Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
FARNEKEAKDSAITFIQKIKLDKVNLGGELSGSNMYVYNISTGGFVIVSGDKRSPEILGYSTSGSFDANGKENIASFMES
YVEQIKENKKLDTTYAQPVVKSLLDSKGIHYNQGNPYNLLTPVIEKVKPGEQSFVGQHAATGCVATATAQIMKYHNYPNK
GLKDYTYTLSSNNPYFNHPKNLFAAISTRQYNWNNILPTYSGRESNVQKMAISELMADVGISVDMDYGPSSGSAGSSRVQ
RALKENFGYNQSVHQINRGDFSKQDWEAQIDKELSQNQPVYYQGVGKVGGHAFVIDGADGRNFYHVNWGWGGVSDGFFRL
DALNPGFNGYQSAVVGIKP

The query sequence (length=339) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1pvj:A 339 339 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 4d8e:A, 4d8i:A, 1pvj:B, 1pvj:C, 1pvj:D, 4rkx:A, 6ukd:A, 6uqd:A, 6uqd:B, 2uzj:A, 2uzj:B
2 2hek:A 369 155 0.0944 0.0867 0.2065 0.25 2hek:B
3 4gkr:B 307 57 0.0501 0.0554 0.2982 0.27 4gkr:A
4 6ci6:A 581 158 0.1062 0.0620 0.2278 0.96 5dby:A, 5dqf:A, 5id9:A, 5iih:A, 5iiu:A, 5iix:A, 5ij5:A, 5ije:A, 4j2v:A, 7mbl:A, 6mdq:A, 6oci:A, 6ocj:A, 4ot2:A, 7q4x:A, 6u4r:A, 6u4x:A, 6u5a:A, 5v0v:A, 6xk0:A, 4zbq:A, 4zbr:A
5 6uhx:B 254 76 0.0649 0.0866 0.2895 1.5 6uhx:A
6 1kfq:A 571 50 0.0472 0.0280 0.3200 2.2 1kfi:A, 1kfi:B, 1kfq:B
7 8cks:A 585 32 0.0354 0.0205 0.3750 4.4 3a73:A, 3a73:B, 6a7p:A, 6a7p:B, 8a9q:A, 8a9q:B, 7aai:AAA, 3b9l:A, 3b9m:A, 1bke:A, 2bx8:A, 2bx8:B, 2bxa:A, 2bxa:B, 2bxb:A, 2bxb:B, 2bxc:A, 2bxc:B, 2bxd:A, 2bxd:B, 2bxe:A, 2bxe:B, 2bxf:A, 2bxf:B, 2bxg:A, 2bxg:B, 2bxh:A, 2bxh:B, 2bxi:A, 2bxk:A, 2bxl:A, 2bxm:A, 2bxn:A, 2bxo:A, 2bxp:A, 2bxq:A, 9csg:A, 3cx9:A, 7d6j:A, 7d6j:B, 7dl4:A, 1e7a:A, 1e7a:B, 1e7b:A, 1e7b:B, 1e7c:A, 4e99:A, 7eek:A, 7eek:B, 8ew4:A, 8ew7:A, 8ey5:A, 6ezq:A, 5gix:A, 5gix:B, 5giy:A, 1gni:A, 1gnj:A, 8h0o:A, 1h9z:A, 1ha2:A, 1hk1:A, 1hk2:A, 1hk3:A, 1hk4:A, 1hk5:A, 6hsc:B, 2i30:A, 5id7:A, 5id7:B, 5ifo:A, 5ijf:A, 8ism:A, 8itr:A, 8itt:A, 8itt:B, 4iw1:A, 4iw2:A, 8j8e:A, 8j8e:I, 3jqz:A, 7jwn:A, 8k1y:A, 6l4k:A, 4l8u:A, 4l9k:A, 4l9k:B, 4l9q:A, 4l9q:B, 4la0:A, 4la0:B, 4lb2:A, 4lb2:B, 4lb9:A, 3lu6:A, 3lu6:B, 3lu7:A, 3lu7:B, 3lu8:A, 3lu8:B, 6m5e:A, 6m5e:B, 6m5e:C, 1n5u:A, 1o9x:A, 7ov5:A, 7ov5:B, 7ov6:A, 7ov6:B, 7qfe:A, 6qio:A, 6qip:A, 6r7s:A, 8rco:A, 8rco:B, 8rgk:A, 8rgk:B, 8rgl:A, 8rgl:B, 3tdl:A, 3uiv:H, 5ujb:A, 5ujb:B, 8vac:A, 8vae:A, 2vdb:A, 5vnw:B, 7vr9:A, 7vr9:B, 2vue:A, 2vue:B, 2vuf:A, 2vuf:B, 7wkz:A, 7wkz:B, 7wlf:A, 7woj:A, 7wok:A, 7wok:B, 6wuw:A, 6wuw:B, 7wz9:A, 5x52:A, 5x52:B, 7x7x:A, 7x7x:B, 2xsi:A, 2xvq:A, 2xvq:B, 2xvu:A, 2xvu:B, 2xvv:A, 2xvw:A, 6xv0:A, 2xw0:A, 2xw0:B, 2xw1:A, 2xw1:B, 7y2d:A, 5yb1:A, 5yb1:B, 2ydf:A, 2ydf:B, 6yg9:A, 5yoq:A, 5yoq:B, 1ysx:A, 8yxa:A, 8yxa:B, 8yxb:A, 8yxb:B, 5z0b:A, 5z0b:B, 5z0b:C, 7z57:A, 4z69:A, 4z69:I
8 5uzc:B 347 39 0.0413 0.0403 0.3590 7.0 4q32:A, 4q32:C, 4q32:B, 4q32:D, 4q33:A, 4q33:C, 4q33:B, 4q33:D, 4q33:E, 4q33:G, 4q33:F, 4q33:H, 5uwx:A, 5uwx:B, 5uwx:C, 5uwx:D, 5uxe:A, 5uxe:C, 5uxe:B, 5uxe:D, 5uzc:A, 5uzc:D, 5uzc:C, 5uze:A, 5uze:C, 5uze:B, 5uze:D, 5uzs:A, 5uzs:C, 5uzs:B, 5uzs:D, 5vsv:A, 5vsv:C, 5vsv:B, 5vsv:D
9 1ffq:A 540 87 0.0855 0.0537 0.3333 7.0 7fd6:A, 2wk2:A, 2wly:A, 2wlz:A, 2wm0:A, 1x6n:A
10 4twl:A 239 68 0.0649 0.0921 0.3235 9.6 4twl:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218