Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
KVYKDLREFLEVLEQEGQLIRVKEEVNPEPDIAAAGRAAANLGKNQPAVFFEKIKGYKYSVVTNVHGSWQNHALMLGLDK
NTSTKDQFYELNRRWDKFPVPPNVVKREAAPCKENVIDKDINLFEILPLYRINEQDGGFYISKASVVTADPEYPDDFNKL
NVGTYRIQVKDRDRVGIQALAMHDIAVQLEKAEAENKPLPIAITIGNNPLVTFMASTPVGYNQNEYEFVGALQDGVPMDI
VKSDLYDHLYVPAGSEVVLEGHIIPRVRTVEGPFGEFPGSYSGARLQCEVKIDRITHRTNPIFENLYLGIPWTEIDYLMA
LNTSVPLYKQLKETMPEVVAVNAMYTHGIGVIISTKVRYGGYAKGVAFRLLSTPHGMPYSKIVIVVDEFVDPFNLEQVMW
ALTTRVHPGKDVSIIENCPGMPLDPSTNPPGMHTKMIIDATTPVPPEPNPRETQLLDPPDGTEEWEEKLKELLKN

The query sequence (length=475) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7ae4:A 476 475 1.0000 0.9979 1.0000 0.0 7ae4:B, 7ae4:C, 7ae4:D, 7ae4:E, 7ae4:F
2 6h6v:F 446 448 0.3221 0.3430 0.3415 5.54e-63 6h6v:A, 6h6v:B, 6h6v:C, 6h6v:D, 6h6v:E, 6h6x:B, 6h6x:A
3 5m1d:A 469 452 0.2842 0.2878 0.2987 4.39e-48 5m1d:B, 5m1d:C, 5m1e:A, 5m1e:B, 5m1e:C
4 7pda:A 477 478 0.2863 0.2851 0.2845 2.63e-41
5 5o3n:A 488 479 0.2947 0.2869 0.2923 3.09e-39 5o3n:B
6 7p9q:A 454 452 0.2674 0.2797 0.2810 1.34e-36 7p9q:B, 7p9q:C, 7p9q:D, 7p9q:E, 7p9q:F
7 5o3m:A 493 484 0.3074 0.2961 0.3017 1.37e-34 5o3m:B, 5o3m:C, 5o3m:D, 5o3m:E, 5o3m:F
8 7nf4:A 504 483 0.2632 0.2480 0.2588 2.59e-27 8crd:A, 6ev3:A, 6ev4:A, 6ev5:A, 6ev6:A, 6ev7:A, 6ev8:A, 6ev9:A, 6eva:A, 6evb:A, 6evc:A, 6evd:A, 7nf3:A, 7nf4:B, 8oed:A, 8oeh:A, 8oeo:A, 6r2p:A, 6r2r:A, 6r2t:A, 6r2z:A, 6r30:A, 6r32:A, 6r33:A, 6r34:A, 6r3f:A, 6r3g:A, 6r3i:A, 6r3j:A, 6r3l:A, 6r3n:A, 6r3o:A, 6tib:AAA, 6tic:AAA, 6tie:AAA, 6tih:AAA, 6tij:AAA, 6til:AAA, 6tin:AAA, 6tio:AAA, 4za4:A, 4za5:A, 4za7:A, 4za8:A, 4za9:A, 4zaa:A, 4zab:A
9 6evf:A 503 452 0.2505 0.2366 0.2633 2.08e-26 6eve:A, 6eve:B, 6eve:C, 6eve:D, 6evf:B, 6evf:C, 6evf:D, 4s13:C, 4s13:F, 4zac:A, 4zac:B, 4zac:C, 4zac:D
10 6da9:A 463 428 0.2358 0.2419 0.2617 2.77e-24
11 4s13:A 472 449 0.2400 0.2415 0.2539 6.92e-24 4s13:G
12 7ney:A 497 443 0.2442 0.2334 0.2619 1.11e-22 7ney:B, 7nf0:A, 7nf0:B, 7nf1:A, 7nf1:B, 7nf2:A, 7nf2:B
13 4ip2:C 502 463 0.2568 0.2430 0.2635 6.41e-22 7abn:D, 7abn:A, 7abn:H, 7abn:M, 7abo:C, 7abo:B, 7abo:D, 7abo:A, 4ip2:A, 4ip2:B
14 8oz5:A 514 491 0.2547 0.2354 0.2464 1.53e-19 8oz5:B, 8oz5:C, 8oz5:D, 8oz5:E, 8oz5:F, 8p02:A, 8p02:B, 8p02:C, 8p02:D, 8p02:E, 8p02:F, 8pmk:A, 8pmk:B, 8pmk:C, 8pmk:D, 8pmk:E, 8pmk:F
15 4zad:A 511 457 0.2400 0.2231 0.2495 1.89e-19 4zad:B
16 4fxo:B 227 76 0.0484 0.1013 0.3026 0.85 4fxo:A, 4fxo:C, 4fxo:D
17 8orh:A 649 136 0.0653 0.0478 0.2279 1.3 8orh:B, 8ors:A, 8ors:B, 7yx3:A, 7yx3:B, 4z24:A, 4z24:B, 4z25:A, 4z25:B, 4z25:C, 4z25:D, 4z25:E, 4z25:F, 4z25:G, 4z25:H, 4z25:I, 4z25:J, 4z25:K, 4z25:L, 4z26:A, 4z26:B, 4z26:C, 4z26:D, 4z26:E, 4z26:F, 4z26:G, 4z26:H
18 3e78:A 365 87 0.0463 0.0603 0.2529 2.6 3e79:A, 3eki:A
19 3b7r:L 610 91 0.0484 0.0377 0.2527 5.1 5aen:A, 7auz:A, 7av0:A, 7av1:A, 7av2:A, 8ava:A, 8awh:A, 3b7s:A, 3b7t:A, 3b7u:X, 5bpp:A, 3cho:A, 3chp:A, 3chq:A, 3chr:A, 3chs:A, 4dpr:A, 6enb:A, 6enc:A, 6end:A, 3fh5:A, 3fh7:A, 3fh8:A, 3fhe:A, 3fts:A, 3ftu:A, 3ftv:A, 3ftw:A, 3ftx:A, 3fty:A, 3ftz:A, 3fu0:A, 3fu3:A, 3fu5:A, 3fu6:A, 3fud:A, 3fue:A, 3fuf:A, 3fuh:A, 3fui:A, 3fuj:A, 3fuk:A, 3ful:A, 3fum:A, 3fun:A, 5fwq:A, 1gw6:A, 1h19:A, 1hs6:A, 7kze:A, 7kze:B, 7kze:C, 4l2l:A, 7llq:A, 7llq:B, 7llq:C, 4mkt:A, 4ms6:A, 5n3w:A, 5ni2:A, 5ni4:A, 5ni4:B, 5ni4:C, 5ni6:A, 5nia:A, 5nid:A, 5nie:A, 5nie:B, 5nie:C, 6o5h:A, 6o5h:B, 6o5h:C, 8qow:A, 8qpn:A, 8qq4:A, 2r59:A, 4r7l:A, 4rsy:A, 4rvb:A, 8rx3:A, 8rx7:A, 8rx9:A, 1sqm:A, 8twx:A, 8twx:B, 8twx:C, 3u9w:A, 2vj8:A
20 8ep4:A 265 94 0.0463 0.0830 0.2340 5.8 8ep4:B, 8ep4:C, 8ew1:A, 8ew1:B, 8ew1:C
21 7rab:A 299 50 0.0316 0.0502 0.3000 9.5 7rab:B, 7rab:C, 7rab:D, 7rab:E, 7rab:F, 7rab:G, 7rab:H, 7rac:A, 7rac:B, 7rac:C, 7rac:D, 7rac:E, 7rac:F, 7rac:G, 7rac:H, 7rac:I, 7rac:J, 7rac:K, 7rac:L

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218