Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
FDTDISTMTRFVMEEGRKAGGTGEMTQLLNSLCTAVKAISTAVRKAGIKLDVLSNDLVMNMLKSSFATCVLVSEEDKNAI
IVEPEKRGKYVVCFDPLDGSSNIDCLVSIGTIFGIYRKKSTDEPSTKDALQPGRNLVAAGYALYGSATMLVLAGGSGVNS
FMLDPAIGEFILVDKNVKIKKKGNIYSLNEGYAKDFDPAVTEYIQKKKFPPDNSSPYGARYVGSMVADVHRTLVYGGIFL
YPANKKSPDGKLRLLYECNPMAFIMEKAGGMATTGKEAILDIVPTDIHQRAPVILGSPDDVQEFLEIYKKHAVK

The query sequence (length=314) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1bk4:A 314 314 1.0000 1.0000 1.0000 0.0
2 1fsa:A 337 332 0.8917 0.8309 0.8434 0.0 7c9q:A, 7c9q:D, 7c9q:B, 1cnq:A, 1eyi:A, 1eyj:A, 1eyj:B, 1eyk:A, 1eyk:B, 2f3b:A, 2f3d:A, 1fbc:A, 1fbc:B, 1fbd:A, 1fbd:B, 1fbe:A, 1fbe:B, 1fbf:A, 1fbf:B, 1fbg:A, 1fbg:B, 1fbh:A, 1fbh:B, 1fbp:A, 1fbp:B, 3fbp:A, 3fbp:B, 4fbp:A, 4fbp:B, 4fbp:D, 4fbp:C, 5fbp:A, 5fbp:B, 2fhy:A, 2fhy:L, 2fhy:D, 2fhy:H, 1fj6:A, 1fj9:A, 1fj9:B, 1fpb:A, 1fpb:B, 1fpd:A, 1fpd:B, 1fpe:A, 1fpe:B, 1fpf:A, 1fpf:B, 1fpg:A, 1fpg:B, 1fpi:A, 1fpi:B, 1fpj:A, 1fpj:B, 1fpk:A, 1fpk:B, 1fpl:A, 1fpl:B, 1frp:A, 1frp:B, 1fsa:B, 4gbv:A, 4gbw:A, 4gws:A, 4gws:B, 4gwu:A, 4gww:A, 4gwx:A, 4gwy:A, 4gwz:A, 4gwz:B, 4gx3:A, 4gx3:B, 4gx4:A, 4gx4:B, 4gx6:A, 4gx6:B, 4h45:A, 4h46:A, 4kxp:A, 4kxp:B, 1kz8:A, 1kz8:F, 1lev:A, 1lev:F, 6ls5:B, 6ls5:A, 6ls5:D, 1nuw:A, 1nux:A, 1nuy:A, 1nuz:A, 1nv0:A, 1nv1:A, 1nv2:A, 1nv3:A, 1nv4:A, 1nv5:A, 1nv6:A, 1nv7:A, 1nv7:B, 5q0b:A, 1q9d:A, 1q9d:B, 2qvu:A, 2qvu:B, 2qvv:A, 2qvv:B, 1rdx:A, 1rdx:B, 1rdy:A, 1rdy:B, 1rdz:A, 1rdz:B, 7wjv:A, 7wjv:B, 7wjv:C, 1yxi:A, 1yyz:A, 1yz0:A, 1yz0:B
3 7ezf:D 329 328 0.8949 0.8541 0.8567 0.0 3a29:A, 3a29:B, 3a29:C, 3a29:D, 7c9q:C, 7cvh:A, 7cvh:C, 7cvh:B, 7cvh:D, 7cvn:A, 7cvn:C, 7cvn:B, 7cvn:D, 7cwe:A, 7cwe:B, 7ezf:A, 7ezf:B, 7ezf:C, 7ezp:A, 7ezp:B, 7ezp:C, 7ezp:D, 7ezr:A, 7ezr:B, 7ezr:C, 7ezr:D, 2fie:A, 2fie:L, 2fie:D, 2fie:H, 2fix:A, 2fix:L, 2fix:D, 2fix:H, 1fta:A, 1fta:B, 1fta:C, 1fta:D, 2jjk:A, 2jjk:C, 2jjk:B, 2jjk:D, 3kbz:A, 3kbz:B, 3kbz:C, 3kbz:D, 3kc0:A, 3kc0:B, 3kc0:C, 3kc0:D, 3kc1:A, 3kc1:B, 3kc1:C, 3kc1:D, 5ldz:A, 5ldz:B, 5ldz:C, 5ldz:D, 5ldz:E, 5ldz:F, 6ls5:C, 6lw2:A, 6lw2:B, 6lw2:C, 6lw2:D, 4mjo:A, 4mjo:B, 4mjo:C, 4mjo:D, 4mjo:E, 4mjo:F, 4mjo:G, 4mjo:H, 5pzq:A, 5pzq:B, 5pzq:C, 5pzq:D, 5pzr:A, 5pzr:C, 5pzr:B, 5pzr:D, 5pzs:A, 5pzs:C, 5pzs:B, 5pzs:D, 5pzt:A, 5pzt:B, 5pzt:C, 5pzt:D, 5pzt:E, 5pzt:F, 5pzt:G, 5pzt:H, 5pzu:A, 5pzu:B, 5pzu:C, 5pzu:D, 5pzv:A, 5pzv:B, 5pzv:C, 5pzv:D, 5pzw:A, 5pzw:C, 5pzw:B, 5pzw:D, 5pzx:A, 5pzx:B, 5pzx:C, 5pzx:D, 5pzx:E, 5pzx:F, 5pzx:G, 5pzx:H, 5pzy:A, 5pzy:B, 5pzy:C, 5pzy:D, 5pzy:E, 5pzy:F, 5pzy:G, 5pzy:H, 5pzz:A, 5pzz:B, 5pzz:C, 5pzz:D, 5pzz:E, 5pzz:F, 5pzz:G, 5pzz:H, 5q00:A, 5q00:B, 5q00:C, 5q00:D, 5q00:E, 5q00:F, 5q00:G, 5q00:H, 5q01:A, 5q01:B, 5q01:C, 5q01:D, 5q01:E, 5q01:F, 5q01:G, 5q01:H, 5q02:A, 5q02:B, 5q02:C, 5q02:D, 5q03:A, 5q03:B, 5q03:C, 5q03:D, 5q03:E, 5q03:F, 5q03:G, 5q03:H, 5q04:A, 5q04:B, 5q04:C, 5q04:D, 5q04:E, 5q04:F, 5q04:G, 5q04:H, 5q05:A, 5q05:B, 5q05:C, 5q05:D, 5q05:E, 5q05:F, 5q05:G, 5q05:H, 5q06:A, 5q06:B, 5q06:C, 5q06:D, 5q07:A, 5q07:C, 5q07:B, 5q07:D, 5q07:E, 5q07:F, 5q07:G, 5q07:H, 5q08:A, 5q08:B, 5q08:C, 5q08:D, 5q08:E, 5q08:F, 5q08:G, 5q08:H, 5q09:A, 5q09:B, 5q09:D, 5q09:C, 5q09:E, 5q09:F, 5q09:G, 5q09:H, 5q0a:A, 5q0a:C, 5q0a:B, 5q0a:D, 5q0b:B, 5q0b:C, 5q0b:D, 2vt5:A, 2vt5:B, 2vt5:C, 2vt5:D, 2vt5:E, 2vt5:F, 2vt5:G, 2vt5:H, 2wbb:A, 2wbb:H, 2wbb:B, 2wbb:C, 2wbb:D, 2wbb:E, 2wbb:F, 2wbb:G, 2wbd:A, 2wbd:B, 2wbd:C, 2wbd:D, 2wbd:E, 2wbd:F, 2wbd:G, 2wbd:H, 7wjv:D, 2y5k:A, 2y5k:C, 2y5k:B, 2y5k:D, 2y5l:A, 2y5l:B, 2y5l:C, 2y5l:D, 2y5l:E, 2y5l:F, 2y5l:G, 2y5l:H, 5zwk:A, 5zwk:B, 5zwk:C, 5zwk:D
4 5q0c:A 328 327 0.7484 0.7165 0.7187 1.00e-168 5et6:A, 5et6:C, 5et6:B, 5et6:D, 4he0:A, 4he1:A, 4he2:A, 3ifa:A, 3ifa:B, 3ifa:C, 3ifa:D, 3ifc:A, 3ifc:B, 3ifc:C, 3ifc:D, 5k56:A, 5l0a:A, 5q0c:B, 5q0c:C, 5q0c:D, 5q0c:E, 5q0c:F, 5q0c:G, 5q0c:H
5 5k55:A 290 308 0.6975 0.7552 0.7110 9.88e-152 5et8:A
6 7ns5:A 319 314 0.4682 0.4608 0.4682 7.10e-93 7ns5:D, 7ns5:B, 7ns5:C
7 5oey:C 326 320 0.4618 0.4448 0.4531 2.58e-85 5oey:A, 5oey:B, 5ofu:A, 5ofu:B, 5ofu:C, 5ofu:D
8 5oey:D 301 303 0.4459 0.4651 0.4620 7.96e-85
9 2qvr:A 332 326 0.4459 0.4217 0.4294 5.29e-84 2owz:A, 2ox3:A
10 2gq1:A 310 308 0.4363 0.4419 0.4448 5.70e-84 2q8m:A, 2q8m:B
11 5iz3:A 316 317 0.3121 0.3101 0.3091 6.89e-30 5iz3:B
12 2zzr:A 397 67 0.0637 0.0504 0.2985 0.54
13 4my0:C 392 72 0.0764 0.0612 0.3333 0.88 4my0:A, 4my0:E, 4my0:B, 4my0:D, 4my0:F
14 5gky:A 3660 89 0.0764 0.0066 0.2697 1.9 5gky:C, 5gky:E, 5gky:G, 5gkz:A, 5gkz:C, 5gkz:E, 5gkz:G, 5gl0:A, 5gl0:C, 5gl0:E, 5gl0:G, 5gl1:A, 5gl1:C, 5gl1:E, 5gl1:G
15 5hld:A 649 109 0.0987 0.0478 0.2844 3.0
16 5hlb:A 733 109 0.0987 0.0423 0.2844 3.6
17 1e3d:B 537 87 0.0796 0.0466 0.2874 4.1 1e3d:D
18 3vma:A 708 109 0.0987 0.0438 0.2844 4.5 5fgz:A, 3fwl:A, 5hl9:A, 5hla:A, 6yn0:A
19 8ets:V 443 119 0.0924 0.0655 0.2437 4.7 8ets:X, 8ets:T, 8etu:V, 8etu:X, 8etu:T, 8etw:V, 8etw:X, 8etw:T, 8eu9:V, 8eu9:X, 8eu9:T, 8euf:V, 8euf:X, 8euf:T, 6gej:T, 6gej:V, 6gej:X, 6gen:T, 6gen:V, 6gen:X
20 8wdq:A 273 98 0.0669 0.0769 0.2143 5.0 8wdq:B
21 1usy:B 275 152 0.1242 0.1418 0.2566 6.1 1usy:C, 1usy:D
22 4pf8:A 300 34 0.0414 0.0433 0.3824 8.1 4pf8:B
23 8w7f:B 412 77 0.0701 0.0534 0.2857 9.7 8w75:D, 8w75:A, 8w75:B, 8w75:C, 8w78:A, 8w78:C, 8w78:B, 8w78:D, 8w7f:A, 8w7f:C, 8w7f:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218