Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
EPFSLSPIKDPQALHKELCSKNVIPVTSTLEDLLPATQAQHVFIKRGTFHSYNWTIKGRSLNMDRLRETCQSLVDRHSIL
RTSFVEHEGHPIQLVLANLDVKVREVQCWPGEDPMEVCKALWDGKDWPTLNVLGGSLPVRFTLVSCPGNEHVVLTIQISH
SQWDGVSIPKLFSDFAAIYNQTPLPPTSDFAHYLYHRVSSAREDVQQDPTFQFWRHYLDGAKMAVPFAQTLWTFKGIVPP
TLPSGITMATLVKAATALFLSYHLGSRDVVFGHTVNGRNLPMDNIESLLGCTLNFVPLRVTFPEDSTDWTVMDLLHHTQT
QYTRALSHEHVELRDIFQHSTNWPAETPLSLIVQHQNIDLSFSLPLRSLDVQYSKFARFDPLDEVWIFTEPHADRLEVQV
CANSRVLGQEQATELANNISAIITKFSTDPTARLLD

The query sequence (length=436) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5egf:B 443 441 0.9931 0.9774 0.9819 0.0 5egf:A, 5egf:D, 5ejd:B, 5ejd:D, 5ejd:F, 5ejd:H, 5ejd:J, 5ejd:L, 5ejd:N, 5ejd:P
2 2vsq:A 1273 365 0.2110 0.0723 0.2521 6.07e-15
3 8hlk:A 910 416 0.2317 0.1110 0.2428 5.26e-13
4 7x0f:C 458 282 0.1422 0.1354 0.2199 1.88e-06 7x0e:A, 7x0f:A, 7x0f:B, 7x0f:D, 7x17:A, 7x17:B, 7x17:C, 7x17:D
5 4zxw:A 443 305 0.1537 0.1512 0.2197 2.74e-05 4zxw:B
6 6p4u:A 843 322 0.1674 0.0866 0.2267 1.24e-04 6ozv:A, 6p3i:A
7 8jbr:A 1023 401 0.2018 0.0860 0.2195 2.77e-04
8 8g3i:B 515 320 0.1789 0.1515 0.2437 3.83e-04
9 5u89:A 1039 278 0.1399 0.0587 0.2194 0.011
10 6l6j:A 669 66 0.0459 0.0299 0.3030 1.7
11 7ojn:L 2010 50 0.0321 0.0070 0.2800 2.8 5j1n:A, 5j1p:A, 4miw:A, 7oe7:L
12 2o0j:A 360 29 0.0275 0.0333 0.4138 3.8 2o0h:A
13 5dua:A 445 191 0.0963 0.0944 0.2199 5.2 5du9:A, 5du9:B, 5dua:B
14 3ba0:A 365 48 0.0390 0.0466 0.3542 6.2 8b2n:A, 8b2n:C, 5cxa:A, 5czm:A, 5d2b:A, 5d3c:A, 4efs:A, 3ehx:A, 3ehy:A, 6ekn:A, 6ela:A, 6ela:B, 6ela:C, 6ela:D, 6enm:A, 6enm:B, 6eox:A, 3f15:A, 3f16:A, 3f17:A, 3f18:A, 3f19:A, 3f1a:A, 4gql:A, 4gr0:A, 4gr3:A, 4gr8:A, 4guy:A, 4h30:A, 4h30:B, 4h49:A, 4h49:B, 4h49:C, 4h49:D, 4h76:A, 4h84:A, 4h84:B, 2hu6:A, 4i03:A, 5i0l:A, 5i0l:B, 5i2z:A, 5i2z:B, 5i2z:C, 5i2z:D, 5i3m:A, 5i3m:B, 5i3m:C, 5i3m:D, 5i43:A, 5i43:B, 5i43:C, 5i43:D, 5i4o:A, 5i4o:C, 5i4o:B, 5i4o:D, 4ijo:A, 1jiz:A, 1jiz:B, 1jk3:A, 2jxy:A, 2k2g:A, 2k9c:A, 2krj:A, 5l79:A, 5l7f:A, 5l7f:B, 5lab:A, 3lik:A, 3lil:A, 3lir:A, 3ljg:A, 3lk8:A, 3lka:A, 2mlr:A, 2mls:A, 3n2u:A, 3n2v:A, 5n5j:A, 5n5k:A, 2n8r:A, 3nx7:A, 1os2:A, 1os2:B, 1os2:C, 1os2:D, 1os2:E, 1os2:F, 1os9:A, 1os9:B, 1os9:C, 1os9:D, 1os9:E, 1os9:F, 7ovy:A, 2oxu:A, 2oxw:A, 2oxz:A, 2poj:A, 6rd0:A, 8rij:A, 6rly:A, 1rmz:A, 1ros:A, 1ros:B, 3rts:A, 3rtt:A, 3ts4:A, 3tsk:A, 1utt:A, 1utz:A, 1utz:B, 3uvc:A, 3uvc:B, 2w0d:A, 2w0d:B, 2w0d:C, 2w0d:D, 2wo8:A, 2wo8:B, 2wo8:C, 2wo8:D, 2wo9:A, 2wo9:B, 2wo9:C, 2wo9:D, 2woa:A, 2woa:B, 2woa:C, 2woa:D, 1y93:A, 1ycm:A, 2z2d:A, 1z3j:A
15 6sa0:A 333 58 0.0436 0.0571 0.3276 8.6 6sa0:D, 6sa1:A, 6sa1:D
16 5isx:A 529 175 0.0872 0.0718 0.2171 9.2 5isx:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218