Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
DPFTMPCPPTNAERLHEFHRAIGAATPERPTPPPPELLRLRQTLLDEESAEVRAEIDHLLARQAAGEALSAGDLAPLAHE
LADLLYVTYGALDQLGIDADAVFAEVHRANLSKASGPRRADGKQLKPEGWRPADVRGVIERLQHAPAD

The query sequence (length=148) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2yf3:C 153 151 1.0000 0.9673 0.9801 3.85e-102 5hva:A, 5hva:B, 5hva:C, 5hva:D, 5hwu:A, 5hwu:B, 5hx1:A, 5hx1:C, 5hx1:B, 5hx1:D, 5hyl:A, 5hyl:C, 5hyl:B, 5hyl:D, 5hzz:A, 5hzz:B, 5hzz:C, 5hzz:D, 5i0j:A, 5i0j:D, 5i0j:B, 5i0j:C, 5i0m:A, 5i0m:D, 5i0m:B, 5i0m:C, 2yf3:A, 2yf3:B, 2yf3:D, 2yf3:E, 2yf3:F, 2yfc:A, 2yfc:B, 2yfc:C, 2yfc:D, 2yfd:A, 2yfd:B, 2yfd:C, 2yfd:D
2 4rul:A 823 96 0.1959 0.0352 0.3021 0.22 1cy1:A, 1cy2:A, 1cy4:A, 1cy6:A, 1cy7:A, 1cy8:A, 1mw8:X, 3px7:A
3 2ge3:A 164 41 0.1014 0.0915 0.3659 2.1 2ge3:B, 2ge3:C
4 5zeb:1 60 57 0.0946 0.2333 0.2456 2.8 6dzi:a, 6dzp:a, 8fr8:7, 8kab:a, 5o60:a, 5o61:a, 7s0s:b, 8v9j:2, 8v9k:2, 8v9l:2, 8whx:3, 8why:3, 8wi7:3, 8wi8:3, 8wib:3, 8wic:3, 7xam:a, 5xym:Z, 8xz3:a, 7y41:a, 5zep:v, 5zet:1
5 3tqo:A 387 50 0.1284 0.0491 0.3800 2.8
6 1y57:A 452 30 0.0878 0.0288 0.4333 3.4 1a07:A, 1a07:B, 1a08:A, 1a08:B, 1a09:A, 1a09:B, 1a1a:A, 1a1a:B, 1a1b:A, 1a1b:B, 1a1c:A, 1a1c:B, 1a1e:A, 1a1e:B, 4agw:A, 4agw:B, 7ah3:A, 2bdf:A, 2bdf:B, 2bdj:A, 1bkm:A, 5bmm:A, 5bmm:B, 5d12:A, 7d57:A, 7d5o:A, 3d7t:B, 4dgg:A, 4dgg:B, 3dqw:A, 3dqw:B, 3dqw:C, 3dqw:D, 3dqx:A, 3dqx:B, 6e6e:A, 6e6e:B, 6e6e:C, 6e6e:D, 6e6e:E, 6e6e:F, 6e6e:G, 6e6e:H, 3el8:A, 3en4:A, 3en4:B, 3en5:B, 1f1w:A, 3f3t:A, 3f3u:A, 3f3u:B, 3f3v:A, 3f3v:B, 3f3w:A, 3f3w:B, 6f3f:A, 4f5a:A, 4f5b:A, 3f6x:A, 3f6x:B, 3f6x:C, 3f6x:D, 3g5d:A, 3g5d:B, 3g6g:A, 3g6g:B, 3g6h:B, 3geq:A, 3geq:B, 2h8h:A, 1hcs:B, 1hct:B, 4hvu:A, 4hvv:A, 6hve:A, 4hxj:A, 1is0:A, 1is0:B, 5j5s:A, 5j5s:B, 8jn8:A, 8jn9:A, 4k11:A, 8k79:A, 8k79:B, 5k9i:A, 5k9i:B, 1kc2:A, 1ksw:A, 6l8l:A, 6l8l:B, 6l8l:C, 6l8l:D, 4mcv:A, 4mcv:B, 4mxo:A, 4mxo:B, 4mxx:A, 4mxx:B, 4mxy:A, 4mxy:B, 4mxz:A, 4mxz:B, 7nes:A, 7ng7:A, 1nlo:C, 1nlp:C, 1nzl:B, 1nzv:B, 4o2p:A, 4o2p:B, 1o41:A, 1o42:A, 1o43:A, 1o44:A, 1o45:A, 1o46:A, 1o47:A, 1o48:A, 1o49:A, 1o4a:A, 1o4b:A, 1o4c:A, 1o4d:A, 1o4e:A, 1o4f:A, 1o4g:A, 1o4h:A, 1o4i:A, 1o4j:A, 1o4k:A, 1o4n:A, 1o4o:A, 1o4p:A, 1o4q:A, 1o4r:A, 5oav:A, 5oav:C, 5ob0:A, 5ob1:A, 5ob2:A, 5ob2:C, 3oez:A, 3oez:B, 2oiq:A, 7ote:A, 7ote:B, 1p13:B, 1p13:A, 1prl:C, 1prm:C, 3qlf:B, 3qlg:A, 3qlg:B, 4qt7:A, 1qwe:A, 1qwf:A, 1rlp:C, 1rlq:C, 4rtv:A, 4rtw:A, 4rtw:C, 4rty:A, 4rtz:A, 1sha:A, 1shb:A, 1shd:A, 1skj:A, 1sps:A, 1sps:B, 1sps:C, 2src:A, 3svv:A, 3svv:B, 5swh:A, 5swh:B, 5sys:A, 5sys:B, 5t0p:A, 5t0p:B, 5teh:A, 5teh:B, 3tz7:A, 3tz7:B, 3tz8:A, 3tz8:B, 3tz9:A, 3tz9:B, 3u4w:A, 3u51:A, 3u51:B, 4u5j:A, 4u5j:B, 3uqf:A, 3uqg:A, 3uqg:B, 7wf5:A, 7wf5:B, 6wiw:B, 8xn8:A, 5xp5:A, 5xp5:B, 5xp7:A, 5xp7:B, 4ybj:A, 4ybk:A, 1yom:A, 1yom:B
7 2yxh:A 114 48 0.1014 0.1316 0.3125 8.6 2yxh:B
8 1yol:A 256 30 0.0878 0.0508 0.4333 8.6 7ah3:B, 6ate:A, 5d10:A, 5d10:B, 5d11:A, 5d11:B, 5d12:B, 7d57:B, 7d5o:B, 3el7:A, 3en5:A, 3en6:B, 3en7:A, 4fic:A, 4fic:B, 8haq:A, 8haq:B, 6hve:B, 6hvf:A, 6hvf:B, 2hwo:A, 2hwo:B, 2hwp:A, 2hwp:B, 8jf3:A, 8jf3:B, 4lgg:A, 4lgg:B, 4lgh:A, 4lgh:B, 3lok:A, 3lok:B, 2qlq:A, 2qlq:B, 3qlf:A, 2qq7:A, 2qq7:B, 3uqf:B, 6wiw:A, 4ybj:B, 1yol:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218