Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
FVVPDITTRKNVGLSHDANDFTLPQPLDRYSAEDHATWATLYQRQCKLLPGRACDEFLEGLERLEVDADRVPDFNKLNEK
LMAATGWKIVAVPGLIPDDVFFEHLANRRFPVTWWLREPHQLDYLQEPDVFHDLFGHVPLLINPVFADYLEAYGKGGVKA
KALGALPMLARLYWYTVEFGLINTPAGMRIYGAGILSSKSESIYCLDSASPNRVGFDLMRIMNTRYRIDTFQKTYFVIDS
FKQLFDATAPDFAPLYLQLADAQPWGAGDIAPDDLVL

The query sequence (length=277) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4etl:A 277 277 0.9964 0.9964 0.9964 0.0 4esm:A, 4jpx:A, 4jpy:A, 1ltv:A, 1ltz:A, 4q3w:A, 4q3x:A, 4q3y:A, 4q3z:A, 3tcy:A, 3tk2:A, 3tk4:A
2 2v27:B 272 216 0.3357 0.3419 0.4306 1.87e-65 2v27:A
3 5jk5:A 400 218 0.2888 0.2000 0.3670 2.49e-37 5jk5:B, 5jk6:A, 5jk6:B, 5jk8:A, 5jk8:B
4 7vgm:A 571 271 0.2780 0.1349 0.2841 1.81e-35
5 3e2t:A 307 224 0.2960 0.2671 0.3661 5.86e-35 8cji:A, 8cjj:A, 8cjk:A, 8cjl:A, 8cjm:A, 8cjn:A, 8cjo:A, 3hf6:A, 3hf8:A, 3hfb:A, 5j6d:A, 5l01:A, 1mlw:A, 7zif:A, 7zig:A, 7zih:A, 7zii:A, 7zij:A, 7zik:A, 7zik:B
6 5tpg:A 271 223 0.2888 0.2952 0.3587 4.39e-34
7 6zvp:D 458 227 0.2852 0.1725 0.3480 1.13e-32 7a2g:A, 7a2g:B, 7a2g:C, 7a2g:D, 7pim:B, 7pim:A, 7pim:D, 7pim:F, 1toh:A, 2toh:A, 2xsn:A, 2xsn:B, 2xsn:C, 2xsn:D, 6zn2:A, 6zn2:C, 6zn2:E, 6zn2:G, 6zvp:A, 6zvp:B, 6zvp:C, 6zzu:B, 6zzu:A, 6zzu:C, 6zzu:D
8 5fgj:A 428 241 0.2888 0.1869 0.3320 1.62e-31 4anp:A, 5den:A, 5den:B, 5den:C, 5den:D, 1dmw:A, 5fgj:B, 5fgj:C, 5fgj:D, 6hpo:A, 6hyc:D, 6hyc:C, 6hyc:B, 1j8t:A, 1j8u:A, 1kw0:A, 1lrm:A, 1mmk:A, 1mmt:A, 6n1k:A, 6n1k:B, 6n1k:C, 6n1k:D, 1pah:A, 2pah:A, 2pah:B, 3pah:A, 4pah:A, 5pah:A, 6pah:A, 1phz:A, 2phm:A, 1tdw:A, 1tg2:A
9 4v06:A 349 224 0.2671 0.2120 0.3304 3.25e-30 4v06:B, 7wiy:B, 7wiy:C, 7wiy:D, 7wiy:A
10 5j6d:B 248 212 0.2780 0.3105 0.3632 2.73e-28
11 7nng:A 572 97 0.0975 0.0472 0.2784 0.90 5rl6:A, 5rl7:A, 5rl8:A, 5rl9:A, 5rlb:A, 5rlc:A, 5rld:A, 5rle:A, 5rlf:A, 5rlg:A, 5rlh:A, 5rli:A, 5rlj:A, 5rlk:A, 5rll:A, 5rlm:A, 5rln:A, 5rlo:A, 5rlp:A, 5rlq:A, 5rlr:A, 5rls:A, 5rlt:A, 5rlu:A, 5rlv:A, 5rlw:A, 5rly:A, 5rlz:A, 5rm0:A, 5rm1:A, 5rm2:A, 5rm3:A, 5rm4:A, 5rm5:A, 5rm6:A, 5rm7:A, 5rm8:A, 5rm9:A, 5rma:A, 5rmb:A, 5rmc:A, 5rmd:A, 5rme:A, 5rmf:A, 5rmg:A, 5rmh:A, 5rmi:A, 5rmj:A, 5rmk:A, 5rml:A, 5rmm:A, 5rob:A, 6zsl:A
12 6jyt:A 597 97 0.0975 0.0452 0.2784 0.91 7cxm:E, 7cxm:F, 7cxn:E, 7cxn:F, 7cyq:F, 7cyq:E, 7egq:E, 7egq:R, 7egq:F, 7egq:S, 7eiz:E, 7eiz:F, 8gw1:E, 8gw1:F, 8gwb:F, 8gwb:E, 8gwe:F, 8gwe:E, 8gwf:F, 8gwf:E, 8gwg:F, 8gwg:E, 8gwi:F, 8gwi:E, 8gwk:E, 8gwk:F, 8gwm:E, 8gwm:F, 8gwn:F, 8gwn:E, 8gwo:F, 8gwo:E, 6jyt:B, 7krn:E, 7kro:E, 7kro:F, 7nio:A, 7nio:E, 7nn0:A, 7nn0:B, 7nn0:C, 7nn0:D, 7nng:B, 7rdx:E, 7rdx:F, 7rdy:E, 7rdy:F, 7rdz:E, 7rdz:F, 7re0:E, 7re0:F, 7re1:E, 7re1:F, 7re2:E, 7re3:E, 7re3:F, 7re3:K, 7re3:L, 5rl6:B, 5rl7:B, 5rl8:B, 5rl9:B, 5rlb:B, 5rlc:B, 5rld:B, 5rle:B, 5rlf:B, 5rlg:B, 5rlh:B, 5rli:B, 5rlj:B, 5rlk:B, 5rll:B, 5rlm:B, 5rln:B, 5rlo:B, 5rlp:B, 5rlq:B, 5rlr:B, 5rls:B, 5rlt:B, 5rlu:B, 5rlv:B, 5rlw:B, 5rly:B, 5rlz:B, 5rm0:B, 5rm1:B, 5rm2:B, 5rm3:B, 5rm4:B, 5rm5:B, 5rm6:B, 5rm7:B, 5rm8:B, 5rm9:B, 5rma:B, 5rmb:B, 5rmc:B, 5rmd:B, 5rme:B, 5rmf:B, 5rmg:B, 5rmh:B, 5rmi:B, 5rmj:B, 5rmk:B, 5rml:B, 5rmm:B, 5rob:B, 6xez:E, 6xez:F, 6zsl:B
13 6dgm:B 382 71 0.0686 0.0497 0.2676 3.2 6dgm:A, 5u9z:A, 5u9z:B, 5wcx:A, 5wcx:B
14 1mnd:A 641 30 0.0469 0.0203 0.4333 3.8
15 1jwy:A 1039 30 0.0469 0.0125 0.4333 4.1 4ae3:A, 2aka:A, 7b19:A, 7b1a:A, 3bz7:A, 3bz8:A, 3bz9:A, 1d0x:A, 1d0y:A, 1d0z:A, 1d1a:A, 1d1b:A, 1d1c:A, 1fmw:A, 2jhr:A, 2jj9:A, 1jx2:A, 1lvk:A, 3mjx:A, 3mkd:A, 1mma:A, 1mmd:A, 1mmg:A, 1mmn:A, 1mne:A, 3mnq:A, 3myh:X, 3myk:X, 3myl:X, 4pjk:A, 1vom:A, 1w9i:A, 1w9j:A, 1w9k:A, 1w9l:A, 2x9h:A, 2xel:A, 2xo8:A, 2y8i:X, 1yv3:A, 6z2s:A, 6z7t:A, 6z7t:B, 6z7u:A
16 1g8x:A 1009 30 0.0469 0.0129 0.4333 4.7 1g8x:B
17 3adp:A 310 57 0.0686 0.0613 0.3333 4.7
18 8dbr:B 513 79 0.1011 0.0546 0.3544 6.8 8dbp:A, 8dbp:B, 8dbp:C, 8dbq:A, 8dbq:B, 8dbq:C, 8dbr:A, 8dbr:C, 8dbs:A, 8dbs:B, 8dbs:C, 8dbt:A, 8dbt:B, 8dbt:C, 8dbu:A, 8dbu:B, 8dbu:C, 8dbv:A, 8dbv:B, 8dbv:C, 8dbw:A, 8dbw:B, 8dbw:C, 3oaa:A, 3oaa:B, 3oaa:C, 3oaa:I, 3oaa:J, 3oaa:K, 3oaa:Q, 3oaa:R, 3oaa:S, 3oaa:Y, 3oaa:Z, 3oaa:a, 6oqr:C, 6oqr:B, 6oqr:A, 6oqs:C, 6oqs:B, 6oqs:A, 6oqt:C, 6oqt:B, 6oqt:A, 6oqu:C, 6oqu:B, 6oqu:A, 6oqv:C, 6oqv:B, 6oqv:A, 6oqw:C, 6oqw:B, 6oqw:A, 6pqv:C, 6pqv:B, 6pqv:A, 5t4o:A, 5t4o:B, 5t4o:C, 5t4p:A, 5t4p:B, 5t4p:C, 5t4q:A, 5t4q:B, 5t4q:C, 6wnq:C, 6wnq:B, 6wnq:A, 6wnr:C, 6wnr:B, 6wnr:A
19 7sqc:1A 1639 120 0.1083 0.0183 0.2500 7.3
20 5e6y:C 584 85 0.0903 0.0428 0.2941 9.1 5e6z:C, 5e70:C, 4lpc:C
21 8sdb:C 604 85 0.0903 0.0414 0.2941 9.6 5e6y:A, 5e6y:B, 5e6y:D, 5e6z:A, 5e6z:B, 5e6z:D, 5e70:A, 5e70:B, 5e70:D, 4lpc:A, 4lpc:B, 4lpc:D, 4lq1:B, 4lq1:C, 4lq1:D, 4lq1:A, 8sdb:A, 8sdb:B
22 7pkt:q 161 41 0.0505 0.0870 0.3415 9.6

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218