Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GSSGSSGPREPVVNDEMCDVCEVWTAESLFPCRVCTRVFHDGCLRRMGYIQGDSAAEVTEMAHTETGWSCHYCDNINLLL
TEESGPSSG

The query sequence (length=89) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1wil:A 89 89 1.0000 1.0000 1.0000 2.98e-63 5xht:A
2 2yur:A 74 90 0.3146 0.3784 0.3111 0.008
3 2ep4:A 74 90 0.3146 0.3784 0.3111 0.045
4 5b73:A 313 65 0.2135 0.0607 0.2923 0.11 4cos:A, 7cwh:B, 5y1z:C, 5y1z:D
5 2yql:A 56 44 0.2022 0.3214 0.4091 0.13
6 4ptb:A 178 60 0.1910 0.0955 0.2833 0.16 5fb0:A, 5fb0:C, 5fb1:A, 6g5n:A, 6g5n:B, 6g5p:A, 6g5p:B, 4ptb:B, 5pwc:A, 5pwc:B, 5pwd:A, 5pwd:B, 5pwe:A, 5pwe:B, 5pwf:A, 5pwf:B, 5pwg:A, 5pwg:B, 5pwh:A, 5pwh:B, 5pwi:A, 5pwi:B, 5pwj:A, 5pwj:B, 5pwk:A, 5pwk:B, 5pwl:A, 5pwl:B, 5pwm:A, 5pwm:B, 5pwn:A, 5pwn:B, 5pwo:A, 5pwo:B, 5pwp:A, 5pwp:B, 5pwq:A, 5pwq:B, 5pwr:A, 5pwr:B, 5pws:A, 5pws:B, 5pwt:A, 5pwt:B, 5pwu:A, 5pwu:B, 5pwv:A, 5pwv:B, 5pww:A, 5pww:B, 5pwx:A, 5pwx:B, 5pwy:A, 5pwy:B, 5pwz:A, 5pwz:B, 5px0:A, 5px0:B, 5px1:A, 5px1:B, 5px2:A, 5px2:B, 5px3:A, 5px3:B, 5px4:A, 5px4:B, 5px5:A, 5px5:B, 5px6:A, 5px6:B, 5px7:A, 5px7:B, 5px8:A, 5px8:B, 5px9:A, 5px9:B, 5pxa:A, 5pxa:B, 5pxb:A, 5pxb:B, 5pxc:A, 5pxc:B, 5pxd:A, 5pxd:B, 5pxe:A, 5pxe:B, 5pxf:A, 5pxf:B, 5pxg:A, 5pxg:B, 5pxh:A, 5pxh:B, 5pxi:A, 5pxi:B, 5pxj:A, 5pxj:B, 5pxk:A, 5pxk:B, 5pxl:A, 5pxl:B, 5pxm:A, 5pxm:B, 5pxn:A, 5pxn:B, 5pxo:A, 5pxo:B, 5pxp:A, 5pxp:B, 5pxq:A, 5pxq:B, 5pxr:A, 5pxr:B, 5pxs:A, 5pxs:B, 5pxt:A, 5pxt:B, 5pxu:A, 5pxu:B, 5pxv:A, 5pxv:B, 5pxw:A, 5pxw:B, 5pxx:A, 5pxx:B, 5pxy:A, 5pxy:B, 5pxz:A, 5pxz:B, 5py0:A, 5py0:B, 5py1:A, 5py1:B, 5py2:A, 5py2:B, 5py3:A, 5py3:B, 5py4:A, 5py4:B, 5py5:A, 5py5:B, 5py6:A, 5py6:B, 5py7:A, 5py7:B, 5py8:A, 5py8:B, 5py9:A, 5py9:B, 5pya:A, 5pya:B, 5pyb:A, 5pyb:B, 5pyc:A, 5pyc:B, 5pyd:A, 5pyd:B, 5pye:A, 5pye:B, 5pyf:A, 5pyf:B, 5pyg:A, 5pyg:B, 5pyh:A, 5pyh:B, 5pyi:A, 5pyi:B, 5pyj:A, 5pyj:B, 5pyk:A, 5pyk:B, 5pyl:A, 5pyl:B, 5pym:A, 5pym:B, 5pyn:A, 5pyn:B, 5pyo:A, 5pyo:B, 5pyp:A, 5pyp:B, 5pyq:A, 5pyq:B, 5pyr:A, 5pyr:B, 5pys:A, 5pys:B, 5pyt:A, 5pyt:B, 5pyu:A, 5pyu:B, 5pyv:A, 5pyv:B, 5pyw:A, 5pyw:B, 5pyx:A, 5pyx:B, 5pyy:A, 5pyy:B, 5pyz:A, 5pyz:B, 5pz0:A, 5pz0:B, 5pz1:A, 5pz1:B, 5pz2:A, 5pz2:B, 5pz3:A, 5pz3:B, 5pz4:A, 5pz4:B, 5pz5:A, 5pz5:B, 5pz6:A, 5pz6:B, 5pz7:A, 5pz7:B, 5pz8:A, 5pz8:B, 5pz9:A, 5pz9:B, 5pza:A, 5pza:B, 5pzb:A, 5pzb:B, 5pzc:A, 5pzc:B, 5pzd:A, 5pzd:B, 5pze:A, 5pze:B, 5pzf:A, 5pzf:B, 5pzg:A, 5pzg:B, 5pzh:A, 5pzh:B, 5pzi:A, 5pzi:B, 5pzj:A, 5pzj:B
7 6asb:I 121 46 0.1798 0.1322 0.3478 0.40 6asb:C, 6asb:L
8 2lxh:C 58 57 0.1685 0.2586 0.2632 0.57 2lxp:C
9 2ecn:A 70 32 0.1461 0.1857 0.4062 0.66 5xek:A
10 2ct2:A 88 101 0.3371 0.3409 0.2970 0.70 5fey:A, 5fey:B
11 7yjk:A 445 24 0.0899 0.0180 0.3333 1.2 7yjk:E, 7yjn:A, 7yjo:A
12 2ect:A 78 45 0.2022 0.2308 0.4000 1.3
13 8adl:C 782 28 0.1124 0.0128 0.3571 1.4 8adl:Q
14 2epp:A 66 93 0.3258 0.4394 0.3118 1.7
15 2ea5:A 68 46 0.2135 0.2794 0.4130 2.5
16 2d8y:A 91 47 0.2022 0.1978 0.3830 2.6
17 7zw0:sh 776 31 0.1461 0.0168 0.4194 2.7
18 6g8r:B 164 60 0.1910 0.1037 0.2833 3.0 2md7:B, 2md8:C
19 2puy:B 60 33 0.1236 0.1833 0.3333 3.3 2puy:A
20 5aa5:A 345 31 0.1573 0.0406 0.4516 4.0 5aa5:B, 5aa5:D, 5aa5:F, 5aa5:H, 5aa5:M
21 2db6:A 74 38 0.1685 0.2027 0.3947 4.4
22 6a3z:A 56 42 0.1573 0.2500 0.3333 5.4
23 1x3c:A 73 96 0.3371 0.4110 0.3125 5.6
24 2co8:A 82 48 0.1910 0.2073 0.3542 6.3
25 2qua:A 615 17 0.1011 0.0146 0.5294 6.6 2qub:A, 2qub:C, 2qub:E, 2qub:G, 2qub:I, 2qub:K
26 8oru:AAA 459 32 0.1236 0.0240 0.3438 6.7 8oru:BBB, 8oru:CCC, 8oru:DDD
27 1f2i:G 66 25 0.1011 0.1364 0.3600 7.0 1f2i:H, 1f2i:I, 1f2i:J, 1f2i:K, 1f2i:L
28 1aym:1 285 30 0.1236 0.0386 0.3667 7.2 1ayn:1, 1c8m:1, 1ncr:A, 1nd2:A, 1nd3:A, 1qju:1, 1qjx:1, 1qjy:1
29 1p47:A 87 26 0.1011 0.1034 0.3462 7.7 1a1f:A, 1a1g:A, 1a1h:A, 1a1i:A, 1a1j:A, 1a1k:A, 1a1l:A, 1aay:A, 1jk1:A, 1jk2:A, 1p47:B, 4r2a:A, 4r2c:A, 4r2d:A, 4x9j:A, 1zaa:C
30 2ehe:A 82 45 0.1798 0.1951 0.3556 8.1
31 1wfk:A 88 63 0.2135 0.2159 0.3016 9.4
32 4ou6:A 76 32 0.1236 0.1447 0.3438 9.6 4ou6:B, 4ou6:C, 4ou6:D, 4ou6:E, 4ou7:A, 4ou7:B, 4ou7:C, 4ou7:D, 4ou7:E

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218