Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
DKVLKIQLRSASATVPTKGSATAAGYDIYASQDITIPAMGQGMVSTDISFTVPVGTYGRIAPRSGLAVKNGIQTGAGVVD
RDYTGEVKVVLFNHSQRDFAIKKGDRVAQLILEKIVDDAQIVVVDSLE

The query sequence (length=128) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 3f4f:A 138 128 1.0000 0.9275 1.0000 5.13e-89 3f4f:B, 3f4f:C, 3p48:A, 3p48:C, 3p48:B
2 4oop:B 142 125 0.5234 0.4718 0.5360 2.60e-42 4oop:A, 4oop:C
3 5f9k:B 130 115 0.4844 0.4769 0.5391 6.98e-41 5f9k:A, 5f9k:C
4 6ljj:A 150 129 0.5156 0.4400 0.5116 1.56e-40 3ara:A, 3ara:C, 3ara:B, 3arn:A, 3arn:C, 3arn:B, 3ehw:A, 3ehw:B, 3ehw:C, 3ehw:X, 3ehw:Y, 3ehw:Z, 5h4j:A, 2hqu:A, 2hqu:B, 2hqu:C
5 6mjk:A 144 127 0.4766 0.4236 0.4803 3.82e-38
6 2ol1:C 125 103 0.3984 0.4080 0.4951 7.83e-31 2oke:A, 2oke:C, 2oke:B, 2ol1:A, 2ol1:B
7 5y5p:D 171 118 0.3359 0.2515 0.3644 1.01e-19 5y5p:A, 5y5p:B, 5y5p:C, 5y5p:E, 5y5p:F, 5y5q:A, 5y5q:B, 5y5q:C
8 7n6s:C 147 112 0.3438 0.2993 0.3929 2.01e-19 7n6s:A, 7n6s:B, 7n6s:F, 7n6s:D, 7n6s:E
9 8hrv:B 145 113 0.3047 0.2690 0.3451 9.02e-19 8hrv:A, 8hrv:C
10 4gcy:A 163 117 0.2969 0.2331 0.3248 3.70e-16 8cga:A, 5ect:A, 5edd:A, 3h6d:A, 3hza:A, 3i93:A, 3loj:A, 2py4:A, 1six:A, 1sjn:A, 1sjn:C, 1sjn:B, 1sm8:A, 1sm8:B, 1sm8:C, 1smc:A, 1smc:B, 1smc:C, 1snf:A, 1snf:C, 1snf:B
11 3tp1:A 114 102 0.2812 0.3158 0.3529 4.98e-14 2d4n:A, 3tpn:A, 3tps:A, 3tpw:A, 3tpy:A, 3tq3:A, 3tq4:A, 3tq5:A, 3trl:A, 3trn:A, 3ts6:A, 3tsl:A, 3tta:A
12 6mao:A 137 59 0.2266 0.2117 0.4915 1.45e-13
13 5cct:A 169 136 0.2578 0.1953 0.2426 4.10e-13 5cco:A, 5nyz:A, 5nz2:A, 3zez:A, 3zf0:A, 3zf1:A, 3zf4:A, 3zf5:A, 3zf6:A
14 4wrk:A 158 92 0.1953 0.1582 0.2717 4.00e-11 4gv8:A, 4gv8:C, 4gv8:B, 4gv8:D, 4gv8:F, 4gv8:E, 4wrk:B, 4wrk:C, 4wrk:D, 4wrk:E, 4wrk:F
15 6hde:B 152 113 0.2812 0.2368 0.3186 2.57e-10 1eu5:A, 1euw:A, 6hde:A, 6hde:C, 2hrm:A, 1rn8:A, 1rnj:A, 1seh:A, 1syl:A
16 1f7r:A 133 89 0.2109 0.2030 0.3034 7.69e-10 1f7k:A, 1f7k:B, 1f7n:A, 1f7n:B, 1f7p:A, 1f7p:C, 1f7p:B, 1f7q:A, 1f7q:C, 1f7q:B
17 4aoo:A 143 104 0.2656 0.2378 0.3269 2.09e-09 4ao5:A, 4ao5:B, 4ao5:C, 4ao5:D, 4ao5:E, 4ao5:F, 4aoo:B, 4aoo:C, 4aoo:D, 4aoz:A, 4aoz:B, 4aoz:C, 4apz:1, 4apz:Y, 4apz:2, 4apz:3, 4apz:4, 4apz:5, 4apz:7, 4apz:6, 4apz:8, 4apz:9, 4apz:a, 4apz:A, 4apz:C, 4apz:B, 4apz:D, 4apz:E, 4apz:F, 4apz:G, 4apz:I, 4apz:H, 4apz:J, 4apz:K, 4apz:L, 4apz:M, 4apz:N, 4apz:O, 4apz:P, 4apz:R, 4apz:Q, 4apz:S, 4apz:U, 4apz:T, 4apz:V, 4apz:W, 4apz:X, 4apz:Z, 4apz:b, 4apz:d, 4apz:c, 4apz:e, 4apz:g, 4apz:f, 4apz:h, 4apz:j, 4apz:i, 4apz:k, 4apz:m, 4apz:l, 4b0h:A, 4b0h:B, 4b0h:C, 2xce:A, 2xce:B, 2xce:C, 2xce:D, 2xce:E, 2xce:F, 2xy3:A, 2xy3:B, 2xy3:C, 2xy3:D, 2xy3:E, 2xy3:F
18 2y8c:C 136 94 0.2109 0.1985 0.2872 6.22e-04 2y8c:B
19 3t64:A 153 63 0.1719 0.1438 0.3492 0.007 3t60:A, 3t60:B, 3t60:C, 3t64:B, 3t64:C, 3t6y:A, 3t6y:B, 3t6y:C, 3t70:A, 3t70:B, 3t70:C, 1vyq:A, 1vyq:B, 1vyq:C, 2y8c:A
20 4xjc:A 177 56 0.1250 0.0904 0.2857 0.011 4xjc:E, 4xjc:C, 4xjc:B, 4xjc:F, 4xjc:D
21 2bt1:A 254 59 0.1172 0.0591 0.2542 0.37 2bsy:A, 2we0:A, 2we1:A, 2we2:A, 2we3:A
22 6xu3:C 322 60 0.1406 0.0559 0.3000 0.43 6xu3:A, 6xu3:B, 6xu3:D
23 4dmm:B 240 40 0.1094 0.0583 0.3500 1.4 4dmm:C, 4dmm:D
24 6lkp:C 172 70 0.1250 0.0930 0.2286 1.7 6lkp:A, 6lkp:B, 6lkp:D, 6lkp:E, 6lkp:F
25 7vpp:A 904 107 0.2031 0.0288 0.2430 2.5 6buy:A, 6bv0:A, 6bv1:A, 6bv2:A, 6bv3:A, 6bv4:A, 4f5c:A, 4f5c:B, 4fke:A, 4fkh:A, 4fkk:A, 4hom:A, 5lds:D, 5lds:A, 5lds:B, 5lds:C, 5lg6:A, 5lg6:B, 4naq:A, 4nz8:A, 4ou3:A, 7vpp:C, 5z65:A
26 3ldf:A 380 38 0.1094 0.0368 0.3684 4.5
27 6fhw:B 587 28 0.0859 0.0187 0.3929 4.7 6fhw:A
28 6gtv:A 279 28 0.0703 0.0323 0.3214 5.0 5aal:A, 5aal:B, 5aap:A, 5abz:A, 5abz:B, 4att:A, 4auj:A, 4auy:A, 4auy:B, 4av0:A, 4av0:B, 4av4:A, 4av5:A, 4av5:B, 4av5:C, 4av5:D, 4avh:A, 4avh:B, 4avi:A, 4avi:B, 4avj:A, 4avj:B, 4avk:A, 4avk:B, 7ayn:A, 7ayn:B, 7ayn:C, 7ayn:D, 7bhd:A, 7bhd:B, 4buq:A, 4buq:B, 8bvd:A, 8bvd:B, 8bvd:C, 8bvd:D, 8bxy:A, 8bxy:B, 8by3:A, 8by3:C, 8by3:B, 8by3:D, 4ca4:A, 4ca4:B, 5cgb:A, 5cgb:B, 4css:A, 4cst:A, 5f2f:A, 5f3f:A, 5fs5:A, 5fwr:A, 5fwr:B, 5fwr:C, 5fwr:D, 5fwr:E, 5fwr:F, 5fwr:G, 5fwr:H, 6g2r:A, 6g2r:B, 6g2s:A, 6g2s:B, 6g2s:C, 6g2s:D, 6g2s:E, 6g2s:F, 6g2s:G, 6g2s:H, 6g2s:I, 6gtv:C, 6gtw:C, 6gtw:B, 6gtw:A, 6gtw:D, 6gtx:A, 6gtx:B, 6gtx:C, 6gtx:D, 6gty:A, 6gty:B, 6gty:C, 6gty:D, 6gty:E, 6gtz:A, 6gtz:C, 6gu0:A, 5jcq:A, 5jcq:B, 5jcr:A, 5jcr:B, 5jqi:H, 5jqi:B, 5jqi:D, 5jqi:F, 5jr4:A, 1kiu:B, 1kiu:D, 1kiu:F, 1kiu:H, 1kiu:J, 1kiu:L, 1kiu:N, 1kiu:P, 1klf:B, 1klf:D, 1klf:F, 1klf:H, 1klf:J, 1klf:L, 1klf:N, 1klf:P, 5l4t:A, 5l4t:B, 5l4u:A, 5l4u:B, 5l4v:A, 5l4v:B, 5l4v:C, 5l4w:A, 5l4w:B, 5l4w:C, 5l4x:A, 5l4x:B, 5l4y:A, 5l4y:B, 4lov:A, 3mcy:A, 3mcy:D, 3mcy:B, 3mcy:C, 5mts:A, 5mts:B, 5muc:A, 5muc:B, 7q3n:F, 7quo:A, 7quo:C, 7quo:B, 7quo:D, 1tr7:B, 1tr7:A, 1uwf:A, 2vco:A, 2vco:B, 4x50:A, 4x50:B, 4x5p:A, 4x5q:A, 4x5r:A, 4x5r:B, 4x5r:C, 4xo8:A, 4xo8:B, 4xo9:A, 4xoa:A, 4xoa:G, 4xoa:C, 4xoa:E, 4xob:A, 4xob:C, 4xob:E, 4xob:G, 4xoc:A, 4xoc:B, 4xod:A, 4xoe:A, 6yhw:A, 6yhw:B, 3zl1:A, 3zl1:B, 3zl2:A
29 8rbq:C 477 37 0.1016 0.0273 0.3514 5.3 8ahx:C, 8rb8:C, 8rb9:C, 8rbm:C
30 8u5o:A 449 77 0.1875 0.0535 0.3117 6.8 2bf6:A, 5tsp:A, 5tsp:B, 8u2a:A, 2vk5:A, 2vk6:A, 2vk7:A, 2vk7:B
31 7qqk:A 433 24 0.0938 0.0277 0.5000 7.3 7qqk:B, 7qqk:C, 7qqk:D
32 8e6v:A 707 46 0.1094 0.0198 0.3043 7.9
33 6puu:A 1309 46 0.1094 0.0107 0.3043 8.2 8e6t:A, 8e6t:B, 8e6t:C, 8e6t:D, 6pur:A, 6pur:B, 6pur:C, 6pur:D, 6pus:A, 6pus:C, 6pus:D, 6pus:B, 6puu:B, 6puu:C, 6puu:D
34 8e6q:A 1348 46 0.1094 0.0104 0.3043 8.2 8e6q:B, 8e6q:C, 8e6q:D, 8e6r:A, 8e6r:B, 8e6r:C, 8e6r:D, 8e6s:A, 8e6s:B, 8e6s:C, 8e6s:D, 8e6u:A, 8e6u:B, 8e6u:C, 8e6u:D, 6mj2:A, 6mj2:B, 6mj2:C, 6mj2:D
35 4cmd:A 322 51 0.1172 0.0466 0.2941 8.3 4cmd:B, 4cmf:A
36 6fte:B 321 51 0.1250 0.0498 0.3137 8.4
37 4ce5:A 325 54 0.1328 0.0523 0.3148 8.4 4ce5:B, 8x1f:A, 8x1f:B, 7xg5:A, 7xg5:B, 8xiy:A, 8xiy:B
38 4pb3:B 389 38 0.1094 0.0360 0.3684 8.8 4pb3:A, 4pb4:A, 4pb4:B, 4pb5:A, 4pb5:B, 3wqc:A, 3wqc:B, 3wqd:A, 3wqd:B, 3wqe:A, 3wqe:B, 3wqf:A, 3wqf:B, 3wqg:A, 3wqg:B

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218