Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum Lab Only
Online Services

I-TASSER D-I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK D-QUARK DRfold DRfold2 LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred TCRfinder

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA DeepMSA2 FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP Library
>protein
DVPLPAGWEMAKTSSGQRYFLNHIDQTTTWQDPRKA

The query sequence (length=36) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1jmq:A 46 36 0.9722 0.7609 0.9722 1.27e-21 1k5r:A, 1k9q:A, 1k9r:A, 2lax:A, 2lay:A, 2ltw:A
2 2ltv:A 36 32 0.5000 0.5000 0.5625 3.17e-09 2law:A
3 6jjz:B 96 34 0.5278 0.1979 0.5588 9.02e-09 6jjz:A, 6kkg:A, 6kkg:B
4 6jjz:B 96 30 0.2778 0.1042 0.3333 0.21 6jjz:A, 6kkg:A, 6kkg:B
5 2jmf:A 43 32 0.4444 0.3721 0.5000 2.02e-08
6 4lcd:A 419 32 0.5000 0.0430 0.5625 3.08e-08 4lcd:B
7 2djy:A 42 32 0.4444 0.3810 0.5000 8.83e-08
8 2lb1:A 35 32 0.4722 0.4857 0.5312 1.00e-07 2ltx:A
9 6jjy:A 128 34 0.4444 0.1250 0.4706 1.04e-07 6j68:A, 6j68:B, 6j69:A, 6jjw:A, 6jjx:B, 6jjx:A
10 6jjy:A 128 31 0.3889 0.1094 0.4516 0.009 6j68:A, 6j68:B, 6j69:A, 6jjw:A, 6jjx:B, 6jjx:A
11 5dws:C 40 32 0.4722 0.4250 0.5312 1.05e-07
12 5cq2:A 76 32 0.4722 0.2237 0.5312 1.84e-07 5dws:A, 5dws:E, 5dws:G, 5dzd:A, 5dzd:B, 2jo9:A, 4rof:A, 4rof:B
13 5cq2:A 76 32 0.5000 0.2368 0.5625 1.27e-06 5dws:A, 5dws:E, 5dws:G, 5dzd:A, 5dzd:B, 2jo9:A, 4rof:A, 4rof:B
14 2kxq:A 90 32 0.4444 0.1778 0.5000 3.35e-07 2laz:A, 2lb0:A, 2ltz:A
15 2kxq:A 90 31 0.4167 0.1667 0.4839 3.56e-04 2laz:A, 2lb0:A, 2ltz:A
16 2laj:A 40 31 0.4444 0.4000 0.5161 3.71e-07
17 2m3o:W 43 31 0.4167 0.3488 0.4839 4.01e-07 2kpz:A, 2kq0:A, 2mpt:A, 4n7h:A
18 7lp2:E 37 30 0.4167 0.4054 0.5000 1.36e-06 2lb2:A, 7lp2:A, 7lp2:C, 2lty:A
19 1i5h:W 50 32 0.4167 0.3000 0.4688 2.03e-06
20 2ez5:W 46 34 0.3889 0.3043 0.4118 1.29e-05
21 7lp3:A 37 31 0.3889 0.3784 0.4516 2.44e-05 7lp3:C
22 2n8t:A 39 30 0.3611 0.3333 0.4333 8.83e-05
23 8sg2:A 163 31 0.3889 0.0859 0.4516 0.003 6dun:A, 6dun:B, 7efj:A, 7efx:A, 7ekv:A, 7f0m:A, 7f0m:C, 7f0m:B, 7f0m:D, 1f8a:B, 4gwv:A, 3i6c:A, 3i6c:B, 1i8g:B, 1i8h:B, 3ikd:A, 3ikd:B, 3ikg:A, 3ikg:B, 9inr:A, 9inr:B, 2itk:A, 3jyj:A, 3jyj:B, 3kab:A, 3kac:A, 3kac:B, 3kad:A, 3kaf:A, 3kag:A, 3kah:A, 3kai:A, 3kce:A, 2lb3:A, 2n1o:A, 1nmw:A, 3ntp:A, 6o33:A, 6o34:A, 3odk:A, 3oob:A, 1pin:A, 2q5a:A, 3tc5:A, 3tcz:A, 3tdb:A, 4tns:A, 4tyo:A, 4tyo:B, 5uy9:A, 6vaj:A, 3wh0:A, 2xp3:A, 2xp4:A, 2xp5:A, 2xp6:A, 2xp7:A, 2xp8:A, 2xp9:A, 2xpa:A, 2xpb:A
24 2nc3:A 33 30 0.3056 0.3333 0.3667 0.003 2nc4:A, 2nc5:A, 2nc6:A
25 1eg4:A 260 27 0.3056 0.0423 0.4074 0.021
26 2oei:A 37 34 0.4167 0.4054 0.4412 0.42 2ho2:A
27 2jup:W 37 28 0.2500 0.2432 0.3214 0.68 2rly:W, 2rm0:W
28 3b69:A 626 35 0.3333 0.0192 0.3429 2.3 2ah2:A, 1ms0:A, 1ms0:B, 1ms1:A, 1ms1:B, 1ms8:A, 1ms8:B, 1ms9:A, 1ms9:B, 3pjq:A, 1s0i:A, 1s0j:A
29 5zbm:B 353 26 0.2500 0.0255 0.3462 3.0 1al7:A, 1al8:A, 1gox:A, 1gyl:A, 5zbm:A
30 4q2d:A 927 18 0.2500 0.0097 0.5000 3.9
31 7y5f:B 341 17 0.1944 0.0205 0.4118 6.1 7vgn:A, 7y5f:A, 7y5i:A, 7y5i:B, 7y5p:A, 7y5p:B, 7yhe:A, 7yhe:B, 7yw9:A
32 6rmg:A 1026 19 0.2778 0.0097 0.5263 6.2 6dmb:A, 6dmy:A, 7k65:A, 6mg8:A, 6n7g:A, 6n7g:B, 6n7g:D, 6n7g:E, 6n7h:A, 6n7h:B, 6n7k:A, 6n7k:B, 6n7k:D, 6n7k:E, 6rtw:A, 6rvd:A, 6rvd:B, 7v6y:A, 7v6z:A
33 6agz:A 386 24 0.2500 0.0233 0.3750 6.9 6agz:B
34 8pxx:A 99 28 0.2222 0.0808 0.2857 7.1 2dyf:A
35 7kq5:A 265 30 0.2778 0.0377 0.3333 7.7 3dkt:A, 3dkt:B, 3dkt:C, 3dkt:D, 3dkt:E, 3dkt:F, 3dkt:G, 3dkt:H, 3dkt:I, 3dkt:J, 7lik:A, 7lis:A, 7lit:A, 7mu1:A, 6wkv:A, 6wkv:f, 6wkv:B, 6wkv:Q, 6wkv:C, 6wkv:I, 6wkv:D, 6wkv:H, 6wkv:s, 6wkv:E, 6wkv:v, 6wkv:F, 6wkv:W, 6wkv:G, 6wkv:V, 6wkv:o, 6wkv:P, 6wkv:J, 6wkv:3, 6wkv:M, 6wkv:Z, 6wkv:S, 6wkv:N, 6wkv:i, 6wkv:O, 6wkv:l, 6wkv:e, 6wkv:R, 6wkv:T, 6wkv:p, 6wkv:2, 6wkv:X, 6wkv:8, 6wkv:Y, 6wkv:b, 6wkv:0, 6wkv:4, 6wkv:L, 6wkv:1, 6wkv:5, 6wkv:k, 6wkv:K, 6wkv:6, 6wkv:c, 6wkv:7, 6wkv:U, 6wkv:a, 6wkv:9, 6wkv:q, 6wkv:j, 6wkv:d, 6wkv:x, 6wkv:u, 6wkv:h, 6wkv:m, 6wkv:t, 6wkv:g, 6wkv:n, 6wkv:w, 6wkv:r
36 8q4s:A 295 37 0.3333 0.0407 0.3243 8.4 7qpl:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023)(download the PDF file).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

zhanglabzhanggroup.org | +65-6601-1241 | Computing 1, 13 Computing Drive, Singapore 117417