Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GEGWVLGHRYVNNDKLSKRVRKVWKPQLFQRELYSEILDKRFTVTVTMRTLDLIDQAC

The query sequence (length=58) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5aj4:B1 244 58 1.0000 0.2377 1.0000 3.26e-37 4ce4:1, 6gaw:B1, 6gb2:B1, 7nqh:B1, 7nql:B1, 7nsh:B1, 7nsi:B1, 7nsj:B1, 8oin:BE, 8oiq:BE, 4v19:1, 6ydp:B1, 6ydw:B1
2 8any:X 244 57 0.8103 0.1926 0.8246 8.94e-30 7a5f:X3, 7a5g:X3, 7a5h:X, 7a5i:X3, 7a5j:X, 7a5k:X3, 6i9r:X, 3j7y:X, 3j9m:X, 8k2a:Lb, 8k2b:Lb, 7l08:X, 7l20:X, 6nu2:X, 6nu3:X, 7o9k:X, 7o9m:X, 7odr:X, 7ods:X, 7odt:X, 7of0:X, 7of2:X, 7of3:X, 7of4:X, 7of5:X, 7of6:X, 7of7:X, 7og4:XX, 7oi6:X, 7oi7:X, 7oi8:X, 7oi9:X, 7oia:X, 7oib:X, 7oic:X, 7oid:X, 7oie:X, 8oir:BE, 8oit:BE, 5ool:X, 5oom:X, 7pd3:X, 8pk0:X, 7po4:X, 7qh6:X, 7qh7:X, 7qi4:X, 7qi5:X, 7qi6:X, 8qsj:X, 8qu1:X, 8qu5:X, 6vlz:X, 6vmi:X, 8xt0:Lb, 8xt1:Lb, 8xt2:Lb, 8xt3:Lb, 6zm5:X, 6zm6:X, 6zs9:XX, 6zsa:XX, 6zsb:XX, 6zsc:XX, 6zsd:XX, 6zse:XX, 6zsg:XX
3 6xyw:Ax 99 39 0.2586 0.1515 0.3846 2.88e-04
4 5mrc:S 185 49 0.2586 0.0811 0.3061 0.026 3j6b:S, 5mre:S, 5mrf:S
5 6ywe:S 179 52 0.3276 0.1061 0.3654 0.52 6yws:S, 6ywv:S, 6ywx:S, 6ywy:S
6 6z1p:AB 264 33 0.1897 0.0417 0.3333 1.4
7 7x6v:A 1381 54 0.2586 0.0109 0.2778 1.7
8 7x6s:A 1453 54 0.2586 0.0103 0.2778 1.8 5ltf:A, 5ltn:A, 5ltn:B, 5t2t:A
9 8jwf:A 1204 25 0.1724 0.0083 0.4000 2.1 8jwg:A, 8jwi:A
10 4msx:A 395 19 0.1552 0.0228 0.4737 2.5
11 2xz7:A 324 24 0.1897 0.0340 0.4583 4.1 2xz9:A, 2xz9:B
12 7ns3:4 199 19 0.1552 0.0452 0.4737 5.0
13 4xqk:A 1517 13 0.1552 0.0059 0.6923 5.5 4xqk:B
14 3ut1:A 313 33 0.1897 0.0351 0.3333 5.9 4fl6:A, 4fl6:B, 4l59:A
15 4ot7:A 308 38 0.2241 0.0422 0.3421 7.0
16 4a3u:A 355 38 0.2241 0.0366 0.3421 7.1 4a3u:B
17 5nrl:A 2216 36 0.2241 0.0059 0.3611 7.5 6bk8:A, 6exn:A, 7fju:A, 7fjv:A, 7fjw:A, 7fjy:A, 7fjz:A, 7fk1:A, 7fk2:A, 7fk3:A, 7fk4:A, 7fk6:A, 7fka:A, 7fkh:A, 7fkj:A, 7fkk:A, 7fkl:A, 7fkn:A, 7fko:A, 7fkp:A, 7fkr:A, 7fkt:A, 7fkv:A, 7fkw:A, 7fkx:A, 7fl1:A, 7fl3:A, 7fl6:A, 7fl9:A, 7fla:A, 7fld:A, 7fle:A, 7flf:A, 7flg:A, 7fli:A, 7flk:A, 7fll:A, 7flm:A, 7flp:A, 7flr:A, 7flu:A, 7flx:A, 7fly:A, 7fm7:A, 7fmb:A, 7fmf:A, 7fmg:A, 7fmi:A, 7fmk:A, 7fml:A, 7fmo:A, 7fmq:A, 7fms:A, 7fmx:A, 7fmy:A, 7fn1:A, 7fn2:A, 7fn4:A, 7fne:A, 7fno:A, 7fnq:A, 7fns:A, 7fnu:A, 7fny:A, 7fo3:A, 7fo4:A, 7fo6:A, 7fo8:A, 7fok:A, 7fol:A, 7fon:A, 7foo:A, 7foq:A, 7for:A, 7foy:A, 7fp0:A, 7fp1:A, 7fp2:A, 7fp3:A, 7fp8:A, 7fpb:A, 7fpd:A, 7fpj:A, 5gap:A, 5lj3:A, 5qy4:A, 5qy6:A, 5qy8:A, 5qy9:A, 5qya:A, 5qyb:A, 5qyc:A, 5qyd:A, 5qye:A, 5qyg:A, 5qyh:A, 5r0b:A, 5r0d:A, 5r0e:A, 5r0f:A, 5r0g:A, 5r0h:A, 5r0i:A, 5r0j:A, 5r0l:A, 5r0m:A, 5st1:A, 5st3:A, 5st9:A, 5stb:A, 5stc:A, 5stn:A, 5stq:A, 5str:A, 5stu:A, 5stz:A, 5su4:A, 5su6:A, 5su8:A, 5sub:A, 5suc:A, 5sue:A, 5sug:A, 5wsg:A, 5ylz:A
18 5lqw:A 2130 36 0.2241 0.0061 0.3611 8.0
19 5gan:A 2196 36 0.2241 0.0059 0.3611 8.0 5gam:A, 5mps:A, 5mq0:A
20 7dco:A 2205 36 0.2241 0.0059 0.3611 8.0 7b9v:A, 5gm6:A, 3jcm:A, 5lj5:A, 5zwm:A, 5zwo:A
21 1fui:A 591 31 0.1379 0.0135 0.2581 9.3 1fui:B, 1fui:C, 1fui:D, 1fui:E, 1fui:F, 6k1f:A, 6k1f:B, 6k1f:C, 6k1f:D, 6k1f:E, 6k1f:F, 6k1g:A, 6k1g:B, 6k1g:C, 6k1g:D, 6k1g:E, 6k1g:F

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218