Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum Lab Only
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
EKIAIRDFQVGDLVLIILDERHDNYVLFTVSPTLYFLHSESLPALDLKPRRPWVLGKVMEKEYCQAKKAQNRFKVPLGTK
FYRVKAVSWN

The query sequence (length=90) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8yfk:G 99 98 1.0000 0.9091 0.9184 1.41e-61 7czm:A, 7d0e:A, 8yfk:A, 8yfk:C, 8yfk:E, 8yfl:A, 8yfl:C, 8yfm:A, 8yfm:D, 8yfn:A, 8yfn:C
2 7czm:B 94 90 0.9667 0.9255 0.9667 1.37e-59
3 4d9u:A 307 30 0.1444 0.0423 0.4333 0.066 4d9t:A, 4jg6:A, 4jg7:A, 4jg8:A, 4m8t:A, 4mao:A, 5o1s:A
4 5vdk:A 260 36 0.1444 0.0500 0.3611 0.10
5 4o2z:A 363 33 0.1333 0.0331 0.3636 1.5
6 3ml1:B 109 27 0.1444 0.1193 0.4815 2.0 3o5a:B
7 2ewa:A 330 74 0.2111 0.0576 0.2568 2.1 4e8a:A, 4eh5:A, 1kv2:A, 5ml5:A, 5n63:A, 5omh:A, 2yis:A, 2yiw:A, 3zsi:A, 6zwp:A
8 7m0r:E 458 17 0.1111 0.0218 0.5882 2.5 7m0r:F
9 5wvd:A 241 33 0.1333 0.0498 0.3636 2.8
10 4gz9:A 562 17 0.1111 0.0178 0.5882 2.8 9eou:A, 4gza:H, 2orz:A, 2qqm:A
11 6z55:A 358 51 0.1444 0.0363 0.2549 3.9 9ez3:A, 6ft7:A, 6ft7:B, 6fyp:A, 6fyr:A, 6khf:A, 3raw:A, 3raw:B, 6rct:A, 6rct:B, 2wu6:A, 2wu7:A, 6ytw:A, 6ytw:B, 6yty:A, 6yu1:a, 6yu1:c, 6z2v:A, 6z51:A, 6z52:A, 6z52:B, 6z53:A, 6z54:A, 6z55:B
12 5awm:A 345 87 0.2333 0.0609 0.2414 4.4
13 2z2w:A 261 57 0.1778 0.0613 0.2807 4.6 3bi6:A, 3biz:A, 3cqe:A, 3cr0:A, 2in6:A, 2io6:A, 5vc6:A, 5vda:A, 1x8b:A
14 4psx:B 361 38 0.1111 0.0277 0.2632 4.9 4psx:E
15 7sqc:C2 1498 34 0.1333 0.0080 0.3529 5.6 7sqc:C0, 7sqc:C1, 7sqc:C3
16 7n6q:A 375 38 0.1444 0.0347 0.3421 6.8 7n6q:B, 7n6q:C, 7n6q:D, 7n6r:A, 7n6r:B, 7n6r:C, 7n6r:D
17 6zr5:B 359 89 0.2333 0.0585 0.2360 7.5 4awi:A, 8bzp:A, 3cgf:A, 3elj:A, 6emh:A, 6emh:B, 6eq9:A, 6f5e:B, 2g01:A, 2g01:B, 3g90:X, 3g9l:X, 3g9n:A, 2gmx:A, 2gmx:B, 4h36:A, 4h39:A, 4h3b:A, 4h3b:C, 2h96:A, 2h96:B, 1jnk:A, 4kke:A, 4kkh:A, 7ksi:A, 7ksj:A, 4l7f:A, 5lw1:B, 5lw1:E, 5lw1:H, 2no3:A, 2no3:B, 3o17:A, 3o17:B, 3o2m:A, 3o2m:B, 7ore:A, 7orf:A, 1pmn:A, 1pmu:A, 1pmv:A, 3ptg:A, 8pt8:A, 8pt8:B, 8pt8:C, 8pt9:A, 8pt9:B, 8pt9:C, 8pta:A, 8pta:B, 8pta:C, 3pze:A, 4qtd:A, 7s1n:A, 3tti:A, 1uki:A, 4ux9:A, 4ux9:B, 4ux9:C, 4ux9:D, 3v3v:A, 3v6r:A, 3v6r:B, 3v6s:A, 3v6s:B, 3vud:A, 3vug:A, 3vuh:A, 3vui:A, 3vuk:A, 3vul:A, 3vum:A, 4w4v:A, 4w4w:A, 4w4x:A, 4w4y:A, 2waj:A, 8wgf:A, 4whz:A, 4x21:A, 4x21:B, 8x5m:A, 2xrw:A, 2xs0:A, 4y46:A, 4y5h:A, 7yl1:A, 2zdt:A, 6zr5:A
18 8d41:A 307 26 0.0889 0.0261 0.3077 7.9 8d41:B
19 7t80:A 216 28 0.1444 0.0602 0.4643 7.9 7t80:B
20 8i0w:W 440 35 0.1333 0.0273 0.3429 8.7 5yzg:W

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023)(download the PDF file).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • zhanglabzhanggroup.org | +65-6601-1241 | Computing 1, 13 Computing Drive, Singapore 117417