Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GSPEFRYFVAMFDYDPSTMSPNPDGCDEELPFQEGDTIKVFGDKDADGFYWGELRGRRGYVPHNMVSEVE

The query sequence (length=70) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4z88:D 70 70 1.0000 1.0000 1.0000 2.49e-48 4z88:A, 4z88:B, 4z88:C, 4z88:E, 4z88:F, 4z88:G, 4z88:H, 4z88:I, 4z88:J, 4z88:K, 4z88:L, 4z89:A, 4z89:C, 4z89:B, 4z89:D, 4z89:J, 4z89:I, 4z89:E, 4z89:F, 4z89:G, 4z89:H
2 4z8a:A 75 72 0.5143 0.4800 0.5000 9.15e-19
3 2drk:A 59 69 0.4286 0.5085 0.4348 8.15e-10 2drm:A, 2drm:B, 2drm:C, 2drm:D
4 6a9c:B 66 53 0.3000 0.3182 0.3962 5.29e-07
5 1gbr:A 74 41 0.2143 0.2027 0.3659 2.30e-05
6 4hvw:A 61 61 0.2714 0.3115 0.3115 4.03e-05 6xx2:A, 6xx3:A
7 4wci:C 63 63 0.2857 0.3175 0.3175 8.99e-05 2j6f:A, 2j6o:A, 2j7i:A, 2j7i:B, 4wci:A, 4wci:E
8 8dgo:B 218 41 0.2143 0.0688 0.3659 1.43e-04 2aoa:A, 2aoa:B, 2aob:A, 2aob:B, 2aob:C, 2aob:D, 1aze:A, 1bm2:A, 1bmb:A, 3c7i:A, 5cdw:B, 5cdw:K, 5cdw:O, 5cdw:Y, 5cdw:d, 5cdw:Z, 5cdw:V, 5cdw:P, 5cdw:L, 5cdw:H, 5cdw:C, 5cdw:E, 5cdw:U, 5cdw:c, 5cdw:A, 5cdw:G, 1cj1:A, 1cj1:B, 1cj1:C, 1cj1:D, 1cj1:E, 1cj1:F, 1cj1:G, 1cj1:H, 1cj1:I, 1cj1:J, 1cj1:K, 1cj1:L, 1fyr:A, 1fyr:B, 1fyr:C, 1fyr:D, 1gbq:A, 2gbq:A, 3gbq:A, 4gbq:A, 2h5k:A, 2huw:A, 2huw:B, 3imd:A, 3imd:B, 3imj:A, 3imj:B, 3in7:A, 3in7:C, 3in8:A, 1io6:A, 1jyq:A, 1jyq:B, 1jyr:A, 3kfj:A, 7mph:A, 7mph:B, 7mph:C, 7mph:D, 7mph:E, 7mph:F, 3mxc:A, 3mxy:A, 3n7y:A, 3n7y:B, 3n7y:C, 3n84:A, 3n84:B, 3n84:C, 3n84:D, 3n84:E, 3n84:F, 3n8m:A, 3ov1:A, 3ove:A, 4p9v:A, 4p9z:A, 1qg1:E, 3s8l:A, 3s8n:A, 3s8o:A, 1tze:E, 2vwf:A, 2w0z:A, 3wa4:A, 6wm1:A, 6wm1:C, 6wo2:A, 6wo2:B, 1x0n:A, 1zfp:E
9 2xmf:A 60 69 0.3000 0.3500 0.3043 1.52e-04
10 2sem:B 59 61 0.2857 0.3390 0.3279 2.15e-04 1sem:A, 1sem:B, 2sem:A, 3sem:A, 3sem:B
11 1ssh:A 60 42 0.2286 0.2667 0.3810 5.97e-04
12 6ipz:Z 63 67 0.2857 0.3175 0.2985 8.66e-04 1a0n:B, 1azg:B, 4eik:A, 1fyn:A, 8kdx:A, 3ua7:A, 3ua7:D, 3ua7:C, 4znx:A, 4znx:D, 4znx:B, 4znx:C
13 1zsg:A 65 45 0.2714 0.2923 0.4222 0.001 2p4r:A, 5sxp:B, 5sxp:D, 5sxp:A, 5sxp:C
14 7a2w:A 61 64 0.2571 0.2951 0.2812 0.002 7a2x:A, 7a2y:A, 7a2z:A
15 5xhz:A 60 43 0.2286 0.2667 0.3721 0.003 5xhz:B
16 7pvt:C 56 63 0.2429 0.3036 0.2698 0.004 7pvt:A
17 4lnp:A 61 63 0.2857 0.3279 0.3175 0.004
18 2bz8:B 57 44 0.2286 0.2807 0.3636 0.010 2bz8:A
19 7ud6:A 265 65 0.2571 0.0679 0.2769 0.011 3a7d:A, 2cl5:A, 2cl5:B, 5fhq:A, 5fhr:A, 5fhr:B, 6gy1:A, 1h1d:A, 3hvh:A, 3hvi:A, 3hvj:A, 3hvj:B, 3hvk:A, 1jr4:A, 5k01:A, 5k03:A, 5k05:A, 5k05:B, 5k09:A, 5k09:B, 5k09:C, 5k09:D, 5k09:E, 5k09:F, 5k09:G, 5k09:H, 5k09:I, 5k09:J, 5k09:K, 5k09:L, 5k09:M, 5k09:N, 5k09:O, 5k09:P, 5k09:Q, 5k09:R, 5k09:S, 5k09:T, 5k09:U, 5k09:V, 5k09:W, 5k09:X, 5k0b:A, 5k0b:B, 5k0b:C, 5k0b:D, 5k0b:E, 5k0b:F, 5k0b:G, 5k0b:H, 5k0c:A, 5k0c:B, 5k0e:A, 5k0f:A, 5k0f:B, 5k0g:A, 5k0l:A, 5k0l:B, 5k0l:C, 5k0l:D, 5k0n:A, 5k0n:B, 5k0n:C, 5k0n:D, 6lfe:A, 5lqa:A, 5lqc:A, 5lqj:B, 5lqj:C, 5lqj:D, 5lqk:A, 5lqn:A, 5lqr:A, 5lqu:A, 5lqu:B, 5lr6:A, 5lr6:B, 5lr6:C, 5lr6:D, 3nw9:A, 3nwb:A, 3nwe:A, 3oe4:A, 3oe5:A, 3ozr:A, 3ozs:A, 3ozt:A, 4p58:A, 5p8w:A, 5p8w:B, 5p8w:C, 5p8x:A, 5p8y:A, 5p8z:A, 5p90:A, 5p91:A, 5p92:A, 5p93:A, 5p94:A, 5p95:A, 5p96:A, 5p97:A, 5p98:A, 5p99:A, 5p9a:A, 5p9b:A, 5p9c:A, 5p9d:A, 5p9e:A, 5p9n:A, 5p9o:A, 5p9p:A, 5p9q:A, 5p9r:A, 5p9r:B, 5p9s:A, 5p9t:A, 5p9u:A, 5p9v:A, 5p9w:A, 5p9x:A, 5p9y:A, 5p9z:A, 5pa0:A, 5pa1:A, 5pa2:A, 5pa3:A, 5pa4:A, 5pa5:A, 5pa6:A, 5pa7:A, 5pa7:B, 4pyl:A, 4pyn:A, 4pyo:A, 4pyo:B, 4pyq:A, 4pyq:B, 3r6t:A, 3s68:A, 3u81:A, 1vid:A, 7xgi:A, 7xjb:A, 7xjb:B, 7xjb:C, 7xjb:D, 2zth:A, 2zvj:A
20 4cc3:C 64 45 0.2000 0.2188 0.3111 0.013 4cc2:A, 4cc2:C, 4cc3:A, 4cc3:E, 4cc3:G, 4cc7:A, 4cc7:C, 4cc7:K, 4cc7:E, 4cc7:G, 4cc7:I, 4cc7:M
21 2ak5:B 64 45 0.2429 0.2656 0.3778 0.014 2df6:A, 2df6:B
22 4x1v:A 59 65 0.2571 0.3051 0.2769 0.033 3u23:A
23 1uj0:A 58 41 0.2286 0.2759 0.3902 0.084
24 1wlp:B 138 62 0.1857 0.0942 0.2097 0.098 1ov3:A, 1ov3:B, 7yxw:A
25 3tvt:A 255 56 0.2714 0.0745 0.3393 0.14
26 1b07:A 59 57 0.2429 0.2881 0.2982 0.18 6atv:A, 1cka:A, 1ckb:A, 5ih2:A, 5ih2:B, 5l23:A, 5ul6:A
27 8gmb:A 438 67 0.2429 0.0388 0.2537 0.18 6aua:A, 6aub:A, 6bik:A, 6bke:A, 6bkh:A, 6bkw:A, 6bln:A, 5bpy:A, 5bpy:B, 5bq0:A, 6di0:A, 6di1:A, 6di3:A, 6di5:A, 6di9:A, 8dso:B, 8e2m:A, 6e4f:A, 8ejb:A, 6ep9:A, 5fbn:C, 5fbn:D, 5fbo:A, 8fd9:A, 8ff0:A, 8flg:A, 8flh:A, 8fll:A, 8fln:A, 8flv:A, 8gc7:A, 8gc8:A, 3gen:A, 6hrp:A, 6hrt:A, 6j6m:A, 5j87:A, 5j87:B, 5j87:C, 5j87:D, 5jrs:A, 5kup:A, 7kxl:A, 7kxm:A, 7kxn:A, 7kxo:A, 7kxp:A, 7kxq:A, 7l5o:A, 7l5p:A, 7l5p:B, 7lty:A, 7ltz:A, 6mny:A, 7n4q:A, 7n4r:A, 7n4s:A, 7n5o:A, 7n5r:A, 7n5x:A, 7n5y:A, 6n9p:A, 6nfh:A, 4nwm:A, 4nwm:B, 6nzm:A, 6nzm:D, 6o8i:A, 3ocs:A, 3oct:A, 6omu:A, 4ot5:A, 4ot6:A, 4otf:A, 4otq:A, 4otr:A, 5p9f:A, 5p9g:A, 5p9h:A, 5p9i:A, 5p9j:A, 5p9k:A, 5p9l:A, 5p9m:A, 3pix:A, 3piy:A, 7r60:A, 7r61:A, 4rfy:A, 4rfz:A, 4rg0:A, 4rx5:A, 6s90:A, 6s90:B, 8s9f:B, 8s9f:A, 5t18:A, 6tfp:A, 6tfp:B, 6tfp:C, 6tfp:D, 6tfp:E, 8tu3:A, 8tu4:A, 8tu5:A, 8u2d:A, 8u2e:A, 5u9d:A, 5vfi:A, 5vgo:A, 6vxq:A, 6w06:A, 6w07:A, 6w7o:A, 6w7o:B, 6w8i:C, 6w8i:A, 6w8i:B, 6x3n:A, 6x3o:A, 6x3o:B, 6x3p:A, 6xe4:A, 4y95:A, 4y95:B, 4y95:C, 4y95:D, 7yc9:A, 4yhf:A, 4yhf:B, 4z3v:A, 4zly:A, 4zlz:A, 5zz4:A, 5zz4:B, 5zz4:C, 5zz4:D, 5zz4:E, 5zz4:F
28 2kxc:A 67 56 0.2286 0.2388 0.2857 0.19
29 4e6r:A 58 42 0.2000 0.2414 0.3333 0.30
30 1n5z:A 71 53 0.2000 0.1972 0.2642 0.35 1n5z:B, 2v1r:B, 2v1r:A
31 4iio:B 57 43 0.1857 0.2281 0.3023 0.49
32 5ld5:C 342 21 0.1429 0.0292 0.4762 0.56 5ld5:A, 5ld5:B, 5ld5:D
33 8hlo:A 67 43 0.2286 0.2388 0.3721 0.93 2rqu:A
34 2d1x:C 66 58 0.2714 0.2879 0.3276 1.4 2d1x:A, 2d1x:B, 2d1x:D, 5nv1:A, 7pll:A, 3ulr:B
35 8ssn:B 386 62 0.2143 0.0389 0.2419 2.0
36 2rol:A 64 43 0.1857 0.2031 0.3023 2.3
37 5ixf:A 68 42 0.2286 0.2353 0.3810 2.4
38 5ixb:A 105 30 0.1571 0.1048 0.3667 2.5 5ixb:B
39 5mo4:A 429 62 0.2143 0.0350 0.2419 2.7 3cs9:B, 3cs9:C, 2hz0:B, 6npe:B, 6npu:B, 6npv:B, 3pyy:B, 8ssn:A
40 2fo0:A 466 62 0.2143 0.0322 0.2419 2.9 1abo:A, 1abo:B, 1bbz:A, 1bbz:E, 1bbz:C, 1bbz:G, 6bl8:A, 6bl8:B, 7cc2:A, 7cc2:B, 3cs9:A, 3cs9:D, 3dk3:A, 3dk3:B, 3dk6:A, 3dk6:B, 3dk7:A, 3dk7:B, 7dt2:A, 7dt2:B, 2e2b:A, 2e2b:B, 3eg1:A, 3eg1:B, 2f4j:A, 1fpu:A, 1fpu:B, 2g1t:A, 2g1t:B, 2g1t:C, 2g1t:D, 2g2f:A, 2g2f:B, 2g2h:A, 2g2h:B, 2g2i:A, 2g2i:B, 2gqg:A, 2gqg:B, 8h7f:A, 8h7f:B, 8h7h:A, 8h7h:B, 6hd4:A, 6hd4:B, 6hd6:A, 6hd6:B, 2hiw:A, 2hiw:B, 3hmi:A, 5hu9:A, 2hyy:A, 2hyy:B, 2hyy:C, 2hyy:D, 2hz0:A, 2hz4:A, 2hz4:C, 2hz4:B, 2hzi:A, 2hzi:B, 2hzn:A, 1iep:A, 1iep:B, 3ik3:A, 3ik3:B, 4j9c:A, 4j9d:A, 4j9d:C, 4j9d:E, 4j9e:A, 4j9e:C, 4j9e:E, 4j9f:A, 4j9f:C, 4j9f:E, 4j9g:A, 4j9g:C, 4j9g:E, 4j9h:A, 4j9h:B, 4j9h:F, 4j9h:E, 4j9h:D, 4j9h:C, 4j9i:A, 4j9i:C, 4j9i:E, 3k5v:A, 3k5v:B, 3kf4:A, 3kf4:B, 3kfa:A, 3kfa:B, 1m52:A, 1m52:B, 3ms9:A, 3ms9:B, 3mss:A, 3mss:B, 3mss:C, 3mss:D, 7n9g:A, 7n9g:B, 6npe:A, 6npu:A, 6npv:A, 2o88:A, 2o88:B, 1opj:A, 1opj:B, 1opk:A, 1opl:A, 1opl:B, 3oxz:A, 3oy3:A, 3oy3:B, 3pyy:A, 2qoh:A, 2qoh:B, 3qri:A, 3qri:B, 3qrj:A, 3qrj:B, 3qrk:A, 4twp:A, 4twp:B, 3ue4:A, 3ue4:B, 2v7a:A, 2v7a:B, 7w7x:A, 7w7x:B, 7w7y:A, 7w7y:B, 4wa9:B, 4xey:A, 4xli:A, 4xli:B, 2xyn:A, 2xyn:B, 2xyn:C, 4yc8:A, 4yc8:B, 2z60:A, 4zog:A, 4zog:B
41 3f8f:A 114 51 0.1857 0.1140 0.2549 3.3 6do0:A, 6do0:B, 3f8c:A, 3f8f:B, 6fuu:A, 7q34:A, 7q34:B, 7q34:C, 7qz6:A, 7qz6:B, 7qz7:A, 7qz7:B, 7qz8:A, 7qz8:B, 6r1l:A, 6vwe:A, 6vwe:B, 7xuq:A, 8zf1:A
42 3bgd:A 232 20 0.1286 0.0388 0.4500 3.4 3bgd:B, 3bgi:A, 3bgi:B, 2gb4:A, 2gb4:B
43 2ep7:B 339 21 0.1429 0.0295 0.4762 4.2 2ep7:A
44 3rnj:A 67 24 0.1429 0.1493 0.4167 5.7
45 5uid:A 367 48 0.2143 0.0409 0.3125 6.0 5uid:D
46 5f55:A 705 37 0.1857 0.0184 0.3514 7.4 5f54:A, 5f56:A, 6lrd:A
47 7o0t:A 354 20 0.1286 0.0254 0.4500 7.8 7o0t:B, 7o0t:C, 7o0t:D
48 6b27:A 118 33 0.1714 0.1017 0.3636 9.4 6b27:B, 6b27:C, 6b27:D, 6b27:E, 6b27:F
49 6eri:AD 221 62 0.3143 0.0995 0.3548 9.6 5h1s:F, 5mlc:E, 5mmi:D, 5mmm:D, 5x8p:D, 5x8t:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218