Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GMSVVTSFYPMYAMTKEVSGDLNDVRMIQSGAGIHSFEPSVNDVAAIYDADLFVYHSHTLEAWARDLDPKSKVNVFEASK
PLTLDRVKLYDPHTWTDPVLAGEEAVNIAKELGHLDPKHKDSYTKKAKAFKKEAEQLTEEYTQKFKKVRSKTFVTQHTAF
SYLAKRFGLKQLGISGISPEQEPSPRQLKEIQDFVKEYNVKTIFAEDNVNPKIAHAIAKSTGAKVKTLSPLEAAPSGNKT
YLENLRANLEVLYQQLK

The query sequence (length=257) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4h0f:A 264 264 0.9961 0.9697 0.9697 0.0 3gi1:A, 3gi1:B, 4h0f:B, 3hjt:A, 3hjt:B
2 7lm7:A 270 270 0.6732 0.6407 0.6407 7.75e-123 3cx3:A, 3cx3:B, 7lm5:A, 7lm6:A
3 2o1e:A 266 263 0.3969 0.3835 0.3878 1.56e-56 2o1e:B
4 7jj9:A 461 263 0.3658 0.2039 0.3574 1.09e-48 7jj8:B, 7jj8:A, 7jj8:C, 7jj8:D, 7jja:A, 7jjb:A
5 1pq4:B 264 252 0.2957 0.2879 0.3016 2.08e-32 2ov3:A, 1pq4:A
6 7me2:A 281 232 0.2646 0.2420 0.2931 3.63e-28 7me1:A, 7me1:B, 7me2:B, 7me3:A, 7me3:B, 6q1d:A, 5uxs:A, 5uxu:A, 5uy0:A, 5uy4:A, 5uy5:A, 5uya:A, 5uyb:A, 5uyc:A, 5uyd:A, 5uye:A, 5uyf:A, 5uyg:A, 5uyh:A, 5uyv:A, 5uyw:A
7 1xvl:A 279 231 0.2685 0.2473 0.2987 1.30e-26 4irm:A, 4irm:B, 3ujp:A, 3ujp:B, 3ujp:C, 1xvl:B
8 5i4k:A 280 277 0.3230 0.2964 0.2996 7.64e-25
9 4oxq:A 278 278 0.2840 0.2626 0.2626 2.12e-24 4oxr:A, 4oxr:B
10 6ru4:A 276 271 0.2685 0.2500 0.2546 2.22e-24 6r5s:A, 6r5s:B, 6ru4:B, 6ru4:C, 6ru4:D
11 2xy4:A 267 238 0.2374 0.2285 0.2563 8.71e-22 4bbp:A, 2ogw:A, 2ogw:B, 2osv:A, 2osv:B, 2prs:A, 2prs:B, 2ps0:A, 2ps0:B, 2ps9:A, 2ps9:B, 7rcj:A, 7rcj:B, 7rcj:C, 7rcj:D, 7rcj:E, 7rcj:F, 2xqv:A
12 8svc:A 270 272 0.2840 0.2704 0.2684 8.44e-21
13 4k3v:B 278 281 0.2685 0.2482 0.2456 2.63e-20 5hdq:A, 4nno:A
14 1psz:A 286 276 0.2918 0.2622 0.2717 5.49e-20 4uto:A, 4uto:B, 3zka:A, 3zka:B, 3ztt:A, 3ztt:B, 3ztt:C, 3ztt:D
15 4irm:C 236 229 0.2568 0.2797 0.2882 1.49e-19 1xvl:C
16 4k3v:A 253 223 0.2296 0.2332 0.2646 1.21e-18
17 3hh8:A 280 278 0.2802 0.2571 0.2590 8.63e-17 8yj6:C, 8yj7:B, 8yj7:D, 8yj7:A, 8yj7:C, 8yj8:A, 8yj8:B
18 1toa:A 277 232 0.2179 0.2022 0.2414 2.12e-15 1toa:B
19 5z2k:A 270 270 0.2802 0.2667 0.2667 5.99e-15 5afs:A, 4cl2:A, 4udo:A, 5zha:A
20 3mfq:A 278 277 0.2646 0.2446 0.2455 2.17e-13 3mfq:B, 3mfq:C
21 6nsi:A 285 181 0.1712 0.1544 0.2431 3.03e-12
22 5w57:A 284 245 0.2062 0.1866 0.2163 5.44e-06 5kzj:A, 5kzj:B, 5w56:A, 5w56:B, 5w57:B
23 6xpn:B 259 231 0.2023 0.2008 0.2251 3.64e-05 6xpn:A
24 2n7l:C 140 76 0.0973 0.1786 0.3289 0.51 7sc2:A, 7sc3:A
25 7jgi:A 125 76 0.0973 0.2000 0.3289 0.74 6mv3:A, 7uh9:A, 7uha:A, 5w88:A, 5wcl:A
26 7sup:A 129 76 0.0934 0.1860 0.3158 0.84 7svc:A, 7swg:A, 7swi:A, 7sxc:A
27 1v33:A 346 56 0.0700 0.0520 0.3214 2.2 1v34:A
28 1la0:A 161 76 0.0934 0.1491 0.3158 3.1 1aj4:A, 1ap4:A, 2ctn:A, 3ctn:A, 1dtl:A, 1fi5:A, 8fmm:A, 8fmm:D, 8fmn:A, 8fmn:D, 8fmo:A, 8fmo:D, 8fmp:A, 8fmp:D, 8fmq:A, 8fmq:D, 8fmr:A, 8fmr:D, 8fms:A, 8fms:D, 8fmt:A, 8fmt:D, 4gje:A, 1ih0:A, 1j1d:A, 1j1d:D, 1j1e:A, 1j1e:D, 2jxl:A, 2kdh:A, 2kfx:T, 2kgb:C, 6klt:A, 6klu:A, 2krd:C, 2l1r:A, 2l98:A, 1lxf:C, 2mkp:C, 2mle:C, 2mlf:C, 1mxl:C, 2mzp:C, 2n79:C, 1ozs:A, 1r2u:A, 1r6p:A, 3rv5:A, 3rv5:B, 3rv5:C, 3rv5:D, 1sbj:A, 1scv:A, 3sd6:A, 3swb:A, 7uti:U, 7uti:Z, 8uzx:C, 8uzy:C, 8v01:C, 8v0i:C, 8v0k:C, 1wrk:A, 1wrk:B, 1wrl:A, 1wrl:B, 1wrl:C, 1wrl:D, 1wrl:E, 1wrl:F, 4y99:A
29 4jm2:B 214 50 0.0545 0.0654 0.2800 3.2
30 2r9v:A 487 121 0.1089 0.0575 0.2314 3.7
31 1xco:D 325 14 0.0389 0.0308 0.7143 4.8 1xco:A, 1xco:B, 1xco:C, 1xco:E, 1xco:F
32 8xi9:A 201 49 0.0584 0.0746 0.3061 4.9 1a7x:A, 1a7x:B, 1bkf:A, 1bl4:A, 1bl4:B, 8chi:A, 8chi:B, 8chj:A, 8chj:B, 8chj:C, 8chj:D, 8chk:A, 8chk:B, 8chk:C, 8chl:A, 8chl:B, 8chm:A, 1d7i:A, 1d7i:B, 1d7j:A, 1d7j:B, 2dg3:A, 2dg4:A, 2dg9:A, 4dh0:A, 8er6:A, 8er6:C, 8er6:E, 8er7:A, 8er7:C, 8er7:E, 8era:B, 1f40:A, 1fap:A, 2fap:A, 3fap:A, 4fap:A, 1fkb:A, 1fkd:A, 1fkf:A, 1fkg:A, 1fkh:A, 1fki:A, 1fki:B, 1fkj:A, 1fkl:A, 2fke:A, 1j4h:A, 1j4i:A, 1j4r:A, 1j4r:B, 1j4r:D, 6m4u:A, 6m4u:E, 6m4v:B, 6m4v:D, 6m4w:D, 6m4w:E, 6m4w:F, 1nsg:A, 6oqa:A, 6oqa:B, 6oqa:E, 6oqa:F, 8pdf:A, 8ppz:A, 1qpf:A, 1qpf:D, 1qpl:A, 1qpl:C, 1tco:C, 7u0t:B, 7u8d:A, 7u8d:B, 6vcu:A, 6vcu:C, 6vcu:D, 6vcu:B, 6yf0:A, 6yf1:A, 6yf2:A, 6yf3:A
33 7fd4:D 779 51 0.0623 0.0205 0.3137 5.6 7fd4:B, 7fd4:C, 7fd4:E, 7fd4:F, 7fd4:A, 7fd5:B, 7fd5:C, 7fd5:E, 7fd5:A, 7fd5:F, 7fd5:D, 7fid:D, 7fid:A, 7fid:B, 7fid:C, 7fid:E, 7fid:F, 7fie:B, 7fie:C, 7fie:D, 7fie:E, 7fie:A, 7fie:F, 7fiz:B, 7fiz:C, 7fiz:E, 7fiz:A, 7fiz:D, 7fiz:F, 8k3y:B, 8k3y:C, 8k3y:D, 8k3y:E, 6wqh:A, 6wqh:B, 6wqh:C, 6wqh:F, 6wqh:D, 6wqh:E, 4ypl:A, 4ypl:B, 4ypl:C, 4ypl:F, 4ypl:D, 4ypl:E, 4ypm:A, 7yph:B, 7yph:D, 7ypi:A, 7ypi:B, 7ypj:A, 7ypj:B, 7ypj:C, 7ypj:D, 7ypk:F, 7ypk:B, 7ypk:E, 7ypk:A, 7ypk:C, 7ypk:D, 7yuv:A, 7yuv:B, 7yuv:C, 7yuw:A, 7yuw:B, 7yuw:C, 7yuw:D, 7yux:A, 7yux:C, 7yux:E, 7yux:D, 7yux:B
34 5k8k:A 237 46 0.0545 0.0591 0.3043 5.6
35 6d41:B 579 46 0.0661 0.0294 0.3696 7.5 6d41:A, 6d6w:A, 6d6w:B, 6d6w:C, 6d6w:D, 6d7f:A, 6d7f:B, 6d7f:C, 6d7f:D, 6d7f:E, 6d7f:F

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218