 7yem:A, 5zcw:A
19 4cdn:B 438 11 0.0541 0.0228 0.9091 8.0 8kcm:B, 8oet:B, 8oy3:B, 8oy4:B, 8oy5:B, 8oy6:B, 8oy7:B, 8oy8:B, 8oy9:B, 8oya:B, 8oyb:B, 8oyc:B, 2xrz:B, 7yc7:B, 7ycm:B, 7ycp:B, 7ycr:B, 7yd6:B, 7yd7:B, 7yd8:B, 7ydz:B, 7ye0:B, 7yeb:B, 7yec:B, 7yee:B, 7yei:B, 7yej:B, 7yek:B, 7yel:B, 7yem:B, 5zcw:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218