Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
KKRKNSKKKNQPGKYSQLVVETIRRLGERNGSSLAKIYTEAKKVPWFDQQNGRTYLKYSIKALVQNDTLLQVKGTGANGS
FKLNRKK

The query sequence (length=87) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7xx7:U 213 87 1.0000 0.4085 1.0000 1.43e-59 7k60:U, 7k63:U, 6l9z:S, 8yti:U
2 6lab:V 109 87 0.3793 0.3028 0.3793 7.50e-08 8aag:Z, 7cow:S, 7cow:T, 7dbp:K, 7k5x:U, 6la2:S, 6la2:T, 6la8:S, 6la9:S, 6la9:T, 6lab:U, 5nl0:Z, 8tb9:A, 7xvl:o, 7xx6:o, 7xx6:p
3 7xx5:U 78 79 0.3333 0.3718 0.3671 1.16e-07 8h0v:u, 8h0w:u, 8h1t:K, 7k5y:U, 7pet:u, 7pet:s, 7peu:u, 7pex:u, 7pez:s, 7pf0:u, 7pf0:U, 7pf2:U, 7pf3:s, 7pf5:u, 7pf6:U, 7pfa:U, 7pfa:u, 7pfc:U, 7pfd:U, 7pfe:u, 7pft:U, 7pft:u, 7pft:S, 7pfu:U, 7pfu:S, 7pfv:U, 7pfw:u, 7pfx:S, 8vg2:U
4 8xjv:Aq 190 71 0.2874 0.1316 0.3521 7.20e-05 4qlc:U, 5wcu:U, 5wcu:V, 8xjv:Ah, 8xjv:Ai, 8xjv:Aj, 8xjv:Ak, 8xjv:Al, 8xjv:Am, 8xjv:An, 8xjv:Ao, 8xjv:Ap, 8xjv:Ar, 8xjv:As, 7xvm:U, 7xvm:V
5 5g5s:A 692 36 0.1379 0.0173 0.3333 0.19 5g5t:A
6 7kbf:K 78 71 0.2414 0.2692 0.2958 0.87
7 7p5o:B 558 20 0.1264 0.0197 0.5500 1.2 7p5o:A
8 8cwp:A 327 44 0.1839 0.0489 0.3636 1.8
9 6ep2:K 204 43 0.1379 0.0588 0.2791 2.5 6ep0:A, 6ep0:B, 6ep2:A, 6ep2:B, 6ep2:C, 6ep2:D, 6ep2:E, 6ep2:F, 6ep2:G, 6ep2:H, 6ep2:I, 6ep2:J, 6ep2:L, 6ep5:A, 6ep5:B, 6ep5:C, 6ep5:D, 6ep5:E, 6ep5:F
10 6xn1:B 333 15 0.1034 0.0270 0.6000 4.2 6xn1:A, 6xn2:B, 6xn2:A
11 2ci9:A 102 33 0.1149 0.0980 0.3030 4.5 2ci9:B
12 6ar2:A 134 33 0.1034 0.0672 0.2727 5.5 6ar2:B
13 8bao:A 368 36 0.1494 0.0353 0.3611 5.5 8bao:B
14 8q6p:6 395 20 0.1149 0.0253 0.5000 6.5
15 3v0a:A 1280 46 0.1724 0.0117 0.3261 6.6 8agk:AAA, 3bon:A, 3boo:A, 3bta:A, 3bwi:A, 3c88:A, 3c89:A, 3c8a:A, 3c8b:A, 3dda:A, 3ddb:A, 3ds9:A, 1e1h:A, 1e1h:C, 4ej5:A, 4el4:A, 4elc:A, 2g7n:A, 2g7p:A, 2g7p:B, 2g7q:A, 2g7q:B, 8hkh:A, 8hkh:B, 2ilp:A, 2ilp:B, 2ise:A, 2ise:B, 2isg:A, 2isg:B, 2ish:A, 2ish:B, 3k3q:B, 4ks6:A, 4ktx:A, 4kuf:A, 7kyf:C, 7l6v:A, 7lzp:A, 7lzp:D, 7m1h:A, 2nyy:A, 2nz9:A, 2nz9:B, 7qpt:A, 7qpu:A, 3qw5:A, 3qw6:A, 3qw7:A, 3qw8:A, 5tpb:B, 5tpc:A, 3v0b:A, 3v0c:A, 5vgv:A, 2vu9:A, 2w2d:A, 2w2d:C, 6xcb:A, 6xcc:A, 6xcd:A, 6xce:A, 6xcf:A, 1xtf:A, 1xtf:B, 1xtg:A, 4zjx:A, 3zus:A, 3zus:B, 3zus:C, 3zus:D
16 4thi:A 362 31 0.1149 0.0276 0.3226 6.9
17 2imc:B 405 46 0.1839 0.0395 0.3478 7.0 3dse:A, 4hev:A, 4hev:B, 2ima:A, 2ima:B, 2imb:A, 2imb:B, 2imc:A, 7ky2:A, 7ky2:B, 7kyh:A, 7kyh:B, 7kyh:C, 7kyh:D, 7n18:A, 7n18:B, 3nf3:A, 3qix:A, 3qix:B, 3qiy:A, 3qiz:A, 3qj0:A, 5v8p:A, 5v8p:B, 5v8r:A, 5v8r:B, 5v8u:A, 5v8u:B
18 7bj4:A 406 33 0.1609 0.0345 0.4242 7.1 7bj4:B, 7bj4:C, 7bj4:D, 7bj4:E, 7bj4:F, 7bj4:G, 7bj4:H, 7bj4:I, 7bj4:J, 7bjc:A, 7bjc:B, 7bjc:C, 7bjc:D, 7bjc:E, 7bjc:F, 7bjc:G, 7bjc:H, 7bjc:I, 7bjc:J
19 4ecw:A 432 52 0.1724 0.0347 0.2885 8.5 9chw:A, 9ci9:A, 9cih:A, 9ciq:A, 9cj9:A, 6d0m:A, 6d0z:A, 5dg7:A, 5dg8:A, 5dg9:A, 5dga:A, 5dgb:A, 4dl2:A, 4dl3:A, 4dl4:A, 4dl5:A, 4dl6:A, 4dl7:A, 5dlf:A, 5dlg:A, 5dqg:A, 5dqh:A, 5dqi:A, 8e85:A, 8e86:A, 8e87:A, 8e88:A, 8e89:A, 8e8a:A, 8e8b:A, 8e8c:A, 8e8d:A, 8e8e:A, 8e8f:A, 8e8g:A, 8e8h:A, 8e8j:A, 8e8k:A, 4ecq:A, 4ecr:A, 4ecs:A, 4ect:A, 4ecu:A, 4ecv:A, 4ecx:A, 4ecy:A, 4ecz:A, 4ed0:A, 4ed1:A, 4ed2:A, 4ed3:A, 4ed6:A, 4ed7:A, 4ed8:A, 4eey:A, 8eve:A, 8evf:A, 5ewe:A, 5ewf:A, 5ewg:A, 5f9l:A, 5f9n:A, 8fn3:A, 8fog:A, 8g8h:A, 8g8j:A, 8gbf:A, 8gkr:A, 8gml:A, 4j9k:A, 4j9l:A, 4j9m:A, 4j9n:A, 4j9o:A, 4j9p:A, 4j9q:A, 4j9r:A, 4j9s:A, 3jaa:A, 5jum:A, 5kfa:A, 5kfb:A, 5kfc:A, 5kfd:A, 5kfe:A, 5kff:A, 5kfg:A, 5kfh:A, 5kfi:A, 5kfj:A, 5kfk:A, 5kfl:A, 5kfm:A, 5kfn:A, 5kfo:A, 5kfp:A, 5kfq:A, 5kfr:A, 5kfs:A, 5kft:A, 5kfu:A, 5kfv:A, 5kfw:A, 5kfx:A, 5kfy:A, 5kfz:A, 5kg0:A, 5kg1:A, 5kg2:A, 5kg3:A, 5kg4:A, 5kg5:A, 5kg6:A, 5kg7:A, 5l1i:A, 5l1j:A, 5l1k:A, 5l1l:A, 7l69:A, 5l9x:A, 7lcd:A, 6m7o:A, 6m7p:A, 6m7t:A, 6m7u:A, 6m7v:A, 7m7l:A, 7m7m:A, 7m7n:A, 7m7o:A, 7m7p:A, 7m7q:A, 7m7r:A, 7m7s:A, 7m7t:A, 7m7u:A, 7m7y:A, 7m7z:A, 7m80:A, 7m81:A, 7m82:A, 7m83:A, 7m84:A, 7m85:A, 7m86:A, 7m87:A, 7m88:A, 7m89:A, 7m8a:A, 7m8b:A, 7m8c:A, 7m8d:A, 6mp3:A, 6mq8:A, 3mr2:A, 3mr3:A, 3mr5:A, 3mr6:A, 6mxo:A, 4o3n:A, 4o3o:A, 4o3p:A, 4o3q:A, 4o3r:A, 4o3s:A, 6pl7:A, 6pl8:A, 6plc:A, 6pz3:A, 6q02:A, 4q8e:A, 4q8f:A, 4rnm:A, 4rnn:A, 4rno:A, 4ru9:A, 3si8:A, 8ski:A, 3tq1:A, 7u72:A, 7u73:A, 7u74:A, 7u75:A, 7u76:A, 7u77:A, 7u78:A, 7u79:A, 7u7a:A, 7u7b:A, 7u7c:A, 7u7d:A, 7u7e:A, 7u7f:A, 7u7g:A, 7u7i:A, 7u7j:A, 7u7k:A, 7u7l:A, 7u7r:A, 7u7s:A, 7u7t:A, 7u7u:A, 7u7v:A, 7u7w:A, 7u7x:A, 7u7y:A, 7u7z:A, 7u80:A, 7u81:A, 7u82:A, 7u83:A, 7u84:A, 6ui2:A, 8ujt:A, 8ujv:A, 8ujx:A, 8uk4:A, 6uqi:A, 6v5k:A, 8v7a:A, 8v7b:A, 8v7c:A, 8v7d:A, 8v7e:A, 8v7f:A, 8v7g:A, 8v7h:A, 8v7i:A, 8v7j:A, 8v7k:A, 6w5x:A, 6wk6:A, 4yp3:A, 4yqw:A, 4yr0:A, 4yr2:A, 4yr3:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218