Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GPGSMKVEKVFFVTSPIYYVNAAPHIGHVYSTLITDVIGRYHRVKGERVFALTGTDEHGQKVAEAAKQKQVSPYDFTTAV
AGEFKKCFEQMDYSIDYFIRTTNEQHKAVVKELWTKLEQKGDIYLGRYEGWYSISDESFLTPQNITDGCKVSLESGHVVT
WVSEENYMFRLSAFRERLLEWYHANPGCIVPEFRRREVIRAVEKGLPDLSVSRARATLHNWAIPVPGNPDHCVYVWLDAL
TNYLTGSRLRVDESGKEVSLVDDFNELERFPADVHVIGKDILKFHAIYWPAFLLSAGLPLPKKIVAHGWWTKDRKKISKS
LGNVFDPVEKAEEFGYDALKYFLLRESGFSDDGDYSDKNMIARLNGELADTLGNLVMRCTSAKINVNGEWPSPAAYTEED
ESLIQLIKDLPGTADHYYLIPDIQKAIIAVFDVLRAINAYVTDMAPWKLVKTDPERLRTVLYITLEGVRVTTLLLSPILP
RKSVVIFDMLGVPEVHRKGIENFEFGAVPPGTRLGPAVEGEVLFSKRST

The query sequence (length=529) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4eg7:B 536 536 1.0000 0.9869 0.9869 0.0 6cml:A, 6cml:B, 4eg1:A, 4eg1:B, 4eg3:A, 4eg3:B, 4eg4:A, 4eg5:A, 4eg6:A, 4eg7:A, 4eg8:A, 4eg8:B, 4ega:A, 4ega:B, 5j58:A, 5j58:B, 5j59:A, 5j59:B, 5j5a:A, 5j5a:B, 6mes:A, 6mes:B, 4mvw:A, 4mvw:B, 4mvx:A, 4mvx:B, 4mvy:A, 4mvy:B, 4mw0:A, 4mw0:B, 4mw1:A, 4mw1:B, 4mw2:A, 4mw2:B, 4mw4:A, 4mw4:B, 4mw5:A, 4mw5:B, 4mw6:A, 4mw6:B, 4mw7:A, 4mw7:B, 4mw9:A, 4mw9:B, 4mwb:A, 4mwb:B, 4mwc:A, 4mwc:B, 4mwd:A, 4mwd:B, 4mwe:A, 4mwe:B, 5nfh:A, 5nfh:B, 5tqu:A, 5v49:A, 5v49:B, 4zt2:A, 4zt2:B, 4zt3:A, 4zt3:B, 4zt4:A, 4zt4:B, 4zt5:A, 4zt5:B, 4zt6:A, 4zt6:B, 4zt7:A, 4zt7:B
2 4eg6:B 515 529 0.9735 1.0000 0.9735 0.0 4eg4:B, 4eg5:B, 5tqu:B
3 3kfl:A 530 526 0.6824 0.6811 0.6863 0.0 6swx:A
4 2x1l:A 511 522 0.4310 0.4462 0.4368 1.20e-144 2x1m:A
5 6ax8:A 509 521 0.4253 0.4420 0.4319 1.65e-134 5xet:C
6 5k0s:C 497 493 0.3705 0.3944 0.3976 1.93e-126 5k0s:A, 5k0s:B, 5k0t:A, 5k0t:C, 4py2:A, 4py2:B, 4py2:C
7 2x1l:C 476 519 0.3989 0.4433 0.4066 1.29e-125 2x1l:B
8 2ct8:A 465 491 0.3743 0.4258 0.4033 6.84e-121 2csx:A, 2csx:B, 2ct8:B
9 5k0t:B 468 490 0.3554 0.4017 0.3837 1.42e-118
10 7wpi:A 520 501 0.3724 0.3788 0.3932 3.91e-112 4qrd:A, 4qre:A, 7wpk:A, 7wpl:A, 7wpm:A, 7wpx:A, 7wq0:A
11 1a8h:A 500 501 0.3648 0.3860 0.3852 3.38e-111 2d54:A, 2d5b:A, 3vu8:A, 1woy:A
12 7wpt:A 483 490 0.3422 0.3747 0.3694 1.00e-101 7wpn:A
13 1rqg:A 606 559 0.2873 0.2508 0.2719 2.45e-47
14 1pfu:A 547 503 0.2306 0.2230 0.2425 5.42e-41 8bru:A, 8brv:A, 8brw:A, 8brx:A, 1f4l:A, 3h97:A, 3h99:A, 3h9b:A, 3h9c:A, 1p7p:A, 1pfv:A, 1pfw:A, 1pfy:A, 1qqt:A, 6spn:A, 6spo:A, 6spp:A, 6spq:A, 6spr:A
15 6wq6:A 547 523 0.2533 0.2450 0.2562 5.57e-40 6wqi:A, 6wqi:B, 6wqs:A, 6wqt:A
16 1pg0:A 492 476 0.2174 0.2337 0.2416 3.49e-38 1pg2:A
17 7ulz:A 521 533 0.2420 0.2457 0.2402 1.81e-37
18 5urb:A 546 526 0.2363 0.2289 0.2376 2.19e-35 5urb:B
19 5goy:A 598 554 0.2363 0.2090 0.2256 1.56e-27 5gl7:A
20 3zgz:D 867 175 0.0756 0.0461 0.2286 3.87e-08 2ajh:A, 2ajh:B, 2aji:A, 2aji:B, 4aq7:A, 4aq7:D, 4cqn:A, 4cqn:D, 5omw:A, 5omw:D, 5on2:A, 5on2:D, 5on3:A, 5on3:D, 5onh:A, 5onh:D, 3zgz:A
21 6q89:A 852 171 0.0775 0.0481 0.2398 3.26e-07 7ntz:A, 7nu3:A, 7nu6:A, 7nu7:A, 7nub:A, 6q8b:A, 6q8c:A
22 7nu2:A 875 171 0.0775 0.0469 0.2398 8.40e-07 7a0p:A, 7ap2:A, 7nty:A, 7nu0:A, 7nu1:A, 7nu4:A, 7nu5:A, 7nu8:A, 7nu9:A, 7nua:A, 7nuc:A, 6q8a:A, 6ykk:A, 6ykl:A, 6ykn:A, 6yko:A, 6ykq:A, 6yks:A, 6ykt:A, 6yku:A, 6ykv:A, 6ykw:A, 6ykx:A, 7yp8:A
23 5ah5:A 789 174 0.0737 0.0494 0.2241 2.41e-06 5ah5:B
24 5ah5:A 789 74 0.0473 0.0317 0.3378 0.014 5ah5:B
25 2bte:A 876 164 0.0775 0.0468 0.2500 6.80e-06 2bte:D, 2byt:A, 2byt:D, 1h3n:A, 1obc:A, 2v0c:A, 2v0g:A, 2v0g:D
26 8c8v:A 1032 110 0.0605 0.0310 0.2909 1.69e-05 8c8u:A, 8c8w:A, 8c9d:A
27 8c8v:A 1032 162 0.0851 0.0436 0.2778 6.93e-04 8c8u:A, 8c8w:A, 8c9d:A
28 4ari:A 821 116 0.0567 0.0365 0.2586 3.76e-05 4arc:A, 4as1:A, 8pot:A, 3zjt:A, 3zju:A, 3zjv:A
29 1ffy:A 917 144 0.0756 0.0436 0.2778 5.68e-05 1qu2:A, 1qu3:A
30 1ffy:A 917 78 0.0435 0.0251 0.2949 2.8 1qu2:A, 1qu3:A
31 1obh:A 762 116 0.0605 0.0420 0.2759 7.72e-05
32 8c9e:A 921 145 0.0775 0.0445 0.2828 1.91e-04 8c9f:A, 8c9g:A, 8c9g:B
33 8c9e:A 921 95 0.0473 0.0271 0.2632 0.15 8c9f:A, 8c9g:A, 8c9g:B
34 1gax:A 862 81 0.0548 0.0336 0.3580 2.35e-04 1gax:B, 1ivs:A, 1ivs:B, 1wk9:A
35 1gax:A 862 58 0.0378 0.0232 0.3448 0.091 1gax:B, 1ivs:A, 1ivs:B, 1wk9:A
36 3ziu:A 621 99 0.0510 0.0435 0.2727 3.01e-04 3ziu:B
37 3ziu:A 621 101 0.0529 0.0451 0.2772 0.006 3ziu:B
38 1ile:A 821 274 0.1210 0.0780 0.2336 6.80e-04 1jzq:A, 1jzs:A, 1ue0:A, 1wk8:B, 1wnz:A
39 1ile:A 821 50 0.0284 0.0183 0.3000 1.2 1jzq:A, 1jzs:A, 1ue0:A, 1wk8:B, 1wnz:A
40 1wz2:A 948 227 0.0888 0.0496 0.2070 0.001 1wz2:B
41 1wz2:A 948 105 0.0586 0.0327 0.2952 0.006 1wz2:B
42 7d5c:A 919 64 0.0378 0.0218 0.3125 0.035
43 7d5c:A 919 79 0.0473 0.0272 0.3165 0.77
44 6ldk:A 813 59 0.0359 0.0234 0.3220 0.040
45 6ldk:A 813 80 0.0491 0.0320 0.3250 1.1
46 8qhp:A 410 137 0.0662 0.0854 0.2555 0.052 8qhp:B
47 8qhp:A 410 116 0.0586 0.0756 0.2672 0.14 8qhp:B
48 8wnf:A 918 58 0.0284 0.0163 0.2586 0.13 8wng:A, 8wni:A, 8wnj:A, 8wo2:A, 8wo3:A
49 7dry:A 186 71 0.0473 0.1344 0.3521 0.23 7drz:A, 7ds0:A, 7ds1:A
50 6lpf:B 1006 94 0.0435 0.0229 0.2447 0.24 6kid:A, 6kie:A, 6kqy:A, 6kr7:A, 6lpf:A, 6lr6:A, 6lr6:B
51 6lpf:B 1006 58 0.0321 0.0169 0.2931 0.38 6kid:A, 6kie:A, 6kqy:A, 6kr7:A, 6lpf:A, 6lr6:A, 6lr6:B
52 3tqo:A 387 110 0.0662 0.0904 0.3182 0.33
53 1u0b:B 461 151 0.0718 0.0824 0.2517 0.68 1li5:A, 1li7:A
54 1u0b:B 461 103 0.0510 0.0586 0.2621 5.3 1li5:A, 1li7:A
55 7p2y:B 514 20 0.0227 0.0233 0.6000 2.8 7p2y:A, 7p2y:C, 7p3n:A, 7p3n:B, 7p3n:C, 7p3w:A, 7p3w:B, 7p3w:C, 7yry:A, 7yry:B, 7yry:C
56 3cng:C 178 32 0.0227 0.0674 0.3750 3.1 3cng:A, 3cng:B, 3cng:D
57 1pg6:A 216 56 0.0321 0.0787 0.3036 3.6
58 7yoj:A 867 154 0.0643 0.0392 0.2208 4.2
59 5gnx:A 451 100 0.0567 0.0665 0.3000 5.2 5gnx:B, 5gny:A, 5gny:B, 5gny:C, 5gny:D, 5gnz:A, 5gnz:B, 5gnz:C, 5gnz:D, 5gnz:H, 5gnz:I, 5gnz:J, 5gnz:K
60 1ee0:A 376 48 0.0302 0.0426 0.3333 6.0 1ee0:B
61 1chw:A 389 37 0.0246 0.0334 0.3514 7.5 1bq6:A, 1cgk:A, 1cgz:A, 1chw:B, 1cml:A, 1d6h:A, 1u0w:A, 1u0w:B, 1u0w:C, 1u0w:D
62 6xyw:Ad 209 32 0.0265 0.0670 0.4375 8.4
63 8snj:A 370 96 0.0529 0.0757 0.2917 8.5 8sng:A, 8sng:B, 8snj:B, 8snj:C, 8snj:D, 8snj:E, 8snj:F, 8su6:A, 8su6:B
64 5vj7:A 462 71 0.0359 0.0411 0.2676 8.5

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218