Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
GSMDPNALYCICRQPHNNRFMICCDRCEEWFHGDCVGISEARGRLLERNGEDYICPNCTIL

The query sequence (length=61) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 1wem:A 76 58 0.9508 0.7632 1.0000 9.56e-40 4l7x:A, 2m3h:A
2 5wlf:A 60 55 0.5902 0.6000 0.6545 2.27e-24 5wle:A
3 3kv6:D 448 55 0.4590 0.0625 0.5091 1.18e-15 3kv5:D, 3kv5:A, 3kv6:A, 3kv9:A, 3kva:A, 3u78:A
4 3kv4:A 432 55 0.4262 0.0602 0.4727 5.00e-14 4do0:A, 3k3n:A, 3k3o:A, 2wwu:A
5 8f8y:B 433 52 0.4098 0.0577 0.4808 3.50e-13 8f8y:A, 8f8z:A, 8f8z:B, 3kqi:A, 7m10:A, 3pu3:A, 3pu3:B, 3pu8:B, 3pu8:A, 3pua:A, 3pus:A, 3pus:B
6 2f6j:A 168 54 0.3934 0.1429 0.4444 1.72e-12 8ag2:A, 6aze:A, 7dmy:A, 7dn4:A, 7dn4:B, 7dn4:C, 7dn4:D, 7dn4:E, 7dn4:F, 7f5c:A, 7f5d:A, 7f5e:A, 2f6j:B, 2f6j:C, 2f6n:A, 2f6n:B, 8f6g:A, 2fsa:A, 2fsa:B, 2fsa:C, 2fuu:A, 5h6y:A, 7k6r:A, 7k6s:A, 7kdw:A, 7kdw:B, 7kdz:A, 7lp0:A, 7lp0:B, 7lpk:A, 7lpk:B, 7lrk:A, 7lrk:B, 7lro:A, 7lro:B, 6lu5:A, 6lu6:A, 7m2e:A, 8ou2:A, 8ou2:B, 3qzs:A, 3qzs:B, 3qzt:A, 3qzv:A, 5r4g:A, 5r4h:A, 5r4i:A, 5r4j:A, 5r4k:A, 5r4l:A, 5r4m:A, 5r4n:A, 2ri7:A, 7rwn:A, 7rwo:A, 7rwp:A, 7rwq:A, 7vd4:A
7 9c0o:A 63 54 0.4098 0.3968 0.4630 4.44e-12
8 1wep:A 79 55 0.4262 0.3291 0.4727 2.46e-11
9 5yc3:A 60 42 0.3279 0.3333 0.4762 1.51e-08 5yc4:A
10 1we9:A 64 42 0.3279 0.3125 0.4762 3.18e-08
11 5y20:A 52 42 0.3115 0.3654 0.4524 3.71e-08
12 2lv9:A 80 39 0.2951 0.2250 0.4615 5.33e-07 4l58:A
13 5z8l:A 204 62 0.3115 0.0931 0.3065 1.87e-06 5z8n:A, 5z8n:B, 5z8n:C
14 6j2p:A 98 51 0.3115 0.1939 0.3725 1.94e-06 6j2p:B, 6j2p:D, 6j2p:C
15 5tab:A 53 58 0.3443 0.3962 0.3621 6.13e-06
16 5znp:B 186 61 0.3279 0.1075 0.3279 8.69e-06 5znp:A, 5znr:A, 5znr:B
17 2k16:A 75 48 0.2787 0.2267 0.3542 2.13e-05 5c13:A, 5c13:C, 5c13:E, 5c13:G, 2k17:A, 5wxg:A, 5wxh:C, 5wxh:A, 5xmy:A, 5xmy:C
18 5tbn:A 57 56 0.3443 0.3684 0.3750 1.88e-04
19 2ma5:A 61 51 0.3115 0.3115 0.3725 4.76e-04
20 5c11:A 52 50 0.3115 0.3654 0.3800 0.001 3gl6:A, 2kgg:A, 2kgi:A
21 3n9m:A 503 37 0.2131 0.0258 0.3514 0.002 3n9l:A, 3n9m:C, 3n9n:A, 3n9o:A, 3n9p:A, 3n9q:A, 3puq:A, 3puq:C, 3pur:A, 3pur:C
22 1x4i:A 70 60 0.3607 0.3143 0.3667 0.002 7zmx:A, 7zmx:B
23 5tdr:A 70 51 0.2787 0.2429 0.3333 0.002 5tdw:A
24 7y0i:A 56 53 0.2787 0.3036 0.3208 0.004
25 6wxk:B 51 39 0.2131 0.2549 0.3333 0.006 6wxk:A, 6wxk:C, 6wxk:D, 6wxk:E
26 1weu:A 91 62 0.3770 0.2527 0.3710 0.006 3c6w:A, 3c6w:C, 2k1j:A, 2m1r:A, 2pnx:A, 2pnx:C, 2vnf:A, 2vnf:C, 1wen:A
27 3o70:A 55 34 0.1967 0.2182 0.3529 0.023 3o7a:A
28 5dx9:A 307 54 0.3115 0.0619 0.3519 0.027
29 6ryr:W 708 48 0.2295 0.0198 0.2917 0.044 2l75:A, 1mm2:A, 6q3m:D, 6ryu:W, 6ryu:V
30 2xb1:C 97 39 0.2131 0.1340 0.3333 0.079 4up0:A, 4up5:A, 2xb1:A
31 2rsd:A 68 49 0.3115 0.2794 0.3878 0.080
32 8hxx:N 375 23 0.1639 0.0267 0.4348 0.083 8hxy:N, 8hy0:N, 8i3f:B, 8jho:N, 8tof:G, 8w9c:E, 8w9d:E, 8w9e:E, 8w9f:E
33 8ihn:M 357 23 0.1639 0.0280 0.4348 0.093 8kd4:E
34 3lqi:C 181 41 0.2295 0.0773 0.3415 0.093 2kyu:A, 3lqh:A, 3lqi:A, 3lqi:B, 3lqj:A, 3lqj:B, 7zey:B, 7zez:B
35 1wes:A 71 62 0.3443 0.2958 0.3387 0.10 2g6q:A
36 1fp0:A 88 62 0.3115 0.2159 0.3065 0.14
37 2mum:A 50 57 0.3279 0.4000 0.3509 0.15
38 7yi2:D 321 23 0.1639 0.0312 0.4348 0.16 7yi0:D, 7yi3:D, 7yi4:D, 7yi5:D
39 8kd6:E 301 23 0.1639 0.0332 0.4348 0.16 8kd2:E
40 5b73:A 313 54 0.2623 0.0511 0.2963 0.22 4cos:A, 7cwh:B, 5y1z:C, 5y1z:D
41 5xfr:A 309 29 0.1967 0.0388 0.4138 0.29 5xfr:B
42 2jmi:A 60 37 0.2459 0.2500 0.4054 0.30 2jmj:A
43 6fhq:A 58 57 0.2787 0.2931 0.2982 0.34 6fhq:B, 6fi1:A, 6fi1:B, 4qf3:A, 4qf3:B
44 5t92:B 183 40 0.1967 0.0656 0.3000 0.35 5t97:A
45 2qic:A 51 54 0.3279 0.3922 0.3704 0.42
46 3u5o:C 195 55 0.2951 0.0923 0.3273 0.48 8bd8:A, 8bd9:A, 8bdy:A, 5mr8:A, 3u5m:A, 3u5m:B, 3u5m:C, 3u5m:D, 3u5m:F, 3u5m:G, 3u5m:H, 3u5m:I, 3u5m:K, 3u5m:J, 3u5m:L, 3u5n:A, 3u5n:B, 3u5o:A, 3u5o:B, 3u5o:D, 3u5o:E, 3u5o:F, 3u5o:G, 3u5o:H, 3u5p:A, 3u5p:B, 3u5p:C, 3u5p:D, 3u5p:E, 3u5p:F, 3u5p:G, 3u5p:H, 7zdd:A
47 3zpv:1 62 32 0.1803 0.1774 0.3438 0.50 3zpv:3, 3zpv:5, 3zpv:7, 3zpv:9, 3zpv:A, 3zpv:C, 3zpv:E, 3zpv:G, 3zpv:I, 3zpv:K, 3zpv:M, 3zpv:O, 3zpv:Q, 3zpv:S, 3zpv:U, 3zpv:W, 3zpv:Y
48 1f62:A 51 48 0.2459 0.2941 0.3125 0.71
49 1wee:A 72 21 0.1639 0.1389 0.4762 1.1
50 1mm3:A 61 49 0.2459 0.2459 0.3061 1.2
51 8k2m:A 559 26 0.1803 0.0197 0.4231 1.2
52 2ro1:A 189 51 0.2459 0.0794 0.2941 1.2
53 6lqf:A 175 53 0.2787 0.0971 0.3208 1.3 6lqe:A
54 5xfo:A 315 56 0.2951 0.0571 0.3214 1.6 8h43:A, 8h43:B, 8h43:C, 4hcz:A, 4hcz:B, 7lky:B, 7lky:H, 7lky:A, 7lky:C, 7lky:D, 7lky:E, 7lky:F, 7lky:G, 6wat:AA, 6wat:AC, 6wat:BA, 6wat:BC, 6wat:CA, 6wat:CC, 6wat:DA, 6wat:DC, 6wat:EC, 6wat:EA, 6wat:FA, 6wat:FC, 6wat:GA, 6wat:GC, 6wat:HA, 6wat:HC, 6wat:IA, 6wat:IC, 6wat:JA, 6wat:JC, 6wat:KA, 6wat:KC, 6wat:OC, 6wat:LA, 6wat:LC, 6wat:MA, 6wat:MC, 6wat:NA, 6wat:NC, 6wat:OA, 6wav:A, 6wav:C, 6wav:B, 6wav:D, 5xfn:A, 5xfp:B, 5xfp:A, 5xfp:E, 5xfq:A, 5xfq:B
55 9atn:A 98 26 0.1475 0.0918 0.3462 2.4
56 5oqd:C 192 57 0.2951 0.0938 0.3158 3.3 5oqd:B, 5oqd:A, 5oqd:D, 5oqd:E, 5oqd:F
57 6bn5:B 448 41 0.1967 0.0268 0.2927 3.8
58 8i02:G 284 37 0.1967 0.0423 0.3243 4.6 8ifg:P
59 2m85:A 65 37 0.1639 0.1538 0.2703 5.5
60 8ge0:A 188 40 0.2131 0.0691 0.3250 5.7 8gdx:A, 8ge0:B, 8ge0:C
61 3o36:A 184 31 0.1803 0.0598 0.3548 6.0 7b9x:A, 5h1t:A, 5h1t:B, 5h1t:C, 5h1t:D, 5h1u:B, 5h1u:A, 5h1u:C, 5h1u:D, 5h1v:A, 5h1v:B, 3o33:A, 3o33:B, 3o33:C, 3o33:D, 3o34:A, 3o35:B, 3o35:A, 3o36:B, 3o37:A, 3o37:B, 3o37:C, 3o37:D, 4yab:A, 4yab:B, 4yad:A, 4yad:B, 4yat:A, 4yat:B, 4yax:A, 4yax:B, 4ybm:A, 4ybm:B, 4ybs:A, 4ybt:A, 4yc9:A, 4zql:A, 4zql:B
62 2vp7:A 66 60 0.2951 0.2727 0.3000 6.2 2dx8:A, 2dx8:B, 2vpb:A, 2vpd:A, 2vpd:C, 2vpe:C, 2vpe:A, 2vpg:A, 2vpg:C, 2yyr:A, 2yyr:B
63 2ysm:A 111 49 0.2295 0.1261 0.2857 6.2
64 6b3x:A 327 28 0.1803 0.0336 0.3929 8.3
65 2a7r:A 338 21 0.1639 0.0296 0.4762 9.3 2a7r:B, 2a7r:C, 2bzn:A, 2bzn:B, 2bzn:C, 2bzn:D, 2bzn:E, 2bzn:F, 2bzn:G, 2bzn:H, 2c6q:A, 2c6q:B, 2c6q:D, 2c6q:C, 2c6q:E, 2c6q:F, 2c6q:H, 2c6q:G
66 6ieu:A 170 15 0.1311 0.0471 0.5333 9.4 6iet:A
67 7ebk:A 183 41 0.2131 0.0710 0.3171 9.7 7ebj:A

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218