Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GRVRIEKMSSEVVDSNPYSRLMALKRMGIVSDYEKIRTFAVAIVGVGGVGSVTAEMLTRCGIGKLLLFDYDKVELANMNR
LFFQPHQAGLSKVQAAEHTLRNINPDVLFEVHNYNITTVENFQHFMDRISNGGLEEGKPVDLVLSCVDNFEARMTINTAC
NELGQTWMESGVSENAVSGHIQLIIPGESACFACAPPLVVAANIDEKTLKREGVCAASLPTTMGVVAGILVQNVLKFLLN
FGTVSFYLGYNAMQDFFPTMSMKPNPQCDDRNCRKQQEEYKKKVAALEIIHEDNEWGIELV

The query sequence (length=301) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6h77:B 302 302 1.0000 0.9967 0.9967 0.0 3guc:A, 6h77:A, 6h77:C, 6h77:D, 6h78:A, 6h78:B, 6h78:C, 6h78:D, 6h78:E, 6h78:F, 6h78:G, 6h78:H, 6h78:I, 6h78:J, 6h78:K, 6h78:L, 6h78:M, 6h78:N, 6h78:O, 6h78:P, 3h8v:A, 5iaa:A, 5l95:A
2 5iaa:B 239 269 0.7940 1.0000 0.8885 1.09e-172 3guc:B, 3h8v:B, 5l95:B
3 1zfn:A 244 184 0.1761 0.2172 0.2880 4.26e-15 1zfn:B, 1zfn:C, 1zfn:D, 1zkm:A, 1zkm:B, 1zkm:C, 1zkm:D, 1zud:1, 1zud:3
4 1jw9:B 240 241 0.2060 0.2583 0.2573 2.06e-13 1jwa:B, 1jwb:B
5 6yub:A 423 214 0.1960 0.1395 0.2757 5.65e-12 6yub:B, 6yuc:D, 6z6s:DDD
6 3kyc:B 548 161 0.1495 0.0821 0.2795 4.76e-11 6cwz:D, 6xog:B, 6xoh:B, 1y8q:B, 1y8q:D, 1y8r:B, 1y8r:E
7 3kyd:B 477 161 0.1495 0.0943 0.2795 5.89e-11
8 6xoi:B 403 162 0.1495 0.1117 0.2778 2.63e-10
9 3h5a:C 358 217 0.1827 0.1536 0.2535 1.27e-09 3h5a:A, 3h5a:B, 3h5a:D, 3h5n:A, 3h5n:B, 3h5n:C, 3h5n:D, 3h5r:A, 3h5r:B, 3h5r:C, 3h5r:D, 3h9g:A, 3h9g:B, 3h9g:C, 3h9g:D, 3h9j:A, 3h9j:B, 3h9j:C, 3h9j:D, 3h9q:A, 3h9q:B, 3h9q:C, 3h9q:D, 6om4:A, 6om4:B
10 4yed:D 255 90 0.1130 0.1333 0.3778 1.82e-09 4d79:A, 4d79:B, 4d79:C, 4d79:D, 4d7a:A, 4d7a:B, 4d7a:D, 4rdh:A, 4rdh:B, 4rdh:C, 4rdh:D, 4rdi:A, 4rdi:B, 4rdi:C, 4rdi:D, 4yed:A, 4yed:B, 4yed:C
11 4ii3:A 986 174 0.1528 0.0467 0.2644 3.23e-09 9b5c:A, 9b5d:A, 9b5e:A, 9b5f:A, 9b5g:A, 9b5h:A, 9b5i:A, 9b5j:A, 9b5k:A, 9b5l:A, 9b5m:A, 9b5n:A, 9b5o:A, 9b5p:A, 9b5q:A, 9b5r:A, 9b5s:A, 9b5t:A, 9b5u:A, 9b5v:A, 9b5w:A, 9b5x:A, 4ii2:A, 4ii3:C, 6o82:A, 6o82:C, 6o83:A, 6o83:C, 5um6:A
12 5l6i:A 1007 172 0.1462 0.0437 0.2558 1.50e-08 3cmm:A, 3cmm:C, 5l6h:A, 5l6h:C, 5l6i:C, 5l6j:A, 5l6j:C, 4nnj:A, 4nnj:C, 6nya:A, 6nya:D, 6zhu:A, 6zhu:E, 6zhu:C, 6zhu:G, 7zh9:A
13 5l6i:A 1007 72 0.0731 0.0218 0.3056 0.028 3cmm:A, 3cmm:C, 5l6h:A, 5l6h:C, 5l6i:C, 5l6j:A, 5l6j:C, 4nnj:A, 4nnj:C, 6nya:A, 6nya:D, 6zhu:A, 6zhu:E, 6zhu:C, 6zhu:G, 7zh9:A
14 7k5j:I 979 168 0.1395 0.0429 0.2500 3.23e-08 7k5j:D, 7k5j:A, 7k5j:C, 7k5j:G, 7k5j:K, 7k5j:S, 5tr4:A, 5tr4:C
15 7k5j:I 979 72 0.0731 0.0225 0.3056 0.029 7k5j:D, 7k5j:A, 7k5j:C, 7k5j:G, 7k5j:K, 7k5j:S, 5tr4:A, 5tr4:C
16 6dc6:C 996 172 0.1462 0.0442 0.2558 1.07e-07 6dc6:A, 1z7l:A, 1z7l:B, 1z7l:C
17 8oif:A 704 149 0.1329 0.0568 0.2685 5.76e-07
18 8oif:A 704 78 0.0731 0.0312 0.2821 2.0
19 7sol:A 1011 161 0.1329 0.0396 0.2484 7.77e-07 7pvn:A
20 7sol:A 1011 77 0.0731 0.0218 0.2857 1.4 7pvn:A
21 7pvn:B 990 161 0.1329 0.0404 0.2484 7.88e-07 7sol:C
22 7pvn:B 990 77 0.0731 0.0222 0.2857 1.4 7sol:C
23 8sea:A 992 149 0.1329 0.0403 0.2685 1.73e-06 8se9:A, 8seb:A, 8sv8:A
24 8sea:A 992 85 0.0764 0.0232 0.2706 0.46 8se9:A, 8seb:A, 8sv8:A
25 8ide:A 929 99 0.1030 0.0334 0.3131 2.96e-06
26 2nvu:B 789 181 0.1495 0.0570 0.2486 2.45e-05 3dbh:B, 3dbh:D, 3dbh:F, 3dbh:H, 3dbl:B, 3dbl:D, 3dbl:F, 3dbl:H, 3dbr:B, 3dbr:D, 3dbr:F, 3dbr:H, 3gzn:B, 3gzn:D, 1r4m:F, 1r4m:H, 1r4n:B, 1r4n:D, 1r4n:F, 1r4n:H, 1tt5:B, 1tt5:D, 1yov:B, 1yov:D
27 6cwy:D 487 160 0.1296 0.0801 0.2437 1.18e-04
28 7tsq:B 208 72 0.0797 0.1154 0.3333 5.53e-04
29 7to3:A 568 72 0.0797 0.0423 0.3333 0.001 7to3:B, 7tqd:A, 7tsq:A, 7tsx:B, 7tsx:A
30 4fva:C 251 36 0.0399 0.0478 0.3333 0.61 4fva:A, 4fva:B, 4fva:D
31 4oqy:A 268 75 0.0664 0.0746 0.2667 0.73
32 5buk:A 434 33 0.0532 0.0369 0.4848 0.89 5buk:B
33 2imw:P 348 35 0.0498 0.0431 0.4286 1.8 2ago:A, 2agp:A, 2agp:B, 2agq:A, 2asd:A, 2asd:B, 2asj:A, 2asj:B, 2asl:A, 2asl:B, 2atl:A, 2atl:B, 2au0:A, 2au0:B, 2bq3:A, 2bqr:A, 2bqu:A, 2br0:A, 2c22:A, 2c28:A, 2c2d:A, 2c2e:A, 2c2r:A, 5edw:A, 4fbt:A, 4fbu:A, 4fbu:B, 4g3i:A, 4g3i:B, 4gc6:A, 4gc7:A, 4gc7:B, 3gii:A, 3gij:A, 3gij:B, 3gik:A, 3gil:A, 3gil:B, 3gim:A, 2ia6:A, 2ia6:B, 2ibk:A, 2j6s:A, 2j6t:A, 2j6u:A, 2jef:A, 2jeg:A, 2jei:A, 2jej:A, 4juz:A, 4jv0:A, 4jv1:A, 4jv2:A, 1jx4:A, 1jxl:A, 3khg:A, 3khg:B, 3khh:A, 3khh:B, 3khl:A, 3khl:B, 3khr:A, 3khr:B, 7kle:A, 7klf:A, 6l84:A, 6l97:A, 6l97:B, 3m9m:B, 3m9n:B, 3m9o:B, 1n48:A, 1n56:A, 1n56:B, 3pr4:A, 3pr5:B, 3pvx:A, 3pw0:A, 3pw2:A, 3pw4:A, 3pw5:A, 3pw7:A, 3pw7:E, 4qw8:A, 4qw9:A, 4qwa:A, 4qwb:A, 4qwc:A, 4qwc:D, 4qwd:A, 4qwe:A, 3qz7:A, 3qz8:A, 2r8g:A, 2r8h:A, 2r8i:A, 3raq:A, 3raq:B, 3rax:A, 3rax:B, 3rb0:A, 3rb0:B, 3rb3:A, 3rb4:A, 3rb4:B, 3rb6:A, 3rb6:B, 3rbd:A, 3rbd:B, 3rbe:A, 3rbe:B, 2rdj:A, 2rdj:B, 4rua:A, 4ruc:A, 1ryr:A, 1rys:A, 1rys:B, 4rzr:A, 4rzr:D, 1s0m:A, 1s0m:B, 1s0n:A, 1s0o:A, 1s0o:B, 1s10:A, 1s97:A, 1s97:B, 1s97:C, 1s97:D, 1s9f:A, 1s9f:B, 1s9f:C, 1s9f:D, 3t5h:A, 3t5j:A, 3t5k:A, 3t5l:A, 4tqr:A, 4tqs:B, 4tqs:A, 2uvr:A, 2uvu:A, 2uvv:A, 2uvw:A, 2v4q:A, 2v4r:A, 3v6h:B, 3v6h:A, 3v6j:A, 3v6j:J, 3v6k:A, 3v6k:J, 2v9w:A, 2v9w:B, 2va2:A, 2va2:B, 2va3:A, 6vg6:A, 6vg6:D, 6vgm:D, 6vgm:A, 6vkp:A, 6vkp:D, 6vnp:A, 6vnp:D, 6vnp:G, 6vnp:J, 2w8k:A, 2w8l:A, 2w9a:A, 2w9b:A, 2w9b:B, 2w9c:A, 2w9c:B, 2xc9:A, 2xca:A, 2xcp:B, 2xcp:A
34 4f4z:A 342 35 0.0498 0.0439 0.4286 2.0 4f4z:B
35 8tz0:A 505 90 0.0831 0.0495 0.2778 4.0 8tyz:A, 8tz0:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218