Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GSHMSWVQLATGSFKAAGTSGLILKRCSEPERYCLARLMADALRGCVPAFHGVVERDGESYLQLQDLLDGFDGPCVLDCK
MGVRTYLEEELTTKPRYMQWREGISSSTTLGFRIEGIKKADGSCSTDFKTTRSREQVLRVFEEFVQGDEEVLRRYLNRLQ
QIRDTLEVSEFFRRHEVIGSSLLFVHDHCHRAGVWLIDFGKTTPLPDGQILDHRRPWEEGNREDGYLLGLDNLIGILASL
AER

The query sequence (length=243) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8ppg:B 243 243 1.0000 1.0000 1.0000 0.0
2 8ppb:A 276 277 0.9959 0.8768 0.8736 2.53e-173 8pp8:A, 8pp8:B, 8pp9:A, 8pp9:B, 8ppa:A, 8ppa:B, 8ppb:B, 8ppc:A, 8ppc:B, 8ppd:A, 8ppd:B, 8ppe:A, 8ppe:B, 8ppf:A, 8ppf:B, 8ppg:A, 8pph:A, 8pph:B, 8ppi:A, 8ppi:B, 8ppj:A, 8ppj:B, 1tzd:A, 1tzd:B, 1w2c:A, 1w2c:B, 1w2d:A, 1w2d:B
3 2aqx:A 289 273 0.6502 0.5467 0.5788 2.13e-106 2aqx:B
4 2a98:A 259 256 0.5597 0.5251 0.5312 2.43e-93
5 4o4e:A 246 258 0.2757 0.2724 0.2597 3.72e-14 4o4d:A, 4o4f:A, 8omi:A
6 5w2i:A 239 219 0.2099 0.2134 0.2329 1.48e-07 6m88:A, 6m89:A, 6m8a:A, 6m8b:A, 6m8c:A, 6m8d:A, 6m8e:A, 5w2h:A
7 2iew:A 258 197 0.2016 0.1899 0.2487 6.42e-06 2if8:A
8 8t8z:A 217 243 0.2181 0.2442 0.2181 0.001 8t8u:A, 8t8v:A, 8t8w:A, 8t8x:A, 8t8y:A, 8t90:A, 8t91:A, 8t92:A, 8t93:A, 8t95:A, 8t96:A, 8t97:A
9 3k0t:C 124 114 0.1029 0.2016 0.2193 0.59 3k0t:A, 3k0t:B
10 4lgj:A 256 61 0.0823 0.0781 0.3279 0.76
11 5o09:1B 410 68 0.0905 0.0537 0.3235 1.3 5o09:2B, 5o09:3B, 5o09:4B, 5o09:5B, 5o09:6B, 5o09:7B, 5o09:8B, 7quq:B, 7quq:D, 7quq:F
12 4be6:B 234 104 0.1111 0.1154 0.2596 2.5 4bei:A, 4bei:B, 4bei:C, 4bei:D, 4bei:E, 4bei:F, 4bei:G, 4bei:H, 5g50:A
13 5c8d:E 280 41 0.0617 0.0536 0.3659 7.8 8c31:A, 8c31:B, 8c31:C, 8c31:D, 8c32:A, 8c32:B, 8c32:C, 8c32:D, 8c33:A, 8c33:B, 8c33:C, 8c33:D, 8c34:A, 8c34:B, 8c34:C, 8c34:D, 8c35:A, 8c35:B, 8c35:C, 8c35:D, 8c36:A, 8c36:B, 8c36:C, 8c36:D, 8c37:A, 8c37:B, 8c37:C, 8c37:D, 8c73:A, 8c73:B, 8c73:C, 8c73:D, 8c76:A, 8c76:B, 8c76:C, 8c76:D, 5c8a:A, 5c8a:B, 5c8a:C, 5c8a:D, 5c8d:A, 5c8d:B, 5c8d:C, 5c8d:D, 5c8d:F, 5c8d:G, 5c8d:H, 5c8e:A, 5c8e:B, 5c8e:C, 5c8e:E, 5c8e:F, 5c8e:G, 5c8e:D, 5c8e:H, 5c8f:A, 3whp:A
14 4kbz:A 231 76 0.0782 0.0823 0.2500 9.1 5a3u:B, 5a3u:C, 4bqw:A, 4bqx:A, 4bqy:A, 2g19:A, 2g1m:A, 2hbt:A, 2hbu:A, 3hqr:A, 3hqu:A, 4jzr:A, 5l9b:A, 5l9b:B, 5l9r:A, 5l9v:A, 5l9v:B, 5la9:A, 5la9:B, 5las:A, 5las:B, 5lat:A, 5lb6:A, 5lbb:A, 5lbc:A, 5lbe:A, 5lbf:A, 6nmq:A, 3ouh:A, 3oui:A, 3ouj:A, 5ox5:A, 5ox6:A, 7q5v:A, 7q5x:A, 8q5s:A, 8q64:A, 8q6d:A, 8q6e:A, 6st3:A, 6st3:B, 7ujv:B, 7ump:A, 4uwd:A, 5v18:A, 2y33:A, 2y34:A, 6yvt:B, 6yvt:D, 6yvw:A, 6yvx:A, 6yvz:A, 6yw0:A, 6yw1:A, 6yw2:A, 6yw3:A, 6yw4:A, 6zbn:B, 6zbn:D, 6zbo:A, 6zbo:C, 6zbo:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218