Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
KSEIAHRFNDLGEKHFKGLVLVAFSQYLQQCPFEDHVKLVNEVTEFAKKCAADESAENCDKSLHTLFGDKLCTVATLRAT
YGELADCCEKQEPERNECFLTHKDDHPNLPKLKPEPDAQCAAFQEDPDKFLGKYLYEVARRHPYFYGPELLFHAEEYKAD
FTECCPADDKLACLIPKLDALKERILLSSAKERLKCSSFQNFGERAVKAWSVARLSQKFPKADFAEVSKIVTDLTKVHKE
CCHGDLLECADDRADLAKYICEHQDSISGKLKACCDKPLLQKSHCIAEVKEDDLPSDLPALAADFAEDKEICKHYKDAKD
VFLGTFLYEYSRRHPDYSVSLLLRIAKTYEATLEKCCAEADPPACYRTVFDQFTPLVEEPKSLVKKNCDLFEEVGEYDFQ
NALIVRYTKKAPQVSTPTLVEIGRTLGKVGSRCCKLPESERLPCSENHLALALNRLCVLHEKTPVSEKITKCCTDSLAER
RPCFSALELDEGYVPKEFKAETFTFHADICTLPEDEKQIKKQSALAELVKHKPKATKEQLKTVLGNFSAFVAKCCGAEDK
EACFAEEGPKLVASSQLALA

The query sequence (length=580) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6ci6:A 581 580 0.9983 0.9966 0.9983 0.0 5dby:A, 5dqf:A, 5id9:A, 5iih:A, 5iiu:A, 5iix:A, 5ij5:A, 5ije:A, 4j2v:A, 7mbl:A, 6mdq:A, 6oci:A, 6ocj:A, 4ot2:A, 7q4x:A, 6u4r:A, 6u4x:A, 6u5a:A, 5v0v:A, 6xk0:A, 4zbq:A, 4zbr:A
2 8cks:A 585 581 0.7655 0.7590 0.7642 0.0 3a73:A, 3a73:B, 6a7p:A, 6a7p:B, 8a9q:A, 8a9q:B, 7aai:AAA, 3b9l:A, 3b9m:A, 1bke:A, 2bx8:A, 2bx8:B, 2bxa:A, 2bxa:B, 2bxb:A, 2bxb:B, 2bxc:A, 2bxc:B, 2bxd:A, 2bxd:B, 2bxe:A, 2bxe:B, 2bxf:A, 2bxf:B, 2bxg:A, 2bxg:B, 2bxh:A, 2bxh:B, 2bxi:A, 2bxk:A, 2bxl:A, 2bxm:A, 2bxn:A, 2bxo:A, 2bxp:A, 2bxq:A, 9csg:A, 3cx9:A, 7d6j:A, 7d6j:B, 7dl4:A, 1e7a:A, 1e7a:B, 1e7b:A, 1e7b:B, 1e7c:A, 4e99:A, 7eek:A, 7eek:B, 8ew4:A, 8ew7:A, 8ey5:A, 6ezq:A, 5gix:A, 5gix:B, 5giy:A, 1gni:A, 1gnj:A, 8h0o:A, 1h9z:A, 1ha2:A, 1hk1:A, 1hk2:A, 1hk3:A, 1hk4:A, 1hk5:A, 6hsc:B, 2i30:A, 5id7:A, 5id7:B, 5ifo:A, 5ijf:A, 8ism:A, 8itr:A, 8itt:A, 8itt:B, 4iw1:A, 4iw2:A, 8j8e:A, 8j8e:I, 3jqz:A, 7jwn:A, 8k1y:A, 6l4k:A, 4l8u:A, 4l9k:A, 4l9k:B, 4l9q:A, 4l9q:B, 4la0:A, 4la0:B, 4lb2:A, 4lb2:B, 4lb9:A, 3lu6:A, 3lu6:B, 3lu7:A, 3lu7:B, 3lu8:A, 3lu8:B, 6m5e:A, 6m5e:B, 6m5e:C, 1n5u:A, 1o9x:A, 7ov5:A, 7ov5:B, 7ov6:A, 7ov6:B, 7qfe:A, 6qio:A, 6qip:A, 6r7s:A, 8rco:A, 8rco:B, 8rgk:A, 8rgk:B, 8rgl:A, 8rgl:B, 3tdl:A, 3uiv:H, 5ujb:A, 5ujb:B, 8vac:A, 8vae:A, 2vdb:A, 5vnw:B, 7vr9:A, 7vr9:B, 2vue:A, 2vue:B, 2vuf:A, 2vuf:B, 7wkz:A, 7wkz:B, 7wlf:A, 7woj:A, 7wok:A, 7wok:B, 6wuw:A, 6wuw:B, 7wz9:A, 5x52:A, 5x52:B, 7x7x:A, 7x7x:B, 2xsi:A, 2xvq:A, 2xvq:B, 2xvu:A, 2xvu:B, 2xvv:A, 2xvw:A, 6xv0:A, 2xw0:A, 2xw0:B, 2xw1:A, 2xw1:B, 7y2d:A, 5yb1:A, 5yb1:B, 2ydf:A, 2ydf:B, 6yg9:A, 5yoq:A, 5yoq:B, 1ysx:A, 8yxa:A, 8yxa:B, 8yxb:A, 8yxb:B, 5z0b:A, 5z0b:B, 5z0b:C, 7z57:A, 4z69:A, 4z69:I
3 6hn0:A 583 580 0.7552 0.7513 0.7552 0.0 6hn1:A, 4jk4:A, 4jk4:B, 8kfo:B, 4luf:A, 4luh:A, 4or0:A, 4or0:B, 5orf:A, 5orf:B, 5orf:C, 5orf:D, 5osw:A, 5otb:A, 5otb:B, 5otb:C, 5otb:D, 6qs9:A, 6qs9:B, 6rjv:A, 6rjv:B, 3v03:A, 3v03:B, 8wdd:A, 8wdd:B
4 8bsg:A 584 581 0.7138 0.7089 0.7126 0.0 6ock:A, 6ocl:A, 4po0:A
5 8x1n:A 591 564 0.3672 0.3604 0.3777 2.08e-147
6 5okl:B 558 559 0.3362 0.3495 0.3488 1.10e-117
7 5okl:B 558 390 0.1466 0.1523 0.2179 5.84e-12
8 5okl:B 558 104 0.0500 0.0520 0.2788 0.92
9 6rq7:B 479 533 0.2948 0.3570 0.3208 3.90e-90
10 6rq7:B 479 392 0.1431 0.1733 0.2117 5.75e-09
11 6rq7:B 479 104 0.0500 0.0605 0.2788 0.86
12 1j78:B 447 443 0.1741 0.2260 0.2280 4.42e-25 1j7e:A, 1j7e:B
13 1j78:B 447 390 0.1534 0.1991 0.2282 3.12e-17 1j7e:A, 1j7e:B
14 1j78:B 447 63 0.0345 0.0447 0.3175 0.088 1j7e:A, 1j7e:B
15 1pvj:A 339 37 0.0241 0.0413 0.3784 2.5 4d8e:A, 4d8i:A, 1pvj:B, 1pvj:C, 1pvj:D, 4rkx:A, 6ukd:A, 6uqd:A, 6uqd:B, 2uzj:A, 2uzj:B
16 8p94:A 414 64 0.0362 0.0507 0.3281 2.7 6dec:A, 6dec:H, 3dxk:A, 3dxm:A, 4jd2:A, 7jpn:A, 2p9i:A, 2p9k:A, 2p9n:A, 2p9p:A, 2p9s:A, 2p9u:A, 3rse:A, 7t5q:A, 8tah:A, 7tpt:A, 1tyq:A, 1u2v:A, 6uhc:A, 3ukr:A, 3uku:A, 3ule:A, 6yw6:A, 6yw7:A
17 2ekl:A 312 77 0.0345 0.0641 0.2597 5.0
18 4v2k:A 235 98 0.0466 0.1149 0.2755 6.2 4wq7:A, 4wq8:A, 4wq9:A, 4wqa:A, 4wqb:A, 4wqc:A, 4wqd:A, 4wqe:A
19 3ux3:A 130 67 0.0362 0.1615 0.3134 9.3 3ux3:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218